gnu: Add emacs-linum-relative.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-linum-relative): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-highlight-sexp.

* gnu/packages/emacs (emacs-highlight-sexp): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-ox-twbs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ox-twbs): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-idle-highlight.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-idle-highlight): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

hydra: Include the localstatedir in the binary tarball.

This is a followup to 6b63c43e0661406bf9e8c4c54f517744fc2ffdb3.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (tarball-jobs): Pass #:localstatedir? #t
to 'self-contained-tarball'.

gnu: qutebrowser: Upgrade to 0.10.1.

* gnu/packages/web.scm (qutebrowser): Upgrade to 0.10.1.

gnu: thefuck: Upgrade to 3.15 and enable tests.

* gnu/packages/patches/thefuck-test-environ.patch: New patch.
* gnu/packages/admin.scm (thefuck): Upgrade to 3.15.
[source]: Use patch.
[arguments]: Remove '#:tests? #f'.  Move 'check' phase after 'install'.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: Use HTTPS for almost all gnu.org HOME-PAGEs.

All HTTP gnu.org (and supported subdomain) HOME-PAGEs changed to HTTPS.

gnu: orc: Update home page.

* gnu/packages/gstreamer.scm (orc)[home-page]: Update.

gnu: icecat: Add fixes from mozilla-esr45; use skia by default.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source][patches]: Add fixes from
the upstream mozilla-esr45 repository.
[arguments]: Add 'use-skia-by-default' phase.

gnu: python-enum34: Update to 1.1.6.

* gnu/packages/python.scm (python-enum34, python2-enum34): Update to 1.1.6.
[arguments]: Remove custom test phase.

gnu: schismtracker: Update to 20160913.

* gnu/packages/music.scm (schismtracker): Update to 20160913.
[source]: Update snippet for version 20160913.

gnu: games: Don't MKDIR before INSTALL-FILE.

* gnu/packages/games.scm (glkterm, glulxe, grue-hunter)[arguments]:
Remove spurious MKDIRs.

gnu: retroarch: Don't use %OUTPUT.

* gnu/packages/games.scm (retroarch)[arguments]: Accept an OUTPUTS key
in the configure phase.  Add a comment about the script.  Use LET*.

gnu: games: Use ‘modify-phases’.

* gnu/packages/games.scm (pingus, cmatrix, freedink-data, xboing, irrlicht,
glkterm, glulx, retroarch)[arguments]: Use ‘modify-phases’ syntax.

gnu: glulxe: Fix typo.

* gnu/packages/games.scm (glulxe)[description]: Fix typo.

gnu: glkterm: Use @code in description.

* gnu/packages/games.scm (glkterm)[description]: Use @code.

gnu: games: Use INSTALL-FILE.

* gnu/packages/games.scm (glkterm, glulxe): Use INSTALL-FILE, return #t
instead of an undefined value, and prefer using let bindings.

gnu: zstd: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.1.4.

gnu: hyperrogue: Improve description.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue)[description]: Mainly fix a typo.
Throw in a few tweaks as well.

gnu: Add httpfs2.

* gnu/packages/file-systems.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: beets: Don't build with python-enum34.

This package is unnecessary when using Python > 3.3.

* gnu/packages/music.scm (beets)[inputs]: Remove python-enum34.

gnu: elfutils: Update to 0.168 [fixes CVE-2016-{10254,10255}].

* gnu/packages/elf.scm (elfutils): Update to 0.168.
[source]: Update URL.
[home-page]: Update URL.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.8-3.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.8-3.

gnu: lxsession: Build Vala code from source.

* gnu/packages/lxde.scm (lxsession)[source](snippet): New field.

gnu: hyperrogue: Update to 9.4c.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 9.4c.
[source]: Remove snippet.
[arguments]: Remove #:make-flags; adjust configure and install phases; add
install-data phase.
[native-inputs]: Add hyperrogue-data and unzip.
[license]: Add cc-by-sa4.0 and cc0 licenses for sounds.

gnu: libressl: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 2.5.2.

gnu: emacs-monroe: Don't use MELPA archive.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-monroe)[version]: Change to 0.3.1.
[source]: Use github instead of melpa. Add (file-name).
[home-page]: Use HTTPS.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-pexpect: Add verbose test output.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26286>.

* gnu/packages/python.scm (python-pexpect, python2-pexpect)[arguments]: Add
"-v" to "nosetests" command.

gnu: Add lxde.

* gnu/packages/lxde.scm (lxde): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lxpanel.

* gnu/packages/lxde.scm (lxpanel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add keybinder.

* gnu/packages/wm.scm (keybinder): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lxsession.

* gnu/packages/lxde.scm (lxsession): New variable.
* gnu/packages/patches/lxsession-use-gapplication.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lxinput.

* gnu/packages/lxde.scm (lxinput): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lxde-common.

* gnu/packages/lxde.scm (lxde-common): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lxde-icon-theme.

* gnu/packages/lxde.scm (lxde-icon-theme): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lxmenu-data.

* gnu/packages/lxde.scm (lxmenu-data): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-elfeed: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-elfeed): Update to 2.1.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Replace (compose not PROC) with simpler idioms.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[arguments] <check>:
Use (negate proc) instead of (compose not proc).
* guix/import/cran.scm (recursive-import): Likewise.
* guix/import/elpa.scm (filter-dependencies): Use 'remove' instead of
'(filter (compose not proc) ...)'.

gnu: python-pytest-2.9.2: Replace with python-pytest-3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-2.9.2): Replace with ...
(python-pytest-3.0): ... new variable.
(python2-pytest-3.0): New variable.
(python-cryptography, python2-cryptography, python-sphinx-1.5.3)[native-inputs]:
Replace python-pytest-2.9.2 with python-pytest-3.0.
* gnu/packages/backup.scm (borg)[native-inputs]: Likewise.
gnu/packages/calendar.scm (khal)[native-inputs]: Likewise.

gnu: Add python-mando

* gnu/packages/python.scm (python-mando, python2-mando): New variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-paramunittest

* gnu/packages/python.scm (python-paramunittest, python2-paramunittest): New
variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-sphinx@1.5.3.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinx-1.5.3): New variable.

gnu: Add python-pytest@3.0.7

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-3.0.7): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: shroud: Use HTTPS source URL.

* gnu/packages/password-utils.scm (shroud)[source]: Use HTTPS URL.

gnu: shroud: Fix home page URL.

* gnu/packages/password-utils.scm (shroud)[home-page]: Update URL.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: rocksdb: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/databases.scm (rocksdb): Update to 5.2.1.

gnu: Add rdma-core.

* gnu/packages/linux.scm (rdma-core): New variable.

gnu: Add multipath-tools.

* gnu/packages/linux.scm (multipath-tools): New variable.

gnu: fio: Enable rbd support.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio)[inputs]: Add ceph:lib.

gnu: Add ceph.

* gnu/packages/storage.scm,
  gnu/packages/patches/ceph-disable-cpu-optimizations.patch,
  gnu/packages/patches/ceph-skip-collect-sys-info-test.patch,
  gnu/packages/patches/ceph-skip-unittest_blockdev.patch: New files.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES, dist_patch_DATA): Register it.

gnu: xmlstarlet: Disable failing tests.

* gnu/packages/xml.scm (xmlstarlet)[arguments]: Add phase to disable two tests.

Revert "gnu: snappy: Update to 1.1.4."

Rocksdb fails to build with this version:
https://github.com/facebook/rocksdb/issues/1947

This reverts commit 9baab9aeeda394408290613c597bff1d96004dfb.

gnu: fio: Install python scripts in separate output.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio)[outputs]: New field.
[arguments]: Rename 'wrap-python-scripts' phase to 'move-outputs'. Keep wrapper.

import cran: Print package stream in the expected order.

* guix/scripts/import/cran.scm (guix-import-cran): Reverse list of packages.

import cran: Automatically add gfortran and zlib when needed.

* guix/import/cran.scm (needs-fortran?, needs-zlib?): New procedures.
(description->package): Use them.

download: Properly parse ftp:// URLs that lack user info.

Fixes a regression introduced in
a4f542341511f33ece18d16b68118214da8143ec.

Reported by Hartmut Goebel.

* guix/build/download.scm (ftp-fetch): Account for the case where
'uri-userinfo' returns #f.  Remove the case where it returns "" since
that cannot happen.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.6.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.6.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.18.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.18.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.57.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.57.

derivations: Do not fetch narinfos for non-substitutable items.

This avoids connections to substitute servers for derivations that are
not substitutable anyway, such as profiles.

Reported by Andy Wingo.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Skip derivations that do
not pass 'substitutable-derivation?'.
* tests/derivations.scm ("substitution-oracle and #:substitute? #f"):
New test.

gnu: epiphany: Update to 3.22.7.

* gnu/packages/gnome.scm (epiphany): Update to 3.22.7.

gnu: webkitgtk: Update to 2.16.0.

WebKitGTK+ 2.16.0 is the first stable release of WebKitGTK+ that uses libgcrypt
instead of GnuTLS for some cryptographic functions:

<https://bugs.webkit.org/show_bug.cgi?id=163125>
<http://trac.webkit.org/changeset/208297/webkit>

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.16.0.
[inputs]: Replace gnutls with libgcrypt.

gnu: grafx2: Remove zero-width space.

* gnu/packages/game-development.scm (grafx2)[description]: Remove
invisible <U+200B> (‘zero-width space’) character.

gnu: libgit2: Patch use-after-free.

* gnu/packages/patches/libgit2-use-after-free.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/version-control.scm (libgit2)[inputs]: Add it.
[arguments] <#:phases>: Add 'apply-patch' phase.

gnu: lm-sensors: Use a descriptive file name for the source tarball.

* gnu/packages/linux.scm (lm-sensors)[source]: Add file-name field.

gnu: mcelog: Update to 149.

* gnu/packages/linux.scm (mcelog): Update to 149.

gnu: corkscrew: Install the README file.

* gnu/packages/ssh.scm (corkscrew)[arguments]: Add a very basic
‘install-documentation’ phase.

gnu: haunt: Disable test suite.

* gnu/packages/guile.scm (haunt): Disable test suite.

gnu: Add grafx2.

* gnu/packages/game-development.scm (grafx2): New variable.

gnu: geoclue: Update to 2.4.6.

* gnu/packages/gnome.scm (geoclue): Update to 2.4.6.

gnu: corkscrew: Improve descriptions.

* gnu/packages/ssh.scm (corkscrew)[synopsis, description]: Fix typos and
condense.  Remove scary warning (the tunnel is always encrypted through
SSH) and speculation.

gnu: corkscrew: Download source from a mirror.

* gnu/packages/ssh.scm (corkscrew)[source]: Use
‘https://downloads.openwrt.org’.

gnu: mosh: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/ssh.scm (mosh): Update to 1.3.0.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.03.26.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.03.26.

gnu: gnuplot: Enable tikz backend.

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot)[inputs]: Add lua.

ui: Support Texinfo markup in package synopses.

* guix/ui.scm (package-field-string): New procedure.
(package-description-string): Use it.
(package-synopsis-string): New procedure.
(package->recutils): Use it.
* guix/scripts/lint.scm (check-synopsis-style)[check-texinfo-markup]:
New procedure.  Use it in checks.
* tests/lint.scm: Test it.
* gnu/packages/perl.scm (perl-try-tiny)[synopsis]: Adjust for the
Texinfo markup.

maint: Give command to install the pre-push hook.

* HACKING: Add 'cp' line to install the pre-push hook.

Revert "gnu: audacity: Use gtk+@3."

It appears that Audacity does not yet support GTK+-3 fully; the user interface
was unusable with this change.

This reverts commit 36e17ab417078710939771d5ab19976eec257309.

gnu: claws-mail: Update to 3.15.0.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail): Update to 3.15.0.

gnu: Add emacs-monroe.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-monroe): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-keyfreq.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-keyfreq): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

profiles: Create fonts.dir/scale for all fonts directories.

* guix/profiles.scm (fonts-dir-file): Create fonts.dir/scale files for all
fonts directories.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

union: Add create-all-directories? parameter to 'union-build'.

* guix/build/union.scm (union-build): Add create-all-directories? keyword
parameter.
* tests/union.scm ("union-build #:create-all-directories? #t"): New test.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: perl-scalar-list-utils: Update to 1.47.

* gnu/packages/perl.scm (perl-scalar-list-utils): Update to 1.47.

gnu: perl-parse-cpan-meta: Update to 2.150010.

* gnu/packages/perl.scm (perl-parse-cpan-meta): Update to 2.150010.

gnu: perl-cpan-meta-yaml: Update to 0.018.

* gnu/packages/perl.scm (perl-cpan-meta-yaml): Update to 0.018.

gnu: perl-cpan-meta-requirements: Update to 2.140.

* gnu/packages/perl.scm (perl-cpan-meta-requirements): Update to 2.140.

gnu: perl-yaml: Update to 1.23.

* gnu/packages/perl.scm (perl-yaml): Update to 1.23.

gnu: perl-variable-magic: Update to 0.61.

* gnu/packages/perl.scm (perl-variable-magic): Update to 0.61.

gnu: perl-time-duration-parse: Update to 0.13.

* gnu/packages/perl.scm (perl-time-duration-parse): Update to 0.13.

gnu: perl-test-warnings: Update to 0.026.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-warnings): Update to 0.026.

gnu: perl-test-simple: Update to 1.302078.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-simple): Update to 1.302078.

gnu: perl-test-exception: Update to 0.43.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-exception): Update to 0.43.

gnu: perl-test-cleannamespaces: Update to 0.22.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-cleannamespaces): Update to 0.22.

gnu: perl-sub-name: Update to 0.21.

* gnu/packages/perl.scm (perl-sub-name): Update to 0.21.

gnu: perl-params-validate: Update to 1.26.

* gnu/packages/perl.scm (perl-params-validate): Update to 1.26.

gnu: perl-package-deprecationmanager: Update to 0.17.

* gnu/packages/perl.scm (perl-package-deprecationmanager): Update to 0.17.

gnu: perl-moose: Update to 2.2004.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moose): Update to 2.2004.

gnu: perl-module-runtime-conflicts: Update to 0.003.

* gnu/packages/perl.scm (perl-module-runtime-conflicts): Update to 0.003.