gnu: cross-base: Remove exports of cross compilers.

They were never really needed and caused troubles in the presence of
circular module dependencies as reported by
Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org> at
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-11/msg00144.html>.

* gnu/packages/cross-base.scm (xgcc-mips64el, xgcc-xtensa, xgcc-armhf):
Remove.
* gnu/packages/firmware.scm (ath9k-htc-firmware)[native-inputs]: Use
'cross-gcc' instead of XGCC-XTENSA.

gnu: Remove '%final-inputs' references at the top level.

Due to circular dependencies, referring to bindings exported by other
modules from the top level is frowned upon.  This patch addresses one of
the remaining cases.

* gnu/packages/base.scm (%final-inputs): New procedure.
* gnu/packages/cross-base.scm: Remove (gnu packages commencement) import.
(cross-gcc): Use the new '%final-inputs'.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm: Remove (gnu packages commencement) import.
(package-with-relocatable-glibc): Use the new '%final-inputs'.

gnu: r-nmf: Use bigmemory.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nmf)[propagated-inputs]: Add
r-bigmemory and r-synchronicity.

gnu: Add r-bigmemory.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bigmemory): New variable.

gnu: Add r-synchronicity.

* gnu/packages/statistics.scm (r-synchronicity): New variable.

gnu: Add r-bigmemory-sri.

gnu/packages/statistics.scm (r-bigmemory-sri): New variable.

gnu: xmp: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/audio.scm (xmp): Update to 4.1.0.

gnu: libxmp: Update to 4.4.1.

* gnu/packages/audio.scm (libxmp): Update to 4.4.1.

gnu: Add swh-plugins-lv2.

* gnu/packages/audio.scm (swh-plugins-lv2): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add python-bleach.

* gnu/packages/python.scm (python-bleach, python2-bleach): New
variables.

gnu: Add python-nbformat.

* gnu/packages/python.scm (python-nbformat, python2-nbformat): New
variables.

gnu: Add python-html5lib-0.9.

* gnu/packages/python.scm (python-html5lib-0.9, python2-html5lib-0.9):
New variables.

gnu: Add python-testpath.

* gnu/packages/python.scm (python-testpath, python2-testpath): New
variables.

gnu: Add python-ipykernel.

* gnu/packages/python.scm (python-ipykernel, python2-ipykernel): New
variables.

gnu: Add python-jupyter-client.

* gnu/packages/python.scm (python-jupyter-client,
python2-jupyter-client): New variables.

gnu: Add python-jupyter-core.

* gnu/packages/python.scm (python-jupyter-core, python2-jupyter-core):
New variables.

gnu: python-traitlets: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/python.scm (python-traitlets): Update to 4.2.0.

gnu: Add font-adobe-source-code-pro.

* gnu/packages/fonts.scm (font-adobe-source-code-pro): New variable.

gnu: Add geteltorito.

* gnu/packages/cdrom.scm (geteltorito): New variable.

gnu: maxima: Update to 5.38.1.

* gnu/packages/maths.scm (maxima): Update to 5.38.1.

gnu: starfighter: Update to 1.6.

* gnu/packages/games.scm (starfighter): Update to 1.6.

gnu: r-rcas: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas): Update to 1.0.0.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.34.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.34.1.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.8.1.

gnu: r-limma: Update to 3.30.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.30.2.

gnu: r-edger: Update to 3.16.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.16.1.

gnu: r-hmisc: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hmisc): Update to 4.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-htmltable, r-htmltools, r-viridis,
r-survival.

gnu: r-r-oo: Update to 1.21.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-oo): Update to 1.21.0.

gnu: r-openssl: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-openssl): Update to 0.9.5.

gnu: r-checkmate: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-checkmate): Update to 1.8.2.

gnu: r-acepack: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-acepack): Update to 1.4.1.

gnu: r-gdtools: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gdtools): Update to 0.1.1.
[propagated-inputs]: Add r-withr.

gnu: r-proto: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-proto): Update to 1.0.0.

gnu: Add r-survival.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): New variable.

gnu: Add r-htmltable.

* gnu/packages/web.scm (r-htmltable): New variable.

[PATCH] gnu: Add libjxr.

* gnu/packages/image.scm (libjxr): New variable.
* gnu/packages/patches/libjxr-fix-function-signature.patch: New file.
* gnu/packages/patches/libjxr-fix-typos.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register patches.

import: cran: Fix off-by-one error.

* guix/import/cran.scm (package->upstream-name): Do not include leading
slash in upstream name URL.

gnu: sunxi-tools: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/admin.scm (sunxi-tools): Update to 1.4.1.
[arguments]: Add "CC=gcc" "all" to #:make-flags.  Remove 'fix-Makefile'
phase.  Add 'install' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: 'make check-system' prints the "build trace".

* build-aux/run-system-tests.scm (run-system-tests): Pass
  #:print-build-trace to 'set-build-options*'.

gnu: Add pdf2svg.

* gnu/packages/pdf.scm (pdf2svg): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnurl: Update to 7.51.0 [fixes CVE-2016-{8615..8625}].

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.51.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add perl-getopt-long.

* gnu/packages/perl.scm (perl-getopt-long): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: curl: Update replacement to 7.51.0 [fixes CVE-2016-{8615..8625}].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.51.0.
(curl-7.50.3): Replace with ...
(curl-7.51.0): ... this.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.6.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.6.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.30.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.30.

gnu: perl-test-simple: Update to 1.302062.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-simple): Update to 1.302062.

gnu: re2: Update to 2016-11-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2016-11-01.

gnu: isc-dhcp: Update to 4.3.5 [fixes CVE-2016-8864].

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update to 4.3.5. Update bundled
'bind' to 9.9.9-P4.

gnu: iproute2: Update to 4.8.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute2): Update to 4.8.0.
[arguments]: Set Bash completion directory in #:make-flags.

gnu: love: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/game-development.scm (love): Update to 0.10.2.

doc: Fix typo.

Fixes <http://bugs.gnu.org/24851>.
Reported by saffronsnail@hushmail.com.

* doc/guix.texi (Initial RAM Disk): Move parenthesis to after "of
QEMU".

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.12.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-debbugs): Update to 0.12.

gnu: bind: Update to 9.10.4-P4 [fixes CVE-2016-8864].

* gnu/packages/dns.scm (bind): Update to 9.10.4-P4.

gnu: diffoscope: Update to 62.

* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope): Update to 62.

gnu: python-django: Update to 1.10.3 [fixes CVE-2016-{9013,9014}].

* gnu/packages/django.scm (python-django, python2-django): Update to 1.10.3.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/python-django-fix-testcase.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: xapian: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/search.scm (xapian): Update to 1.4.1.

gnu: Correct hackage mirror usage.

* gnu/package/haskell.scm (ghc-data-accessor)[source]: Specify hackage
mirror.
(ghc-data-accessor-transformers)[source]: Same.
(ghc-gnuplot)[source]: Same.

guix: Update hackage mirror.

* guix/download.scm (%mirrors)[hackage]: Don't use https.

gnu: Add speech-dispatcher.

* gnu/packages/speech.scm (speech-dispatcher): New variable.

licenses: Export fdl1.2+.

This is a follow-up to 59b2034787909cf7efa4e8d672a815b466d7d09d.

* guix/licenses.scm (define-module): Export fdl1.2+.

gnu: Add dotconf.

* gnu/packages/textutils.scm (dotconf): New variable.

gnu: librecad: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/engineering.scm (librecad): Update to 2.1.3.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.6-3.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.6-3.

gnu: Add ghc-gnuplot.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-gnuplot): New variable.

gnu: Add ghc-utility-ht.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-utility-ht): New variable.

gnu: Add ghc-data-access-transformers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-data-access-transformers): New variable.

gnu: Add ghc-data-accessor.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-data-accessor): New variable.

download: Add Hackage mirrors.

* guix/download.scm [%mirrors]: Add Hackage mirrors.

gnu: geiser-next: Re-introduce it.

* gnu/packages/emacs.scm (geiser-next): Re-introduce it.

gnu: Add chez-scmutils.

* gnu/packages/chez.scm (chez-scmutils): New variable.

gnu: Add chez-mit.

* gnu/packages/chez.scm (chez-mit): New variable.

gnu: haskell-mode: Update to 16.1.

* gnu/packages/emacs.scm (haskell-mode): Update to 16.1.
  [inputs]: Add 'emacs-el-search' and 'emacs-stream'.
  [propagated-inputs]: Add 'emacs-dash'.
  [arguments]: Add modules. Adapt 'pre-build' and 'install' phases.

gnu: Add emacs-el-search.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-el-search): New variable.

gnu: Add emacs-stream.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-stream): New varaible.

gnu: fio: Update to 2.15.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 2.15.

gnu: Add ccid.

* gnu/packages/security-token.scm (ccid): New variable.

gnu: openocd: Correct license.

* gnu/packages/embedded.scm (openocd)[license]: Change to gpl2+.

gnu: libtiff: Fix CVE-2016-5652.

* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-5652.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (libtiff-fixed)[source]: Use it.

gnu: guix: Always depend on the development dependencies.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com> at
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-10/msg00425.html>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.11.0)[native-inputs]: Add
Autoconf, Automake, Gettext, Texinfo, Graphviz, and Help2man.
(guix-devel)[native-inputs]: Remove.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.11.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-debbugs): Update to 0.11.

system: Record store file system info in each generation.

* gnu/system.scm (<boot-parameters>)[store-device, store-mount-point]:
New fields.
(read-boot-parameters): Initialize them.
(operating-system-grub.cfg): Likewise.  Remove STORE-FS argument from
call to 'grub-configuration-file'.
(operating-system-parameters-file): Add 'store' element in
'boot-parameters'.
* gnu/system/grub.scm (strip-mount-point): Replace 'store-fs' parameter
by 'mount-point'; adjust accordingly.  Adjust callers.
(<menu-entry>)[device, device-mount-point]: New fields.
(eye-candy): Replace 'root-fs' parameter by 'store-device'; add
'store-mount-point'.  Use keyword arguments for 'system' and 'port'.
(grub-root-search): Remove 'root-fs' by 'device' and adjust
accordingly.
(grub-configuration-file): Remove 'store-fs' parameter.  Adjust
accordingly.
* guix/scripts/system.scm (previous-grub-entries): Initialize 'device'
and 'device-mount-point' fields from PARAMS.
* doc/guix.texi (GRUB Configuration): Document 'device' and
'device-mount-point'.  Explain that 'linux' can be prefixed by a GRUB
device name.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add nethogs.

* gnu/packages/networking.scm (nethogs): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-imagesize.

* gnu/packages/python.scm (python-imagesize, python2-imagesize): New variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-pyusb: Prettify library substitution.

* gnu/packages/libusb.scm (python-pyusb)[arguments]: Use srfi-1 to make
the "fix-libusb-reference" phase clearer.

gnu: python-waf: Download over https.

* gnu/packages/python.scm (python-waf)[source]: Use https.

gnu: samba: Update to 4.5.1.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.5.1.

profiles: manifest-lookup-package: Cosmetic changes.

* guix/profiles.scm (manifest-lookup-package): Rename variables; use
"string=?" instead of "equal?".

gnu: git: Update to 2.10.2.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.10.2.

gnu: python-nltk: Disable the test suite.

The tests were silently skipped with Python 3.4. With Python 3.5, this caused
the build of python-nltk to fail.

* gnu/packages/python.scm (python-nltk, python2-nltk)[arguments]:
Disable the tests.

gnu: python-pyquery: Add inputs for test suite.

* gnu/packages/python.scm (python-pyquery,
python2-pyquery)[native-inputs]: Add python-webob and python-webtest.

gnu: python-pika: Add inputs for test suite.

* gnu/packages/python.scm (python-pika, python2-pika)[native-inputs]: Add
python-pyev, python-tornado.

gnu: Add python-pyev.

* gnu/packages/python.scm (python-pyev, python2-pyev): New variables.

gnu: python-prompt-toolkit: Disable the test suite.

The tests were silently skipped with Python 3.4. With Python 3.5, this caused
the build of python-prompt-toolkit to fail.

* gnu/packages/python.scm (python-prompt-toolkit,
python2-prompt-toolkit)[arguments]: Disable the tests.

gnu: python-publicsuffix2: Disable the test suite.

The tests were silently skipped with Python 3.4. With Python 3.5, this caused
the build of python-publicsuffix2 to fail.

* gnu/packages/python.scm (python-publicsuffix2, python2-publicsuffix2)
[arguments]: Disable the tests.

gnu: python-pyechonest: Remove package.

* gnu/packages/music.scm (python-pyechonest): Remove variable.

gnu: Add openocd.

* gnu/packages/embedded.scm (openocd): New variable.
* gnu/packages/patches/openocd-nrf52.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add the patch.

gnu: Add jimtcl.

* gnu/packages/embedded.scm (jimtcl): New variable.

gnu: Add libjaylink.

* gnu/packages/embedded.scm (libjaylink): New variable.

gnu: Add hidapi.

* gnu/packages/libusb.scm (hidapi): New variable.

gnu: Add gdb-arm-none-eabi.

* gnu/packages/embedded.scm (gdb-arm-none-eabi): New variable.