gnu: Add lightdm-gtk-greeter.

* gnu/packages/display-managers.scm (lightdm-gtk-greeter): New variable.

gnu: nix: Update to 1.11.9.

* gnu/packages/package-management.scm (nix): Update to 1.11.9.

gnu: pcb: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/engineering.scm (pcb): Update to 4.0.0.
[arguments]: Add pre-check phase to start Xvfb for tests.
[native-inputs]: Add imagemagick, gerbv, ghostscript, and xorg-server for
tests.

gnu: minixml: Update to 2.10.

* gnu/packages/xml.scm (minixml): Update to 2.10.
[home-page]: Update to new home page.

gnu: augeas: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/augeas.scm (augeas): Update to 1.8.0.

gnu: Add lightdm.

* gnu/packages/display-managers.scm (lightdm): New variable.

Co-authored-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

gnu: hexchat: Update to 2.12.4.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat): Update to 2.12.4.
[source]: Remove incorrectly bootstrapped files.
[native-inputs]: Add autoconf, autoconf-archive, automake, libtool,
pkg-config.
[arguments]: Add ‘bootstrap’ phase.

gnu: Add lugaru.

* gnu/packages/games.scm (lugaru): New variable.

doc: Document (list package output) syntax in operanting-system-packages.

* doc/guix.texi (Globally-Visible Packages): Document (PACKAGE OUTPUT) syntax.

gnu: Add emacs-transpose-frame.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-transpose-frame): New variable.

Revert "guix: git: Add new module."

This reverts commit a70b784708fb5e1b78430aa793d89ca04bc641a8.

Commit a70b784708f caused `guix pull` to fail:

ERROR: In procedure scm-error:
ERROR: no code for module (git)

gnu: Add linuxdcpp.

* gnu/packages/direct-connect.scm (linuxdcpp): New variable.

gnu: emacs-org: Update to 20170502.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20170502.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: mariadb: Update to 10.1.23 [security fixes].

Fixes CVE-2017-{3302,3313,3308,3309,3453,3456,3464 }.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.23.
[arguments]: Disable features that depend on libarchive.

gnu: gnome-shell: Fix CVE-2017-8288.

* gnu/packages/patches/gnome-shell-CVE-2017-8288.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[source]: Use it.

Co-authored-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: rpcbind, libtirpc: Fix CVE-2017-8779.

* gnu/packages/patches/libtirpc-CVE-2017-8779.patch,
gnu/packages/patches/rpcbind-CVE-2017-8779.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/onc-rpc.scm (rpcbind, libtirpc)[source]: Use them.

gnu: libtirpc: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc): Update to 1.0.1.

gnu: rpcbind: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (rpcbind): Update to 0.2.4.

gnu: emacs-guix: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix): Update to 0.3.1.
[home-page]: Update.

guix: git: Add new module.

* guix/git.scm: New file.
* configure.ac: Check for (guile git).
* Makefile.am: Build guix/git.scm if (guile git) is available.

gnu: nano: Update to 2.8.2.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.8.2.
[source]: Use '.xz' tarball.

gnu: xf86-input-libinput: Update to 0.25.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): Update to 0.25.1.

gnu: ant: Update to 1.9.9.

* gnu/packages/java.scm (ant): Update to 1.9.9.

system: Clarify that SYSTEM is either a derivation or #f.

* gnu/system.scm (operating-system-boot-parameters):  Clarify that SYSTEM is
either a derivation or #f.

scripts: Remove profile-grub-entries.

* guix/scripts/system.scm (profile-grub-entries): Delete variable.

system: grub: Use boot-parameters instead of menu-entry where possible.

* gnu/system/grub.scm (boot-parameters->menu-entry): New variable.
(grub-configuration-file): Use boot-parameters
instead of menu-entry where possible.
* guix/scripts/system.scm (profile-boot-parameters): Update docstring.
(reinstall-grub): Use profile-boot-parameters.
(perform-action): Use profile-boot-parameters.

system: Use operating-system-boot-parameters directly.

* gnu/system.scm (operating-system-bootcfg): Use
operating-system-boot-parameters directly.

system: vm: Use operating-system-kernel-arguments.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script):
Use operating-system-kernel-arguments.

scripts: Make boot-parameters label include generation number and time.

* guix/scripts/system.scm (system->boot-parameters): Make label include
generation number and time.

system: Introduce read-boot-parameters-file.

* gnu/system.scm (read-boot-parameters): Remove export.
(read-boot-parameters-file): New variable. Export it.
* guix/scripts/system.scm (profile-boot-parameters): Use
read-boot-parameters-file.
(profile-grub-entries): Use read-boot-parameters-file.
(reinstall-grub): Use read-boot-parameters-file.
(display-system-generation): Use read-boot-parameters-file.

system: Introduce operating-system-kernel-arguments and use it.

* gnu/system.scm (bootable-kernel-arguments): New variable.
(operating-system-kernel-arguments):  New variable.
(operating-system-bootcfg): Use operating-system-kernel-arguments.
(operating-system-boot-parameters): Use operating-system-kernel-arguments.

system: Factorize operating-system-boot-parameters-file.

* gnu/system.scm (operating-system-boot-parameters): New variable.
(operating-system-boot-parameters-file): Modify.

gnu: ansible: Update to 2.3.0.0.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.3.0.0.

gnu: aide: Update to 0.16.

* gnu/packages/admin.scm (aide): Update to 0.16.
[inputs]: Add pcre.

gnu: zstd: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.2.0.

gnu: abiword: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/patches/abiword-explictly-cast-bools.patch: Update patch.
* gnu/packages/patches/abiword-black-drawing-with-gtk322.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/abiword.scm (abiword): Update to 3.0.2.
[source]: Remove outdated snippet; add new patch.
[arguments]: Pass CXXFLAGS.

gnu: jalv-select: Fix regular expression.

* gnu/packages/music.scm (jalv-select)[arguments]: Fix substitution to find
the available jalv executables.

gnu: gxtuner: Update to 2.4.

* gnu/packages/music.scm (gxtuner): Update to 2.4.
[inputs]: Replace gtk+-2 with gtk+.

gnu: jalv-select: Update to 0.8.

* gnu/packages/music.scm (jalv-select): Update to 0.8.

gnu: qsynth: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/audio.scm (qsynth): Update to 0.4.4.

gnu: qjackctl: Build with JACK 1.

We build all packages with JACK 1.  It is compatible with JACK 2, which users
may install to get additional features.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl)[inputs]: Replace "jack-2" with "jack-1".

gnu: qjackctl: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.4.5.

gnu: samplv1: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.8.2.

gnu: drumkv1: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.8.2.

gnu: synthv1: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.8.2.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.26.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.26.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.66.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.66.

gnu: Add cool-retro-term.

* gnu/packages/terminals.scm (cool-retro-term): New variable.
* gnu/packages/patches/cool-retro-term-remove-non-free-fonts.patch,
gnu/packages/patches/cool-retro-term-fix-array-size.patch,
gnu/packages/patches/cool-retro-term-memory-leak-1.patch,
gnu/packages/patches/cool-retro-term-remove-non-free-fonts.patch: New patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

Co-authored-by: Eric Bavier <bavier@member.fsf.org>

gnu: openssh: groff is a native-input.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[inputs]: Move groff ...
[native-inputs]: ... here.

gnu: guix: The variable for the last release is now 'guix-release'.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.12.0): Rename to...
(guix-release): ... this.  Adjust users.

build: Use Gnulib's 'git-version-gen'.

* Makefile.am (EXTRA_DIST, BUILT_SOURCES): Add $(top_srcdir)/.version.
($(top_srcdir)/.version, gen-tarball-version): New targets.
(dist-hook): Depend on 'gen-tarball-version'.
(.PHONY): Add 'gen-tarball-version'.
* build-aux/git-version-gen: New file, from Gnulib v0.1-1312-ga87d5e5c6.
* configure.ac: Use it in 'AC_INIT'.  Use 'https' for the URL.

build: Remove 'sync-descriptions' target.

This target predates 'guix lint'.  Nowadays it makes little sense to run
it upon 'make dist'.

* Makefile.am (sync-descriptions): Remove.
(dist-hook, .PHONY): Remove reference to 'sync-descriptions'.

dir-locals.el: Add 'modify-phases' keywords.

* .dir-locals.el: Add indentation rules for 'replace', 'add-before' and
'add-after'.

etc: indent-code.el: Define source tree by "indent-code.el".

* etc/indent-code.el.in: Set default directory by "indent-code.el"
itself, otherwise it works only when called from the top directory of
the guix source tree.

doc: Add references to Emacs-Guix manual.

* doc/htmlxref.cnf: Add links to the real manual.
* doc/contributing.texi (Formatting Code): Add reference to it.
* doc/guix.texi (Package Management): Likewise.

gnu: qca: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/kde.scm (qca): Update to 2.1.3.
[home-page]: Use new home-page.

store: Use 'write-bytevector' instead of hand-coded equivalent.

* guix/store.scm (process-stderr): Use 'write-bytevector' in the
%STDERR-READ case.

store: Add store path computation procedures.

* guix/derivations.scm (compressed-hash, store-path)
(output-path, fixed-output-path): Move to...
* guix/store.scm: ... here.

gnu: fish-guix: Adjust the home-page.

* gnu/packages/shells.scm (fish-guix)[home-page]: Use the correct website.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gcc-toolchain@7.

* gnu/packages/commencement.scm (gcc-toolchain-7): New variable.

tests: Use 'fold-module-public-variables' for discovery.

* gnu/tests.scm (fold-system-tests): Write in terms of
'fold-module-public-variables'.

nls: Mark (guix discovery) as translatable.

This is a followup to cd903ef7871170d3c4eced45418459d293ef48a7.

* po/guix/POTFILES.in: Add 'guix/discovery.scm'.

gnu: neovim: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/vim.scm (neovim): Update to 0.2.0.

gnu: lua5.2-libmpack: Fix make flags.

This is a follow-up to commit. b5236121065abe32a88f8f0644ceb505f5cf1d18.

* gnu/packages/serialization.scm (lua5.2-libmpack)[arguments]: Adjust make
flags.

gnu: lua-libmpack: Update to new upstream source.

Inheriting the source from libmpack no longer works, because upstream has
moved the Lua bindings to a separate repository.

This is a follow-up to commit b5236121065abe32a88f8f0644ceb505f5cf1d18.

* gnu/packages/serialization.scm (lua-libmpack)[source]: Use new upstream
source.
[arguments]: Adjust make flags and build phases.
[native-inputs]: Add package sources of libmpack.
[home-page]: Use new home page URL.

gnu: llvm-3.5: Fix build of clang-3.5.

* gnu/packages/patches/llvm-3.5-fix-clang-build-with-gcc5.patch: New file
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/llvm.scm (llvm-3.5)[source]: Add patch.

gnu: guile-bytestructures: Install sld files.

* gnu/packages/guile.scm (guile-bytestructures): Build and install sld
  files in r7 repository.

It fixes this kind of errors while using guile-bytestructures:

ice-9/psyntax.scm:3245:33: ice-9/psyntax.scm:3245:33: Syntax error:
/gnu/store/ny9mp091yw51ylv1q59z25z5vdw8bi56-profile/share/guile/site/2.2/bytestructures/guile/base.scm:8:19: include-from-path: file not found in path in subform "bytestructures/r7/base.exports.sld" of (include-from-path "bytestructures/r7/base.exports.sld")

gnu: man-pages: Update to 4.11.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.11.

environment: Correct typo.

* guix/scripts/environment.scm (create-environment): Fix typo.

gnu: capnproto: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/serialization.scm (capnproto): Update to 0.6.0.

gnu: libmpack: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/serialization.scm (libmpack): Update to 1.0.5.

gnu: msgpack: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/serialization.scm (msgpack): Update to 1.4.2.

gnu: dmenu: Update to 4.7.

* gnu/packages/suckless.scm (dmenu): Update to 4.7.

gnu: bind: Update to 9.11.1.

* gnu/packages/dns.scm (bind): Update to 9.11.1.
[license]: Change isc to mpl2.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

doc: Add 'Debugging Build Failures' node.

* doc/guix.texi (Debugging Build Failures): New node.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

refresh: Use (guix discovery).

* guix/scripts/refresh.scm (maybe-updater, list-updaters): Remove.
(importer-modules): New procedure.
(%updaters): Define using 'fold-module-public-variables'.  Turn into a
promise and adjust users.

Add (guix discovery).

* guix/discovery.scm, tests/discovery.scm: New files.
* gnu/packages.scm (scheme-files, file-name->module-name)
(scheme-modules, all-package-modules): Remove.
(fold-packages): Rewrite in terms of 'fold-module-public-variables'.
* gnu/tests.scm: Use (guix discovery).
* Makefile.am (MODULES): Add guix/discovery.scm.
(SCM_TESTS): Add tests/discovery.scm.

gnu: Add fish-guix.

* gnu/packages/shells.scm (fish-guix): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add missing copyright line.

* gnu/packages/version-control.scm: Add missing copyright line for commit
db88b5a.

gnu: gitolite: Avoid references to the store in authorized_keys.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite)[arguments]: Substitute
'$glshell' with 'gitolite-shell' in ssh-authkeys.

gnu: Add emacs-gnuplot.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-gnuplot): New variable.

gnu: Add gfortran@7.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran@7): New variable.

gnu: libressl: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 2.5.4.
[home-page]: Use https.

gnu: tlp: Install all files.

* gnu/packages/linux.scm (tlp)[arguments]: Add ‘fix-installation’ phase so
the installation no longer aborts half-way, and use ‘zero?’ in the install
phase so this cannot go undetected again.

ui: Rename '_' to 'G_'.

This avoids collisions with '_' when the latter is used as a 'match'
pattern for instance.  See
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-04/msg00464.html>.

* guix/ui.scm: Rename '_' to 'G_'.
* po/guix/Makevars (XGETTEXT_OPTIONS): Adjust accordingly.
* build-aux/compile-all.scm (warnings): Remove 'format'.
* gnu/packages.scm,
gnu/services.scm,
gnu/services/shepherd.scm,
gnu/system.scm,
gnu/system/shadow.scm,
guix/gnupg.scm,
guix/http-client.scm,
guix/import/cpan.scm,
guix/import/elpa.scm,
guix/import/pypi.scm,
guix/nar.scm,
guix/scripts.scm,
guix/scripts/archive.scm,
guix/scripts/authenticate.scm,
guix/scripts/build.scm,
guix/scripts/challenge.scm,
guix/scripts/container.scm,
guix/scripts/container/exec.scm,
guix/scripts/copy.scm,
guix/scripts/download.scm,
guix/scripts/edit.scm,
guix/scripts/environment.scm,
guix/scripts/gc.scm,
guix/scripts/graph.scm,
guix/scripts/hash.scm,
guix/scripts/import.scm,
guix/scripts/import/cpan.scm,
guix/scripts/import/cran.scm,
guix/scripts/import/crate.scm,
guix/scripts/import/elpa.scm,
guix/scripts/import/gem.scm,
guix/scripts/import/gnu.scm,
guix/scripts/import/hackage.scm,
guix/scripts/import/nix.scm,
guix/scripts/import/pypi.scm,
guix/scripts/import/stackage.scm,
guix/scripts/lint.scm,
guix/scripts/offload.scm,
guix/scripts/pack.scm,
guix/scripts/package.scm,
guix/scripts/perform-download.scm,
guix/scripts/publish.scm,
guix/scripts/pull.scm,
guix/scripts/refresh.scm,
guix/scripts/size.scm,
guix/scripts/substitute.scm,
guix/scripts/system.scm,
guix/ssh.scm,
guix/upstream.scm: Use 'G_' instead of '_'.  Most of this change was
obtained by running: "sed -i -e's/(_ "/(G_ "/g' `find -name \*.scm`".

gnu: Add mes.

* gnu/packages/mes.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gcc@7.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc@7): New variable.

gnu: connman: Update to 1.34.

* gnu/packages/connman.scm (connman): Update to 1.34.

services: herd: Make %shepherd-socket-file a parameter and export it.

* gnu/services/herd.scm (%shepherd-socket-file): Make it an exported
  parameter.
(open-connection): Adapt.

gnu: Add gfortran@6.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran@6): New variable.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.8-4.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.8-4.

gnu: build: file-systems: Add ISO-9660.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26751>.

* gnu/build/file-systems.scm (iso9660-superblock?,
read-iso9660-primary-volume-descriptor, read-iso9660-superblock,
iso9660-superblock-uuid, iso9660-uuid->string,
iso9660-superblock-volume-name): New variables.
(%partition-label-readers): Add iso9660.
(%partition-uuid-readers): Add iso9660.

gnu: Avoid circular dependencies by Perl license.

* guix/licenses.scm (perl-license): New variable.
* gnu/packages/bioinformatics.scm: Change (package-license perl) to perl-license.
* gnu/packages/compression.scm: Same.
* gnu/packages/databases.scm: Same.
* gnu/packages/gd.scm: Same.
* gnu/packages/language.scm: Same.
* gnu/packages/libevent.scm: Same.
* gnu/packages/mail.scm: Same.
* gnu/packages/messaging.scm: Same.
* gnu/packages/ncurses.scm: Same.
* gnu/packages/networking.scm: Same.
* gnu/packages/photo.scm: Same.
* gnu/packages/tcl.scm: Same.
* gnu/packages/tex.scm: Same.
* gnu/packages/tls.scm: Same.
* gnu/packages/web.scm: Same.
* gnu/packages/wm.scm: Same.
* gnu/packages/xml.scm: Same.
* gnu/packages/xorg.scm: Same.
* gnu/packages/zip.scm: Same.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

monads: Add a template and specialization mechanism for monadic procedures.

* guix/monads.scm (%templates, %template-instances): New variables.
(register-template!, register-template-instance!): New procedures.
(template-directory, define-template): New macro.
(foldm, sequence, anym): Define using 'define-template'.  Avoid replace
ellipses with dots.
(mapm): Likewise, but do not use 'foldm'.
* guix/store.scm: Add 'template-directory' invocation.

download: Continue handshake upon TLS warning alerts.

This allows us to download from site such as
<https://fusionforge.int-evry.fr> where the server does not recognize
the server name passed via the 'server_name' extension.

* guix/build/download.scm (tls-wrap): Catch 'gnutls-error' around
'handshake'.  Upon ERROR/WARNING-ALERT-RECEIVED, print a message and
call 'handshake'.

licenses: Add CeCILL and CeCILL-B.

* guix/licenses.scm (cecill, cecill-b): New variables.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.05.01.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.05.01.

gnu: hdparm: Update to 9.52.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.52.

gnu: Add python-mwclient.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26744>.

* gnu/packages/python.scm (python-mwclient, python2-mwclient): New variables.

gnu: python-pytest-cov: Update to 2.4.0.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26743>.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-cov): Update to 2.4.0.