gnu: Add python-send2trash.

* gnu/packages/python.scm (python-send2trash, python2-send2trash): New
variables.

gnu: Add python-prometheus-client.

* gnu/packages/python.scm (python-prometheus-client,
python2-prometheus-client): New variables.

gnu: python-jupyter-client: Update to 5.2.4.

* gnu/packages/python.scm (python-jupyter-client): Update to 5.2.4.

gnu: python-ipython: Break dependency on python-ipykernel.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython)[propagated-inputs]: Remove
python-ipykernel.
[arguments]: Delete more broken tests.

gnu: python-ipykernel: Update to 5.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python-ipykernel): Update to 5.1.0.
[arguments]: Enable tests.
[propagated-inputs]: Add python-ipython.
[native-inputs]: Add python-pytest and python-nose.

gnu: python-ipython: Update to 5.8.0.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython): Update to 5.8.0.
[propagated-inputs]: Replace python-prompt-toolkit with
python-prompt-toolkit-1.
[arguments]: Use INVOKE in the "check" phase; return #T from the "fix-tests"
phase.

gnu: Add python-prompt-toolkit-1.

* gnu/packages/python.scm (python-prompt-toolkit-1, python2-prompt-toolkit-1):
New variables.

gnu: python-prompt-toolkit: Update to 2.0.7.

* gnu/packages/python.scm (python-prompt-toolkit): Update to 2.0.7.
[arguments]: Enable tests; add phase "post-install-check" and delete "check"
phase.
[native-inputs]: Add python-pytest.

gnu: python-hy: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-hy)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-clint: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-clint)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-configargparse: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-configargparse)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-docopt: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-docopt)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ruby: Remove versions 1.8, 2.1 and 2.2.

Remove ruby versions which have reached EOL.

See <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2018-11/msg00421.html>.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-1.8, ruby-2.1, ruby-2.2): Remove variables.

gnu: breeze-icons: Fix failing tests.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(breeze-icons)[arguments]<#phases>:
  Remove outdated 'disable-failing-test, add 'add-symlinks.

gnu: Syncthing: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.0.0.

gnu: emacs-org-contrib: Update to 9.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org-contrib): Update to 9.2.
[propagated-inputs]: Add missing inputs.

gnu: org: Update to 9.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 9.2.

gnu: Add emacs-arduino-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-arduino-mode): New variable.

gnu: emacs-w3m: Fix build.

The previously (unofficial) Git repository mirror is no longer available, so
we fallback to using the official CVS repository.

Fixes issue 33938 (see: https://issues.guix.info/issue/33938).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-w3m)[origin]: Fetch the sources from the
  official CVS repository.

gnu: linux-libre: Update to 4.20, while retaining 4.19 LTS.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.20.
(%linux-libre-hash): Update hash.
(%linux-libre-4.20-patches): New variable.
(linux-libre): Use %linux-libre-4.20-patches.
(%linux-libre-4.19-version, %linux-libre-4.19-hash)
(%linux-libre-4.19-patches, linux-libre-4.19): New variables.
(linux-libre-arm-generic, linux-libre-arm-omap2plus): Use
%linux-libre-4.20-patches.
(linux-libre-arm-generic-4.19, linux-libre-arm-omap2plus-4.19): New variables.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Add them.

gnu: linux-libre: Build with GCC-7 on all systems.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre)[native-inputs]: Include GCC-7
unconditionally.  Previously it was included only on Intel systems.
Add GMP, MPFR, and MPC.
[arguments]: Add 'work-around-gcc-7-include-path-issue' phase.

gnu: linux-libre: Minor cleanups.

* gnu/packages/linux.scm: Remove comment about armhf-linux kernel configuration.
(%intel-compatible-systems, %linux-compatible-systems): Remove these
variables, inlining their values into the few places where they are used.
(%linux-libre-arm-export-__sync_icache_dcache-patch): New variable.
(%linux-libre-4.19-patches): Use the above variable.

gnu: php-with-bcmath: Deprecate in favour of 'php'.

This is a follow-up to 4629d26755aa06344fb8f515fb0202776e70c429.

* gnu/packages/php.scm (php-with-bcmath): Deprecate in favour of 'php'.
* gnu/tests/monitoring.scm (%zabbix-os): Use this.

gnu: ruby-pg: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-pg): Update to 1.1.3.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: amule: Use 'git-fetch'.

* gnu/packages/networking.scm (amule)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: amule: Don't run 'bootstrap phase.

* gnu/packages/networking.scm (amule)[arguments]: Delete 'bootstrap
phase.

gnu: libphidget: Update to 2.1.8.20180607.

* gnu/packages/libphidget.scm (libphidget): Update to 2.1.8.20180607.

gnu: libphidget: Update source uri.

* gnu/packages/libphidget.scm (libphidget)[source]: Update source uri.
[home-page]: Use https.

refresh: github: updates for origins using 'git-fetch'.

* guix/import/github.scm (updated-github-url): Respond with the repository url
for the 'git-fetch' fetch method.
(github-package?): Simplify boolean expression.
(github-repository, github-user-slash-repository): Strip trailing ".git" from
project if present.
(latest-release)<origin-github-uri>: Recognize a 'git-reference'.

gnu: emacs-matrix-client: Update to 5d8e959.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-matrix-client): Update to
  5d8e959a63e5de05b628ca8e1dfb974f7f618821.
[propagated-inputs]: Add new inputs.

gnu: Add emacs-frame-purpose.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-frame-purpose): New variable.

gnu: python-lxml: Update to 4.2.5 [fixes CVE-2018-19787].

* gnu/packages/python.scm (python-lxml, python2-lxml): Update to 4.2.5.

gnu: chicken: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken): Update to 5.0.0.

gnu: hop: Update to 3.2.0-pre1.

* gnu/packages/scheme.scm (hop): Update to 3.2.0-pre1.
[arguments]: Add "--hostcc=gcc" to configure flags in the 'configure' phase
and substitute absolute reference to "/bin/rm".

gnu: bigloo: Update to 4.3e1.

* gnu/packages/scheme.scm (bigloo): Update to 4.3e1.

gnu: ffmpeg@2.8: Remove variable.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg@2.8): Remove variable.

gnu: vinagre: Don't build icon-cache.

* gnu/packages/gnome.scm (vinagre)[arguments]: Add custom phase to
remove 'gtk-update-icon-cache'.
[native-inputs]: Remove gtk+-bin.

gnu: vinagre: Update package for newer freerdp.

* gnu/packages/gnome.scm (vinagre)[source]: Update patches.
[arguments]: Add custom  phase to replace 'freerdp' with
'freerdp2'. Remove configure flags.
* gnu/packages/patches/vinagre-revert-1.patch,
gnu/packages/patches/vinagre-revert-2.patch: Remove files.
* gnu/packages/patches/vinagre-newer-freerdp.patch,
gnu/packages/patches/vinagre-newer-rdp-parameters.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register changes.

gnu: freerdp: Enable tests.

* gnu/packages/rdesktop.scm (freerdp)[arguments]: Enable tests. Add
configure-flag to build tests.

gnu: freerdp: Update to 2.0.0-rc4.

* gnu/packages/rdesktop.scm (freerdp): Update to 2.0.0-rc4.
[native-inputs]: Add docbook-xml, glib. Sort alphabetically.
[inputs]: Add libxkbcommon, wayland. Sort alphabetically.
[arguments]: Explicitly disable libsystemd.

gnu: OpenSSL 1.1: Update to 1.1.1a [fixes CVE-2018-{0734,0735}].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): Update to 1.1.1a.

gnu: gambit-c: Update to 4.9.1.

* gnu/packages/scheme.scm (gambit-c): Update to 4.9.1.
[home-page]: Update URL.

gnu: vlc: Update to 3.0.5.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 3.0.5.
[source]: Remove patch.
(%vlc-libx264-compat.patch): Remove variable.

services: gdm: Enable auto-start.

GDM is now reliable enough to run automatically.

* gnu/services/xorg.scm (gdm-shepherd-service): Do not set 'auto-start?'
to '#f'.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

services: gdm: Remove 'allow-root?' option.

This option results in allowing all login attempts without asking for
credentials.  The name is confusing, but rather than rename it, we will
remove it, since it seems like a feature that no one would want.

* gnu/services/xorg.scm (<gdm-configuration>): Remove 'allow-root?'.
(gdm-pam-service): Do not use 'gdm-configuration-allow-root?'.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gdm: Change locale settings file.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[arguments]: Set the '--with-lang-file'
configure flag to '/etc/environment'.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gdm: Pass XDG_DATA_DIRS into session environment.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[arguments]: Update the pre-configure
phase so that GDM preserves the XDG_DATA_DIRS variable when setting up
the session environment.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: linux-libre: Update to 4.19.13.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.19.13.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.91.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.91.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.148.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.148.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.12.17.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.12.17.

gnu: vim: Update to 8.1.0644.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.1.0644.
[native-inputs]: Add libtool.
(xxd)[native-inputs]: New field, empty list.
(vim-full)[native-inputs]: Also inherit native-inputs from vim.

gnu: vim-full: Fix test suite.

* gnu/packages/vim.scm (vim-full)[arguments]: Add custom phase to remove
test87.

gnu: gnuastro: Update to 0.8.

* gnu/packages/astronomy.scm (gnuastro): Update to 0.8.
[native-inputs]: Add lzip.

gnu: schismtracker: Update to 20181223.

* gnu/packages/music.scm (schismtracker): Update to 20181223.

gnu: php: Build bcmath.

* gnu/packages/php.scm (php)[arguments]: Add "--enable-bcmath" to configure
flags.

gnu: wine-staging: Update to 4.0-rc4.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.0-rc4.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.0-rc4.

gnu: giac-xcas: Update to 1.5.0-29.

* gnu/packages/algebra.scm (giac-xcas): Update to 1.5.0-29.

gnu: mame: Update to 0.205.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.205.
[arguments]: Remove unnecessary fix.

hydra: Use short timeouts for the QEMU jobs and system tests.

These builds shouldn't take too long.  Sometimes the guest kernel
crashes and the VM gets stuck; we should be able to terminate those jobs
quickly.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (qemu-jobs)[->alist]: Add
'max-silent-time' and 'timeout'.
(system-test-jobs)[test->thunk]: Likewise.

gnu: Add xfsprogs.

* gnu/packages/linux.scm (xfsprogs): New variable.

gnu: musescore: Update to 3.0.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.0.
[build-system]: Switch to CMake build system.
[arguments]: Apply build system change.
[native-inputs]: Remove unnecessary "cmake" input.

gnu: wget: Enable previously failing test.

* gnu/packages/wget.scm (wget)[arguments]: Remove custom phase skipping
SSL tests.

gnu: wget: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/wget.scm (wget): Update to 1.20.1.

gnu: cdrtools: Do not record the kernel version.

This allows for reproducible builds across machines running different
versions of the kernel Linux.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdrtools)[source](modules, snippet): New
fields.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.16.0.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.16.0.

gnu: samba: Update to 4.9.4.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.9.4.

gnu: strace: Update to 4.26.

* gnu/packages/linux.scm (strace): Update to 4.26.
[license]: Change to LGPL2.1+.

gnu: vim: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/vim.scm (vim)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: vim: Use https.

* gnu/packages/vim.scm (vim)[home-page]: Use https.

gnu: viewnior: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/image-viewers.scm (viewnior)[source]: Use 'git-fetch'.

lint: Check for unstable tarballs.

* guix/scripts/lint.scm (check-source-unstable-tarball): New procedure.
(%checkers): Add it.
* tests/lint.scm ("source-unstable-tarball", "source-unstable-tarball:
source #f", "source-unstable-tarball: valid", "source-unstable-tarball:
package named archive", "source-unstable-tarball: not-github",
"source-unstable-tarball: git-fetch"): New tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Document it.

gnu: Add guile-mastodon.

* gnu/packages/guile.scm (guile-mastodon): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pull: Add '--system'.

* guix/scripts/pull.scm (%options): Add '--system'.
(guix-pull): Honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Document it.

gnu: guix: Update to 7ba2b27.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 7ba2b27.

gnu: ocaml: Fix indentation.

* gnu/packages/ocaml.scm: Fix indentation issues.

gnu: Add ocaml-yojson.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-yojson): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add ocaml-biniou.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-biniou): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add emacs-flycheck-dedukti.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-flycheck-dedukti): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add emacs-dedukti-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-dedukti-mode): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: terminology: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (terminology): Update to 1.3.2.

gnu: kodi: Update to 18.0rc3.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi): Update to 18.0rc3.

gnu: mit-scheme: Enable tests.

* gnu/packages/scheme.scm (mit-scheme)[arguments]: Remove #:tests?.  Add
'patch-/bin/sh' phase.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: antlr2: Fix reproducibility.

* gnu/packages/java.scm (antlr2)[arguments]: Add a phase to fix a timestamp issue.

gnu: Add badvpn.

* gnu/packages/vpn.scm (badvpn): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

offload: Remove unnecessary locking on machine slots.

This extra level of locking turned out to be unnecessary.

* guix/scripts/offload.scm (with-machine-lock): Remove.
(machine-lock-file): Remove.
(acquire-build-slot): Remove surrounding 'with-machine-lock'.

offload: Remove the "machine choice" lock.

This lock was unnecessary and it led to a contention when many 'guix
offload' processes are polling for available machines.

* guix/scripts/offload.scm (machine-choice-lock-file): Remove.
(choose-build-machine): Remove surrounding 'with-file-lock (machine-lock-file)'.

system: Fix missing space in boot labels for kernels that are inferior packages

* gnu/system.scm (kernel->boot-label): Add a missing space between
the kernel's package name and package version for inferior packages.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-openid: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-openid): Update to 3.1.0.
[arguments]: Update custom 'check phase.
[native-inputs]: Add python-coverage.

gnu: python-gpg: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (python-gpg): Update to 1.10.0.
[arguments]: Add custom phase to set 'gcc' call.

gnu: python-apache-libcloud: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/python.scm (python-apache-libcloud): Update to 2.4.0.

gnu: translate-shell: Wrap binary.

* gnu/packages/dictionaries.scm (translate-shell)[arguments]: Add custom
phase to wrap the 'trans' binary with the inputs.
[native-inputs]: Move curl, fribidi, rlwrap ...
[inputs]: ... to here.

gnu: translate-shell: Update to 0.9.6.9.

* gnu/packages/dictionaries.scm (translate-shell): Update to 0.9.6.9.

gnu: translate-shell: Use 'git-fetch'.

* gnu/packages/dictionaries.scm (translate-shell)[source]: Use
'git-fetch'.
[arguments]: Add custom phase to remove "translate" file.

gnu: Add dedukti.

* gnu/packages/ocaml.scm (dedukti): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add polybar.

* gnu/packages/wm.scm (polybar): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

offload: Adjust 'test' and 'status' to the latest changes.

This is a followup to ed7b44370f71126087eb953f36aad8dc4c44109f;
following that commit, 'guix offload test' and 'guix offload status'
would abort with a backtrace instead of clearly diagnosing a missing
'guix' command on the build machine.

* guix/scripts/offload.scm (assert-node-has-guix): Call 'leave' when
NODE is not an inferior.  Remove 'catch' blocks for 'node-repl-error'.
(check-machine-availability): Invoke 'assert-node-has-guix' first.
(check-machine-status): Print a warning when 'remote-inferior' returns #f.

gnu: llvm@7.0.0: Update to 7.0.1.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm@7.0.0): Update to 7.0.1. Rename to llvm@7.0.1.

gnu: librime: Remove bundled sources.

* gnu/packages/ibus.scm (librime)[source]: Add snippet to remove bundled
sources.
[arguments]: Add custom phase to not search bundled headers.
[native-inputs]: Add googletest, xorgproto.

gnu: librime: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/ibus.scm (librime): Update to 1.3.2.