services: Add pam-mount.

* gnu/services/pam-mount.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (PAM Mount Service): New subsection.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: 'display-generation' emits a hyperlink for the generation.

* guix/ui.scm (supports-hyperlinks?): Make 'port' optional.
(display-generation): Use 'file-hyperlink' for the heading when
'supports-hyperlinks?' returns true.

ui: Add 'file-hyperlink'.

* guix/ui.scm (file-hyperlink): New procedure.
(location->hyperlink): Use it.

services: nginx: Add description.

* gnu/services/web.scm (nginx-service-type)[description]: New field.

substitute: 'http-multiple-get' no longer drops requests above 1,000.

Previously, in the unlikely case 'http-multiple-get' was passed more
than 1,000 requests, it could have dropped all those above 1,000.

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Define 'batch'.  Use
that for the 'write-request' loop.  Add 'processed' parameter to 'loop'
and use that to compute the remaining requests and call 'connect' in the
recursion base case.

doc: Handle right arrows in 'syntax-highlighted-html'.

* doc/build.scm (syntax-highlighted-html)[build](entity->string): Add "rarr".

lint: Check for more packages which should be native.

* guix/lint.scm (check-inputs-should-be-native): Add yasm, nasm, fasm.

gnu: avidemux: Clean up inputs.

* gnu/packages/video.scm (avidemux)[inputs]: Remove sdl. Move perl,
python-wrapper, qttools, yasm ...
[native-inputs]: ... to here.
[arguments]: Remove references to sdl.

gnu: snorenotify: Update inputs.

* gnu/packages/kde.scm (snorenotify)[inputs]: Move extra-cmake-modules,
qttools ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: gparted: Satisfy 'guix lint'.

* gnu/packages/disk.scm (gparted)[inputs]: Move itstool ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: r-e1071: Update to 1.7-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.7-3.

gnu: r-rmarkdown: Update to 1.18.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 1.18.

gnu: r-matrix: Update to 1.2-18.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrix): Update to 1.2-18.

gnu: r-igraph: Update to 1.2.4.2.

* gnu/packages/graph.scm (r-igraph): Update to 1.2.4.2.

gnu: r-rgdal: Update to 1.4-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgdal): Update to 1.4-8.

gnu: r-covr: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-covr): Update to 3.4.0.

gnu: r-kohonen: Update to 3.0.10.

* gnu/packages/cran.scm (r-kohonen): Update to 3.0.10.
[propagated-inputs]: Remove r-mass.

gnu: r-grimport2: Update to 0.2-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-grimport2): Update to 0.2-0.

gnu: r-grimport: Update to 0.9-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-grimport): Update to 0.9-3.

gnu: r-rnifti: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 1.0.1.

gnu: r-emmeans: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.4.3.

gnu: r-writexl: Update to 1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-writexl): Update to 1.2.

gnu: r-factominer: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-factominer): Update to 2.0.
[propagated-inputs]: Add r-ggplot2 and ggrepel.

gnu: tome4: Update to 1.6.4.

* gnu/packages/games.scm (tome4): Update to 1.6.4.

gnu: Blender: Update to 2.81.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.81.
[inputs]: Add libxi, libxrender, and tbb.

gnu: feh: Adapt tests for imlib2 1.6.

* gnu/packages/patches/feh-fix-tests-for-imlib2-1.6.patch: New file.
* gnu/packages/image-viewers.scm (feh)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-dbus: Update to 1.2.14.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dbus): Update to 1.2.14.
(python2-dbus)[arguments]: Remove.

gnu: whois: Update to 5.5.3.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.5.3.

gnu: bubblewrap: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (bubblewrap): Update to 0.4.0.

gnu: bubblewrap: Update home page.

* gnu/packages/virtualization.scm (bubblewrap)[source, home-page]: Follow
redirect to.

gnu: python-xapian-bindings: Sphinx is a native input.

* gnu/packages/search.scm (python-xapian-bindings)[inputs]: Remove
PYTHON-SPHINX.
[native-inputs]: New field.

gnu: xapian: Update to 1.4.14.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.14.

gnu: notmuch: Update to 0.29.3.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.29.3.

gnu: xorg-server: Update to 1.20.6.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.20.6.
(xorg-server-for-tests): Stay on 1.20.5.

gnu: Use the test-only Xorg variant for tests.

* gnu/packages/education.scm (gcompris-qt)[native-inputs]: Change XORG-SERVER
to XORG-SERVER-FOR-TESTS.
* gnu/packages/engineering.scm (pcb, qucs, openscad)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/gnome.scm (libbonoboui, d-feet, gspell, libdazzle, libhandy)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/gnupg.scm (parcimonie)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/graphics.scm (opensubdiv, rapicorn)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceview-2, gtksourceview)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/image-processing.scm (opencv)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kconfig, kcoreaddons, kwidgetsaddons,
kwindowsystem, kdeclarative)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/kde-plasma.scm (kscreenlocker)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/messaging.scm (gajim)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-seaborn)[native-inputs]: Likewise.

gnu: r-txtplot: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/statistics.scm (r-txtplot): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-txtplot): ...to here.

gnu: Remove obsolete import of R build system module.

* gnu/packages/maths.scm: Remove import of (guix build-system r).

gnu: r-subplex: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/maths.scm (r-subplex): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-subplex): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-pracma: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/maths.scm (r-pracma): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-pracma): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-desolve: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/maths.scm (r-desolve): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-desolve): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-quadprog: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/maths.scm (r-quadprog): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-quadprog): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add glib-with-documentation.

* gnu/packages/glib.scm (glib-with-documentation): New variable.
(glib)[properties]: Hide package.

gnu: denemo: Move some inputs to native-inputs.

* gnu/packages/music.scm (denemo)[inputs]: Move intltool, gtk-doc,
libtool ...
[native-inputs]: .. to here.

gnu: python-seaborn: Disable matrix test.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-seaborn)[arguments]: Add phase
"fix-tests".

gnu: python-matplotlib: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib): Update to 3.1.2.
[arguments]: Disable test_backend_webagg and test_constrainedlayout; skip
other tests tagged with "webagg".

gnu: python-seaborn: Add patch to fix tests.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-seaborn)[source]: Add upstream patch to
fix test failures.

daemon: 'deletePath' uses 'statx' when available.

* nix/libutil/util.cc (_deletePath) [HAVE_STATX]: Use 'statx'.

daemon: GC remove-unused-links phase uses 'statx' when available.

* config-daemon.ac: Check for 'statx'.
* nix/libstore/gc.cc (LocalStore::removeUnusedLinks) [HAVE_STATX]: Use
'statx' instead of 'lstat'.

substitute: Make '%allow-unauthenticated-substitutes?' public.

* guix/scripts/substitute.scm (warn-about-missing-authentication): New
procedure.
(%allow-unauthenticated-substitutes?): Turn into a public parameter and
use 'warn-about-missing-authentication'.
(valid-narinfo?): Adjust accordingly.
* tests/substitute.scm (call-with-narinfo): Likewise.

ui: Adjust SRFI-34 exception handling to Guile 2.9.5.

* guix/ui.scm (report-load-error, warn-about-load-error)
(read/eval): Match (or 'srfi-34 '%exception) instead of just 'srfi-34 to
match what Guile 2.9.5 does.

gnu: Add helm.

* gnu/packages/music.scm: (helm): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.203.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.203.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.203.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.203.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: emacs-shift-number: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shift-number)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: emacs-rsw-elisp: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-rsw-elisp)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: emacs-helm-mode-manager: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-mode-manager)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: emacs-m-buffer-el: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-m-buffer-el)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: emacs-validate: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-validate)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: emacs-groovy-modes: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-groovy-modes)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: emacs-pretty-mode: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pretty-mode)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: emacs-auto-complete: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auto-complete)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: emacs-cyberpunk-theme: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cyberpunk-theme)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: emacs-flx: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flx)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: emacs-neotree: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-neotree)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: emacs-better-defaults: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-better-defaults)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: emacs-solarized-theme: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-solarized-theme)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: python-django-jinja: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/django.scm (python-django-jinja)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: python-django-debug-toolbar: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/django.scm (python-django-debug-toolbar)[source]:
Download using git-fetch.

gnu: pdfposter: Update to 0.7.post1.

* gnu/packages/pdf.scm (pdfposter): Update to 0.7.post1.
  [source]<pyi-uri> Remove extra file extension.
  [arguments]: No longer use python-2. Update comment.
  [inputs]: Replace PyPDF by PyPDF2.

gnu: musescore: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.3.3.

gnu: gnuastro: Update to 0.11.

* gnu/packages/astronomy.scm (gnuastro): Update to 0.11.

gnupg: Update to 2.2.18.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.18.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (php-fpm-service-type): Note that the socket-group
default is "nagios" and not "php-fpm".

gnu: kdeconnect: Remove useless code.

After fixing wrap-qt-program, setting QT_PLUGIN_PATH here is no longer
necessary.

* gnu/packages/kde.scm (kdeconnect)[arguments]<phases>{wrap-executable}:
  Remove setting QT_PLUGIN_PATH.

gnu: python-pyqt: Fix output directory for plugins.

This defaults to QT_INSTALL_PLUGINS, thus we should use the same
sub-directory ($out/lib/qt5/plugins) here.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)[arguments]<phases>{configure}:
  Change base file name for plugins.

guix: Fix wrap-qt-program.

Directory names added here need to match qtbase's native-search-path
specifications.

* guix/build/qt-utils.scm (wrap-qt-program): Change paths used for
  QML2_IMPORT_PATH and QT_PLUGIN_PATH.

gnu: sddm: Fix output directory for QML files.

Path must match qtbase's native-search-path specification, otherwise it
will not be picked up by other packages.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm)[arguments]<configure-flags>:
  Change value of "-DQT_IMPORTS_DIR".

gnu: youtube-dl: Update to 2019.11.22.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.11.22.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-6.af13248.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-6.af13248.

gnu: emacs-dashboard: Update to 1.6.0.

From 9e3e34ccabc6330c9e0528028bef64e388783c78 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Date: Fri, 22 Nov 2019 16:42:54 -0600
Subject: [PATCH] gnu: emacs-dashboard: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dashboard): Update to 1.6.0.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: gnucash: Activate database support.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash)[inputs]: Add libdbi and libdbi-drivers.
  [arguments]: Remove '-DWITH_SQL=OFF' from 'configure-flags' and add
  'GNC_DBD_DIR' to program wrapping.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libdbi-drivers.

* gnu/packages/databases.scm (libdbi-drivers): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libdbi.

* gnu/packages/databases.scm (libdbi): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add pam-mount.

* gnu/packages/admin.scm (pam-mount): New variable.
* gnu/packages/patches/pam-mount-luks2-support.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libhx.

* gnu/packages/c.scm (libhx): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

daemon: boost::format: Fix typo "referred".

* nix/boost/format/exceptions.hpp (too_few_args): Fix typo.
  (too_many_args): Fix typo.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix build: '--keep-failed' implies '--no-offload'.

* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line): Pass
 #:offload? #f when 'keep-failed? is true.
* doc/guix.texi (Common Build Options): Document it.

Use 'offload?' instead of 'build-hook?' internally.

* guix/scripts/archive.scm (%default-options): Replace 'build-hook?'
with 'offload?'.
* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line): Pass
 #:offload? instead of #:use-build-hook?.
(%standard-build-options): Use the 'offload? key instead of 'build-hook?.
(%default-options): Replace 'build-hook?' with 'offload?'.
* guix/scripts/copy.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/deploy.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/environment.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pack.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/package.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pull.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/time-machine.scm (%default-options): Likewise.
* guix/store.scm (set-build-options): Have #:use-build-hook? default
to *unspecified*.  Add #:offload?.  Add call to 'warn-about-deprecation'
when #:use-build-hook? is specified.

guix build, daemon: Rename "--no-build-hook" to "--no-offload".

This is a followup to bc69ea2d605810cc32e13ed03d5848b8dc358b61.

* guix/scripts/build.scm (show-build-options-help): Rename
"--no-build-hook" to "--no-offload".
(%standard-build-options): Likewise, and warn when "--no-build-hook" is
passed.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (options): Add "--no-offload" and mark
"--no-build-hook" as hidden.
* guix/scripts/offload.scm: Adjust comment.
* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon, Common Build Options): Replace
"--no-build-hook" with "--no-offload".
* etc/completion/fish/guix.fish, etc/completion/zsh/_guix: Adjust
accordingly.

doc: cookbook: Add cross-references to the Guile manual.

* doc/guix-cookbook.texi (A Scheme Crash Course): Add cross-reference to
the Guile manual.

doc: cookbook: Use @result{} & co. instead of a '>' prompt.

* doc/guix-cookbook.texi (A Scheme Crash Course)
(Extended example): Use @result{}, @print{}, and @error{}.

doc: cookbook: Use Texinfo quotes.

* doc/guix-cookbook.texi: Use Texinfo quotes ``like this'' instead of
straight quotes or curly quotes.

doc: cookbook: Add cross-reference about ./pre-inst-env.

* doc/guix-cookbook.texi (Direct checkout hacking): Refer to "Running
Guix Before It Is Installed".

doc: cookbook: Use @lisp for Scheme snippets.

* doc/guix-cookbook.texi: Use @lisp instead of @example where
appropriate.

tests: Avoid unnecessary use of 'mock'.

* tests/build-utils.scm ("wrap-script, simple case"): Use the real
'which' instead of mocking it.

tests: Avoid (catch 'srfi-34 …) form.

* tests/build-utils.scm ("wrap-script, raises condition"): Use 'guard'
instead of "catch 'srfi-34".

gnu: linux-libre: Update to 5.3.13.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.13.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.86.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.86.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.156.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.156.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: Add netcat-openbsd.

* gnu/packages/admin.scm (netcat-openbsd): New variable.