gnu: dealii: Update to 9.1.1.

* gnu/packages/maths.scm (dealii): Update to 9.1.1.
[source]: Remove patch no longer needed.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): ditto.
* gnu/packages/patches/dealii-mpi-deprecations.patch: Delete it.

gnu: Add emacs-skeletor.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-skeletor): New variable.

gnu: nginx: Update to 1.17.4.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.17.4.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.16.3.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.16.3.

gnu: WebKitGTK: Update to 2.26.1.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk-2.24): Rename to ...
(webkitgtk-2.26): ... this.  Update to 2.26.1.
[inputs]: Add BUBBLEWRAP, LIBSECCOMP, LIBWPE, WPEBACKEND-FDO, and XDG-DBUS-PROXY.
* gnu/packages/gnome.scm (eolie, epiphany)[inputs]: Adjust for changed
variable name.
* gnu/packages/web-browsers.scm (next-gtk-webkit)[inputs]: Likewise.

gnu: Add xdg-dbus-proxy.

* gnu/packages/glib.scm (xdg-dbus-proxy): New public variable.

gnu: Add wpebackend-fdo.

* gnu/packages/webkit.scm (wpebackend-fdo): New public variable.

gnu: Add libwpe.

* gnu/packages/webkit.scm (libwpe): New public variable.

gnu: xbacklight: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xbacklight): Update to 1.2.3.

gnu: wabt: Update to 1.0.12.

* gnu/packages/web.scm (wabt): Update to 1.0.12.

gnu: xygrib: Update to 1.2.6.1.

* gnu/packages/geo.scm (xygrib): Update to 1.2.6.1.

gnu: Order (gnu packages license)'s imports alphabetically.

* gnu/packages/license.scm: Order module imports alphabetically.

gnu: Add makeself-safeextract.

* gnu/packages/compression.scm (makeself-safeextract): New variable.

gnu: emacs-company-quickhelp: Update to 2.2.0-1.479676c.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-quickhelp): Update to 2.2.0-1.479676c.

gnu: emacs-org-re-reveal: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-re-reveal): Update to 2.5.1.

gnu: emacs-counsel-dash: Fix home page.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-dash): Fix home page.

gnu: emacs-evil-magit: Update to 0.4.2-3.4b66a1d.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-magit): Update to 0.4.2-3.4b66a1d.

gnu: Add emacs-flycheck-grammalecte.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flycheck-grammalecte): New variable.

gnu: texinfo: Add version 6.7.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo-6.7): New variable.

gnu: tbb: Build in a reproducible fashion.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37522>.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb)[source](snippets): Annihilate attempts to
capture the build time and kernel version.

self: Mark trivial "-modules" derivations as non-substitutable.

The resulting nar takes ~500KiB and it's quicker to build it locally
than to download it.

* guix/self.scm (node-source+compiled): Pass #:options to
'computed-file'.

shepherd: Ensure the log file has correct ownership.

* gnu/build/shepherd.scm (make-forkexec-constructor/container): Ensure
LOG-FILE has correct ownership.

shepherd: 'make-forkexec-constructor/container' keeps the log file.

* gnu/build/shepherd.scm (make-forkexec-constructor/container): Don't
call 'clean-up' on LOG-FILE.  This mirrors Shepherd commit
6892f638c78a14fedd075f664432757bc015c140.

guix download: Ensure destination file-name is valid in the store.

Avoid invalid store-file-name by explicitly passing the destination
name, replacing any character not allowed in the store-file-name by an
underscore.

Fixes <http://issues.guix.gnu.org/issue/26175>

* guix/scripts/download.scm (safe-naensure-valid-store-file-nameme):
  New function. (download-to-store*): Use it to generate a "safe"
  basename of URL.

gnu: Add debops.

* gnu/packages/admin.scm (debops): New variable.
* gnu/packages/patches/debops-constants-for-external-program-names.patch,
  gnu/packages/patches/debops-debops-defaults-fall-back-to-less.patch:
  New files.
* gnu/local.mk: Add them.

gnu: Add python-distro.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-distro): New variable.

gnu: python-libmpsse: Update to 1.4.

* gnu/packages/embedded.scm (python2-libmpsse): Rename to...
(python-libmpsse): ...this.
[version]: Update to 1.4.
[source]: Change repository and version.
[inputs]: Change Python version.
[arguments]: Add #parallel-build?.
(python2-libmpsse): New variable.

guix package: Add '--list-profiles'.

* guix/scripts/package.scm (show-help, %options): Add '--list-profiles'.
(process-query): Honor it.
* tests/guix-package.sh: Add test.

doc: Do not comment out closing parens in Android examples.

* doc/guix.texi (Base Services): Arrange so that closin parens are not
commented out.

doc: Add missing paren in CPE example.

* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Add missing paren in 'cpe-name'
example.

doc: Add missing parens in inetd example.

* doc/guix.texi (Networking Services): Add missing parens in inetd
service example.

doc: Fix syntax of Varnish example.

* doc/guix.texi (Web Services): Escape nested string in '%gnu-mirror'
variable definition.  Adjust indentation.

gnu: emacs-helm-dash: Update to 1.3.0-2.7f853bd.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-dash): Update to 1.3.0-2.7f853bd.

gnu: emacs-counsel-dash: Update to 0.1.3-2.24d370b.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-dash): Update to 0.1.3-2.24d370b.

gnu: Add emacs-dash-docs.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dash-docs): New variable.

gnu: emacs-youtube-dl: Update to 1.0-2.af877b5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-youtube-dl): Update to 1.0-2.af877b5.

gnu: emacs-mu4e-conversation: Update to 0.0.1-5.98110bb.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-mu4e-conversation): Update to 0.0.1-5.98110bb.

gnu: emacs-nov-el: Update to 0.2.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nov-el): Update to 0.2.9.

gnu: emacs-websocket: Enable some tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-websocket): Enable some tests.

gnu: emacs-make-it-so: Update to 0.1.0-2.b73dfb6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-make-it-so): Update to 0.1.0-2.b73dfb6.

gnu: emacs-web-mode: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-web-mode)[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.

gnu: emacs-yaml-mode: Update to 0.0.14.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-yaml-mode): Update to 0.0.14.

gnu: emacs-evil-nerd-commenter: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-nerd-commenter): Enable tests.

gnu: dtc: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc): Update to 1.5.1.
[arguments]: Add -Wl,-rpath to LDFLAGS #:make-flags.

gnu: emacs-circe: Update to 2.11.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-circe): Update to 2.11.

gnu: dehydrated: Update to 0.6.5.

* gnu/packages/tls.scm (dehydrated): Update to 0.6.5.

gnu: skopeo: Update to 0.1.39.

* gnu/packages/virtualization.scm (skopeo): Update to 0.1.39.

gnu: bspwm: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/wm.scm (bspwm): Update to 0.9.9.

gnu: vimb: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (vimb): Update to 3.5.0.

gnu: libxcb: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/xorg.scm (libxcb)[source]: Hard-code NAME.

gnu: xorgproto: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/xorg.scm (xorgproto)[source]: Hard-code NAME.

gnu: encodings: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/xorg.scm (encodings): Update to 1.0.5.

gnu: f3: Update to 7.2.

* gnu/packages/disk.scm (f3): Update to 7.2.

gnu: beets: Update to 1.4.9.

* gnu/packages/music.scm (beets): Update to 1.4.9.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Remove more Python 3.7 compatibility fixes.
* gnu/packages/patches/beets-python-3.7-fix.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: beets: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/music.scm (beets)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-xelb: Update to 0.18.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-xelb): Update to 0.18.

gnu: fmit: Update to 1.2.13.

* gnu/packages/music.scm (fmit): Update to 1.2.13.

gnu: xf86-input-wacom: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xf86-input-wacom)[source]: Hard-code NAME.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.09.12.1.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.09.12.1.

gnu: celluloid: Update to 0.17 from gnome-mpv.

* gnu/packages/video.scm (celluloid): ‘New’ public variable.
(gnome-mpv): Redefine as DEPRECATED-PACKAGE.

gnu: iproute2: Add libmnl input.

* gnu/packages/linux.scm (iproute)[inputs]: Add libmnl.

gnu: iproute2: Update to 5.3.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute): Update to 5.3.0.

gnu: rofi: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi): Update to 1.5.4.

gnu: mlt: Update to 6.16.0.

* gnu/packages/video.scm (mlt): Update to 6.16.0.

gnu: spirv-tools: Use GIT-FILE-NAME.

* gnu/packages/vulkan.scm (spirv-tools)[source]: Use GIT-FILE-NAME.

gnu: spirv-tools: Update to 2019.2.

* gnu/packages/vulkan.scm (spirv-tools): Update to 2019.2.

gnu: you-get: Update to 0.4.1355.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.1355.

gnu: freeimage: Update to 3.18.0.

* gnu/packages/image.scm (freeimage): Update to 3.18.0.
[source]: Modify snippet to remove the bundled libjxr. Remove obsolete
patches.
[arguments]: Add libjxr include directory to #:make-flags.
[inputs]: Add libjxr.
* gnu/packages/patches/freeimage-CVE-2015-0852.patch,
gnu/packages/patches/freeimage-CVE-2016-5684.patch,
gnu/packages/patches/freeimage-fix-build-with-gcc-5.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Unregister patches.
* gnu/packages/patches/freeimage-unbundle.patch: Update patch.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: libjxr: Build and install shared library.

* gnu/packages/image.scm (libjxr)[arguments]: Add -fPIC to CFLAGS for shared
library support.  Add 'build-shared-library' phase and modify 'install' phase
to install the shared libraries.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: freeimage: Build with the C++ 11 standard.

This is a follow-up to commit 942c7889498fc8e680a16d500e166c9ade84e640.

* gnu/packages/image.scm (freeimage)[arguments]: Pass -std=gnu++11 in CFLAGS.

installer: Update to Guile-Parted 0.0.2 release.

* gnu/installer/parted.scm (data-partition?, metadata-partition?,
freespace-partition?, normal-partition?, extended-partition?,
logical-partition?): Remove, as now provided by Guile-Parted.
* gnu/installer/newt/partition.scm (run-disk-page): Remove disk-destroy calls,
replace disk-delete-all by disk-remove-all-partitions and
disk-delete-partition by disk-remove-partition*.

gnu: guile-parted: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-parted): Update to 0.0.2.

gnu: Add r-assertable.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertable): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Avoid @verbatiminclude for Scheme snippets.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Use @include instead of
@verbatiminclude.
(Additional Build Options): Likewise.

doc: Fix installing Guix in VM

* doc/guix.texi (Installing Guix in a Virtual Machine):
Pass "order=d" to '-boot' option.  Use "-drive media=cdrom" for the ISO
image.  Remove paragraph about ordering and the boot menu.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-exwm: Update to 0.23.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-exwm): Update to 0.23.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Support paren matching via CSS hover.

* doc/build.scm (syntax-highlighted-html)[build](pair-open/close)
(highlights->sxml*): New procedures.
(syntax-highlight): Use 'highlights->sxml*'.

pull: Dim the commit ID when displaying news.

* guix/scripts/pull.scm (display-news-entry): Dim the commit line.

colors: Add 'dim'.

* guix/colors.scm (coloring-procedure): New procedure.
(%highlight-color): Remove.
(highlight): Define in terms of 'coloring-procedure'.
(dim): New procedure.

services: Add the Guix Data Service.

* gnu/services/guix.scm: New file.
* gnu/tests/guix.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add both new files.
* doc/guix.texi (Guix Services): New section documenting the Guix Data
Service.

gnu: Add guix-data-service.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): New variable.

gnu: emacs-vdiff: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vdiff): Enable tests.

gnu: emacs-helm-lsp: Fix description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-lsp): Fix description.

gnu: Add emacs-cmake-font-lock.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cmake-font-lock): New variable.

linux-boot: Fix typo.

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-root-file-system): Fix typo.

build: initrd: Fix "write-cpio-archive" return value.

* gnu/build/linux-initrd.scm (write-cpio-archive): Really return OUTPUT on
success, even when compression is disabled.

gnu: idris: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-network-2.8, ghc-megaparsec-7): New
variables.
* gnu/packages/idris.scm (idris): Update to 1.3.2.
[source]: Remove patch.
[inputs]: Use ghc-network-2.8 and ghc-megaparsec-7.
* gnu/packages/patches/idris-test-no-node.patch: Delete.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add emacs-wttrin.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-wttrin): New variable.

gnu: emacs-xterm-color: Update to 1.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-xterm-color): Update to 1.9.

gnu: Move openmw-openscenegraph to graphics.scm.

Package inheritance across modules may cause unbound variable errors at
expansion time because of cyclic dependencies between the modules.

* gnu/packages/game-development.scm (openmw-openscenegraph): Move from here ...
* gnu/packages/graphics.scm (openmw-openscenegraph): ... to here.  Make the
variable public and "hide" the package.

gnu: emacs-el-search: Update to 1.12.6.1-2.07bed84.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-el-search): Update to 1.12.6.1-2.07bed84.

gnu: Add emacs-cl-print.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cl-print): New variable.

gnu: emacs-stream: Update to 2.2.4-1.a3f3da1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-stream): Update to 2.2.4-1.a3f3da1.

gnu: p11-kit: Update to 0.23.17.

* gnu/packages/patches/p11-kit-jks-timestamps.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/tls.scm (p11-kit): Update to 0.23.17.
[source](patches): Remove.

gnu: OpenEXR: Update home page.

* gnu/packages/graphics.scm (ilmbase, openexr)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: OpenEXR: Update to 2.4.0 [fixes CVE-2018-18443, CVE-2018-18444].

* gnu/packages/patches/ilmbase-fix-tests.patch: Adjust for new origin.
* gnu/packages/patches/ilmbase-openexr-pkg-config.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/graphics.scm (ilmbase): Update to 2.4.0.
[source]: Change to GIT-FETCH, as tarballs are no longer provided.  Add new
patch.
[build-system]: Change to CMAKE-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Add phase to enter the correct source directory.
* gnu/packages/graphics.scm (openexr): Update to 2.4.0.
[source]: Inherit from ILMBASE, which comes from the same repository.
[build-system]: Change to CMAKE-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Add phase to enter the correct source directory.
* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-bad)[arguments]: Enable C++11.
* gnu/packages/image-processing.scm (opencv)[arguments]: Likewise.

gnu: varnish: Update to 6.3.0.

* gnu/packages/web.scm (varnish): Update to 6.3.0.
[arguments]: Patch /bin/sh in one more file.

gnu: ffmpeg: Update to 4.2.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 4.2.1.

gnu: re2: Update to 2019-09-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2019-09-01.

gnu: openvswitch: Update to 2.12.0.

* gnu/packages/networking.scm (openvswitch): Update to 2.12.0.