environment: Use 'evaluate-search-paths'.

This allows 'guix environment' to correctly handle non-directory
and/or pattern search-path specifications, such as that for
'XML_CATALOG_FILES'.

* guix/scripts/environment.scm (for-each-search-path): Use
  'evaluate-search-paths' instead of 'search-path-as-list' & co.

search-paths: Define the 'PATH' environment variable.

* guix/search-paths.scm ($PATH): New variable.
* guix/scripts/environment.scm (for-each-search-path): Use it.

search-paths: 'evaluate-search-paths' can be passed a list of directories.

* guix/search-paths.scm (evaluate-search-paths): Change 'directory' to
  'directories', and adjust 'search-path-as-list' accordingly.
* guix/scripts/package.scm (search-path-environment-variables): Adjust
  call accordingly.

gnu-maintenance: 'gnu-package?' returns #t for R and for GNOME packages.

Reported by John Darrington.

* guix/gnu-maintenance.scm (gnu-package?)[mirror-type]: Add "gnome" to
  the list of GNU mirrors.  Return #f for "cran".

environment: Use (guix search-paths).

* guix/scripts/environment.scm: Use (guix search-paths).  Fixes a
  regression introduced in e89431b.

gnu: vcftools: Remove "-m64" from CFLAGS.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vcftools): Explicitly set CFLAGS to
  remove "-m64" flag.

gnu: fltk: Fix undefined symbol errors for shared libraries.

* gnu/packages/patches/fltk-shared-lib-defines.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/fltk.scm (source)[patches]: New field.

gnu: ardour: Add library dirs to RUNPATH.

* gnu/packages/audio.scm (ardour)[arguments]: Add a build phase to add all
  library output directories to the rpath using linker flags.

gnu: Add bluez.

* gnu/packages/linux.scm (bluez): New variable.

gnu: Add libical.

* gnu/packages/calendar.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add soil.

* gnu/packages/gl.scm (soil): New variable.

records: Make 'make-syntactic-constructor' available at load/eval/expand.

* guix/records.scm (make-syntactic-constructor): Wrap in 'eval-when'.

profiles: Use a &message error condition instead of 'error'.

* guix/profiles.scm (sexp->manifest): Use 'raise' instead of 'error'.

search-paths: 'evaluate-search-paths' now returns spec/value pairs.

* guix/search-paths.scm (evaluate-search-paths): Return
  specification/value pairs instead of variable/value pairs.
* guix/scripts/package.scm (search-path-environment-variables): Adjust
  accordingly.  Pass #:separator to 'environment-variable-definition'.

search-paths: Add 'environment-variable-definition'.

* guix/search-paths.scm (environment-variable-definition): New variable.
* guix/scripts/package.scm (search-path-environment-variables): Use it.

search-paths: Add 'evaluate-search-paths', from (guix scripts package).

* guix/scripts/package.scm (with-null-error-port,
  evaluate-search-paths): Move to...
* guix/search-paths.scm: ... here.
* guix/utils.scm (string-tokenize*): Move to...
* guix/search-paths.scm: ... here.
* tests/utils.scm ("string-tokenize*"): Adjust accordingly.

Move search path specifications to (guix search-paths).

* guix/packages.scm (<search-path-specification>,
  search-path-specification->sexp, sexp->search-path-specification):
  Move to...
* guix/search-paths.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/build-system/cmake.scm, guix/build-system/glib-or-gtk.scm,
  guix/build-system/gnu.scm, guix/build-system/haskell.scm,
  guix/build-system/perl.scm, guix/build-system/python.scm,
  guix/build-system/ruby.scm, guix/build-system/waf.scm,
  guix/profiles.scm, guix/scripts/package.scm: Use it.

gnu: Add markdown.

* gnu/packages/textutils.scm (markdown): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

substitute: Increase TTL from 24h to 36h.

* guix/scripts/substitute.scm (%narinfo-ttl): Increase to 36h.

gnu: Add libwpg.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libwpg): New variable.

guix: build: Fix indentation for --sources in help output.

* guix/scripts/build.scm (show-help)[--sources]: Make indentation
  consistent with other long options.

gnu: curl: Update to 7.42.1.

* gnu/packages/patches/curl-support-capath-on-gnutls-conf.patch,
  gnu/packages/patches/curl-support-capath-on-gnutls.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/curl.scm (curl): Update to 7.42.1.  Remove patches.

gnu: Add python-sympy.

* gnu/packages/python.scm (python-sympy, python2-sympy): New variables.

doc: Fix dangling references in the 'sh-symlink' monad example.

Reported by Christopher A. Webber <cwebber@dustycloud.org>.

* doc/guix.texi (The Store Monad): Reintroduce 'mlet' in 'sh-symlink'
  example.  Move the simplified version below.  Explain that the 'store'
  parameter is threaded.

doc: Suggest 'groupadd --system'.

* doc/guix.texi (Build Environment Setup): Use 'groupadd --system'.

doc: Clarify installation from the binary tarball.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Specifically refer to
  group/account creation, and add an item for substitutes.  Mention
  verifiability.

gnu: bamtools: Set rpath via LDFLAGS.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bamtools): Add a pre-configure phase
  setting $LDFLAGS to set the rpath to $out/lib/bamtools.

gnu: Add taskwarrior.

* gnu/packages/task-management.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add samtools-0.1.19.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools-0.1): New variable.

gnu: samtools: Install libbam.a library.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools)[arguments]: Add phase
  "install-library" to install the libbam.a library.

gnu: samtools: Remove patch-makefile-curses phase.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools)[arguments]: Remove
  patch-makefile-curses phase, use make-flags instead.

gnu: gcc-5.1: Add specific libvtv patch.

* gnu/packages/patches/gcc-5.0-libvtv-runpath.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5.1)[source]: Use it.

guix package: Introduce 'evaluate-search-paths'.

* guix/scripts/package.scm (evaluate-search-paths): New procedure, with
  most of the code formerly in 'search-path-environment-variables'.
  (search-path-environment-variables): Use it.

guix package: Move profile cleaning out of 'search-path-environment-variables'.

* guix/scripts/package.scm (user-friendly-profile): New procedure.
  (search-path-environment-variables): Remove 'profile' local variable.
  (display-search-paths): Explicitly call 'user-friendly-profile' for
  the argument to 'search-path-environment-variables'.
  (guix-package)[process-query]: Likewise.

gnu: Add totem-pl-parser.

* gnu/packages/gnome.scm (totem-pl-parser): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Replace reference to profile.sh with sh-symlink

* doc/guix.texi (The Store Monad): Replace reference to "profile.sh",
  which is not defined until the next node, with "sh-symlink", which
  is defined immediately above

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libe-book.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libe-book): New variable.

Co-authored-by: John Darrington <jmd@gnu.org>

gnu: Add zeromq.

* gnu/packages/networking.scm (zeromq): New variable.

gnu: rename (gnu packages socat) to (gnu packages networking).

* gnu/packages/socat.scm: Rename this ...
* gnu/packages/networking.scm: ... to this.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Change socat.scm to networking.scm.

gnu: subversion: Update to 1.8.13.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion): Update to 1.8.13.

gnu: gnupg: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.3.

gnu: Add dovecot.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): New variable.

gnu: acpica: Update to 20150410.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20150410.

gnu: wpa-supplicant: Update to 2.4.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant): Update to 2.4.

gnu: parallel: Update to 20150422.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150422.

gnu: help2man: Update to 1.46.6.

* gnu/packages/man.scm (help2man): Update to 1.46.6.

gnu: dejagnu: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/dejagnu.scm (dejagnu): Update to 1.5.3.

gnu: Add libwpd.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libwpd): New variable.

gnu: Add librevenge.

* gnu/packages/libreoffice.scm (librevenge): New variable.

Co-authored-by: John Darrington <jmd@gnu.org>

gnu: cppunit: Explicitly link with libdl.

* gnu/packages/check.scm (cppunit)[arguments]: Add #:make-flags.

guix: build: Add transitive source building.

* guix/scripts/build.scm (%options, options->derivations): Add --sources
  option.
* doc/guix.texi (Invoking guix build): Document --sources option.
* tests/guix-build.sh: Add tests.

guix: packages: Add package-direct-sources and package-transitive-sources.

* guix/tests.scm (dummy-origin): New syntax.
* guix/packages.scm (package-direct-sources)
  (package-transitive-sources): New procedures.
* tests/packages.scm ("package-direct-sources, no source")
  ("package-direct-sources, #f source")
  ("package-direct-sources, not input source", "package-direct-sources")
  ("package-transitive-sources"): Test them.

install: Add bash-completion to the packages.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Add
  BASH-COMPLETION.

profiles: Store search paths in manifests.

Discussed in <http://bugs.gnu.org/20255>.

* guix/packages.scm (sexp->search-path-specification): New variable.
* guix/profiles.scm (<manifest-entry>)[search-paths]: New field.
  (package->manifest-entry): Initialize it.
  (manifest->gexp): Match it.  Wrap #$deps in (propagated-inputs ...).
  Emit (search-paths ...).  Increment version.
  (find-package): New procedure.
  (sexp->manifest)[infer-search-paths]: New procedure.
  Use it to initialize the 'search-paths' field for versions 0 and 1.
  Add case for version 2.
* guix/scripts/package.scm (search-path-environment-variables)[manifest-entry->package]:
  Remove.
  Use 'manifest-entry-search-paths' instead of 'manifest-entry->package'
  plus 'package-native-search-paths'.
* tests/profiles.scm ("profile-manifest, search-paths"): New test.

Merge branch 'core-updates'

hydra: Update Guix job set.

* build-aux/hydra/guix.scm (tarball-package): Remove 'nix-checkout'
  parameter.  Remove 'arguments', 'native-inputs', and 'location'
  fields.  Adjust caller accordingly.
  (hydra-jobs): Remove 'nix-checkout'.

build-system/gnu: 'dist-package' preserves the package's native inputs.

* guix/build-system/gnu.scm (dist-package)[native-inputs]: Preserve P's
  native-inputs.

build-system/gnu: Adjust to removal of a "bin" output for Libtool.

* guix/build-system/gnu.scm (dist-package): Change libtool:bin input to
  just libtool.

gnu: gcj: Remove broken symlink and conflicting files.

* gnu/packages/gcc.scm (gcj)[arguments]: Add a build phase to remove a broken
  symlink and generic stump binaries.

gnu: mesa: Update to 10.5.4.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Update version to 10.5.4.  Add libxvmc to
  inputs.  Remove python, gettext, flex, and bison from native-inputs.  Remove
  hack that was necessary to prevent rebuilding parts of the build system.

gnu: mesa: Add libva input.

There is a circular dependency between Mesa and libVA, so we use a
libva-no-mesa package that builds libVA without GLX and EGL support, and use
that for building Mesa.

* gnu/packages/gl.scm (libva-for-mesa): New variable.
(mesa): Add as input.

gnu: linux-libre: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.0.1.

gnu: ebook: Drop circular inclusion of the module into itself.

* gnu/packages/ebook.scm: Do not import (gnu packages ebook).

services: Add console-keymap service.

* gnu/services/base.scm (console-keymap-service): New procedure.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

Co-authored-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

bash completion: Complete long options with no short variant.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete_option): Change grep regexp
  to match options that don't have a short option name.

gnu: polkit-qt: Add $libdir to RUNPATH.

* gnu/packages/polkit.scm (polkit-qt)[arguments]: Add
  #:configure-flags.

check-available-binaries: Use %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS.

* build-aux/check-available-binaries.scm: Use %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS
  instead of %SUPPORTED-SYSTEMS.

gnu: mariadb: Remove now unneeded workaround.

This has been redundant since 21e583d.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb)[arguments]: Remove LDFLAGS
  definition.

list-packages: Add status link only for systems supported on Hydra.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml)[status]:
  Intersect (package-transitive-supported-systems package) with
  %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS.

packages: Add '%hydra-supported-systems'.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%hydra-supported-systems): Remove.
* guix/packages.scm (%hydra-supported-systems): New variable.

gnu: ganv: Set the RUNPATH of binaries to $libdir.

* gnu/packages/gtk.scm (ganv)[arguments]: Add 'set-ldflags' phase.

Merge branch 'master' into core-updates

serialization: Adjust the permissive UTF-8 decoder to Guile 2.0.12ish.

* guix/serialization.scm (read-maybe-utf8-string): Use
  'set-port-encoding!' and 'set-port-conversion-strategy!' instead of
  setting '%default-port-encoding' and
  '%default-port-conversion-strategy'.  This accounts for Guile commit
  d574d96, which changes bytevector input ports to use ISO-8859-1.

substitute: Fix file descriptor leak in 'http-multiple-get'.

In practice we would not leak much since we reconnect after ~100
requests (with nginx running on hydra.gnu.org.)

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Call 'close-port'
  before 'connect'.

gnu: qt: Add patch for i686 build problem.

See <https://bugreports.qt.io/browse/QTBUG-45205>.

* gnu/packages/patches/qt5-conflicting-typedefs.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qt.scm (qt): Add the patch.

Thank Joshua.

download: Honor the 'http_proxy' and 'https_proxy' env. vars.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20402>.
Reported by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>.

* guix/download.scm (url-fetch): Pass #:leaked-env-vars to
  'gexp->derivation'.

derivations: Add #:leaked-env-vars parameter.

Suggested by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>
in <http://bugs.gnu.org/20402>.

* guix/derivations.scm (derivation): Add #:leaked-env-vars parameter.
  [user+system-env-vars]: Honor it.
* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Add #:leaked-env-vars and pass it to
  'raw-derivation'.
* doc/guix.texi (Derivations, G-Expressions): Adjust accordingly.

download: Simplify 'open-connection-for-uri' to support HTTP proxies.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/20402>.
Reported by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Rewrite to be a
  small wrapper around 'open-socket-for-uri'.  This procedure was
  initially introduced in d14ecda to work around the lack of NSS modules
  during bootstrap but that has become unnecessary since 0621349, which
  introduced a bootstrap Guile that uses static NSS modules (from commit
  d3b5972.)
  On Guile >= 2.0.10, this allows the 'http_proxy' environment variable
  to be used.

gnu: Add orcus.

* gnu/packages/libreoffice.scm (orcus): New variable.

gnu: lilv: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20040>.

* gnu/packages/audio.scm (lilv): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: sord: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20044>.

* gnu/packages/rdf.scm (sord): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: serd: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20051>.

* gnu/packages/rdf.scm (serd): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: wxwidgets: Set rpath in LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20049>.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets): Add a make flag to set rpath to
  $out/lib via LDFLAGS.

gnu: gcc: Add link to upstream bug report.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.8): Add link to bug report in comment.

gnu: gcc: Add $libdir to the RUNPATH of libvtv.so.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.9): Inherit from GCC-4.8.
  [source]: Add 'gcc-libvtv-runpath.patch'.
  (gcc-5.1): Inherit from GCC-4.9.
  [source]: Use patches from GCC-4.9.
* gnu/packages/patches/gcc-libvtv-runpath.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: libva: Patch a dlopen call, set drivers path.

* gnu/packages/video.scm (libva): Patch the reference to libva-x11.so (passed
  to dlopen()) to use an absolute path.  Add --with-drivers-path= to
  #:configure-flags with a value pointing to mesa's $prefix/lib/dri.

install: Make /var/lock.

Reported by 宋文武 <iyzsong@gmail.com>.

* gnu/build/install.scm (directives): Add /var/lock.

gnu: jack2: Add $libdir to the RUNPATH of all the binaries.

* gnu/packages/audio.scm (jack2)[arguments]: Add #:phases.

gnu: Remove gstreamer-0.10 and gst-plugins-base-0.10.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer-0.10, gst-plugins-base-0.10):
  Remove variables.
* gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-bison3.patch,
  gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-silly-test.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: Add xmp.

* gnu/packages/audio.scm (xmp): New variable.

gnu: Add libxmp.

* gnu/packages/audio.scm (libxmp): New variable.

gnu: Add libmodplug.

* gnu/packages/audio.scm (libmodplug): New variable.

gnu: Add python-tornado.

* gnu/packages/python.scm (python-tornado, python2-tornado): New variables.

gnu: Add python2-backport-ssl-match-hostname.

* gnu/packages/python.scm (python2-backport-ssl-match-hostname): New variable.

gnu: Add icedtea7.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): New variable.

gnu: cmake: Disable parallel tests.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake)[arguments]: Add #:parallel-tests?.
  Set 'CTEST_OUTPUT_ON_FAILURE' to 'TRUE' in 'set-paths phase.

gnu: cmake: Update to 3.2.2.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake): Update to 3.2.2.
* gnu/packages/patches/cmake-fix-tests.patch: Skip test for BundleUtilities.

gnu: Add ixion.

* gnu/packages/libreoffice.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: John Darrington <jmd@gnu.org>

gnu: Add extremetuxracer.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): New variable.