publish: '--compression' can be repeated.

This allows 'guix publish' to compress and advertise multiple
compression methods from which users can choose.

* guix/scripts/publish.scm (actual-compression): Rename to...
(actual-compressions): ... this.  Expect REQUESTED to be a list, and
always return a list.
(%default-options): Remove 'compression.
(store-item->recutils): New procedure.
(narinfo-string): Change #:compression to #:compressions (plural).
Adjust accordingly.
(render-narinfo, render-narinfo/cached): Likewise.
(bake-narinfo+nar): Change #:compression to #:compressions.
[compressed-nar-size]: New procedure.
Call 'compress-nar' for each item returned by 'actual-compressions'.
Create a narinfo for each compression.
(effective-compression): New procedure.
(make-request-handler): Change #:compression to #:compressions.
Use 'effective-compression' to determine the applicable compression.
(guix-publish): Adjust handling of '--compression'.
Print a message for each compression that is enabled.
* tests/publish.scm ("/*.narinfo"): Adjust to new narinfo field
ordering.
("/*.narinfo with properly encoded '+' sign"): Likewise.
("/*.narinfo with lzip + gzip"): New test.
("with cache, lzip + gzip"): New test.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Document it.

gnu: Add guile-srfi-159.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-srfi-159): New variable.

build-system/guile: Display progress report as expected by (guix status).

* guix/build/guile-build-system.scm (report-build-progress): Use a
format string suitable for (guix status).

build-system/guile: Add #:not-compiled-file-regexp.

* guix/build/guile-build-system.scm (build): Add
 #:not-compiled-file-regexp and honor it.
* guix/build-system/guile.scm (guile-build): Likewise.
(guile-cross-build): Likewise.

build-system/guile: Improve reporting of 'guild compile' failures.

* guix/build/guile-build-system.scm (invoke-each)[processes]: New
variable.
[wait-for-one-process]: Check PROCESSES and update it.
[fork-and-run-command]: Update PROCESSES.

gnu: Add guile-gi.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-gi): New variable.

gnu: faudio: Update to 19.06.

* gnu/packages/audio.scm (faudio): Update to 19.06.

gnu: debootstrap: Update to 114.

* gnu/packages/debian (debootstrap): Update to 114.

gnu: debian-archive-keyring: Update to 2019.01.

* gnu/packages/debian (debian-archive-keyring): Update to 2019.01.

gnu: giac: Update to 1.5.0-57.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.5.0-57.

gnu: musescore: Update to 3.1.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.1.

compile: Adjust for Guile 3.

* guix/build/compile.scm (%default-optimizations): Adjust to the new
names in Guile 2.9.2.

herd: Use the Guile 2.2 'setvbuf' API.

* gnu/services/herd.scm (open-connection): Use 'block for 'setvbuf'.

progress: Provide the proper type for %PROGRESS-INTERVAL.

The (srfi srfi-19) module of Guile 2.9.2 catches the wrong type.

* guix/progress.scm (%progress-interval): Change type to TIME-DURATION.

gnu: Add terminator.

* gnu/packages/gnome.scm (terminator): Add at 1.91

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ghc-happy: Skip memory-hungry tests.

Tests fail reliably for me on a system with 2GB of available RAM, in
`issue93.a.hs` and `issue93.n.hs`.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-happy): Skip test "issue93".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: keepassxc: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.4.2.

gnu: grammalecte: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.1.1.

gnu: r-openssl: Update to 1.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-openssl): Update to 1.4.

gnu: r-biocviews: Update to 1.52.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.52.2.
[propagated-inputs]: Add r-biocmanager.

gnu: Add gash.

* gnu/packages/shells.scm (gash): New variable.

gnu: Add txr.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): New variable.
* gnu/packages/patches/txr-shell.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Indent hackage tests

* tests/hackage.scm: Reindent using etc/indent-code.el.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: hackage: Don't mock hackage-fetch.

* tests/hackage.scm: Pass a string input port to tests instead of
mocking hackage download.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: hackage: Factor out package pattern.

* tests/hackage.scm: Import result pattern matching via helper.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lzlib: 'make-lzip-input-port' better handles end of decompression.

Suggested by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* guix/lzlib.scm (lzread!): Call 'lz-decompress-finish' when
'feed-decoder!' returns EOF.  Call 'lz-decompress-finished?' to
determine end of compression.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.6.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.6.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.47.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.47.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.123.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.123.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.180.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.180.

import: hackage: Update list of ghc-included packages.

Update the list of excepted dependencies for current ghc-8.4, based on the
release notes at
https://downloads.haskell.org/~ghc/8.4.3/docs/html/users_guide/8.4.3-notes.html

Particularly, this adds `text` to the list, which is a dependency of `parsec`
which was already on the list before, causing build failures with updated
versions of the `text` package.

* guix/import/hackage.scm (ghc-standard-libraries): Update list.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: gnucash-docs: Update to 3.5.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash-docs): Update to 3.5.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: gnucash: Update to 3.5.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash): Update to 3.5.
[source]: Remove unneeded patch.
* gnu/packages/patches/gnucash-fix-test-transaction-failure.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: dealii-openmpi: Add hdf5-parallel-openmpi input.

* gnu/packages/maths.scm (dealii-openmpi)[inputs]: Add hdf5-parallel-openmpi.

gnu: slepc: Update to 3.11.1.

* gnu/packages/maths.scm (slepc): Update to 3.11.1.
[native-inputs]: Add petsc:examples.
[arguments]: Add PETSCCONFIGDIR to #:make-flags.

gnu: petsc: Update to 3.11.2.

* gnu/packages/maths.scm (petsc): Update to 3.11.2.

gnu: petsc-complex-mpi: Setup MPI for tests.

* gnu/packages/maths.scm (petsc-complex-mpi)[arguments]: Add 'mpi-setup
phase.

gnu: Add mousepad.

* gnu/packages/xfce.scm (mousepad): New variable.

gnu: Add zbar.

* gnu/packages/aidc.scm (zbar): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

services: Add patchwork.

* gnu/service/web.scm (<patchwork-database-configuration>
<patchwork-settings-module>, <patchwork-configuration>): New record types.
(patchwork-virtualhost): New procedure.
(patchwork-service-type): New variable.
* gnu/tests/web.scm (%test-patchwork): New variable.
* doc/guix.text (Web Services): Document it.

gnu: Add patchwork.

* gnu/packages/patchutils.scm (patchwork): New variable.

services: Add getmail.

Getmail is a mail retriever written in Python, this commit adds a service-type
to run getmail. I'm looking at this, as it's a convinient way of getting
mailing list messages in to Patchwork.

I initially tried putting this in the (gnu services mail) module, but due to
also trying to use the define-configuration pattern, it conflicted with the
dovecot service.

* gnu/services/getmail.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add it.
* gnu/tests/mail.scm (%getmail-os, %test-getmail): New variables.
(run-getmail-test): New procedure.

gnu: Go 1.4: Fix typo.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.4): Fix typo in comment.

gnu: gtksourceview-2: Fix finding default data.

* gnu/packages/patches/gtksourceview-2-add-default-directory.patch: New
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceview-2)[source]: Use it.

gnu: php: Update to 7.3.6.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.3.6.

gnu: Add r-birta.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-birta): New variable.

gnu: Add r-birewire.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-birewire): New variable.

gnu: r-seriation: Update to 1.2-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-seriation): Update to 1.2-5.

gnu: emacs-diff-hl: Update to 1.8.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-diff-hl): Update to 1.8.6.
[source]: Fetch from git.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-helm: Update to 3.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.2.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-counsel-tramp: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-tramp): Update to 0.6.3.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-editorconfig: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-editorconfig): Update to 0.8.0.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-exec-path-from-shell: Update to 1.12.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-exec-path-from-shell): Update to 1.12.
[source]: Use git-fetch.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add emacs-reformatter.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-reformatter): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add emacs-ivy-pass.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-pass): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: kitty: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/terminals.scm (kitty): Update to 0.14.1.

gnu: diffoscope: Update to version 115-1.7f3416f.

* gnu/packages/package-management (diffoscope):
  [package] Update to version 115-1.7f3416f.
  [source] Switch to using git-fetch.
  [inputs] Move python-pytest and python-chardet ...
  [native-inputs] ... to here.
  [arguments] Move comment to fit line length.

gnu: r-biocviews: Update to 1.52.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.52.1.

gnu: r-tibble: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 2.1.2.

gnu: r-dose: Update to 3.10.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dose): Update to 3.10.1.

gnu: Add gthumb.

* gnu/packages/gnome.scm (gthumb): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: sddm: Add QtQuick-related dependencies to sddm.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): add QtQuick related
dependencies to sddm package in order to `sddm-greeter` application
to load user defined themes which are based on QtQuick.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

publish: Factorize 'compress-nar'.

* guix/scripts/publish.scm (compress-nar): New procedure.
(bake-narinfo+nar): Use it.

publish: Remove outdated comment.

* guix/scripts/publish.scm (make-request-handler): Remove outdated TODO.

gnu: r-statmod: Update to 1.4.32.

* gnu/packages/statistics.scm (r-statmod): Update to 1.4.32.

gnu: r-fields: Update to 9.8-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): Update to 9.8-3.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.2.0.

gnu: Use make-linux-libre-headers.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre-headers): New variable.
(linux-libre): Rename to...
(linux-libre-5.1): ...this.
(linux-libre-headers): Rename to...
(linux-libre-headers-4.14.67): ...this.
(linux-libre-5.1, linux-libre-headers-4.14.67): Use make-linux-libre-headers.
(linux-libre-5.1, linux-libre-headers-5.1, linux-libre-headers-4.19,
%linux-libre-4.15-version, %linux-libre-4.15-hash, linux-libre-4.15,
linux-libre-headers-4.15, linux-libre-headers-4.14): New variables.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: cross-base: Allow non-default linux-headers.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-kernel-headers): Add
LINUX-HEADERS optional argument.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add basic support for riscv64-linux-gnu targets.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add
"riscv64-linux".
* gnu/packages/linux.scm (system->linux-architecture): Add "riscv"
prefix.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add childsplay.

* gnu/packages/education.scm (childsplay): New variable.

installer: Fix wifi menu crash with hidden SSIDs.

This fixes https://issues.guix.gnu.org/issue/35622.

* gnu/installer/connman.scm (<service>): Mention that name may be false.
* gnu/installer/newt/wifi.scm (wifi-services): Filter out wifi services
without name.

Co-authored by: Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>

gnu: awscli: Add missing input.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35980>.

* gnu/packages/python-web.scm (awscli)[arguments]: Add build phase
"fix-reference-to-groff".
[inputs]: Add groff.

gnu: r-scran: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Update to 1.12.1.

gnu: r-scater: Update to 1.12.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.12.2.

gnu: r-sva: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-sva): Update to 3.32.1.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.36.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.36.1.

gnu: r-edger: Update to 3.26.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.26.4.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.30.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.30.1.

import: cran: Ignore invalid packages from the system requirements.

* guix/import/cran.scm (description->package): Filter invalid packages from
the list of system requirements.

gnu: r-atacseqqc: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-atacseqqc): Update to 1.8.1.

gnu: r-icobra: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-icobra): Update to 1.12.1.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.18.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.18.1.

gnu: r-geosphere: Update to 1.5-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-geosphere): Update to 1.5-10.

gnu: r-ggfortify: Update to 0.4.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggfortify): Update to 0.4.7.

gnu: r-wgcna: Update to 1.68.

* gnu/packages/cran.scm (r-wgcna): Update to 1.68.

gnu: r-bookdown: Update to 0.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-bookdown): Update to 0.11.
[propagated-inputs]: Add ghc-pandoc; remove r-yaml.

gnu: r-upsetr: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-upsetr): Update to 1.4.0.

gnu: r-epi: Update to 2.37.

* gnu/packages/cran.scm (r-epi): Update to 2.37.

gnu: r-etm: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-etm): Update to 1.0.5.

gnu: r-cmprsk: Update to 2.2-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-cmprsk): Update to 2.2-8.

gnu: r-ks: Update to 1.11.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ks): Update to 1.11.5.

gnu: r-bayesplot: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayesplot): Update to 1.7.0.
[propagated-inputs]: Add r-glue, r-tibble, and r-tidyselect.

gnu: r-refgenome: Update to 1.7.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-refgenome): Update to 1.7.7.

gnu: r-snakecase: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-snakecase): Update to 0.11.0.

gnu: r-openxlsx: Update to 4.1.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-openxlsx): Update to 4.1.0.1.

gnu: r-pillar: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.4.1.

gnu: r-tsp: Update to 1.1-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-tsp): Update to 1.1-7.

gnu: r-jomo: Update to 2.6-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-jomo): Update to 2.6-8.

gnu: r-ksamples: Update to 1.2-9.

* gnu/packages/cran.scm (r-ksamples): Update to 1.2-9.