gnu: Remove ghostscript-gs definitions.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript-wrapper, ghostscript-gs)
(ghostscript-gs/x): Remove variables.

gnu: Use ghostscript over ghostscript-gs.

* gnu/packages/engineering.scm (fastcap)[native-inputs],
gnu/packages/lout.scm (lout)[native-inputs],
gnu/packages/ocaml.scm (unison)[native-inputs],
gnu/packages/plotutils.scm (asymptote)[native-inputs],
gnu/packages/skribilo.scm (skribilo)[native-inputs]: Remove
ghostscript-gs.
* gnu/packages/gv.scm (gv)[propagated-inputs],
gnu/packages/music.scm (lilypond)[inputs],
gnu/packages/scheme.scm (chez-scheme)[native-inputs]: Use
ghostscript over ghostscript-gs.

gnu: ghostscript: Add `gs' binary.

This is a followup to commit eb354bdacbf4154ec66038dac07f19bf4ced1fad.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[arguments]: Create a
symlink from `gsc' to `gs' to provide a `gs' binary.

build-system/gnu: 'strip' phase lists files in sorted order.

This fixes a bug whereby the choice between stripping 'libfoo.so.0.1.2'
and stripping 'libfoo.so' (the symlink) would be non-deterministic.

* guix/build/gnu-build-system.scm (strip)[strip-dir]: Use 'find-files'
instead of 'file-system-fold' so that files are picked in deterministic
order.

gnu: sqlite: Enable DBSTAT_VTAB.

* gnu/packages/databases.scm (sqlite)[arguments]: Enable configure-flag
  -DSQLITE_ENABLE_DBSTAT_VTAB.

Revert "gnu: linux-pam: Add cracklib to inputs."

This reverts commit 25d1b3107fc7ebdc155649722fc257f4dbc4b04a.

gnu: sqlite: Update to 3.14.1.

* gnu/packages/databases.scm (sqlite): Update to 3.14.1.

gnu: cups-filters: Update to 1.10.2.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters): Update to 1.10.2.

gnu: cups-filters: Add missing avahi input.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters)[inputs]: Add avahi.
This is a follow-up to commit 6c4742530a4b4b9f25f9e63dc14fe3f88c51d19d.

gnu: python-3: Update to python-3.5.2.

* gnu/packages/patches/python-3.4-fix-tests.patch,
gnu/packages/patches/python-3.5-fix-tests.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/patches/python-fix-tests.patch: Move python-3.4 specific
hunk to 'gnu/packages/patches/python-3.4-fix-tests.patch'.
* gnu/packages/python.scm (python-3.5): New variable.
(python-3.4): Inherit from python-3.5.
[source]: Use 'gnu/packages/patches/python-3.4-fix-tests.patch'.
(python-3): Point to python-3.5.

Co-authored-by: Diane Trout <diane@ghic.org>
Co-authored-by: Christopher Allan Webber <cwebber@dustycloud.org>

gnu: python-3.4: Update to 3.4.5.

* gnu/packages/patches/python-disable-ssl-test.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/python.scm (python-3.4): Update to 3.4.5.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Remove field.
(python-minimal)[inputs]: Add libffi.

gnu: libtiff: Incorporate grafted security patches.

* gnu/packages/image.scm (libtiff)[source]: Add patches from libtiff/fixed.
[replacement]: Remove field.
(libtiff/fixed): Remove variable.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: libtiff: Fix CVE-2016-5314.

* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-5314.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (libtiff/fixed): Use it.

gnu: diamond: Update to 0.8.20.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.20.

gnu: ruby-concurrent: Adjust for 'replace-git-ls-files'.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-concurrent)[arguments]: Adjust for new build
phase 'replace-git-ls-files'.

guix: ruby-build-system: Add replace-git-ls-files.

* guix/build/ruby-build-system.scm (replace-git-ls-files): New variable.
(%standard-phases): Add it.

guix: ruby-build-system: Build compiled gems reproducibly.

* guix/build/ruby-build-system.scm (log-file-deletion): New procedure.
(install): Remove files containing non-reproducible elements.  Print when each
file is deleted.

gnu: libtiff: Fix CVE-2016-{3623,3945,3990,3991,5321,5323}.

* gnu/packages/image.scm (libtiff)[replacement]: New field.
(libtiff/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-3623.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-3945.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-3990.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-3991.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-5321.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-5323.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.5-8.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.5-8.

gnu: khal: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): Update to 0.8.3.
[source]: Remove snippet.
[arguments]: Remove 'disable-tests' phase.
[native-inputs]: Add python-pytest-cov and python-freezegun.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-icalendar: Update to 3.10.

* gnu/packages/python.scm (python-icalendar): Update to 3.10.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-freezegun.

* gnu/packages/python.scm (python-freezegun, python2-freezegun): New variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: mit-krb5: Update to 1.14.3.

* gnu/packages/mit-krb5: Update to 1.14.3.
[replacement]: Remove field.
(mit-krb5@1.14.3): Remove variable.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into core-updates

gnu: cmake: Enable libarchive tests.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake)[arguments]: Remove phase disabling
libarchive tests.
[home-page]: Use https.

gnu: keyutils: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/crypto.scm (keyutils)[synopsis]: Fix typo.

gnu: cmake: Remove failed tests.

* gnu/packages/patches/cmake-fix-tests.patch: Update file.

gnu: shishi: Use linux-pam-1.2.

* gnu/packages/linux.scm (linux-pam-1.2): New variable.
* gnu/packages/shishi.scm (shishi)[inputs]: Use linux-pam-1.2.

gnu: hplip: Update to 3.16.8.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update 3.16.8.

gnu: ffmpeg: Update to 3.1.3.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 3.1.3.

guix: lint: Check descriptions for trademark signs.

* guix/scripts/lint.scm (check-description-style): Emit a warning if
trademark signs found in description.
* tests/lint.scm (description: may not contain trademark signs): Add
test.

tests: Make sure /var/guix/gcroots/profiles is a valid symlink.

Reported by csanchezdll@gmail.com (Carlos Sánchez de La Lama)
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-08/msg01641.html>.

* gnu/build/install.scm (directives): Add /var/guix/gcroots/profiles
symlink.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["/var/guix/gcroots/profiles is a
valid symlink"]: New test.

tests: Make sure /run/current-system is a GC root.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["/run/current-system is a GC
root"]: New test.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.51.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.51.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Fix 'guix environment --container' test in the presence of tmpfs.

Reported by Ting-Wei Lan <lantw44@gmail.com>.
This is a followup to 1250034d5aff14fe236aad9900233a2b6f8563bb.

* tests/guix-environment-container.sh (mount_test_code): Reverse order
of 'string-prefix?' arguments.

gnu: Add ecryptfs-utils.

* gnu/packages/linux.scm (ecryptfs-utils): New variable.

gnu: Add keyutils.

* gnu/packages/crypto.scm (keyutils): New variable.

gnu: xkbcomp-intermediate: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xkbcomp-intermediate): Update to 1.3.1.

gnu: libxfixes: Update to 5.0.2.

* gnu/packages/xorg.scm (libxfixes): Update to 5.0.2.

gnu: xorg-server: Update to 1.18.4.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.18.4.

gnu: xproto: Update to 7.0.29.

* gnu/packages/xorg.scm (xproto): Update to 7.0.29.

gnu: inputproto: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/xorg.scm (inputproto): Update to 2.3.2.

gnu: videoproto: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/xorg.scm (videoproto): Update to 2.3.3.

gnu: xf86-input-synaptics: Update to 1.8.99.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-synaptics): Update to 1.8.99.1.

gnu: xf86-video-openchrome: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-openchrome): Update to 0.5.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/xf86-video-openchrome-glibc-2.20.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: xf86-input-evdev: Update to 2.10.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-evdev): Update to 2.10.3.

gnu: xf86-video-ati: Update to 7.7.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-ati): Update to 7.7.0.

gnu: xkeyboard-config: Update to 2.18.

* gnu/packages/xorg.scm (xkeyboard-config): Update to 2.18.

guix scripts: Disable grafting on dry runs.

* guix/scripts/archive.scm, guix/scripts/build.scm,
  guix/scripts/environment.scm, guix/scripts/system.scm,
  guix/scripts/package.scm: Disable grafting when a dry-run parameter is given.

system: Do not create the home directory of "nobody".

Fixes <http://bugs.gnu.org/24275>.
Reported by John Darrington <john@darrington.wattle.id.au>.

* gnu/system/shadow.scm (%base-user-accounts):
Add (create-home-directory? #f) for "nobody".

system: Add 'create-home-directory?' field to <user-account>.

* gnu/system/shadow.scm (<user-account>)[create-home-directory?]: New
field.
(user-account->gexp): Serialize it.
* gnu/build/activation.scm (activate-users+groups)[activate-user]:
Update 'match-lambda' pattern accordingly.  Pass #:create-home? to
'ensure-user'.
(add-user, modify-user, ensure-user): Add #:create-home? parameter and
honor it.
* doc/guix.texi (User Accounts): Document it.

gnu: linux-pam: Add cracklib to inputs.

* gnu/packages/linux.scm (linux-pam)[inputs]: Add cracklib.

gnu: linux-pam: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/linux.scm (linux-pam): Update it.

gnu: kmscon: Add missing licenses.

* gnu/packages/terminals.scm (kmscon)[license]: Add lgpl2.1+, bsd-2 and gpl2+.

gnu: libtsm: Add missing licenses.

* gnu/packages/terminals.scm (libtsm)[license]: Add lgpl2.1+, isc and bsd-2.

gnu: python-ipaddress: Update to 1.0.16.

* gnu/packages/python.scm (python-ipaddress): New variable.
(python2-ipaddress): Use package-with-python2.

gnu: Add python-url.

* gnu/packages/python.scm (python-url): New variable.
(python2-url): New variable.

gnu: Add python-publicsuffix2.

* gnu/packages/python.scm (python-publicsuffix2): New variable.
(python2-publicsuffix2): New variable.

gnu: Add python-publicsuffix.

* gnu/packages/python.scm (python-publicsuffix): New variable.
(python2-publicsuffix): New variable.

gnu: Add python-schematics.

* gnu/packages/python.scm (python-schematics): New variable.
(python2-schematics): New variable.

gnu: Add python-sh.

* gnu/packages/python.scm (python-sh): New variable.
(python2-sh): New variable.

gnu: Add python-pymongo.

* gnu/packages/python.scm (python-pymongo): New variable.
(python2-pymongo): New variable.

gnu: Add python-nltk.

* gnu/packages/python.scm (python-nltk): New variable.
(python2-nltk): New variable.

gnu: Add python-binaryornot.

* gnu/packages/python.scm (python-binaryornot): New variable.
(python2-binaryornot): New variable.

gnu: python: Import guix licenses with #:prefix license:.

* gnu/packages/python.scm (define-module): Add import.

import: Importers return prefixed licenses.

* guix/import/utils.scm
(define-module): Import licenses with license: prefix.
(string->licenses): Use prefixed licenses.
(license->symbol): Return symbols with the prefix license:.
* guix/tests/pypi.scm (pypi->guix-package): Update test cases.
* guix/tests/gem.scm (gem->guix-package): Update test case.

gnu: Add prosody.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody): New variable.

gnu: Add lua5.1-sec.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.1-sec): New variable.

gnu: Add lua5.1-filesystem.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.1-filesystem): New variable.

gnu: Add lua5.1-socket.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.1-socket): New variable.

gnu: Add lua5.1-expat.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.1-expat): New variable.

gnu: lua: Use "license:" prefix.

* gnu/packages/gstreamer.scm (define-module): Import guix licenses with
"license:" prefix.

gnu: lua: Build with support for dynamic libraries.

* gnu/packages/lua.scm (lua)[arguments]: Use regular build phase and add
make-flags.

gnu: Add bwm-ng.

* gnu/packages/networking.scm (bwm-ng): New variable.

gnu: flex: Fix CVE-2016-6354.

* gnu/packages/flex.scm (flex)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/flex-CVE-2016-6354.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: mupdf: Fix CVE-2016-{6265,6525}.

* gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2016-6265.patch,
gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2016-6525.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/pdf.scm (mupdf): Use them.

base64: Restore original license header.

When incorporating a copyleft licensed program with a lax licensed program,
it is correct to preserve the original license notice.  See also:
  https://www.softwarefreedom.org/resources/2007/gpl-non-gpl-collaboration.html

* guix/base64.scm: Restored original license header.

gnu: octave: Update to 4.0.3.

* gnu/packages/maths.scm (octave): Update to 4.0.3.
[inputs]: Remove unnecessary curl, cyrus-sasl and openssl dependencies.

gnu: python-gnupg: Fix broken tests.

* gnu/packages/gnupg.scm (python-gnupg)[arguments]: Fix check phase.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.7.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.7.1.

gnu: enlightenment: Move efl to inputs.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment)[propagated-inputs]:
Move efl from here ...
[inputs]: ... to here.

gnu: enlightenment: Move gettext to native-inputs.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment)[inputs]: Move gettext
from here ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: rage: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (rage): Update to 0.2.0.

gnu: python-efl: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (python-efl): Update to 1.18.0.

gnu: efl: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.18.0.
[inputs]: Add ghostscript, libraw, libspectre, openjpeg, poppler.
[arguments]: Remove unecessary 'patch-config-files phase, add phase
hardlinking the location of pulseaudio and libsndfile.
* gnu/packages/enlightenment.scm (terminology, enlightenment, rage)
(python-efl)[inputs]: Remove elementary, now provided by efl.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.7.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.7.
[native-inputs]: Add missing header comment for which.

gnu: fdupes: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/admin.scm (fdupes)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: fdupes: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/admin.scm (fdupes): Update to 1.6.1.
[source]: Update 'uri' template, add 'file-name' field.
[arguments]: Set CC in make-flags.

gnu: Add emacs-ahungry-theme.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ahungry-theme): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs-f: Update to 0.18.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-f): Update to 0.18.2.

gnu: emacs-s: Update to 1.11.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-s): Update to 1.11.0.

gnu: emacs-dash: Update to 2.13.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-dash): Update to 2.13.0.

gnu: magit: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/emacs.scm (magit, emacs-magit-popup): Update to 2.8.0.

gnu: emacs-with-editor: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-with-editor): Update to 2.5.2.

gnu: gnome-screenshot: Update to 3.20.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-screenshot): Update to 3.20.1.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

gnu: enlightenment: Update to 0.21.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.2.

gnu: ibus: Fix simple engine.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[inputs]: Add libx11, setxkbmap, xmodmap.
[arguments]: Add "fix-paths" phase.

gnu: ibus: Generate C from Vala sources.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[native-inputs]: Add vala.
[arguments]: Add "delete-generated-files" phase.

gnu: ibus: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus)[arguments]: Use modify-phases syntax.