Move <boot-parameters> to (gnu system).

* guix/scripts/system.scm (previous-grub-entries)
  (display-system-generation): Use accessors instead of matching
  <boot-parameters>.
  (boot-parameters, boot-parameters?, boot-parameters-label)
  (boot-parameters-root-device, boot-parameters-kernel)
  (boot-parameters-kernel-arguments, read-boot-parameters): Move to...
* gnu/system.scm: ... here. Export them.

gnu: Add python-hy.

* gnu/packages/python.scm (python-hy, python2-hy): New variables.

gnu: Add python-rply.

* gnu/packages/python.scm (python-rply, python2-rply): New variables.

gnu: Add python-astor.

* gnu/packages/python.scm (python-astor, python2-astor): New variables.

gnu: Add python-clint.

* gnu/packages/python.scm (python-clint, python2-clint): New variables.

gnu: Add python-args.

* gnu/packages.scm (python-args, python2-args): New variables.

gnu: Add khal.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): New variable.

gnu: python-urwid: Disable failing test test_remove_watch_file.

* gnu/packages/python.scm (python-urwid)[arguments]: Add
'disable-failing-test' phase.
[source]: Use pypi-uri.

gnu: Update python-tzlocal to 1.2.

* gnu/packages/python.scm (python-tzlocal): Update to 1.2.
[source]: Use pypi-uri.
[arguments]: Remove the custom 'unpack phase.
[native-inputs]: Remove unzip, python-setuptools.
[propagated-inputs]: Add python-pytz.

gnu: Add python-sphinxcontrib-newsfeed.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinxcontrib-newsfeed): New variable.

gnu: Add python-icalendar.

* gnu/packages/python.scm (python-icalendar): New variable.

gnu: Add vdirsyncer.

* gnu/packages/dav.scm (vdirsyncer): New variable.

gnu: Add radicale.

* gnu/packages/dav.scm (radicale): New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add python-pytest-xprocess.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-xprocess): New variable.

gnu: Add python-wsgi-intercept.

* gnu/packages/python.scm (python-wsgi-intercept): New variable.

gnu: Add python-pytest-localserver.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-localserver): New variable.

gnu: Add python-pytest-cache.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-cache): New variable.

gnu: Add python-execnet.

* gnu/packages/python.scm (python-execnet): New variable.

gnu: Add python-apipkg.

* gnu/packages/python.scm (python-apipkg): New variable.

gnu: Add python-click-log.

* gnu/packages/python.scm (python-click-log): New variable.

gnu: Add python-click-threading.

* gnu/packages/python.scm (python-click-threading): New variable.

gnu: Add python-requests-toolbelt.

* gnu/packages/python.scm (python-requests-toolbelt): New variable.

gnu: Add python-atomicwrites.

* gnu/packages/python.scm (python-atomicwrites): New variable.

gnu: glade: Update to 3.18.5.

* gnu/packages/gnome.scm (glade): Update to 3.18.5.
[arguments]: Disable tests; add "fix-docbook" phase.
[inputs]: Replace "gtk+-2" with "gtk+".
[native-inputs]: Add "itstool", "libxslt", "docbook-xml", "docbook-xsl";
replace "python" with "python-2".

gnu: openssh: Update to 7.1p2.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.1p2.

Revert "gnu: openssh: Update to 7.1p2 [fixes CVE-0216-0778]."

This reverts commit 6d139e53b596ca154800d154b37fcd22741c629c.

gnu: openssh: Update to 7.1p2 [fixes CVE-0216-0778].

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.1p2.

gnu: Add docker-compose.

* gnu/packages/docker.scm (docker-compose): New variable.

gnu: Add python-dockerpty.

* gnu/packages/docker.scm (python-dockerpty): New variable.

gnu: Add python-docker-py.

* gnu/packages/docker.scm: New file.
* Makefile.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add python-websocket-client.

* gnu/packages/python.scm (python-websocket-client): New variable.

gnu: Add python-texttable.

* gnu/packages/python.scm (python-texttable, python2-texttable): New
variables.

gnu: Update python-jsonschema to 2.5.1.

* gnu/packages/python.scm (python-jsonschema): Update to 2.5.1.
[inputs]: Add python-vcversioner.

gnu: Add python-vcversioner.

* gnu/packages/python.scm (python-vcversioner, python2-vcversioner): New
variables.

gnu: Add version 2.7 variant of python-requests.

* gnu/packages/python.scm (python-requests-2.7): New variable.

gnu: r-go-db: Add missing input.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-go-db)[propagated-inputs]: Add
  "r-annotationdbi".

gnu: r-sparsem: Add missing "gfortran" input.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sparsem)[inputs]: Add "gfortran".

gnu: bowtie: Update to 2.2.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bowtie): Update to 2.2.6.
[source]: Remove patch; do not set CC and CPP variables.
[inputs]: Add "tbb".
[arguments]: Pass "prefix" and "WITH_TBB" make flags; remove custom
"install" phase.
* gnu/packages/patches/bowtie-fix-makefile.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove patch file.

gnu: gnupg: Add TOFU support.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[inputs]: Add sqlite.

import: gem: Beautify description field.

* guix/import/gem.scm (gem->guix-package): Use 'beautify-description'.

import: cran: Move beautify-description to utils module.

* guix/import/cran.scm (beautify-description): Move from here...
* guix/import/utils.scm: ... to here.

emacs: Fix heading face in "Package Info".

Reported by Ludovic Courtès <ludo@gnu.org> on #guix.
This fixes a regression introduced in commit 7171d824.

'insert-text-button' procedure does not allow to override a button face,
so a specialized button type should be used instead.

* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-heading): New button type.
  (guix-package-info-insert-heading): Use it.

gnu: orfm: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (orfm): Update to 0.5.3.
[native-inputs]: Add inputs required for tests.
[description]: Add commas.

gnu: Add ruby-bio-commandeer.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-bio-commandeer): New variable.

gnu: Add ruby-systemu.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-systemu): New variable.

hydra: Add missing phase and inputs for 'make dist' job.

* build-aux/hydra/guix.scm (tarball-package): Inherit from 'guix-devel'
rather than 'guix'.  Pass #:phases to 'dist-package'.

build-system/gnu: 'dist-package' can be passed the phases.

* guix/build-system/gnu.scm (dist-package): Add #:phases parameter and
honor it.

monad-repl: Close connection when leaving the monad REPL.

* guix/monad-repl.scm (store-monad-language): Add 'store' parameter and
use it.  Remove call to 'open-connection'.
(enter-store-monad): Use 'with-store' and pass the store to
'store-monad-language.

gnu: julia: Update to 0.4.3.

* gnu/packages/julia.scm (julia): Update to 0.4.3.
(libuv-julia): Update to 07730c4bd595.

emacs: Move loading packages to "guix-emacs.el".

* emacs/guix-init.el: Move the code for auto-loading Emacs packages to...
  (guix-package-enable-at-startup): Move to...
* emacs/guix-emacs.el (guix-package-enable-at-startup): ... here.

emacs: Make "guix-emacs.el" independent.

"guix-emacs.el" may be used just for "instructing" Emacs where to find
Emacs packages installed with Guix, so it should have as few
dependencies as possible.

See <http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-01/msg00022.html>.

* emacs/guix-emacs.el: Require 'guix-profiles' optionally.
  (guix-emacs-load-autoloads): Use 'guix-profile-prompt' only if it is
  available.

emacs: Complete --file in 'guix build' popup.

* emacs/guix-command.el (guix-command-improve-build-argument): Use
  'guix-read-file-name' to complete --file option.

emacs: Add missing shell completions.

* emacs/guix-pcomplete.el (guix-pcomplete-complete-option-arg): Complete
  file name for '--install-from-file' option of 'guix package' command,
  and for '--file' and '--with-source' options of 'guix build' command.

gnu: isc-dhcp: Update to 4.3.3-P1 [fixes CVE-2015-8605].

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update to 4.3.3-P1.

gnu: samtools: Update to 1.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools): Update to 1.3.
[arguments]: Enable tests for all architectures; set ncurses in
configure-flags instead of make-flags; simplify "patch-tests" phase;
restore "configure" phase.

build: Use 127 as the Linux hash-bang limit.

Reported by taylanbayirli@gmail.com (Taylan Ulrich Bayırlı/Kammer).

* m4/guix.m4 (LINUX_HASH_BANG_LIMIT): Set to 127.

gnu: skribilo: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/skribilo.scm (skribilo): Update to 0.9.3.
[native-inputs]: New field.

doc: Fix typo in "Build Systems".

* doc/guix.texi (Build Systems): Remove extra 's'.

gnu: boost: Update to 1.60.0.

* gnu/packages/boost.scm (boost): Update to 1.60.0.
  [source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/boost-mips-avoid-m32.patch: Delete patch
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove patch.

Also fix dependent packages:

* gnu/packages/patches/csound-header-ordering.patch: New patch.
* gnu/packages/audio.scm (csound)[source]: Use it.
  [arguments]: Add 'set-flags phase.
* gnu/packages/patches/libcmis-fix-test-onedrive.patch: New patch.
* gnu/packages/libreoffice.scm (libcmis)[source]: Use it.
  (libreoffice)[arguments]: Add LDFLAGS to #:configure-flags.
  (librevenge)[inputs]: Move boost from here...
  [propogated-inputs]: to here.
  [arguments]: Add LDFLAGS to #:configure-flags.
* gnu/packages/patches/openimageio-boost-1.60.patch: New patch.
* gnu/packages/graphics.scm (openimageio): Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patches.

gnu: boost: Use modify-phases.

* gnu/packages/boost.scm (boost)[arguments]: Use modify-phases.

build: 'make check' errors out if file name limits would be hit.

* Makefile.am (SCM_TESTS, SH_TESTS, TESTS, AM_TESTS_ENVIRONMENT)
(SCM_LOG_COMPILER, SH_LOG_COMPILER, AM_SCM_LOG_FLAGS)
(AM_SH_LOG_FLAGS): Move within 'if CAN_RUN_TESTS'.
(check-local) [!CAN_RUN_TESTS]: New target.
* daemon.am (AM_TESTS_ENVIRONMENT, TESTS): Ditto.
* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_FILE_NAME_LIMITS): Add parameter and set it.

build: Warn against long hash bang lines for tests.

* m4/guix.m4 (GUIX_TEST_HASH_BANG_LENGTH): New macro.
(GUIX_CHECK_FILE_NAME_LIMITS): Use it.  Warn against long hash bang
lines in tests.

doc: Show bootstrapping at the package level.

* doc/images/bootstrap-packages.dot: New file.
* doc.am (DOT_FILES): Add it.
* doc/guix.texi (Bootstrapping): Show 'guix graph' commands.  Includes
'images/bootstrap-packages' and comment it.

gnu: sudo: Add fix for CVE-2015-5602.

* gnu/packages/patches/sudo-CVE-2015-5602.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (sudo)[source]: Add patch.

gnu: global: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/code.scm (global)[arguments]: Use modify-phases syntax.

gnu: global: Update to 6.5.2.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.5.2.

gnu: icedtea-6: Fix directory name in "unpack" phase.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-6)[arguments]: Change the directory
  prefix in the "unpack" phase to "icedtea6-".

gnu: linux-libre: Update to 4.4.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.4.
* gnu/packages/linux-libre-i686.conf,
  gnu/packages/linux-libre-x86_64.conf: Update from
  <https://jxself.org/git/kernel-configs.git>.

gnu: Add fxtract.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fxtract): New variable.

gnu: youtube-dl: Update to 2016.01.09.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2016.01.09.

gnu: gp2c: Update to 0.0.9pl5.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.9pl5.

gnu: texlive: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/texlive.scm (texlive-bin, texlive-texmf): Use modify-phases
  syntax.

gnu: man-pages: Update to 4.04.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.04.
[source]: Add alternate location.

build: Fix out-of-tree building of documentation.

* doc.am (.dot.png, .dot.pdf, .dot.eps): Put the generated files into
  $(srcdir).

gnu: bedtools: Update to 2.25.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools): Update to 0.25.0.
[source]: Remove patch merged upstream.
[arguments]: Use 'modify-phases'.  Remove
'patch-makefile-SHELL-definition' phase.
* gnu/packages/patches/bedtools-32bit-compilation.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: bedtools: Use modify-phases.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools)[arguments]: Use modify-phases.

gnu: r: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.2.3.

gnu: icecat: Update to 38.5.2-gnu1.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 38.5.2-gnu1.

gnu: ruby-2.1: Update to 2.1.8.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.1): Update to 2.1.8.

gnu: i2c-tools: Update source and home-page URLs.

* gnu/packages/linux.scm (i2c-tools)[source]: Update URL.
[home-page]: Update URL.

gnu: lm-sensors: Update source and home-page URLs.

* gnu/packages/linux.scm (lm-sensors)[source]: Update URL.
[home-page]: Update URL.

gnu: nss: Update to 3.21 [fixes CVE-2015-7575].

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.21.
  [arguments]: In configure phase, setenv CC=gcc.
* gnu/packages/patches/nss-pkgconfig.patch: Adapt to NSS 3.21.

build-system/python: 'pypi-uri' takes an optional file name extension.

Suggested by swedebugia <swedebugia@riseup.net>.

* guix/build-system/python.scm (pypi-uri): Add 'extension' parameter and
use it.

gnu: Add missing (gnu packages gcc) import.

* gnu/packages/bioinformatics.scm: Use (gnu packages gcc). This is
required by 'r-impute' for 'gfortran'.

gnu: xterm: Update to 322.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Update to 322.

gnu: epiphany: Update to 3.18.2.

* gnu/packages/gnome.scm (epiphany): Update to 3.18.2.

gnu: webkitgtk: Update to 2.10.4.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.10.4.

doc: Document network-manager-service.

* doc/guix.texi (Networking Services): Document network-manager-service.

doc: Add elaborate package search example.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Add elaborate --search example
using recsel and sexes.

gnu: Add Pfff.

* gnu/packages/textutils.scm (pfff): New variable.

gnu: mpv: Remove 'samba' input.

This is a heavy-weight and uncommon feature.  See
<http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-12/msg00701.html>.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[inputs]: Remove 'samba'.

emacs: Display supported systems in "Package Info".

* emacs/guix-main.scm (%package-param-alist): Add 'systems'.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-info-insert-systems): New
  procedure.
  (guix-package-info-format): Add it.
  (guix-output-info-format): Likewise.
  (guix-package-info-titles): Add "Supported systems" title.

gnu: Add genomation.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomation): New variable.

gnu: Add seqPattern.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqpattern): New variable.

gnu: Add impute.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-impute): New variable.

gnu: Add BSgenome.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bsgenome): New variable.

gnu: Add plotly.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotly): New variable.

gnu: Add viridis.

* gnu/packages/statistics.scm (r-viridis): New variable.

gnu: Add topGO.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo): New variable.

gnu: Add matrixStats.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixstats): New variable.