gnu: perl-uri-escape: Update to 1.74.

* gnu/packages/perl-web.scm (perl-uri-escape): Update to 1.74.

gnu: streamlink: Update to 0.13.0-1.2dca793.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 0.13.0-1.2dca793.

gnu: gtk-doc: Update to 1.27.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk-doc)[source]: Update to 1.27.
[arguments]<#:phases>[patch-gtk-doc-scan]: New phase.
[arguments]<#:phases>[patch-test-out]: New phase.
[propagated-inputs]: Add python-six.

gnu: sbcl-stumpwm: Update to 18.05.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-stumpwm): Update to 18.05.

gnu: Add python-send2trash.

* gnu/packages/python.scm (python-send2trash, python2-send2trash): New public
variables.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: maven-core: Fill properties.

* gnu/packages/maven.scm (maven-core-bootstrap)[arguments]: Add a
fill-properties phase.

gnu: maven: Propagate mvn script requirements.

* gnu/packages/maven.scm (maven)[propagated-inputs]: Add coreutils and
which.

gnu: tome4: Update to 1.5.10.

* gnu/packages/games.scm (tome4): Update to 1.5.10.

gnu: tome4: Use invoke.

* gnu/packages/games.scm (tome4)[arguments]: Use invoke.

services: Fix "authentication" service name.

Follow-up to 7f93bbd5aadf0427190769fba8f478c29e37b4f4.

* gnu/services/authentication.scm: Fix module name.

services: Add fingerprint identification service.

* gnu/services/authentication.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Document it.

gnu: make-u-boot-package: Improve error handling.

* gnu/packages/bootloaders.scm (make-u-boot-package): Improve error handling.

gnu: perl-cgi-simple: Update to 1.15.

* gnu/packages/web.scm (perl-cgi-simple): Update to 1.15.
[source]: Update URI.
[native-inputs]: Add perl-test-exception & perl-test-nowarnings.

gnu: perl-catalyst-runtime: Remove left-over input.

This is a follow-up to commit b544dde3e7a306c9050a031fe30c85a2ee4b9e15.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-runtime)[native-inputs]: Remove
perl-io-stringy.

gnu: workrave: Edit description.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave)[description]: Edit and mark up.

gnu: eid-mw: Update to 4.4.3.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): Update to 4.4.3.

gnu: eid-mw: Fix build.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw)[arguments]: Move the
‘bootstrap’ phase to after ‘unpack’. Modify it to run without errors,
and call upstream's bootstrap.sh script instead of our own copy.

gnu: eid-mw: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw)[source]: Use GIT-FETCH.

gnu: Use more HTTPS.

* gnu/packages/admin.scm (net-base, wakelan, pam-krb5)
[home-page]: Use HTTPS.
(dfc, libpcap, tcpdump, wpa-supplicant-minimal, libcap-ng, audit)
[source, home-page]: Likewise.
* gnu/packages/algebra.scm (eigen)[home-page]: Likewise.
(gp2c, pari-gp)[source, home-page]: Likewise.
* gnu/packages/animation.scm (etl, synfig, synfigstudio, papagayo)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (tadbit)[home-page]: Likewise.

gnu: Use HTTPS for drobilla.net URIs.

* gnu/packages/audio.scm (jalv, lilv, patchage, raul, raul-devel)
(sratom, suil)[source, home-page]: Use HTTPS.
* gnu/packages/gtk.scm (ganv, ganv-devel)[source, home-page]: Likewise.
* gnu/packages/music.scm (ingen)[source, home-page]: Likewise.
* gnu/packages/rdf.scm (serd, sord)[source, home-page]: Likewise.

gnu: libgit2: Return #t from all phases.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: busybox: Return #t from all phases.

* gnu/packages/busybox.scm (busybox)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: corkscrew: Clean up dead code.

* gnu/packages/ssh.scm (corkscrew)[arguments]: Remove unnecessary
variables and procedure calls.

gnu: corkscrew: Deduplicate documentation directories.

* gnu/packages/ssh.scm (corkscrew)[arguments]: Install documentation to
the correct versioned subdirectory, as already done by the build system.

gnu: corkscrew: Return #t from all phases.

* gnu/packages/ssl.scm (corkscrew)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: guile-ssh: Return #t from all phases.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and all its trappings.

gnu: libtocc: Return #t from all phases.

* gnu/packages/search.scm (libtocc)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*. Return #t rather than undefined from phases. Re-indent.

gnu: qemu: Return #t from phases.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: git-crypt: Return #t from all phases.

* gnu/packages/version-control.scm (git-crypt)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: lxc: Return #t from phases.

* gnu/packages/virtualization.scm (lxc)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: lookingglass: Update to a11.

* gnu/packages/virtualization.scm (lookingglass): Update to a11.
[native-inputs]: Add 'libconfig', 'nettle'.
[arguments]: Add 'CC=gcc' make-flag.

gnu: extempore: Fetch sources from git.

* gnu/packages/music.scm (extempore)[source]: Fetch from git.

gnu: patchmatrix: Update to 0.12.0-1.a0b0b1e.

* gnu/packages/music.scm (patchmatrix): Update to 0.12.0-1.a0b0b1e.
[arguments]: Add phase "make-gzip-archive-writable".

gnu: sfarkxtc: Update to 0-1.13cd6f937.

* gnu/packages/compression.scm (sfarkxtc): Update to 0-1.13cd6f937.

services: cuirass: Add description.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-service-type): Add description.

services: cups: Add description.

* gnu/services/cups.scm (cups-service-type): Add description.

gnu: non-sequencer: Update to 1.9.5-4.5ae43bb.

* gnu/packages/music.scm (non-sequencer): Update to 1.9.5-4.5ae43bb.

gnu: ntk: Update to 1.3.1000.

* gnu/packages/fltk.scm (ntk): Update to 1.3.1000.
[arguments]: Do not use python-2; add missing #t to "set-ldflags" phase.

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.17.
[arguments]: Remove "wrap-executable" phase.

gnu: git: Add "credential-netrc" output.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Add "credential-netrc"
output.

Signed-off-by: Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>

gnu: gnome-dictionary: Update to 3.26.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-dictionary): Update to 3.26.1.
[build-system]: Switch to MESON-BUILD-SYSTEM.
[arguments]; New field.

build: Remove leftover reference to nix/libstore/schema.sql.

This is a followup to 3931c76154d4f418d5ea9acc5e47bf911d371c24.
Reported by Julien Lepiller.

* nix/local.mk (EXTRA_DIST): Remove schema.sql.

Do not record store file name in bioinformatics.scm.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (dropseq-tools): Replace full store
file name with ellipses.

gnu: parallel: Remove 'bash' input.

Because it's implicit.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel)[inputs]: Remove 'bash'.

gnu: nyx: Show header stats.

This is a follow-up to commit 18ab54d4a2aaf932b14e69c30650c1d2c4db33c7
and fixes a regression introduced by Nyx 2.0.4 + Python 3.

* gnu/packages/tor.scm (nyx)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/nyx-show-header-stats-with-python3.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: parallel: Wrap program instead of substituting 'ps' and 'perl'.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel)[arguments]: Replace 'ps' and 'perl'
substitutions with a 'wrap-program' phase.  Move the 'post-install-test' phase
after it.
[inputs]: Add bash.

gnu: nyx: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/tor.scm (nyx): Update to 2.0.4.
[source]: Use proper PYPI-URI release tarball.
[native-inputs]: Remove (possibly outdated) test dependencies for now.
[arguments]: Remove no-longer-supported #:configure-flags, adding new
‘install-man-page’ and ‘install-sample-configuration’ phases.
Use setuptools. Disable tests.

gnu: perl-catalyst-runtime: Update to 5.90118.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-runtime): Update to 5.90118.
[source]: Update URI.
[native-inputs]: Remove perl-module-install.
[inputs]: Remove perl-class-data-inheritable, perl-http-request-ascgi,
perl-moosex-role-withoverloading, and perl-namespace-autoclean.

gnu: perl-catalystx-script-server-starman: Update to 0.03.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalystx-script-server-starman): Update to 0.03.

gnu: nyx: Update home page.

* gnu/packages/tor.scm (nyx)[home-page]: Update.
[description]: Remove last reference to old ‘arm’ project name.

gnu: nyx: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (nyx)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*.

gnu: dwm: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (dwm)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*.

gnu: zile-on-guile: Return #t from all phases.

* gnu/packages/zile.scm (zile-on-guile)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: vpnc-scripts: Update to 20180226.07c3518.

* gnu/packages/vpn.scm (vpnc-scripts): Update to 20180226.07c3518.

gnu: vpnc-scripts: Return #t from all phases.

* gnu/packages/vpn.scm (vpnc-scripts)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*. Return #t rather than undefined from phases.

gnu: neofetch: Tweak synopsis & description.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch)[synopsis, description]: Avoid
abbreviation (but draw the line at ASCII).

gnu: hplip: Tweak synopsis & description.

* gnu/packages/cups.scm (hplip)[synopis]: Remove Random Capitalisation.
[description]: Likewise. Define ‘PPD’.

gnu: libsemanage: Return #t from all phases.

* gnu/packages/selinux.scm (libsemanage)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: mplayer: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (mplayer)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: vapoursynth: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: libsmpeg: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (libsmpeg)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: handbrake: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (handbrake)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: libmediainfo: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (libmediainfo)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: mediainfo: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (mediainfo)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: livemedia-utils: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (livemedia-utils)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: frei0r-plugins: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (frei0r-plugins)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

system: Mapped devices needed for boot do not yield Shepherd services.

Fixes <https://bugs.gnu.org/31889>.
Reported by Taylan Kammer <taylanbayirli@gmail.com>.

* gnu/system.scm (non-boot-file-system-service)[mapped-devices-for-boot]:
New variable.
Remove dependencies of FS that are members of MAPPED-DEVICES-FOR-BOOT.
(mapped-device-user): Rename to...
(mapped-device-users): ... this.  Use 'filter' instead of 'find'.
(operating-system-user-mapped-devices)
(operating-system-boot-mapped-devices): Use 'any
file-system-needed-for-boot?' instead of looking at the first user.
* tests/system.scm ("non-boot-file-system-service"): New test.

build-self: Avoid recompilations of 'compute-guix-derivation'.

* build-aux/build-self.scm (build-program)["compute-guix-derivation"]:
Honor the SOURCE command-line argument.  Add a VERSION command-line
argument and honor it.
(build): Pass VERSION to BUILD.

gnu: parallel: Update to 20180622.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180622.

gnu: hplip: Add Qt GUI support.

Some tools (like ‘hp-toolbox’) still refuse to launch, but at least
others (like ‘hp-systrax’) now seem to work.

* gnu/packages/cups.scm (hplip)[arguments]: Add #configure-flags for Qt.
[inputs]: Add python-gobject and python-pyqt.

gnu: hplip: Update to 3.18.6.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update to 3.18.6.

Order (gnu packages cups) module imports alphabetically.

* gnu/packages/cups.scm (define-module): Order module imports
alphabetically.

gnu: gimp: Update to 2.10.2.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp): Update to 2.10.2.

gnu: gegl: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl): Update to 0.4.2.

gnu: babl: Update to 0.1.50.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.50.

gnu: ruby-rack-protection: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rack-protection): Update to 2.0.3.

gnu: ruby-rack: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rack): Update to 2.0.5.

gnu: sdl2-image: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-image): Update to 2.0.3.

guix: Fix system reconfigure.

This is a follow-up to 378daa8cb677121e1893f9173af1db060720d6e4.

* guix/scripts/system.scm (switch-to-system): Lower the script.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.06.19.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.06.19.

gnu: r-httpuv: Update to 1.4.4.1.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): Update to 1.4.4.1.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-24.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-24.

gnu: r-mice: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mice): Update to 3.1.0.

gnu: r-progress: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-progress): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-crayon and r-hms.

gnu: r-complexheatmap: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-complexheatmap): Update to 1.18.1.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.6.1.

gnu: r-optparse: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-optparse): Update to 1.6.0.

gnu: r-biocviews: Update to 1.48.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.48.2.

gnu: emacs-evil: Update to 20180517.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil): Update to 20180517.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-mu4e: Deprecate in favor of emacs-evil-collection.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-mu4e): Deprecate.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-ediff: Deprecate in favor of emacs-evil-collection.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-ediff): Deprecate.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-collection: Update to 20180617.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-collection): Update to 20180617.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-mu4e-conversation.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mu4e-conversation): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Update NEWS.

guix system: 'list-generation' correctly displays file system labels.

* guix/scripts/system.scm (display-system-generation): Correctly display
file system labels.  Previously, starting from commit
a5acc17a3c10a3779b5b8b1a2565ef130be77e51, it'd print #<file-system-label "foo">.

services: boot: Take gexps instead of monadic gexps.

* gnu/services.scm (compute-boot-script): Rename 'mexps' to 'gexps' and
remove 'mlet' form.
(boot-service-type): Update comment.
(cleanup-gexp): Remove 'with-monad' and 'return'.
(activation-script): Rewrite in non-monadic style: use 'scheme-file'
instead of 'gexp->file'.
(gexps->activation-gexp): Remove 'mlet', return a gexp.
* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-boot-gexp): Remove 'with-monad'
and 'return'.
* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Remove outdated comment.
* gnu/tests/base.scm (%cleanup-os): For 'dirty-service', remove
'with-monad' and 'return'.

services: Add description to core services.

* gnu/services.scm (system-service-type, boot-service-type)
(cleanup-service-type, activation-service-type)
(special-files-service-type, etc-service-type)
(setuid-program-service-type, profile-service-type)
(firmware-service-type, gc-root-service-type): Add 'description' field.

gnu: ocaml: Build reproducibly.

* gnu/packages/patches/ocaml-enable-ocamldoc-reproducibility.patch: New
file.
* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml)[origin]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add go-github-com-ayufan-golang-kardianos-service.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-ayufan-golang-kardianos-service): New
variable.