gnu: b43-tools: Update to 0.0.0-1.27892ef.

* gnu/packages/firmware.scm (b43-tools): Update to 0.0.0-1.27892ef.
[version]: Use our standard versioning scheme.

gnu: Update (gnu packages python-web) phase styles.

* gnu/packages/python-web.scm (python-openid, python-terminado)
(python-geventhttpclient, python-cachecontrol, python-webencodings)
(python-s3transfer)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM* and end
phases with #t.

gnu: python-flask-script: Update to 2.0.6.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-script): Update to 2.0.6.

gnu: python-htmlmin: Update to 0.1.12.

* gnu/packages/python-web.scm (python-htmlmin): Update to 0.1.12.

gnu: python-s3transfer: Update to 0.1.13.

* gnu/packages/python-web.scm (python-s3transfer): Update to 0.1.13.

gnu: python-webtest: Update to 2.0.29.

* gnu/packages/python-web.scm (python-webtest): Update to 2.0.29.

gnu: python-ndg-httpsclient: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/python-web.scm (python-ndg-httpsclient): Update to 0.4.4.

gnu: python-cssutils: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-cssutils): Update to 1.0.2.

gnu: python-flask-babel: Update to 0.11.2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-babel): Update to 0.11.2.

guix system: Check for the lack of modules in the initrd.

* guix/scripts/system.scm (check-mapped-devices): Take an OS instead of
a list of <mapped-device>.  Pass #:needed-for-boot? and #:initrd-modules
to CHECK.
(check-initrd-modules): New procedure.
(perform-action): Move 'check-mapped-devices' call first.  Add call to
'check-initrd-modules'.
* gnu/system/mapped-devices.scm (check-device-initrd-modules): New
procedure.
(check-luks-device): Add #:initrd-modules and #:needed-for-boot?.  Use
them to call 'check-device-initrd-modules'.

system: Add 'initrd-modules' field.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[initrd-modules]: New field.
(operating-system-initrd-file): Pass #:linux-modules to 'make-initrd'.
* gnu/system/linux-initrd.scm (default-initrd-modules): New procedure.
(%base-initrd-modules): New macro.
(base-initrd): Add #:linux-modules and honor it.
* gnu/system/install.scm (embedded-installation-os): Use
'initrd-modules' instead of 'initrd'.
* gnu/tests/install.scm (%raid-root-os): Likewise.
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Add 'initrd-modules'.
(Initial RAM Disk): Document it.  Adjust example to not use
 #:extra-modules.

linux-initrd: Separate file system module logic.

* gnu/system/linux-initrd.scm (vhash, lookup-procedure): New macros.
(file-system-type-modules, file-system-modules): New procedures.
(base-initrd)[cifs-modules, virtio-9p-modules]: Remove.
[file-system-type-predicate]: Remove.
Use 'file-system-modules' instead of 'find' +
'file-system-type-predicate'.

linux-modules: Add 'device-module-aliases' and related procedures.

* gnu/build/linux-modules.scm (readlink*, stat->device-major)
(stat->device-minor): New procedures.
(%not-slash): New variable.
(read-uevent, device-module-aliases, read-module-aliases)
(current-alias-file, known-module-aliases, matching-modules): New
procedures.

Add (guix glob).

* guix/glob.scm, tests/glob.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/glob.scm.
(SCM_TESTS): Add tests/glob.scm.

environment: Add --user.

This change allows overriding the home directory of all filesystem mappings to
help hide the identity of the calling user in a container.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment)[--container]: Mention --user.
[--user]: Add item.
* guix/scripts/environment.scm (show-help): Add --user.
(%options): Add --user.
(launch-environment/container) Add 'user' parameter.  Update doc.  Override
'user-mappings' using 'override-user-mappings'.  Consider override for chdir.
(mock-passwd, user-override-home, overrid-euser-dir): New procedures.
(guix-environment): Disallow --user without --container.  Provide user to
'launch-environment/container'.
* tests/guix-environment.sh: Add user test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

environment: Add --link-profile.

This change is motivated by attempts to run programs (like GNU IceCat) within
containers.  The 'fontconfig' program, for example, is configured explicitly
to check ~/.guix-profile for additional fonts.

There were no existing container tests in 'tests/guix-environment.sh', but I
added one anyway for this change.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Add '--link-profile'.
* guix/scripts/environment.scm (show-help): Add '--link-profile'.
(%options): Add 'link-profile' as '#\P', assigned to 'link-profile?'.
(link-environment): New procedure.
(launch-environment/container): Use it when 'link-profile?'.
[link-profile?]: New parameter.
(guix-environment): Leave when '--link-prof' but not '--container'.  Add
'#:link-profile?' argument to 'launch-environment/container' application.
* tests/guix-environment-container.sh: New '--link-profile' test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: icecat: Add more fixes from upstream mozilla-esr52.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add selected fixes from the
upstream mozilla-esr52 repository.

gnu: icecat: Update to 52.6.0-gnu1.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 52.6.0-gnu1.
[source]: Remove patches that are no longer needed.
* gnu/packages/patches/icecat-bug-1348660-pt5.patch,
gnu/packages/patches/icecat-bug-1414945.patch,
gnu/packages/patches/icecat-bug-1415133.patch,
gnu/packages/patches/icecat-bug-1424373-pt2.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: postgresql@9.6: Update to 9.6.8 [fixes CVE-2018-1058].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql-9.6): Update to 9.6.8.

gnu: postgresql: Update to 10.3 [fixes CVE-2018-1058].

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 10.3.

gnu: memcached: Update to 1.5.6.

* gnu/packages/databases.scm (memcached): Update to 1.5.6.

gnu: linux-libre: Update to 4.15.7.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.15.7.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.23.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.23.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.85.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.85.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.119.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.119.

gnu: php: Fix test failure.

* gnu/packages/php.scm (php)[inputs]: Use gd-for-php.
(gd-for-php): New private variable.
* gnu/packages/patches/gd-CVE-2018-5711.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: sdcc: Fix typo in description.

* gnu/packages/sdcc.scm (sdcc)[description]: Fix (upstream) typo.  Add
hyphens.

gnu: sdcc: Update to 3.7.0.

* gnu/packages/sdcc.scm (sdcc): Update to 3.7.0.

gnu: php: Update to 7.2.3.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.2.3.

gnu: python-stem: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/python.scm (python-stem): Update to 1.6.0.
[arguments]: Add ‘fix-test-environment’ phase.

gnu: onionshare: Update phase style.

* gnu/packages/tor.scm (onionshare)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and end phase with #t.

gnu: privoxy: Update phase style.

* gnu/packages/tor.scm (privoxy)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and end phase with #t.

gnu: python-stem: Update phase style.

* gnu/packages/python.scm (python-stem)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM* and end phase with #t.

gnu: liblo: Update to 0.29.

* gnu/packages/audio.scm (liblo): Update to 0.29.

gnu: nagios: Update to 4.3.4.

* gnu/packages/monitoring.scm (nagios): Update to 4.3.4.

gnu: libftdi: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/libftdi.scm (libftdi)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: dbacl: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/textutils.scm (dbacl)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: dbacl: Update phase style.

* gnu/packages/textutils.scm (dbacl)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM* and end phases with #t.

gnu: Graft glibc to allow execution on Linux 2.6.32.

* gnu/packages/patches/glibc-allow-kernel-2.6.32.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/base.scm (glibc/linux)[replacement]: New field.
(glibc-2.26-patched): New variable.

gnu: r-httpuv: Update to 1.3.6.1.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): Update to 1.3.6.1.

gnu: r-lubridate: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lubridate): Update to 1.7.3.

gnu: r-tidyselect: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyselect): Update to 0.2.4.

gnu: r-rmarkdown: Update to 1.9.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 1.9.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.8.400.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.8.400.0.0.

gnu: r-yaml: Update to 2.1.17.

* gnu/packages/statistics.scm (r-yaml): Update to 2.1.17.

gnu: r-gdtools: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gdtools): Update to 0.1.7.
[inputs]: Add zlib.

gnu: r-rpart: Update to 4.1-13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rpart): Update to 4.1-13.

gnu: r-mass: Update to 7.3-49.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-49.

gnu: r-rmysql: Update to 0.10.14.

* gnu/packages/databases.scm (r-rmysql): Update to 0.10.14.

gnu: r-pillar: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.2.1.

gnu: r-truncnorm: Update to 1.0-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-truncnorm): Update to 1.0-8.

gnu: r-scran: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Update to 1.6.8.

gnu: r-wgcna: Update to 1.63.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-wgcna): Update to 1.63.

gnu: r-topgo: Update to 2.30.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo): Update to 2.30.1.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.30.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.30.3.

gnu: r-limma: Update to 3.34.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.34.9.

gnu: r-edger: Update to 3.20.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.20.9.

gnu: r-shortread: Update to 1.36.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-shortread): Update to 1.36.1.

gnu: r-dexseq: Update to 1.24.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dexseq): Update to 1.24.3.

gnu: efl: Use separate "include" output.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl)[outputs]: Add 'include' output.

gnu: efl: Update to 1.20.7.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.20.7.

gnu: Add patchmatrix.

* gnu/packages/music.scm (patchmatrix): New variable.

gnu: ghc-uuid: Fix build.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-uuid)[arguments]: Allow building with a newer
version of QuickCheck.

gnu: golly: Fix source url.

* gnu/packages/games.scm (golly): Fix source url.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-36.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-36.

gnu: libe-book: Update to 0.1.3.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libe-book): Update to 0.1.3.
[propagated-inputs]: Add LIBLANGTAG.

gnu: libabw: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libabw): Update to 0.1.2.

gnu: libpagemaker: Update to 0.0.4.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libpagemaker): Update to 0.0.4.
[source](uri): Use HTTPS.

gnu: libmspub: Update to 0.1.4.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmspub): Update to 0.1.4.
[source](uri): Use HTTPS.

gnu: xorgproto: Update to 2018.4.

* gnu/packages/xorg.scm (xorgproto): Update to 2018.4.

gnu: cuirass: Update to aa4c778.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to aa4c778.

import: cpan: Drop "v" prefix from version strings.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30641>.
Reported by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>.

* guix/import/cpan.scm (cpan-version): Drop the "v" prefix when it is
there.

gnu: nautilus: Use meson-build-system, update to 3.26.2.

* gnu/packages/gnome.scm (nautilus): Update to 3.26.2.
[build-system]: Use meson-build-system.
[native-inputs]: Add desktop-file-utils and gtk+:bin.
[inputs]: Add libselinux.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

profiles: 'manifest-add' truly deletes duplicate entries.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30569>.
Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* guix/profiles.scm (manifest-add): Don't append ENTRIES as is.
Instead, cons each element of ENTRIES as we fold over it.
Remove unneeded ellispes in 'match' patterns.

gnu: Fix Borg crashes with Python msgpack > 0.5

The Python msgpack library changed its name, but borg (and possibly
other packages) still uses the old name.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30662>.

* gnu/packages/python.scm (python-msgpack-transitional): New variable.
* gnu/packages/backup.scm (borg)[inputs]: Use it.

gnu: Remove duplicate definition of emacs-esxml.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-esxml): Remove.

gnu: Remove emacs-nov.

The package already exists with the name "emacs-nov-el".

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-nov): Remove.

gnu: java-bouncycastle-bcpkix: Use invoke.

* gnu/packages/java.scm (java-bouncycastle-bcpkix)[arguments]: Use invoke.

gnu: java-bouncycastle-bcprov: Use invoke.

* gnu/packages/java.scm (java-bouncycastle-bcprov)[arguments]: Use invoke.

gnu: java-lz4: Use invoke.

* gnu/packages/java.scm (java-lz4)[arguments]: Use invoke.

gnu: antlr3-3.1: Remove version from package name.

* gnu/packages/java.scm (antlr3-3.1)[name]: Remove.
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: antlr3-3.1: Use invoke.

* gnu/packages/java.scm (antlr3-3.1)[arguments]: Use invoke.

gnu: java-jansi-native: Simplify.

* gnu/packages/java.scm (java-jansi-native)[arguments]: Use "invoke"; remove
useless "mkdir-p".

gnu: java-jansi-native: Fix description.

* gnu/packages/java.scm (java-jansi-native)[description]: Replace placeholder
text with an actual description.

gnu: java-hawtjni: Simplify build phases.

* gnu/packages/java.scm (java-hawtjni)[arguments]: Use "invoke" instead of
"system*"; use "install-file" instead of "mkdir-p" and "copy-file".

gnu: java-commons-jexl-2: Use invoke.

* gnu/packages/java.scm (java-commons-jexl-2)[arguments]: Use invoke.

gnu: java-jnacl: Do not prefix jar with "java-".

* gnu/packages/java.scm (java-jnacl)[arguments]: Rename jar to "jnacl.jar".

gnu: java-jnacl: Update to 0.1.0-2.094e819.

* gnu/packages/java.scm (java-jnacl): Update to 0.1.0-2.094e819.

gnu: java-jnacl: Simplify build phase.

* gnu/packages/java.scm (java-jnacl)[arguments]: Simplify "fix-tests" phase.

gnu: java-jnacl: Correct license.

* gnu/packages/java.scm (java-jnacl)[license]: Change to BSD-2.

gnu: java-jnacl: Use invoke.

* gnu/packages/java.scm (java-jnacl)[arguments]: Use "invoke".

gnu: Add java-ecj-3.5.

* gnu/packages/java.scm (java-ecj-3.5): New variable.

gnu: Add java-ecj-3.

* gnu/packages/java.scm (java-ecj-3): New variable.

gnu: dovecot: Update to 2.3.0.1 [fixes CVE-2017-14461].

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.0.1.
[source]: Remove upstreamed patch.
* gnu/packages/patches/dovecot-CVE-2017-15132.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: html-xml-utils: Update to 7.6.

* gnu/packages/xml.scm (html-xml-utils): Update to 7.6.

gnu: libftdi: Update to 1.4.

* gnu/packages/libftdi.scm (libftdi): Update to 1.4.

gnu: git-remote-gcrypt: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/version-control.scm (git-remote-gcrypt): Update to 1.0.2.

gnu: dropbear: Update to 2018.76.

* gnu/packages/ssh.scm (dropbear): Update to 2018.76.

gnu: Add sala.

* gnu/packages/password-utils.scm (sala): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

linux-modules: Use 'load-linux-module/fd'.

This should be more efficient than loading the whole thing in user space.

* gnu/build/linux-modules.scm (load-linux-module*): Use
'load-linux-module/fd' instead of 'load-linux-module'.  Remove 'slurp'.