gnu: optipng: Update to 0.7.7 [security fixes].

This release claims to fix 2 vulnerabilities:
- ‘an integer overflow vulnerability in the TIFF decoder’
  (CVE-2017-1000229, previously patched in Guix), and
- ‘a buffer overflow vulnerability in the GIF decoder’.

* gnu/packages/image.scm (optipng): Update to 0.7.7.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM* and end phase with #t.
* gnu/packages/patches/optipng-CVE-2017-1000229.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: bpython: Update to 0.17.1.

* gnu/packages/python.scm (bpython): Update to 0.17.1.

gnu: musl: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/musl.scm (musl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: musl: Update to 1.1.19.

* gnu/packages/musl.scm (musl): Update to 1.1.19.

gnu: parallel: Update to 20180222.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180222.

gnu: mesa-utils: Update to 8.4.0.

* gnu/packages/gl.scm (mesa-utils): Update to 8.4.0.

gnu: dolphin-emu: Enable Vulkan video backend.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Enable Vulkan video backend.
[inputs]: Add vulkan-icd-loader.
[arguments]: Rename 'generate-fonts to
'generate-fonts&hardcore-libvulkan-path. Hardcode libvulkan.so.

gnu: you-get: Update to 0.4.1025.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.1025.

gnu: Add rhash.

* gnu/packages/crypto.scm (rhash): New variable.

services: certbot: Allow to set a deploy hook.

* doc/guix.texi (Certificate Services): Document it.
* gnu/services/certbot.scm (<certificate-configuration>, certbot-command): Add
it.

services: certbot: Add verbosity.

The certificate name wasn't displayed if it wasn't being renewed.

* gnu/services/certbot.scm (certbot-command): Print certificate name before
running the associated command.

services: certbot: Allow to set RSA key size.

* doc/guix.texi (Certificate Services): Document it.
* gnu/services/certbot.scm (<cerbot-configuration>, certbot-command,
certbot-activation, certbot-nginx-server-configurations): Add it.

doc: Fix typo in certbot-configuration description.

* doc/guix.texi (Certificate Services): Fix typo.

services: certbot: Associate one certificate with several domains.

* doc/guix.texi (Certificate Services): Document <certificate-configuration>,
the change from domains to certificates and the fact that their path is now
derived from their name.
* gnu/services/certbot.scm (<certificate-configuration>): Add and export it.
(certbot-configuration, certbot-command, certbot-activation,
certbot-nginx-server-configurations, certbot-service-type): Replace 'domains'
with 'certificates'.
(certbot-nginx-server-configurations): Use only one nginx-server-configuration
and use all certificate domains as the server-name.

services: certbot: Get certbot to run non-interactively.

* doc/guix.texi (Certificate Services): Add email field and link to the ACME
Subscriber Agreement.
* gnu/services/certbot.scm (<certbot-configuration>, certbot-command,
certbot-activation, certbot-nginx-server-configurations): Add email field.
(certbot-command): Add '-n' and '--agree-tos' options.
(certbot-service-type): Remove default-value.

services: certbot: Refactor certbot command.

* gnu/services/certbot.scm (certbot-renewal-jobs, certbot-activation):
Refactor common code into certbot-command.

services: certbot: Rename 'host' to 'domain'.

* doc/guix.texi (Certificate Services): Rename 'host' to 'domain'.
* gnu/services/certbot.scm (<certbot-configuration>, certbot-renewal-jobs,
certbot-activation, certbot-nginx-server-configurations,
certbot-service-type): Rename 'host' to 'domain'.

services: certbot: Fix indentation.

* gnu/services/certbot.scm (certbot-activation): Fix indentation.

services: certbot: Run certbot twice a day at a random minute.

* doc/guix.texi (Certificate Services): Document it.
* gnu/services/certbot.scm (certbot-renewal-jobs): Change job's time
specification.

services: certbot: Listen on IPv6.

* gnu/services/certbot.scm (certbot-nginx-server-configurations): Listen on
IPv6 too.

gnu: american-fuzzy-lop: Change custom qemu input.

* gnu/packages/debug.scm (american-fuzzy-lop)[inputs]: Custom-qemu now
inherits from private qemu-minimal-2.10.
* gnu/packages/bootloaders.scm (qemu-minimal-2.10): Add note to move
variable to gnu/packages/debug.scm when no longer needed in
bootloaders.scm.

gnu: gnupg: Update to 2.2.5.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.5.

gnu: Add cwm.

* gnu/packages/wm.scm (cwm): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dolphin-emu: Shorten the source snippet.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Rewrite the source snippet
to be more compact.

gnu: dolphin-emu: Enable building on aarch64-linux.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu)[supported-systems]: Add
aarch64-linux.

gnu: mlt: Fix compilation against glibc 2.26.

* gnu/packages/video.scm (mlt)[source](snippet, modules): New fields.

gnu: strongswan: Separate phases.

* gnu/packages/networking.scm (strongswan)[arguments]: Split
‘adjust-to-environment’ phase into ‘patch-command-file-names’ and
‘set-up-test-environment’.

gnu: strongswan: Update to 5.6.2.

* gnu/packages/networking.scm (strongswan): Update to 5.6.2.

gnu: pumpa: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/pumpio.scm (pumpa): Update to 0.9.3.
[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*.

gnu: mit-scheme: Update phase style.

* gnu/packages/scheme.scm (mit-scheme)[arguments]: Use INVOKE and end
phases with #t.

gnu: po4a: Update home page.

* gnu/packages/gettext.scm (po4a)[home-page]: Update.

gnu: libx264: Change to stable branch.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30573>.
Reported by George myglc2 Clemmer <myglc2@gmail.com>

* gnu/packages/video.scm (libx264)[source]: Use 'stable' snapshot.

gnu: ccid: Update to 1.4.29.

* gnu/packages/security-token.scm (ccid): Update to 1.4.29.

gnu: Add spatialite-gui.

* gnu/packages/geo.scm (spatialite-gui): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

Revert "gnu: Remove wxwidgets@2.8."

This reverts commit 6f9ba4c91c096a2fb95da111be0657d99ef2b683.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add libgaiagraphics.

* gnu/packages/geo.scm (libgaiagraphics): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add libspatialite.

* gnu/packages/geo.scm (libspatialite): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: libsoup: Update to 2.60.3.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): Update to 2.60.3.

gnu: fio: Update to 3.5.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 3.5.

gnu: xorgproto: Update to 2018.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xorgproto): Update to 2018.3.

gnu: Adjust and remove copyright lines for moved packages.

* gnu/packages/games.scm: Adjust and remove copyright lines for packages that
  got moved to emulators.scm

gnu: Remove copyright line for moved package.

* gnu/packages/games.scm: Remove copyright line for package that got moved to
  emulators.scm

gnu: Move emulation packages from games to emulators.

* gnu/packages/games.scm (desmume) (dosbox) (emulation-station) (higan) (mgba)
  (mupen64plus-audio-sdl) (mupen64plus-core) (mupen64plus-input-sdl)
  (mupen64plus-rsp-hle) (mupen64plus-rsp-z64) (mupen64plus-ui-console)
  (mupen64plus-video-arachnoid) (mupen64plus-video-glide64)
  (mupen64plus-video-glide64mk2) (mupen64plus-video-rice)
  (mupen64plus-video-z64) (nestopia-ue) (retroarch): Move to... *
  gnu/packages/emulators.scm: ... here.

gnu: r-qtl: Update to 1.42-8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): Update to 1.42-8.

gnu: r-forcats: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-forcats): Update to 0.3.0.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-xml: Update to 3.98-1.10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml): Update to 3.98-1.10.
[inputs]: Add zlib.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: r-devtools: Update to 1.13.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-devtools): Update to 1.13.5.

gnu: r-dbplyr: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 1.2.1.

gnu: r-rlang: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.2.0.

gnu: r-knitr: Update to 1.20.

* gnu/packages/statistics.scm (r-knitr): Update to 1.20.

gnu: r-stringr: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringr): Update to 1.3.0.
[propagated-inputs]: Add r-glue.

gnu: r-timedate: Update to 3043.102.

* gnu/packages/cran.scm (r-timedate): Update to 3043.102.

gnu: Add dolphin-emu.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): New variable.

gnu/local.mk: Add emulators.scm.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add emulators.scm.

gnu: Add wxwidgets-gtk2-3.1.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets-gtk2-3.1): New variable.

Signed-off-by: Rutger Helling <rhelling@mykolab.com>

gnu: mpd-mpc: Update to 0.29.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd-mpc): Update to 0.29.
[build-system]: Use the meson-build-system.

gnu: mpd: Update to 0.20.17.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.20.17.
[source]: Use HTTPS URL.

gnu: libmpdclient: Update to 2.14.

* gnu/packages/mpd.scm (libmpdclient): Update to 2.14.
[source]: Use HTTPS URL.

environment: Add --manifest option.

* guix/scripts/environment.scm (show-help, %options): Add -m/--manifest.
(options/resolve-packages): Handle manifests.
* tests/guix-envronment.sh: Add a test.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.

etc: guix-install.sh: Add aarch64-linux support.

* etc/guix-install.sh (chk_sys_arch): Add aarch64 case.

gnu: Add emacs-edit-indirect.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-edit-indirect): New public variable.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.7.0 [security fixes].

Fixes CVE-2017-18187 and CVE-2018-{0487,0488}.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.7.0.

gnu: libx264: Use nasm.

Follow-up to a33727db1bf0eaf4a0024da45610bd8e3e727a8e.

* gnu/packages/video.scm (libx264)[native-inputs]: Replace yasm by nasm.

gnu: libx264: Update to 20180219-2245.

* gnu/packages/video.scm (libx264): Update to 20180219-2245.

gnu: lpsolve: Update to 5.5.2.5.

* gnu/packages/maths.scm (lpsolve): Update to 5.5.2.5.

gnu: shflags: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/version-control.scm (shflags): Update to 1.2.3.
[arguments]: Match new sources layout.

gnu: shflags: Use the GNU-BUILD-SYSTEM.

The TRIVIAL-BUILD-SYSTEM doesn't really save any effort and is actually
slightly longer.

* gnu/packages/version-control.scm (shflags)[build-system: Use
GNU-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Adjust accordingly and prefer INSTALL-FILE over COPY-FILE.

gnu: htop: Fix tree view.

* gnu/packages/patches/htop-fix-process-tree.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (htop)[source]: Use it.

gnu: lpsolve: Update phase style.

* gnu/packages/maths.scm (lpsolve)[arguments]: Use INVOKE and
INSTALL-FILE, and end phases with #t.

gnu: iptables: Edit synopsis & description.

* gnu/packages/linux.scm (iptables)[synopsis, description]: Improve.

gnu: iptables: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/linux.scm (iptables): Update to 1.6.2.

gnu: lout: Update phase style.

* gnu/packages/lout.scm (lout)[arguments]: Write phases in-line, use
MODIFY-PHASES syntax, INVOKE, and WITH-DIRECTORY-EXCURSION, and end
phases with #t.  Re-indent the result.

gnu: cook: Update phase style.

* gnu/packages/cook.scm (cook)[arguments]: Use MODIFY-PHASES syntax and
end phase with #t.

gnu: slang: Update to 2.3.1a.

* gnu/packages/slang.scm (slang): Update to 2.3.1a.

gnu: shflags: Set source file name.

* gnu/packages/version-control.scm (shflags)[source]: Use a meaningful
FILE-NAME.

gnu: getmail: Update to 5.5.

* gnu/packages/mail.scm (getmail): Update to 5.5.

gnu: ldc: Add comment.

* gnu/packages/ldc.scm (ldc): Add comment.

gnu: dub: Use invoke.

* gnu/packages/ldc.scm (dub): Use invoke.

gnu: rdmd: Use invoke.

* gnu/packages/ldc.scm (rdmd): Use invoke.

services: slim: Make the logged-in session show up in "w".

* gnu/services/xorg.scm (slim-shepherd-service): Use SESSREG to register X11
session.
* doc/guix.texi (slim-configuration): Document new field "sessreg".

gnu: ldc: Update to 1.7.0.

Fixes recent bootstrap and updates ldc and package manager to match.

* gnu/packages/ldc.scm (ldc-bootstrap): Update to 0.17.4.
[properties]: Add max-slient-time.
[arguments]<#:phases>[patch-phobos]: Update patches (see below).
(ldc): Update to 1.7.0.
(ldc-beta): Delete variable.
[arguments]<#:phases>[patch-phobos]: Update patches (see below).
[arguments]<#:phases>[check]: Use invoke.
(rdmd): Update to 2.077.1.
(dub): Update to 1.7.2.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove "ldc-disable-tests.patch".
Add "ldc-bootstrap-disable-tests.patch".
Remove "ldc-1.1.0-disable-phobos-tests.patch".
Add "ldc-1.7.0-disable-phobos-tests.patch".
Remove "ldc-1.1.0-disable-dmd-tests.patch".

Co-Authored-By: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: nginx: Update to 1.13.9.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.13.9.

gnu: grub: Run tests against Qemu 2.10.

* gnu/packages/bootloaders.scm (qemu-minimal-2.10): New variable.
(grub)[native-inputs]: Replace QEMU-MINIMAL with QEMU-MINIMAL-2.10.

gnu: qemu: Update to 2.11.1.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-15038.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-15289.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 2.11.1
[source](patches): Remove.

gnu: freetype: Fix CVE-2018-6942.

* gnu/packages/patches/freetype-CVE-2018-6942.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/fontutils.scm (freetype)[replacement]: New field.
(freetype/fixed): New variable.

gnu: python-pyopenssl: Update to 17.5.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pyopenssl): Update to 17.5.0.

gnu: python-cryptography: Update to 2.1.4.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors,
python-cryptography): Update to 2.1.4.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-35.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-35.

gnu: calendar.scm: Use license: prefix.

* gnu/packages/calendar.scm (libical, khal, remind, libhdate): Use license: prefix.

gnu: rrdtool: Use a fixed version of tzdata for tests.

* gnu/packages/rrdtool.scm (rrdtool)[native-inputs]: Replace TZDATA with
TZDATA-FOR-TESTS.

gnu: nix, patchelf: Use HTTPS for nixos.org home pages.

* gnu/packages/elf.scm (patchelf)[home-page]: Use HTTPS.
* gnu/packages/package-management.scm (nix)[home-page]: Likewise.

gnu: font-hack: Update to 3.002.

* gnu/packages/fonts.scm (font-hack): Update to 3.002.

gnu: chromaprint: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/mp3.scm (chromaprint): Update to 1.4.3.
[source]: Update URI.

gnu: socat: Update to 1.7.3.2.

* gnu/packages/networking.scm (socat): Update to 1.7.3.2.

gnu: setbfree: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/music.scm (setbfree): Update to 0.8.5.

gnu: ola: Update to 0.10.6.

* gnu/packages/lighting.scm (ola): Update to 0.10.6.

gnu: pciutils: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: neomutt: Update to 20171215.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20171215.
[inputs]: Move "docbook-xsl" to [native-inputs].
[native-inputs]: Remove "autoconf". Add "tcl", "docbook-xml", "w3m".
[argumnets]: Switch to autosetup based build. Add new phases "fix-sasl-test",
"fix-docbook". Remove phase "autoconf".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add basic support for s390x-linux-gnu targets.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add
  "s390x-linux".
* gnu/packages/linux.scm (system->linux-architecture): Add "s390"
  prefix.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Remove outdated comment.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test): Remove outdated comment.