gnu: baloo: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (baloo)[arguments]: Use INVOKE in "check"
phase.

gnu: knotifications: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (knotifications)[arguments]: Use INVOKE in
"check" phase.

gnu: kauth: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kauth)[arguments]: Use INVOKE in "check"
phase.

gnu: solid: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (solid)[arguments]: Use INVOKE in "check"
phase.

gnu: networkmanager-qt: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (networkmanager-qt)[arguments]: Use INVOKE
in "check" phase.

gnu: modemmanager-qt: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (modemmanager-qt)[arguments]: Use INVOKE in
"check" phase.

gnu: kdbusaddons: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kdbusaddons)[arguments]: Use INVOKE in
check phase.

gnu: kcoreaddons: Disable broken test.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kcoreaddons)[arguments]: Disable
benchNotifyWatcher test because it installs too many inotify watches and fails
with ENOSPC.

gnu: Go: Update to 1.11.5 [fixes CVE-2019-6486].

* gnu/packages/golang.scm (go-1.11): Update to 1.11.5.
[arguments]: Add a 'tarbomb-workaround' phase and adapt the 'chdir' phase for
the tarbomb.

gnu: musescore: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.0.1.

doc: Update bit about GUIX_LD_WRAPPER_ALLOW_IMPURITIES.

This is a followup to d0a2db47fb550d684c47a0ae3b541a9a71727d9e.

* doc/guix.texi (Application Setup)[The GCC toolchain]: Adjust bit
about GUIX_LD_WRAPPER_ALLOW_IMPURITIES.

doc: Switch from "GuixSD" to "Guix System".

* doc/guix.texi (Introduction): Add footnote about the change from
"GuixSD" to "Guix System".
Replace occurrences of "GuixSD" with "Guix System", "Guix", "system", or
other appropriate phrases.

doc: Make /dev/kvm note more visible.

Suggested by Giovanni Biscuolo <g@xelera.eu>.

* doc/guix.texi (Invoking guix system): Move note about /dev/kvm access
to the beginning of the 'vm' action description.

gnu: guix: Remove 'guix-devel' variable.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Remove.

gnu: pepr: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pepr)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: python2-warpedlmm: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-warpedlmm)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: attic: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/backup.scm (attic)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: graphios: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/admin.scm (graphios)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: python-sqlalchemy: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/databases.scm (python-sqlalchemy)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: python-pyaudio: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/audio.scm (python-pyaudio)[source]: Use PYPI-URI.

gnu: femtolisp: Use INVOKE.

* gnu/packages/scheme.scm (femtolisp)[arguments]: Remove "bootstrap" phase;
use INVOKE and return #T unconditionally.

gnu: linkchecker: Fix most test failures.

Add a patch to skip more tests that require the network. Along with some other
changes, this gets all but of one of the tests passing.

The remaining test is broken due to a problem with the Python package in Guix,
which is fixed by [1] which is currently on the core-updates branch. This
patch doesn't work on core-updates due to python2-miniboa not being present.

1: d453b0e11d3f001a8160a7d126fdbf40e45d5042

* gnu/packages/python.scm (linkchecker)[source]: Add patch.
[native-inputs]: Add more inputs required for the tests.
[arguments]: Enable the tests, move the 'check phase after 'install. Test
using the installed software, and use py.test.

gnu: dealii-openmpi: Setup MPI for tests.

* gnu/packages/maths.scm (dealii-openmpi)[arguments]: Add 'mpi-setup' phase.

superlu-dist: Upgrade to 6.1.0.

* gnu/packages/patches/superlu-dist-awpm-grid.patch: New file.
* gnu/packages/maths.scm (superlu-dist)[source]: Upgrade to 6.0.0.  Remove
extraneous 'use-modules' in snippet.
[build-system]: Change to cmake-build-system.
[propagated-inputs]:   Replace pt-scotch with pt-scotch32 to match integer
sizes.  Add "parmetis" input, from pt-scotch32.  Move lapack to ...
[inputs]: ...here.  Add openblas and combinatorial-blas.
[arguments]: Replace 'configure' phase with #:configure-flags.  Add
'set-c++-standard' and 'omp-setup' phases.  Remove
'create-install-directories, 'check', and 'install' phases, which are now
handled by cmake.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch.

scotch: Upgrade to 6.0.6.

* gnu/packages/maths.scm (scotch): Upgrade to 6.0.6.
[source]: Remove patches that have been fixed upstream.
[arguments]: Add 'install-metis' phase.
[outputs]: New field.
(pt-scotch, pt-scotch32)[arguments]: Add 'mpi-setup' phase.  Use 'invoke'.
* gnu/packages/patches/scotch-graph-diam-64.patch,
gnu/packages/patches/scotch-graph-induce-type-64.patch,
gnu/packages/patches/scotch-test-threading.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/scotch-integer-declarations.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust as necessary.

gnu: Add Combinatorial BLAS.

* gnu/packages/maths.scm (combinatorial-blas): New variable.
* gnu/packages/patches/combinatorial-blas-awpm.patch,
gnu/packages/patches/combinatorial-blas-io-fix.patch: New files
* gnu/local.mk(dist_patch_DATA): Add them.

linux-modules: module-soft-dependencies: Remove colon from section names.

Follow-up to 1a5f46621b44aa1458ad7acd4eca5fe1d4574f92.

* gnu/build/linux-modules.scm (module-soft-dependencies): Remove colon from
section names.

linux-modules: Add module-soft-dependencies.

* gnu/build/linux-modules.scm (not-softdep-whitespace): New variable.
(module-soft-dependencies): New procedure.

gnu: Add stepmania.

* gnu/packages/games.scm (stepmania):
* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-for-stepmania): New variables.

gnu: kcoreaddons: Fix broken test.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kcoreaddons)[arguments]: Add build phase
"fix-broken-test".

gnu: infiniband-diags: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/fabric-management.scm (infiniband-diags)[arguments]: Remove
"autotools" phase.

gnu: gpgme: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.12.0.

gnu: gpgme: Add patch to fix qgpgme tests.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme)[source]: Add upstream patch.

gnu: pcb-rnd: Use INVOKE.

* gnu/packages/engineering.scm (pcb-rnd)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: proplib: Use INVOKE.

* gnu/packages/embedded.scm (proplib)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: jimtcl: Use INVOKE.

* gnu/packages/embedded.scm (jimtcl)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: greenisland: Use INVOKE.

* gnu/packages/display-managers.scm (greenisland)[arguments]: Use INVOKE in
check phase.

gnu: assword: Use INVOKE.

* gnu/packages/password-utils.scm (assword)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-oslosphinx: Use INVOKE.

* gnu/packages/openstack.scm (python-oslosphinx)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-reno: Use INVOKE.

* gnu/packages/openstack.scm (python-reno)[arguments]: Use INVOKE.
[native-inputs]: Replace "git" with "git-minimal".

gnu: Add ghc-libmpd.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-libmpd): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

weather: Add '--coverage'.

* guix/scripts/weather.scm (show-help, %options): Add '--coverage'.
(package-partition-boundary, package->output-mapping)
(substitute-oracle, report-package-coverage-per-system)
(report-package-coverage): New procedures.
(guix-weather): Honor '--coverage'.
* doc/guix.texi (Invoking guix weather): Document it.

refresh: Better account for private and generated packages.

Until now, private and generated packages (e.g., those created by
'texlive-union') we missing from the list passed to 'node-back-edges',
which would lead to inaccurate dependent counts.

Previously we'd get:

  $ guix refresh -l texlive-fonts-cm
  Building the following 80 packages would ensure 116 dependent packages
  are rebuilt: …

Now we have:

  $ Building the following 240 packages would ensure 597 dependent
  packages are rebuilt: …

* guix/scripts/refresh.scm (list-dependents): Call 'package-closure'.

refresh: Fix format string that would lead '-l' to print incorrect numbers.

The skip "~*" argument was misplaced, leading the number of dependents
to be skipped (instead of the number of covering packages.)  Thus, we'd
get:

  $ guix refresh -l ocaml4.02-ppx-deriving@4.1
  Building the following package would ensure 1 dependent packages are rebuilt: bap@1.3.0

instead of:

  Building the following package would ensure 26 dependent packages are rebuilt: bap@1.3.0

* guix/scripts/refresh.scm (list-dependents): Move "~*" in the right
place, to skip (length covering) rather than (length dependents).

weather: Ignore deprecated packages but not hidden packages.

* guix/scripts/weather.scm (all-packages): Pass #:select? to
'fold-packages'.

packages: Add 'package-closure'.

* guix/packages.scm (package-closure): New procedure.
* tests/packages.scm ("package-closure"): New test.

gnu: python-pyopenssl: Update to 19.0.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pyopenssl): Update to 19.0.0.
[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python2-pyqt-4: Use INVOKE.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqt-4)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: qwt: Use INVOKE.

* gnu/packages/qt.scm (qwt)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ldb: Use INVOKE.

* gnu/packages/samba.scm (ldb)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: tevent: Use INVOKE.

* gnu/packages/samba.scm (tevent)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: talloc/static: Use INVOKE.

* gnu/packages/samba.scm (talloc/static)[arguments]: Use INVOKE in the build
phase.

gnu: tre: Use INVOKE.

* gnu/packages/regex.scm (tre)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-rdflib: Use PYPI-URI.

* gnu/packages/rdf.scm (python-rdflib)[source]: Use PYPI-URI.
[arguments]: Use INVOKE in commented build phase.

gnu: ocaml-utop: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-utop)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ocaml-zed: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-zed)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: ocaml-zarith: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-zarith)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: camlp4-4.02: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlp4-4.02)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: ocaml-4.01: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.01)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: ocaml-4.02: Use INVOKE.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.02)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: tomsfastmath: Use INVOKE.

* gnu/packages/multiprecision.scm (tomsfastmath)[arguments]: Use INVOKE in
"check" phase.

gnu: freetalk: Remove custom bootstrap phase.

* gnu/packages/messaging.scm (freetalk)[arguments]: Remove "autogen" phase.

gnu: perl-net-psyc: Update to 1.3.

* gnu/packages/messaging.scm (perl-net-psyc): Update to 1.3.
[native-inputs]: Add unzip.
[arguments]: Use INVOKE in build phase.

gnu: dino: Update to 0.0-4.8e14ac6.

* gnu/packages/messaging.scm (dino): Update to 0.0-4.8e14ac6.
[arguments]: Use INVOKE in build phases.
[inputs]: Add qrencode; replace sqlite with sqlite-with-column-metadata.

gnu: bitlbee-discord: Do not run autogen.sh in custom autogen phase.

* gnu/packages/messaging.scm (bitlbee-discord)[arguments]: Rename "autogen"
phase to "patch-autogen"; don't invoke "autogen.sh" script as it is invoked in
the "bootstrap" phase; return #T from "patch-autogen" phase.

gnu: bitlbee: Use INVOKE.

* gnu/packages/messaging.scm (bitlbee)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ccl: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl)[arguments]: Use INVOKE and return #T from build
phases.

gnu: python-lirc: Update to 1.2.1-2.c28708b.

* gnu/packages/lirc.scm (python-lirc, python2-lirc): Update to
1.2.1-2.c28708b.
[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-pygpgme: Use INVOKE.

* gnu/packages/gnupg.scm (python-pygpgme)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: brdf-explorer: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/graphics.scm (brdf-explorer)[arguments]: Use INVOKE and return #T.

gnu: ncftp: Use INVOKE.

* gnu/packages/ftp.scm (ncftp)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: libxdg-basedir: Don't run autogen.sh manually.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libxdg-basedir)[arguments]: Rename "autogen"
phase to "patch-autogen"; remove invocation of "autogen.sh" script as it will
be executed in the "bootstrap" phase.

gnu: entr: Update to 4.1.

* gnu/packages/entr.scm (entr): Update to 4.1.
[arguments]: Use INVOKE.

gnu: coq-interval: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-interval)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: coq-coquelicot: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-coquelicot)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: imb: Use INVOKE.

* gnu/packages/benchmark.scm (imb)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: synergy: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy): Update to 1.10.1.
[source]: Fetch from git.
[arguments]: Remove "unpack-aux-src", custom "check" phase, custom "install"
phase.
[inputs]: Add avahi and qtbase.

gnu: antiword: Use INVOKE.

* gnu/packages/textutils.scm (antiword)[arguments]: Use INVOKE in install phase.

gnu: uucp: Use INVOKE.

* gnu/packages/uucp.scm (uucp)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: wicd: Use INVOKE.

* gnu/packages/wicd.scm (wicd)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: awesome: Use INVOKE.

* gnu/packages/wm.scm (awesome)[arguments]: Return #T from check phase.

gnu: xfconf: Use INVOKE.

* gnu/packages/xfce.scm (xfconf)[arguments]: Unconditionally return #T from
check phase.

gnu: libnl: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/linux.scm (libnl)[arguments]: Use INVOKE and unconditionally
return #T from all build phases.

gnu: coq-mathcomp: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-mathcomp)[arguments]: Unconditionally return #T
from build phases.

gnu: coq-gappa: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (coq-gappa)[arguments]: Unconditionally return #T from
build phases by using INVOKE.

gnu: proof-general: Use INVOKE.

* gnu/packages/coq.scm (proof-general)[arguments]: Use INVOKE in build phases.

gnu: eschalot: Use INVOKE.

* gnu/packages/crypto.scm (eschalot)[arguments]: Unconditionally return #T
from check phase.

gnu: ansible: Update to 2.7.6.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.7.6.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: emacspeak: Update to 49.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacspeak): Update to 49.0.
[arguments]: In the 'install' phase, fix the launch script substitution.

gnu: cmst: Use INVOKE.

* gnu/packages/connman.scm (cmst)[arguments]: Unconditionally return #T from
build phases.

gnu: sloccount: Use INVOKE.

* gnu/packages/code.scm (sloccount)[arguments]: Use INVOKE and unconditionally
return #T from build phases.

gnu: axoloti-patcher: Use INVOKE.

* gnu/packages/axoloti.scm (axoloti-patcher)[arguments]: Use INVOKE and
unconditionally return #T from build phase.

gnu: axoloti-runtime: Use INVOKE.

* gnu/packages/axoloti.scm (axoloti-runtime)[arguments]: Use INVOKE and return
  #T from build phases unconditionally.

gnu: clamav: Unconditionally return #T from build phase.

* gnu/packages/antivirus.scm (clamav)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: anthy: Unconditionally return #T from check phase.

* gnu/packages/anthy.scm (anthy)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: git-repo: Unconditionally return #T from "check" phase.

* gnu/packages/android.scm (git-repo)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: flint: Unconditionally return #T from build phases.

* gnu/packages/algebra.scm (flint)[arguments]: Use INVOKE in "configure"
phases.

records: Make 'report-duplicate-field-specifier' available at expansion-time.

Fixes a regression in 'guix pack -R' introduced with commit
c2dcff41c2e47f5f978f467864d5ed7829939884.  The imported modules of
'c-compiler' would be compiled in this order: first (guix records),
then (guix search-paths).  Consequently,
'report-duplicate-field-specifier' would be reported as unbound while
compiling (guix search-paths), leading to a build failure.

* guix/records.scm (report-invalid-field-specifier)
(report-duplicate-field-specifier): Move within 'eval-expand'.

tests: Remove duplicate field initializers.

Fixes a regression introduced in
c2dcff41c2e47f5f978f467864d5ed7829939884, whereby many tests in
'tests/packages.scm' would trigger a syntax error due to duplicate field
intializers in forms like:

  (dummy-package "foo" (version "0"))

* guix/tests.scm (dummy-package, dummy-origin): Rewrite to inherit from
a base record.  This restores the semantics from before
c2dcff41c2e47f5f978f467864d5ed7829939884.
* tests/services.scm ("instantiate-missing-services, indirect"): Remove
duplicate 'extensions' field.

gnu: milkytracker: Add RtMidi and zziplib support.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[inputs]: Add rtmidi and zziplib.