derivations: Add #:leaked-env-vars parameter.

Suggested by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>
in <http://bugs.gnu.org/20402>.

* guix/derivations.scm (derivation): Add #:leaked-env-vars parameter.
  [user+system-env-vars]: Honor it.
* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Add #:leaked-env-vars and pass it to
  'raw-derivation'.
* doc/guix.texi (Derivations, G-Expressions): Adjust accordingly.

download: Simplify 'open-connection-for-uri' to support HTTP proxies.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/20402>.
Reported by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Rewrite to be a
  small wrapper around 'open-socket-for-uri'.  This procedure was
  initially introduced in d14ecda to work around the lack of NSS modules
  during bootstrap but that has become unnecessary since 0621349, which
  introduced a bootstrap Guile that uses static NSS modules (from commit
  d3b5972.)
  On Guile >= 2.0.10, this allows the 'http_proxy' environment variable
  to be used.

gnu: Add orcus.

* gnu/packages/libreoffice.scm (orcus): New variable.

gnu: libva: Patch a dlopen call, set drivers path.

* gnu/packages/video.scm (libva): Patch the reference to libva-x11.so (passed
  to dlopen()) to use an absolute path.  Add --with-drivers-path= to
  #:configure-flags with a value pointing to mesa's $prefix/lib/dri.

install: Make /var/lock.

Reported by 宋文武 <iyzsong@gmail.com>.

* gnu/build/install.scm (directives): Add /var/lock.

gnu: Remove gstreamer-0.10 and gst-plugins-base-0.10.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer-0.10, gst-plugins-base-0.10):
  Remove variables.
* gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-bison3.patch,
  gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-silly-test.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: Add xmp.

* gnu/packages/audio.scm (xmp): New variable.

gnu: Add libxmp.

* gnu/packages/audio.scm (libxmp): New variable.

gnu: Add libmodplug.

* gnu/packages/audio.scm (libmodplug): New variable.

gnu: Add python-tornado.

* gnu/packages/python.scm (python-tornado, python2-tornado): New variables.

gnu: Add python2-backport-ssl-match-hostname.

* gnu/packages/python.scm (python2-backport-ssl-match-hostname): New variable.

gnu: Add icedtea7.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): New variable.

gnu: Add ixion.

* gnu/packages/libreoffice.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: John Darrington <jmd@gnu.org>

gnu: Add extremetuxracer.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): New variable.

gnu: imlib2: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/image.scm (imlib2): Update to 1.4.7.

gnu: icedtea6: Split test fixing phases.

* gnu/packages/java.scm (icedtea6)[arguments]: Split phase 'fix-tests into
  three phases 'fix-test-framework, 'fix-hotspot-tests, and 'fix-jdk-tests.

gnu: flexbar: Enable tests.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (flexbar): Enable tests.

gnu: tbb: Set rpath in LDFLAGS.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb)[arguments]: Set rpath to "/lib" output directory
  in LDFLAGS.

gnu: Add sfml.

* gnu/packages/game-development.scm (sfml): New variable.

gnu: mpv: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.9.0.

gnu: ffmpeg: Don't use patchelf.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[inputs]: Remove patchelf.
  [arguments]: Remove #:modules, #:imported-modules and 'add-lib-to-runpath
  phase.  Pass '--extra-ldflags=-Wl,-rpath=$libdir' to `configure'.

gnu: ffmpeg: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.6.2.

gnu: Add guile-minikanren.

* gnu/packages/guile.scm (guile-minikanren): New variable.

gnu: evas-generic-loaders: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (evas-generic-loaders): Update to 1.13.2.
  Use https for the URL to avoid a redirection.

gnu: gpgme: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.5.4.

Merge branch 'wip-glib' into master.

Conflicts:
gnu/packages/package-management.scm

gnu: Add calf plugins.

* gnu/packages/audio.scm (calf): New variable.

gnu: Add fluidsynth.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): New variable.

gnu: Add mdds.

* gnu/packages/boost.scm (mdds): New variable.

gnu: Add gitolite.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite): New variable.
* gnu/packages/patches/gitolite-openssh-6.8-compat.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: nginx: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.8.0.

gnu: wpa-supplicant: Add fix for CVE-2015-1863.

* gnu/packages/patches/wpa-supplicant-CVE-2015-1863.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant): Add patch.

gnu: r: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.2.0.

gnu: r: Set library rpath.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Add the rpath for lib directory
  of output to LDFLAGS.

gnu: postgresql: Update to 9.3.6.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.3.6.  Use .bz2 tarball.

gnu: notmuch: Update to 0.19; add man pages and bash completion.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch)[source]: Update to 0.19.
  [arguments]: In 'configure' phase, set CC environment variable.  Arrange to
  use rst2man.py instead of rst2man.
  [native-inputs]: Add python-2, python2-docutils, and bash-completion.

gnu: Add gcc-5.1.0 and gcc-toolchain-5.1.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5.1): New variable.
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-toolchain-5.1): New variable.

gnu: xfce4-settings: Add more inputs.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-settings)[inputs]: Add libxklavier,
  upower and xf86-input-libinput.

gnu: libinput: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 0.14.1.

gnu: Add xf86-input-libinput.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): New variable.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to fc34dee.

packages: Add armhf-linux to %supported-systems.

* guix/packages.scm (%supported-systems): Add "armhf-linux".

hydra: Add %hydra-supported-systems variable and use it.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%hydra-supported-systems): New variable.
  (hydra-jobs): Use %hydra-supported-systems instead of %supported-systems.

tests: Select appropriate bootstrap guile version for current system.

* tests/packages.scm ("package-source-derivation, snippet"): Select appropriate
  guile-2.0.x.tar.xz tarball based on the value of (%current-system).

gnu: ccl: Add default 'match' cases for unsupported platforms.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl)[arguments]: Add default 'match' cases for
  unsupported platforms.

gnu: nginx: Fix configure flags on unsupported platforms.

* gnu/packages/web.scm (nginx)[arguments]: Add default case in 'match' form
  within 'configure' phase.

gnu: mplayer: Fix configure flags on armhf.

* gnu/packages/video.scm (mplayer)[arguments]: Add default case in 'match'
  form in configure flags.  Enable support for arm processor features that are
  assumed by our armhf port.

gnu: julia: Fix make-flags on non-Intel platforms.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Add default case in 'match' form.

gnu: gtkmm-2: Update to 2.24.4.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkmm-2): Update to 2.24.4.

gnu: gtkmm: Update to 3.16.0.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkmm): Update to 3.16.0.

gnu: pangomm: Update to 2.36.0.

* gnu/packages/gtk.scm (pangomm): Update to 2.36.0.

gnu: gtk+: Update to 3.16.2.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+): Update to 3.16.2.

gnu: cups-filters: Update to 1.0.68.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters): Update to 1.0.68.

gnu: vala: Fix tests by setting 'CC'.

This fixes a regression introduced in b19d680.

* gnu/packages/gnome.scm (vala)[arguments]: New field.

Remove all the 'CC=gcc' hacks for 'g-ir-scanner'.

* gnu/packages/glib.scm (telepathy-glib)[arguments]: Remove.
* gnu/packages/gtk.scm (at-spi2-core, gtk+-2): Remove #:make-flags.
* gnu/packages/gnome.scm (libpeas, librsvg, vala, vte, json-glib,
  libxklavier, libsoup, libsecret, colord, geocode-glib, libgweather):
  Remove #:make-flags or the '(setenv "CC" "gcc")' phase.

gnu: poppler: Update to 0.32.0.

* gnu/packages/pdf.scm (poppler): Update to 0.32.0.

gnu: python-pygobject: Update to 3.16.1.

* gnu/packages/glib.scm (python-pygobject): Update to 3.16.1.

gnu: glibmm: Update to 2.44.0.

* gnu/packages/glib.scm (glibmm): Update to 2.44.0.

gnu: libsigc++: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/glib.scm (libsigc++): Update to 2.4.1.

gnu: dbus-glib: Update to 0.104.

* gnu/packages/glib.scm (dbus-glib): Update to 0.104.

gnu: itstool: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/glib.scm (itstool): Update to 2.0.2.

gnu: gobject-introspection: Update to 1.44.0.

* gnu/packages/glib.scm (gobject-introspection): Update to 1.44.0.
  [source]: Use mirror://gnome.
  [arguments]<#:phases>: Remove.
* gnu/packages/patches/gobject-introspection-cc.patch: Rewrite to
  set os.environ['CC'] in 'giscanner/__init__.py'.

gnu: python-pycairo: Fix build with with python-3.4.3.

* gnu/packages/patches/pycairo-wscript.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gtk.scm (python-pycairo)[source]: Use it.
  [build-system]: Use waf-build-system.
  [native-inputs]: Add python-waf.
  [arguments]<#:phases>: Use 'modify-phases'.  Add 'patch-waf phase.
* gnu/packages/gtk.scm (python2-pycairo): Adjust accordingly.

gnu: Add python-waf.

* gnu/packages/python.scm (python-waf, python2-waf): New variables.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to dd3a42e.

gnu: guix: Don't install in /etc/bash_completion.d within build environment.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20394>.
Patch by Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Pass
  "--with-bash-completion-dir" option to configure.

gnu: python-pycairo: Fix build with with python-3.4.3.

* gnu/packages/patches/pycairo-wscript.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gtk.scm (python-pycairo)[source]: Use it.
  [build-system]: Use waf-build-system.
  [native-inputs]: Add python-waf.
  [arguments]<#:phases>: Use 'modify-phases'.  Add 'patch-waf phase.
* gnu/packages/gtk.scm (python2-pycairo): Adjust accordingly.

gnu: Add python-waf.

* gnu/packages/python.scm (python-waf, python2-waf): New variables.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to dd3a42e.

gnu: libxfont: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/xorg.scm (libxfont): Update to 1.5.1.

gnu: guix: Don't install in /etc/bash_completion.d within build environment.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20394>.
Patch by Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Pass
  "--with-bash-completion-dir" option to configure.

gnu: libidn: Update to 1.30.

* gnu/packages/libidn.scm (libidn): Update to 1.30.

Revert "gnu: libidn: Update to 1.30."

This reverts commit 8462a03f2861a1b3ed33e99a6f5a886bb9093846.

gnu: libidn: Update to 1.30.

* gnu/packages/libidn.scm (libidn): Update to 1.30.

gnu: ocrad: Update to 0.25.

* gnu/packages/ocr.scm (ocrad): Update to 0.25.

gnu: Add TuxGuitar.

* gnu/packages/music.scm (tuxguitar): New variable.

gnu: Add SWT.

* gnu/packages/java.scm (swt): New variable.

gnu: Add eXpress.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (express): New variable.

gnu: Add bamtools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bamtools): New variable.

gnu: Add subread.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (subread): New variable.

ui: Add 'symlink' replacement with better error reporting.

* guix/ui.scm (symlink): New procedure.

system: Make /gnu/store a read-only bind mount by default.

* gnu/system/file-systems.scm (%immutable-store): New variable.
  (%base-file-systems): Add it.
* doc/guix.texi (File Systems): Document it.

file-systems: Use a second 'mount' call for read-only bind mounts.

* gnu/build/file-systems.scm (MS_REMOUNT): New constant.
  (mount-file-system): Add 'flags' local variable.   When FLAGS has
  MS_BIND & MS_RDONLY, call 'mount' with MS_REMOUNT.
* gnu/services/base.scm (file-system-service) <start>: Likewise.

gnu: Remove all #:select from (gnu packages ...) modules.

This works around Guile bug <http://bugs.gnu.org/15540>.
Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* gnu/packages/engineering.scm: Don't #:select from (gnu packages ...).
* gnu/packages/gcc.scm: Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm: Likewise.
* gnu/packages/photo.scm: Likewise.
* gnu/packages/pulseaudio.scm: Likewise.
* gnu/packages/moe.scm: Likewise, and #:select from (guix licenses)
  instead.

gexp: Add printers for <gexp-input> and <gexp-output>.

* guix/gexp.scm (write-gexp-input, write-gexp-output): New procedures.
  (<gexp-input>, <gexp-output>): Use them as printers.

profiles: Create a CA certificate bundle only when it would be non-empty.

* guix/profiles.scm (ca-certificate-bundle): Create
  $output/etc/ssl/certs if and only if CA-FILES is non-empty.

gnu: Add sra-tools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sra-tools): New variable.

gnu: Add NCBI VDB.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb): New variable.

gnu: Add NGS Java bindings.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-java): New variable.

gnu: Add NGS SDK.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-sdk): New variable.

gnu: Add Biopython.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-biopython, python2-biopython): New
  variables.

gnu: Adjust latest perl modules to new 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/compression.scm (perl-compress-raw-zlib)[arguments]:
  Add missing quotes, as needed since commit f8503e2.
* gnu/packages/perl.scm (perl-ipc-run)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-sax)[arguments]: Likewise.

gnu: Add WebKitGTK+.

* gnu/packages/webkit.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add JSON-Any.

* gnu/packages/perl.scm (perl-json-any): New variable.

import: cpan: Fix license string for Artistic license.

* guix/import/cpan.scm (string->license): Remove extraneous "_0"
  suffix for Artistics licenses.

gnu: nix: Propagate perl inputs.

* gnu/packages/package-management.scm (nix)[inputs]: Move
  perl-www-curl, perl-dbi, perl-dbd-sqlite to...
  [propagated-inputs]: ...this new field

gnu: Add Sys-Hostname-Long.

* gnu/packages/perl.scm (perl-sys-hostname-long): New variable.

gnu: Add Text-Table.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-table): New variable.

gnu: Add Text-Aligner.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-aligner): New variable.

gnu: Add Set-Scalar.

* gnu/packages/perl.scm (perl-set-scalar): New variable.