gnu: poppler: Use an ABI-compatible replacement to fix CVE-2017-9776.

This is a followup to commit 95bbaa02aa63bc5eae36f686f1ed9915663aa4cf.
See <https://bugs.gnu.org/27621> for more information.

Poppler 0.56.0's ABI is not compatible with Poppler 0.52.0, so it's not
possible to graft the newer version in place of the older one.

This change leaves CVE-2017-9775 unfixed for now.

* gnu/packages/patches/poppler-CVE-2017-9776.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pdf.scm (poppler-0.56.0): Replace with ...
(poppler/fixed): ... new variable.
(poppler)[replacement]: Replaced with poppler/fixed.

gnu: sshuttle: Update to 0.78.3.

* gnu/packages/vpn.scm (sshuttle): Update to 0.78.3.

gnu: wxmaxima: Update to 17.05.0.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 17.05.0.
[source]: Update URL and add file-name.
[native-inputs]: Add autoconf, automake and gettext-minimal.
[arguments]: Add 'autoconf' phase.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 10.0.04.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 10.0.04.

doc: Add note about private-key during offload.

* doc/guix.texi (Using the Offload Facility): Add note about private-key.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: blast+: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+): Update to 2.6.0.
[origin]: Remove bundled pcre.  Add patch.
[arguments]: Replace paths in run_with_lock.c.  Configure with pcre.
[inputs]: Add pcre, perl, python.
* gnu/packages/patches/blast+-fix-makefile.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: maxima: Ensure gcc is available at runtime.

* gnu/packages/maths.scm (maxima)[inputs]: Add gcc.
[arguments]: Use modify-phases syntax. Add 'set-gcc-path' phase.

gnu: perl-dbd-mysql: Update to 4.043.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-mysql): Update to 4.043.

gnu: python-pyopenssl: Fix test failure on 32-bit platforms.

* gnu/packages/patches/python-pyopenssl-17.1.0-test-overflow.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl)[source]: Use it.

gnu: irssi: Update to 1.0.4 [fixes CVE-2017-{10965,10966}].

* gnu/packages/irc.scm (irssi): Update to 1.0.4.

guix system: Add file system label and uuid to iso9660-image.

* gnu/system/vm.scm (system-disk-image): Pass root-label to ...
(iso9660-image): ... here.  Add keyword arguments #:file-system-label
and #:file-system-uuid.

gnu: webkitgtk: Update to 2.16.5.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.16.5.

gnu: rdma-core: Update to 14.

* gnu/packages/linux.scm (rdma-core): Update to 14.

gnu: catimg: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (catimg): Update to 2.3.2.

gnu: python-parsedatetime: Update to 2.4.

* gnu/packages/python.scm (python-parsedatetime, python2-parsedatetime):
Update to 2.4.

gnu: python-icalendar: Update to 3.11.5.

* gnu/packages/python.scm (python-icalendar): Update to 3.11.5.

gnu: libtiff: Fix CVE-2017-{9936,10688}.

* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2017-9936.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2017-10688.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/image.scm (libtiff-4.0.8)[source]: Use them.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: xorg-server: Fix CVE-2017-{10971,10972}.

* gnu/packages/patches/xorg-server-CVE-2017-10971.patch,
gnu/packages/patches/xorg-server-CVE-2017-10972.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server)[source]: Use them.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: youtube-dl: Update to 2017.07.02.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.07.02.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

Revert "gnu: blast+: Update to 2.6.0."

This reverts commit 18dea67dc3a42d782b34b551304748346f173184.

gnu: shadow: Correctly match the system type.

* gnu/packages/admin.scm (shadow)[inputs]: Use 'string-contains' instead
of 'string-prefix?' when matching the system type.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.36.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.36.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.76.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.76.

gnu: iproute: Update to 4.12.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute): Update to 4.12.0.

gnu: xpra: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.0.3.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: freeipmi: Remove readline from inputs.

This is a follow-up to 694b7c3180bd8711843f904a4ea0ec5ad4d3f2bb.

* gnu/packages/freeimpi.scm (freeipmi)[inputs]: Really remove readline.

gnu: freeipmi: Update to 1.5.6.

* gnu/packages/freeipmi.scm (freeipmi): Update to 1.5.6.
[inputs]: Remove readline.

gnu: zstd: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.3.0.

gnu: libvirt: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/qemu.scm (libvirt): Update to 3.5.0.

gnu: bash-completion: Update to 2.6.

* gnu/packages/bash.scm (bash-completion): Update to 2.6.

gnu: mariadb: Update to 10.1.25.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.25.

gnu: strace: Update to 4.18.

* gnu/packages/linux.scm (strace): Update to 4.18.

gnu: xscreensaver: Update to 5.37.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver): Update to 5.37.

gnu: artanis: Update source URL.

* gnu/packages/guile.scm (artanis)[source]: Change URL to mirror://gnu.

gnu: julia: Add support for aarch64-linux.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Add make-flag argument for
aarch64-linux.
[supported-systems]: Add aarch64-linux.

gnu: gcompris: Update to 17.05.

* gnu/packages/education.scm (gcompris): Update to 17.05.

gnu: gcc@6: Update to 6.4.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc@6, gfortran@6): Update to 6.4.0.

gnu: net-tools: Remove `hostname` from description.

This is a followup to commit c9e0a44eec12a1e673b518264a7cbc0883670cf5.

* gnu/packages/linux.scm (net-tools)[description]: Update description.

gnu: inet-utils: Mention `hostname` in description.

* gnu/packages/admin.scm (inetutils)[description]: Update description.

gnu: tmux: Update to 2.5.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux): Update to 2.5.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: alpine: Use new URL.

* gnu/packages/mail.scm (alpine)[source]: Use new URL for download.
(home-page): Use new URL.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: shepherd: Allow cross-compilation.

* gnu/packages/admin.scm (shepherd)[native-inputs]: Add GUILE-2.0.

gnu: util-linux: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[inputs]: Add NET-BASE
when (%current-target-system) is true.  Fixes cross-compilation.

linux-initrd: Avoid monadic style a bit.

* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd): Use 'program-file'
for 'init'.
(flat-linux-module-directory): Use 'computed-file' instead of
'gexp->derivation'.
(raw-initrd): Adjust accordingly.

gnu: emacs-exwm-x: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm-x): Update to 1.6.2.

gnu: emacs-switch-window: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-switch-window): Update to 1.5.1.

gnu: gemma: Fix building on non-Intel architectures.

* gnu/packages/patches/gemma-intel-compat.patch: New file.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (gemma)[source]: Add patch.
[arguments]: Add NO_INTEL_COMPAT flag on non-Intel architectures.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register patch.

gnu: gajim: Update to 0.16.8.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Update to 0.16.8.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/gajim-CVE-2016-10376.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

services: Add 'sysctl-service-type'.

* gnu/services/sysctl.scm: New file.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Document it.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: diamond: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.9.9.

gnu: blast+: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+): Update to 2.6.0.
[origin]: Remove bundled pcre.
[arguments]: Replace paths in run_with_lock.c.  Configure with pcre.
[inputs]: Add pcre, perl, python.

gnu: linux-libre: Update to 4.12.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.12.
(%linux-libre-hash): Update hash.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.11-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.11-x86_64.conf: Delete files.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.12-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.12-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Update accordingly.

gnu: qt: Update to 5.9.1.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase, qtsvg, qtimageformats, qtx11extras)
(qtxmlpatterns, qtdeclarative, qtconnectivity, qtwebsockets, qtsensors)
(qtmultimedia, qtwayland, qtserialport, qtserialbus, qtwebchannel)
(qtlocation, qttools, qtscript, qtquickcontrols, qtquickcontrols2)
(qtgraphicaleffects, qtgamepad, qtscxml, qtpurchasing, qtcanvas3d)
(qtcharts, qtdatavis3d, qtwebkit): Update to 5.9.1.
(qtwebkit)[source]: Change to official qt location.

gnu: python-pylint: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/python.scm (python-pylint): Update to 1.7.2.
[native-inputs]: Add PYTHON-PYTEST and PYTHON-PYTEST-RUNNER.

gnu: python-astroid: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/python.scm (python-astroid): Update to 1.5.3.
[properties]: Declare python2 variant.
(python2-astroid)[propagated-inputs]: Add PYTHON2-BACKPORTS-FUNCTOOLS-LRU-CACHE,
PYTHON2-ENUM34 and PYTHON2-SINGLEDISPATCH.

gnu: python-pyopenssl: Update to 17.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl, python2-pyopenssl): Update to 17.1.0.
[source]: Remove patch.
[native-inputs]: Add PYTHON-PRETEND.
[arguments]<#:phases>: Disable the network test here instead of via a patch.
Also disable one new test.
* gnu/packages/patches/python-pyopenssl-skip-network-test.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: python-cryptography: Update to 1.9.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography-vectors): Update to 1.9.
(python-cryptography): Update to 1.9.
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-PACKAGING.

gnu: python-cffi: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/python.scm (python-cffi): Update to 1.10.0.
[arguments]<#:phases>: Patch distutils.ccompiler call to use "gcc". Patch
another hard-coded cc invocation. Adjust `py.test` invocation per README.

gnu: python-cffi: Really enable tests.

* gnu/packages/python.scm (python-cffi, python2-cffi)[arguments]: Replace
'check' phase with custom expression. Change to 'modify-phases' syntax.

gnu: re2: Update to 2017-07-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2017-07-01.

install: Drop redundant package after c0f5eee4b2cc737be222c4ba331d0.

* gnu/system/install.scm (installation-os): Remove SHADOW.

gnu: ibus: Update to 1.5.16.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus): Update to 1.5.16.

gnu: cdogs-sdl: Update to 0.6.5.

* gnu/packages/games.scm (cdogs-sdl): Update to 0.6.5.
[inputs]: Add mesa.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: nnn: Update to 1.2.

* gnu/packages/admin.scm (nnn): Update to 1.2.

gnu: gcr: Correct patch.

* gnu/packages/patches/gcr-disable-failing-tests.patch: Correct
erroneously committed file.

This is a follow-up to commit 85c774808fc13a0adc603784b2358a7c285c4822.

discovery: Recurse into directories pointed to by a symlink.

Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>
and Alex Kost <alezost@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-06/msg00290.html>.

* guix/discovery.scm (scheme-files): When ENTRY is a symlink that
doesn't end in '.scm', call 'stat' and recurse if it points to a
directory.
* tests/discovery.scm ("scheme-modules recurses in symlinks to
directories"): New test.

copy: Default to port 22.

Failing to do that, "%p" would be "0" when using "ProxyCommand"
in ~/.ssh/config.

* guix/scripts/copy.scm (send-to-remote-host): Default to port 22.
(retrieve-from-remote-host): Likewise.

packages: Mark 'replacement' as an "innate" field.

Suggested by Mark H Weaver
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-06/msg00355.html>.

* guix/packages.scm (<package>)[replacement]: Mark as "innate".
* gnu/packages/base.scm (glibc-2.25-patched, glibc-2.24)
(glibc-2.23, glibc-2.22, glibc-2.21, glibc-locales): Remove
'replacement' field, which was set to #f.
* gnu/packages/commencement.scm (perl-boot0): Likewise.
* gnu/packages/fontutils.scm (graphite2/fixed): Likewise.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript/fixed): Likewise.
* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt-1.7.8): Likewise.
* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0/fixed, guile-2.2): Likewise.
* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c/fixed): Likewise.
* gnu/packages/image.scm (libpng-apng): Likewise.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-static): Likewise.
* gnu/packages/pcre.scm (pcre/fixed): Likewise.
* gnu/packages/perl.scm (perl/fixed): Likewise.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.3, ruby-2.2, ruby-2.1)
(ruby-1.8): Likewise.
* gnu/packages/tls.scm (gnutls-3.5.13, gnutls/guile-2.2): Likewise.
* gnu/packages/xml.scm (expat-2.2.1): Likewise.

gnu: wine: Add stable release.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Refer to stable release instead of development
  one.
(wine-next): New variable.

profiles: xdg-desktop-database: Run the hook when GLib is referenced.

This will pull the latest 'desktop-file-utils' package into the profile
closure, as the 'xdg-mime-database' hook already does.

* guix/profiles.scm (xdg-desktop-database): Run the hook when 'glib' is
referenced.

doc: Update formatting.

* doc/guix.texi (disk-image): Update formatting of "ext4".

Follow-up to 3f4d8a7f66060e93a247797a9bbd2fcbee6922a3.

gnu: Add emacs-emamux.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-emamux): New variable.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

build: Add (gnu build file-systems) import.

* gnu/build/vm.scm: Add (gnu build file-systems) import.

guix system: Add "--file-system-type" option.

* guix/scripts/system.scm (process-action): Pass file-system-type to ...
(perform-action): ... here.  Add new keyword argument.  Pass new value to ...
(system-derivation-for-action): ... here.  Add new keyword argument.
Pass new value to system-disk-image.
* doc/guix.texi (disk-image): Document new option.

gnu: gcr: Enable working tests.

* gnu/packages/patches/gcr-disable-failing-tests.patch,
gnu/packages/patches/gcr-fix-collection-tests-to-work-with-gpg-21.patch:
New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patches.
* gnu/packages/gnome.scm (gcr)[source]: Use patches.
[arguments]: Enable tests.

build: Clarify error message when make-iso9660-image fails.

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Clarify error message.

build: Allow specifying volume-uuid with make-iso9660-image.

* gnu/build/file-systems.scm (iso9660-uuid->string): Export.
* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Add volume-uuid.

gnu: xfce: Propagate search paths of 'xfce4-panel'.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce)[native-search-paths]: New field.

gnu: Add emacs-sparql-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-sparql-mode): New variable.

build: Add iso9660 system image generator.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (qemu-jobs): Add 'iso9660-image .
* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): New variable.  Export it.
* gnu/system/vm.scm (iso9660-image): New variable.  Use make-iso9660-image.
(system-disk-image): Use iso9660-image.

gnu: Switch guile-cairo and dependents to Guile 2.2 again.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27551>.
Reported by Leo Famulari <leo@famulari.name>.

This reinstates the following commits:

  e3ddb1e83 * gnu: guile-cairo: Switch to Guile 2.2.
  ae5c6ef39 * gnu: guile-gnome: Update to 2.16.5.
  0fd8013fc * gnu: guile-rsvg: Update to commit 05c6a2fd.
  66b9183c4 * gnu: guile-lib: Switch to Guile 2.2.

and adds the following changes:

* gnu/bootloader/grub.scm (svg->png): Add 'package->derivation' call for
GUILE-2.2.  Pass #:guile-for-build to 'gexp->derivation'.
* gnu/build/svg.scm (svg->png): Add 'em' and 'ex' to the 'let-values'
form to account for all the values returned by
'rsvg-handle-get-dimensions', which Guile 2.2 does not truncate.

gnu: Add toxic.

* gnu/packages/messaging.scm (toxic): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

linux-initrd: Add isofs if necessary.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Add isofs.

gnu: emacs-guix: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix): Update to 0.3.2.
[arguments]: Add '--with-guix-site-ccache-dir' configure flag, as Guix
installs its .go files separately nowadays.

file-systems: iso9660-uuid->string: Use "-" as separator in the result.

* gnu/build/file-systems.scm (iso9660-uuid->string): Use "-" as separator
in the result.

gnu: beets: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/music.scm (beets): Update to 1.4.5.

install: Re-add /bin/sh.

Reported by Divan Santana <divan@santanas.co.za>.
/bin/sh had disappeared in commit
387e175492f960d7d86f34f3b2e43938fa72dbf3.

* gnu/system/install.scm (%installation-services): Add
'special-files-service-type' instance.

gnu: python-vobject: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/python.scm (python-vobject, python2-vobject): Update to 0.9.5.

gnu: vdirsyncer: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/dav.scm (vdirsyncer): Update to 0.16.0.
[license]: Change to bsd-3.

gnu: ovmf: Fix build on x86_64.

This is a follow-up to 2eb95ade8f08bfd418b1470f1093c5b4bf2332ee.

* gnu/packages/firmware.scm (ovmf)[arguments]: Fix the syntax used when
following the x86_64 fork of the arguments.

ui: package->recutlis: Remove duplicated package names in dependencies.

* guix/ui.scm (package->recutils): Add call to 'delete-duplicates' in
'dependencies->recutils'.

store: 'references/substitutes' really caches its result.

Until now the cache was always empty because 'for-each' was passed ITEMS
as its second argument, and ITEMS was the empty list at that point.

* guix/store.scm (references/substitutes): Add 'requested' variable.
Use it as second argument of 'for-each' in base case.

store: 'references/substitutes' save an RPC is the trivial case.

* guix/store.scm (references/substitutes): Save a
'substitutable-path-info' call when MISSING is empty.

gnu: font-google-noto: Update to 20170403.

* gnu/packages/fonts.scm (font-google-noto): Update to 20170403.
[source]: Update source uri.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 10.0.03.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 10.0.03.
[properties]: Add 'upstream-name' to ease updates.

Revert "gnu: guile-lib: Switch to Guile 2.2."

This reverts commit 66b9183c4f634d9b2ae41176e4eddf0ebb218532.

Revert "gnu: guile-rsvg: Update to commit 05c6a2fd."

This reverts commit 0fd8013fcaafa9f53c7e304b2573c0314471df89.

Revert "gnu: guile-gnome: Update to 2.16.5."

This reverts commit ae5c6ef39378a6fa1f6bf06e8c7f50ab190c485d.

Revert "gnu: guile-cairo: Switch to Guile 2.2."

This commit caused the build of grub-image.png to fail, prevent the
build of grub.cfg and reconfiguring of GuixSD:

<https://bugs.gnu.org/27551>

This reverts commit e3ddb1e83296c10338d35bc687772242b2f5eac6.

gnu: guile-git: Update source URL.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git)[source]: Update URL.