gnu: classpath: Add aarch64-linux support.

* gnu/packages/java.scm (classpath-bootstrap, classpath-0.99)[source]:
Add patch.
* gnu/packages/patches/classpath-aarch64-support.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: linux-libre: Update to 4.15.13.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.15.13.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.30.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.30.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.90.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.90.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.124.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.124.

guix build: 'guix build --log-file' gracefully reports certificate errors.

Previously 'guix build --log-file' would print a backtrace upon X.509
certificate verification errors.

* guix/scripts/build.scm (log-url): Catch 'tls-certificate-error' in
addition to 'getaddrinfo-error'.

gnu: geeqie: Update to 1.4.

* gnu/packages/image-viewers.scm (geeqie): Update to 1.4.
[arguments]: In 'autogen' phase, create ChangeLog{,.html}.

gnu: emacs-flycheck: Update to 31.

* gnu/packages/emacs.scm (flycheck): Update to 31.

gnu: pius: Update to 2.2.6.

* gnu/packages/gnupg.scm (pius): Update to 2.2.6.

gnu: usbredir: Build without '-Werror'.

Fixes build failure introduced in
58ee8a94a90eb40496b9704d541b5dfbbf1685ba, where compilation would fail
with:

  usbredirhost.c: In function ?usbredirhost_open_full?:
  usbredirhost.c:749:5: error: ?libusb_set_debug? is deprecated: Use libusb_set_option instead [-Werror=deprecated-declarations]
       libusb_set_debug(host->ctx, host->verbose);
       ^
  In file included from usbredirhost.h:24:0,
   from usbredirhost.c:31:
  /gnu/store/j8hzc465xy33cjfcq3wv39szxia4xrzv-libusb-1.0.22/include/libusb-1.0/libusb.h:1300:18: note: declared here
   void LIBUSB_CALL libusb_set_debug(libusb_context *ctx, int level);
    ^
  cc1: all warnings being treated as errors

* gnu/packages/spice.scm (usbredir)[arguments]: In 'autogen' phase,
remove '-Werror' from configure.ac.

gnu: ecj-javac-wrapper: Fix reference to glibj and tools.zip.

* gnu/packages/java.scm (ecj-javac-wrapper)[arguments]: Fix references to
glibj and tools.zip.

gnu: classpath-jamvm-wrappers: Run JamVM with conservative options.

* gnu/packages/java.scm (classpath-jamvm-wrappers)[arguments]: Pass extra
options to JamVM.

gnu: hwloc@1: Update to 1.11.9.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc): Update to 1.11.9.

git: 'latest-repository-commit' calls 'repository-close!'.

* guix/git.scm (latest-repository-commit): Call 'repository-close!'
when it exists.

gnu: ecj-javac-wrapper: Run JamVM with conservative options.

* gnu/packages/java.scm (ecj-javac-wrapper)[arguments]: Add options to jamvm
invocation.

gnu: ant-bootstrap: Make build more reliable.

* gnu/packages/java.scm (ant-bootstrap)[arguments]: Remove bootstrap phase;
create HOME/.ant.properties; pass options to JamVM.

gnu: newsboat: Update to 2.11.

* gnu/packages/syndication.scm (newsboat): Update to 2.11.
[inputs]: Change from JSON-C-0.12 to JSON-C.
[native-search-paths]: New field.

gnu: httpd: Update to 2.4.33 [security fixes].

This fixes CVE-2017-15710, CVE-2017-15715, CVE-2018-1283, CVE-2018-1301,
CVE-2018-1302, CVE-2018-1303, and CVE-2018-1312.

* gnu/packages/web.scm (httpd): Update to 2.4.33.

gnu: Remove sablevm and sablevm-classpath, update comments.

* gnu/packages/java.scm (sablevm, sablevm-classpath): Remove variables.

gnu: Remove ecj-javac-on-jamvm-wrapper.

* gnu/packages/java.scm (ecj-javac-on-jamvm-wrapper): Remove variable.
(classpath-devel)[native-inputs]: Use ecj-javac-wrapper instead.
(jamvm)[inputs]: Use ecj-javac-wrapper instead.
(ecj-javac-on-jamvm-wrapper-final): Rename...
(ecj-javac-wrapper-final): ...to this.
(icedtea-6)[native-inputs]: Use "ecj-javac-wrapper-final" instead of
'ecj-javac-on-jamvm-wrapper-final".
[arguments]: Use jamvm's rt.jar.

gnu: classpath-jamvm-wrappers: Use classpath-0.99.

* gnu/packages/java.scm (classpath-jamvm-wrappers): Inherit from
classpath-0.99.
[native-inputs]: Replace "jamvm-bootstrap" with "jamvm-1-bootstrap"; replace
"classpath-on-sablevm" with "classpath-0.99".

gnu: Remove jamvm-bootstrap.

* gnu/packages/java.scm (jamvm-bootstrap): Remove variable.
(classpath-devel)[native-inputs]: Use "jamvm-1-bootstrap" instead of
"jamvm-bootstrap".
(jamvm): Inherit from jamvm-1-bootstrap.

gnu: Replace classpath-on-sablevm with classpath-0.99.

* gnu/packages/java.scm (classpath-on-sablevm): Replace with...
(classpath-0.99): ...this new variable.
(classpath-devel): Inherit from classpath-0.99.

gnu: ecj-javac-wrapper: Do not use sablevm.

* gnu/packages/java.scm (ecj-javac-wrapper)[native-inputs]: Remove sablevm and
sablevm-classpath; add jamvm-1-bootstrap and classpath-bootstrap.
[arguments]: Simplify builder now that only jamvm is used.

gnu: ecj-bootstrap: Build with JamVM 1.5.1 and jikes.

* gnu/packages/java.scm (ecj-bootstrap)[native-inputs]: Replace "sablevm" with
"jikes" and "jamvm-1-bootstrap".
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: ant-bootstrap: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/java.scm (ant-bootstrap): Update to 1.8.4.

gnu: ant-bootstrap: Build with JamVM 1.5.1.

* gnu/packages/java.scm (ant-bootstrap)[native-inputs]: Replace sablevm with
jamvm-1-bootstrap.
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: Add jamvm-1-bootstrap.

* gnu/packages/java.scm (jamvm-1-bootstrap): New variable.

gnu: Add classpath-bootstrap.

* gnu/packages/java.scm (classpath-bootstrap): New variable.

gnu: libmtp: Update to 1.1.15.

* gnu/packages/libusb.scm (libmtp): Update to 1.1.15.

gnu: libusb: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/libusb.scm (libusb): Update to 1.0.22.

gnu: scotch: Use predictable source URI.

* gnu/packages/maths.scm (scotch)[source]: Use predictable URI.

gnu: mate-themes: Update to 3.22.15.

* gnu/packages/mate.scm (mate-themes): Update to 3.22.15.

gnu: filezilla: Update to 3.31.0.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.31.0.

gnu: hlint: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/haskell.scm (hlint): Update to 2.1.1.

gnu: flashrom: Support libusb versions >1.0.21.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (flashrom)[arguments]: Override CFLAGS
in #:make-flags.

gnu: python-pyld: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/python.scm (python-pyld): Update to 1.0.3.
[arguments]: Run the new test suite.

gnu: openlibm: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/maths.scm (openlibm): Update to 0.5.5.

gnu: Add python-parted.

* gnu/packages/disk.scm (python-parted, python2-parted): New variables.

gnu: Add python2-ipy.

* gnu/packages/networking.scm (python2-ipy): New variable.

gnu: fc-host-tools: Update to version 8.

* gnu/packages/embedded.scm (fc-host-tools): Update to version 8.

gnu: Add pure.

* gnu/packages/pure.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add pan.

* gnu/packages/mail.scm (pan): New variable.

gnu: gtkspell3: Add enchant.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkspell3)[native-inputs]: Add enchant.

gnu: clisp: Update license.

License clarified with upstream.

* gnu/packages/lisp.scm (clisp)[license]: Correct license to gpl2+.

gnu: clisp: Remove ineffective 'remove-timestamp' phase.

* gnu/packages/lisp.scm (clisp)[arguments]: Remove 'remove-timestamps'
phase.

gnu: libdvdcss: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/video.scm (libdvdcss): Update to 1.4.2.

gnu: gexiv2: Update to 0.10.8.

* gnu/packages/gnome.scm (gexiv2): Update to 0.10.8.

gnu: ruby-ffi: Update to 1.9.23.

* gnu/packages/libffi.scm (ruby-ffi): Update to 1.9.23.

gnu: clutter-gst: Update to 3.0.26.

* gnu/packages/gnome.scm (clutter-gst): Update to 3.0.26.

gnu: python-graphviz: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/graphviz.scm (python-graphviz): Update to 0.8.2.

gnu: gnome-autoar: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-autoar): Update to 0.2.3.

gnu: libstrophe: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/messaging.scm (libstrophe): Update to 0.9.2.

gnu: hunspell: Use INVOKE.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM* and end phase with explicit #t.

gnu: hunspell: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell): Update to 1.6.2.

gnu: python-ly: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/python.scm (python-ly)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: gnome-klotski: Update to 3.22.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-klotski): Update to 3.22.3.

gnu: aisleriot: Update to 3.22.5.

* gnu/packages/gnome.scm (aisleriot): Update to 3.22.5.

gnu: neomutt: Update to 20180323.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20180323.

gnu: ceres-solver: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/maths.scm (ceres-solver): Update to 1.14.0.

gnu: python-gitpython: Update to 2.1.1.9.

* gnu/packages/version-control.scm (python-gitpython): Update to 2.1.9.

gnu: yoshimi: Update to 1.5.7.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.5.7.

gnu: r-annotate: Update to 1.56.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotate): Update to 1.56.2.

gnu: perl-text-simpletable: Update to 2.04.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-simpletable): Update to 2.04.

gnu: emacs-mmm-mode: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mmm-mode): Update to 0.5.5.

gnu: autossh: Update to 1.4f.

* gnu/packages/ssh.scm (autossh): Update to 1.4f.

gnu: perl-www-mechanize: Update to 1.88.

* gnu/packages/web.scm (perl-www-mechanize): Update to 1.88.

gnu: links: Update to 2.15.

* gnu/packages/web-browsers.scm (links): Update to 2.15.
[source]: Remove patch for fixed CVE.
* gnu/packages/patches/links-CVE-2017-11114.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Web Services): Fix ‘wether’ typo.

gnu: less: Update to 530.

* gnu/packages/less.scm (less): Update to 530.

maint: Adjust 'check-final-inputs-self-contained' for glibc:static.

This change is necessary to cope with
6dff905e51202bbdebbad8811b6509584d12a796.

* build-aux/check-final-inputs-self-contained.scm (final-inputs): Change
'match' pattern to match (LABEL PACKAGE OUTPUT).

gnu: cuirass: Update to 326264c.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 326264c.

gnu: sablevm: Do not change GC, just disable stripping.

* gnu/packages/java.scm (sablevm)[arguments]: Disable stripping; do not play
with GC settings as they have no reliable effect on build success.

gnu: sablevm: Use a different GC implementation.

This is an attempt to fix a segfault when building ant-bootstrap.

* gnu/packages/java.scm (sablevm)[arguments]: Use gencopy GC implementation.

gnu: sablevm-classpath: Remove unnecessary inputs.

* gnu/packages/java.scm (sablevm-classpath)[inputs]: Remove.

gnu: Add u-boot-pine64-plus.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-pine64-plus): New variable.

gnu: make-u-boot-package: Install 'itb' and 'dtb' files also.

* gnu/packages/bootloaders.scm (make-u-boot-package)[arguments]: Add
'itb' and 'dtb' files to the files installed during custom 'install phase.

gnu: arm-trusted-firmware-pine64-plus: New variable.

* gnu/packages/firmware.scm (arm-trusted-firmware-pine64-plus): New
variable.

gnu: make-arm-trusted-firmware: New procedure.

* gnu/packages/firmware.scm (make-arm-trusted-firmware): New procedure.

gnu: tvtime: Fix build.

* gnu/packages/tv.scm (tvtime)[native-inputs]: Add 'pkg-config' to avoid
compilation errors.

gnu: dunst: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/dunst.scm (dunst): Update to 1.3.1.
[arguments]: Add SERVICEDIR_DBUS make flag.
[inputs]: Use 'gdk-pixbuf' instead of 'gtk'.

gnu: streamlink: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 0.11.0.
[native-inputs]: Add python-urllib3.

tests: Add tests for "guix system disk-image" et al.

* tests/guix-system.sh: Add test cases that exercise (1) all of the
  example files in gnu/system/examples, and (2) all of the "image"
  creation commands: vm, vm-image, disk-image, and docker-image.

system: Add "guix system docker-image" command.

* gnu/system/vm.scm (system-docker-image): New procedure.
* guix/scripts/system.scm (system-derivation-for-action): Add a case for
  docker-image, and in that case, call system-docker-image.
  (show-help): Document docker-image.
  (guix-system): Parse arguments for docker-image.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document "guix system
  docker-image".
* gnu/system/examples/docker-image.tmpl: New file.

guix: Rewrite build-docker-image to allow more paths.

* guix/docker.scm (build-docker-image): Rename "path" argument to
  "prefix" to reflect the fact that it is used as a prefix for the
  symlink targets.  Add the "paths" argument, and remove the "closure"
  argument, since it is now redundant.  Add a "transformations"
  argument.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image): Read the profile's reference
  graph and provide its paths to build-docker-image via the new "paths"
  argument.

gnu: When building in a VM, share a temporary directory.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Make a shared temporary directory
  available in the VM.
* gnu/system/vm.scm (%linux-vm-file-systems): Add a corresponding entry.

vm: Allow control of deduplication in root-partition-initializer.

* gnu/build/vm.scm (root-partition-initializer): Add #:deduplicate?
  keyword argument.

tests: Add tests for "guix pack".

* guix/scripts/pack.scm (bootstrap-xz): New variable.
  (%options) <--bootstrap>: New option.
  (show-help): Document the new --bootstrap option.
  (guix-pack): When --bootstrap is specified, use the bootstrap Guile,
  tar, and xz to build the pack, and do not use any profile hooks or
  locales.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Document the new --bootstrap
  option.
* tests/guix-pack.sh: New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add guix-pack.sh.
* gnu/packages/package-management.scm (guix) <inputs>: Add util-linux.

gnu: Add r-catdap.

* gnu/packages/cran.scm (r-catdap): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Keep Krita 3 along with Krita 4.

* gnu/packages/kde.scm (krita-3): New variable.

gnu: java-aqute-bnd-annotation: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/java.scm (java-aqute-bnd-annotation): Update to 3.5.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

doc: Move Cgit Service documentation to the Version Control section.

* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Move the Cgit Service to
section Version Control Services.

gexp: 'program-file' has a new #:module-path parameter.

* guix/gexp.scm (<program-file>): Add 'path' field.
(program-file): Add #:module-path parameter and honor it.
(program-file-compiler): Honor the 'path' field.
* tests/gexp.scm ("program-file #:module-path"): New test.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Update.

gexp: 'gexp->script' and 'gexp->file' have a new #:module-path parameter.

* guix/gexp.scm (load-path-expression): Add 'path' optional parameter.
(gexp->script): Add #:module-path and honor it.
(gexp->file): Likewise.
* tests/gexp.scm ("gexp->script #:module-path"): New test.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Update accordingly.

gnu: git: Update to 2.16.3.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.16.3.

gnu: libgee: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libgee): Update to 0.20.1.

gnu: fribidi: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/fribidi.scm (fribidi): Update to 1.0.2.
[arguments]: Disable building documentation for now.

gnu: parallel: Update to 20180322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180322.

gnu: coq-flocq: Use predictable source URI.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq-flocq)[source]: Use predictable URI.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.89.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.89.