pack: Relocatable wrapper leaves root available to child processes.

Fixes <https://bugs.gnu.org/44261>.
Reported by Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* gnu/packages/aux-files/run-in-namespace.c (exec_in_user_namespace):
Add call to 'prctl'.  Call 'mount' for NEW_ROOT and define 'is_tmpfs'.
When IS_TMPFS is true, call 'umount' and 'rmdir' after 'waitpid';
otherwise, call 'rm_rf' only when 'waitpid' returns -1 the second time.
(exec_with_loader): Call 'prctl'.  Remove NEW_ROOT only when 'waitpid'
returns -1 the second time, otherwise leave it behind.
* tests/guix-pack-relocatable.sh (wait_for_file): New function.
Add test.

doc: Add "Defining Package Variants" section.

* doc/guix.texi (Defining Packages): Move documentation of
'package-input-rewriting' & co. to...
(Defining Package Variants): ... here.  New node.  Also document
'inherit' and 'options->transformation'.

transformations: Raise '&formatted-message' exceptions instead of 'leave'.

* guix/transformations.scm (evaluate-replacement-specs)
(package-git-url, evaluate-git-replacement-specs)
(transform-package-source-git-url)
(transform-package-toolchain): Use 'raise' and 'formatted-message'
instead of 'leave'.

guix build: Move transformation options to (guix transformations).

* guix/transformations.scm: New file.
* tests/scripts-build.scm: Rename to...
* tests/transformations.scm: ... this.
* Makefile.am (MODULES): Add 'guix/transformations.scm'.
(SCM_TESTS): Adjust to rename.
* guix/scripts/build.scm (numeric-extension?)
(tarball-base-name, <downloaded-file>, download-to-store*)
(compile-downloaded-file, package-with-source)
(transform-package-source, evaluate-replacement-specs)
(transform-package-inputs, transform-package-inputs/graft)
(%not-equal, package-git-url, evaluate-git-replacement-specs)
(transform-package-source-branch, transform-package-source-commit)
(transform-package-source-git-url, package-dependents/spec)
(package-toolchain-rewriting, transform-package-toolchain)
(transform-package-with-debug-info, transform-package-tests)
(%transformations, transformation-procedure, %transformation-options)
(show-transformation-options-help, options->transformation)
(package-transformations): Move to (guix transformations).
* guix/scripts/environment.scm: Adjust accordingly.
* guix/scripts/graph.scm: Likewise.
* guix/scripts/install.scm: Likewise.
* guix/scripts/pack.scm: Likewise.
* guix/scripts/package.scm: Likewise.
* guix/scripts/upgrade.scm: Likewise.
* po/guix/POTFILES.in: Add 'guix/transformations.scm'.

guix build: 'options->transformation' no longer takes a 'store' parameter.

* guix/scripts/build.scm (transform-package-source)
(transform-package-inputs, transform-package-inputs/graft)
(transform-package-source-branch, transform-package-source-commit)
(transform-package-source-git-url, transform-package-toolchain)
(transform-package-with-debug-info, transform-package-tests): Remove
'store' parameter.
(options->transformation, options->derivations): Adjust accordingly.
* guix/scripts/environment.scm (options/resolve-packages): Likewise.
* guix/scripts/graph.scm (guix-graph): Likewise.
* guix/scripts/pack.scm (guix-pack): Likewise.
* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry): Likewise.
(process-actions): Likewise.
* tests/scripts-build.scm ("options->transformation, no transformations")
("options->transformation, with-source, replacement"):
Adjust tests.
("options->transformation, with-source")
("options->transformation, with-source, with version")
("options->transformation, with-source, PKG=URI"): Use 'lower-object' to
compute the store file name of the source.
("options->transformation, with-source, no matches"): Remove
'with-store' and adjust accordingly.
("options->transformation, with-input"): Likewise.
("options->transformation, with-graft"): Likewise.
("options->transformation, with-branch"): Likewise.
("options->transformation, with-commit"): Likewise.
("options->transformation, with-git-url"): Likewise.
("options->transformation, with-git-url + with-branch"): Likewise.
("options->transformation, with-c-toolchain"): Likewise.
("options->transformation, with-c-toolchain twice"): Likewise.
("options->transformation, with-c-toolchain, no effect"): Likewise.
("options->transformation, with-debug-info"): Likewise.
("options->transformation, without-tests"): Likewise.

guix build: Remove unnecessary (replacement #f).

* guix/scripts/build.scm (package-with-source): Remove 'replacement'
field, which is innate since d5ec5ed7197d121130af6953378bcfd8929a9754.

guix build: 'package-with-source' no longer takes a 'store' parameter.

* guix/scripts/build.scm (<downloaded-file>): New record type.
(download-to-store*): New variable.
(compile-downloaded-file): New procedure.
(package-with-source): Remove 'store' parameter.  Use 'downloaded-file'
instead of 'download-to-store'.
(transform-package-source): Adjust accordingly.

gnu: Add python-asyncssh.

* gnu/packages/ssh.scm (python-asyncssh): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add xstow.

* gnu/packages/package-management.scm (xstow): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add font-openmoji

* gnu/packages/fonts.scm (font-openmoji): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: sbcl-geco: Fix build.

* gnu/packages/patches/sbcl-geco-fix-organism-class.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-geco)[source]: Use it.

gnu: gnome-builder: Fix the build.

As reported in #43296, gnome-builder tries to be linked against the static
version of libselinux (propagated through glib/gio), failing to do so, as it
also wants to be a PIE.  To keep the PIE, link it against the dynamic library.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43296>.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-builder)[arguments]: Add 'fix-ninja' phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: r-lme4: Update to 1.1-25.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lme4): Update to 1.1-25.

gnu: r-quantreg: Update to 5.75.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.75.

gnu: r-vgam: Update to 1.1-4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-vgam): Update to 1.1-4.

gnu: r-flexmix: Update to 2.3-17.

* gnu/packages/statistics.scm (r-flexmix): Update to 2.3-17.

gnu: r-statmod: Update to 1.4.35.

* gnu/packages/statistics.scm (r-statmod): Update to 1.4.35.

gnu: r-ztable: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ztable): Update to 0.2.2.
[propagated-inputs]: Remove r-moonbook; add r-rstudioapi.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-e1071: Update to 1.7-4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.7-4.

gnu: r-pkgmaker: Update to 0.32.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pkgmaker): Update to 0.32.2.
[propagated-inputs]: Remove r-bibtex, r-magrittr, and r-stringi.

gnu: r-dt: Update to 0.16.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): Update to 0.16.

gnu: r-domc: Update to 1.3.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-domc): Update to 1.3.7.

gnu: r-doparallel: Update to 1.0.16.

* gnu/packages/statistics.scm (r-doparallel): Update to 1.0.16.

gnu: r-foreach: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreach): Update to 1.5.1.

gnu: r-iterators: Update to 1.0.13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-iterators): Update to 1.0.13.

gnu: r-segmented: Update to 1.3-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-segmented): Update to 1.3-0.

gnu: r-rmarkdown: Update to 2.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 2.5.
[propagated-inputs]: Remove r-mime.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.10.1.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.10.1.0.0.

gnu: r-ade4: Update to 1.7-16.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ade4): Update to 1.7-16.
[propagated-inputs]: Add r-progress.

gnu: r-data-table: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-data-table): Update to 1.13.2.

gnu: r-formula: Update to 1.2-4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-formula): Update to 1.2-4.

gnu: r-tibble: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.0.4.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.8.

gnu: r-r6: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r6): Update to 2.5.0.

gnu: r-labeling: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-labeling): Update to 0.4.2.

gnu: r-digest: Update to 0.6.27.

* gnu/packages/statistics.scm (r-digest): Update to 0.6.27.

gnu: r-nlme: Update to 3.1-150.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nlme): Update to 3.1-150.

gnu: r-kernsmooth: Update to 2.23-18.

* gnu/packages/statistics.scm (r-kernsmooth): Update to 2.23-18.

gnu: r-modeldata: Update to 0.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-modeldata): Update to 0.1.0.

gnu: r-parsnip: Update to 0.1.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-parsnip): Update to 0.1.4.

gnu: r-tidypredict: Update to 0.4.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidypredict): Update to 0.4.8.

gnu: r-warp: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-warp): Update to 0.2.0.

gnu: r-workflows: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-workflows): Update to 0.2.1.

gnu: r-igraph: Update to 1.2.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-igraph): Update to 1.2.6.

gnu: r-rcppziggurat: Update to 0.1.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppziggurat): Update to 0.1.6.

gnu: r-cpp11: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-cpp11): Update to 0.2.3.

gnu: r-rismed: Update to 2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rismed): Update to 2.2.

gnu: r-brms: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-brms): Update to 2.14.0.

gnu: r-iheatmapr: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-iheatmapr): Update to 0.5.1.

gnu: r-acet: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-acet): Update to 1.8.1.

gnu: r-rgdal: Update to 1.5-18.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgdal): Update to 1.5-18.

gnu: r-parameters: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.9.0.

gnu: r-graphlayouts: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-graphlayouts): Update to 0.7.1.

gnu: r-leiden: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-leiden): Update to 0.3.4.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-kableextra: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-kableextra): Update to 1.3.1.

gnu: r-dalex: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 2.0.1.

gnu: r-batchtools: Update to 0.9.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-batchtools): Update to 0.9.14.

gnu: r-sctransform: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sctransform): Update to 0.3.1.
[propagated-inputs]: Remove r-rcppeigen; add r-matrixstats and r-rcpparmadillo.

gnu: r-bookdown: Update to 0.21.

* gnu/packages/cran.scm (r-bookdown): Update to 0.21.
[propagated-inputs]: Add r-yaml.

gnu: r-ldheatmap: Update to 1.0-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-ldheatmap): Update to 1.0-4.

gnu: r-haplo-stats: Update to 1.8.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-haplo-stats): Update to 1.8.6.

gnu: r-seqinr: Update to 4.2-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-seqinr): Update to 4.2-4.

gnu: r-valr: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-valr): Update to 0.6.2.

gnu: r-pbdzmq: Update to 0.3-3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pbdzmq): Update to 0.3-3.1.

gnu: r-globals: Update to 0.13.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-globals): Update to 0.13.1.

gnu: r-fields: Update to 11.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): Update to 11.6.

gnu: r-rnifti: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 1.2.3.

gnu: r-nlp: Update to 0.2-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-nlp): Update to 0.2-1.

gnu: r-feature: Update to 1.2.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-feature): Update to 1.2.14.
[propagated-inputs]: Remove r-misc3d and r-rgl.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-lmertest: Update to 3.1-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-lmertest): Update to 3.1-3.

gnu: r-sjplot: Update to 2.8.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjplot): Update to 2.8.6.

gnu: r-effectsize: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-effectsize): Update to 0.4.0.

gnu: r-performance: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.5.1.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.7.5.

gnu: r-emmeans: Update to 1.5.2-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.5.2-1.

gnu: r-magick: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-magick): Update to 2.5.0.

gnu: r-furrr: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-furrr): Update to 0.2.1.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis, r-lifecycle, and r-vctrs.

gnu: r-deriv: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-deriv): Update to 4.1.1.

gnu: r-argparse: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-argparse): Update to 2.0.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-insight: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.10.0.

gnu: r-abn: Update to 2.3-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-abn): Update to 2.3-0.
[propagated-inputs]: Remove r-boot, r-brglm, r-entropy, r-mass, and r-moments.

gnu: r-brglm: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-brglm): Update to 0.7.1.

gnu: r-rdpack: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rdpack): Update to 2.0.
[propagated-inputs]: Remove r-bibtex; add r-rbibutils.

gnu: r-reticulate: Update to 1.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-reticulate): Update to 1.18.

gnu: r-dosnow: Update to 1.0.19.

* gnu/packages/cran.scm (r-dosnow): Update to 1.0.19.

gnu: r-openxlsx: Update to 4.2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-openxlsx): Update to 4.2.3.

gnu: r-sna: Update to 2.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-sna): Update to 2.6.

gnu: r-network: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-network): Update to 1.16.1.

gnu: r-xfun: Update to 0.19.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.19.

gnu: r-cli: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cli): Update to 2.1.0.

gnu: r-stringdist: Update to 0.9.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-stringdist): Update to 0.9.6.3.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.14.

gnu: r-broom: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.7.2.

gnu: r-squarem: Update to 2020.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-squarem): Update to 2020.5.

gnu: r-sp: Update to 1.4-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-sp): Update to 1.4-4.

gnu: r-ff: Update to 4.0.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-ff): Update to 4.0.4.

gnu: r-getoptlong: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-getoptlong): Update to 1.0.4.

gnu: r-ps: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ps): Update to 1.4.0.

gnu: r-partykit: Update to 1.2-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-partykit): Update to 1.2-10.

gnu: r-servr: Update to 0.20.

* gnu/packages/cran.scm (r-servr): Update to 0.20.