gnu: calibre: Unbundle liberation fonts.

*gnu/packages/ebook.scm (calibre)[source]: Delete liberation .ttf files.
[native-inputs]: Add font-liberation.
[arguments]: Calibre still references the bundled fonts, so we install the
packaged fonts to the directory the bundled fonts would have been.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Unbundle python2-markdown.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[snippet]: Replace python references to
bundled markdown with packaged. Remove markdown from source.
[inputs]: Add python2-markdown as a dependency.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Import unbundle feedparser patch from debian.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[source]: Reference new patch file.
[inputs]: Add python2-feedparser as an input.
* gnu/packages/patches/calibre-use-packaged-feedparser.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Import dont-load-icons patch from debian.

* gnu/packages/patches/calibre-dont-load-remote-icons.patch: New file.
* gnu/packages/ebooks.scm (calibre)[source]: Add reference to patch file.
* gnu/local.mk (dist_path_DATA): Add it.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Update to 2.85.1.

* gnu/packages/ebooks.scm (calibre): Update to 2.85.1.
* gnu/packages/patches/calibre-drop-unrar.patch: Delete incompatible patch
file. Recreate debian patch file from the latest calibre git revision.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

system: Use Guile 2.2 rather than 2.0 in %BASE-PACKAGES.

* gnu/system.scm (%base-packages): Change GUILE-2.0 to GUILE-2.2.

gnu: python-pyqt@4: Update to 4.12.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt-4): Update to 4.12.
[source]: Adjust URI to file rename.

gnu: python-pyqt: Update to 5.8.2.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt): Update to 5.8.2.

gnu: python-sip: Update to 4.19.2.

* gnu/packages/qt.scm (python-sip): Update to 4.19.2.

doc: Update for UEFI systems.

* doc/guix.texi (USB Stick Installation): Mention UEFI.
(Preparing for Installation): Add notes about EFI System Partition, and
mounting partitions before init.
(Proceeding with the Installation): Mention the GRUB-EFI package.
(Using the Configuration System): Lightweight desktop is now a UEFI system.
(GRUB Configuration): Expand on package field. Add indexes.
* gnu/system/examples/lightweight-desktop.tmpl: Adjust to native EFI configuration.

vm: Add UEFI loader to disk images.

* gnu/build/vm.scm (install-efi): New procedure.
(initialize-hard-disk): Generate EFI blob when ESP is present.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Append 40MiB EFI System Partition.

vm: Support creating FAT partitions.

* gnu/build/vm.scm (create-ext-file-system, create-fat-file-system): New procedures.
(format-partition): Use them. Error for unknown file systems.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Include DOSFSTOOLS.
* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Always add nls_is8859-1.ko.

vm: Support arbitrary partition flags.

* gnu/build/vm.scm (<partition>): Change BOOTABLE? to FLAGS.
(initialize-partition-table): Pass each flag to parted.
(initialize-hard-disk): Locate boot partition.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Adjust partition flags.

gnu: guile-ssh: Fix potential double-free/use-after-free issue.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26976>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/patches/guile-ssh-double-free.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh)[source](patches): Add it.

modules: Add more source-less modules.

* guix/modules.scm (%source-less-modules): New variable.
(source-module-dependencies): Use it.

publish: Fix narinfo rendering for already-compressed items.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26975>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/scripts/publish.scm (bake-narinfo+nar): Pass #f as the 2nd
argument to 'stat' and properly handle #f.
* tests/publish.scm (wait-for-file): New procedure.
("with cache"): Remove 'wait-for-file' procedure.
("with cache, uncompressed"): New test.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.11.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.11.

gnu: mcelog: Update to 150.

* gnu/packages/linux.scm (mcelog): Update to 150.

gnu: nano: Update to 2.8.3.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.8.3.

lint: inputs-should-be-native: Add "cmake".

Suggested by Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>.

* guix/scripts/lint.scm (check-inputs-should-be-native)[input-names]:
Add "cmake".

gnu: Add gemma.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (gemma): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-helm-projectile.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-projectile): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-helm-swoop.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-swoop): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-helm: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm): Update to 2.7.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-async: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-async): Update to 1.9.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

bootloader: extlinux: Remove syslinux-bootloader.

* gnu/bootloader/extlinux.scm (export): Remove syslinux-bootloader
  that was forgotten in 8ad37ad7b.

bootloader: extlinux: Remove undefined symbols from export list.

* gnu/bootloader/extlinux.scm (export): Remove syslinux-bootloader,
  extlinux-configuration, syslinux-configuration.

union: Gracefully handle dangling symlinks in the input.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26949>.
Reported by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>.

* guix/build/union.scm (file-is-directory?): Return #f when FILE does
not exist or is a dangling symlink.
(file=?): Pass #f as a second argument to 'stat'; return #f when both
ST1 or ST2 is #f.
* tests/profiles.scm (test-equalm): New macro.
("union vs. dangling symlink"): New test.

services: user-homes: Do not create home directories marked as no-create.

Fixes a bug whereby GuixSD would create the /nonexistent directory, from
user 'nobody', even though it has 'create-home-directory?' set to #f.

* gnu/build/activation.scm (activate-users+groups): Add comment for
\#:create-home?.
(activate-user-home)[ensure-user-home]: Skip when CREATE-HOME? is #f or
SYSTEM? is #t.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["no extra home directories"]: New
tests.

gnu: qt: Update to 5.8.0.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase, qtsvg, qtimageformats, qtx11extras,
qtxmlpatterns, qtdeclarative, qtconnectivity, qtwebsockets, qtsensors,
qtmultimedia, qtwayland, qtserialport, qtserialbus, qtwebchannel,
qtlocation, qttools, qtscript, qtquickcontrols, qtquickcontrols2,
qtgraphicaleffects, qtgamepad, qtscxml, qtpurchasing, qtcanvas3d,
qtcharts, qtdatavis3d, qtwebkit): Update to 5.8.0.
(qtdeclarative-render2d)[properties]: New field, package has been
absorbed by qtdeclarative and thus marked as superseded by it.

gnu: qtbase: Update configure flags.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase)[arguments]: Change the configure flags to
not use the precompiled headers. Enable x86_64 special hardware
instructions which have runtime detection.

gnu: qtbase: Don't use bundled double-conversion.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase)[inputs]: Add double-conversion.

gnu: qtconnectivity: Fix building on armhf and aarch64.

* gnu/packages/qt.scm (qtconnectivity)[arguments]: Add a phase to remove
a test which fails on arm hardware.

gnu: qtscript: Fix building on aarch64.

* gnu/packages/patches/qtscript-disable-tests.patch: New file.
* gnu/packages/qt.scm (qtscript)[source]: Use it.
* gnu/local.am (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: openttd: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/games.scm (openttd): Update to 1.7.0.

gnu: gnupg: Update to 2.1.21.

This release fixes a keyring corruption bug introduced in 2.1.20. See
<https://lists.gnupg.org/pipermail/gnupg-announce/2017q2/000405.html> for more
information.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.21.

gnu: npth: Update to 1.4.

* gnu/packages/gnupg.scm (npth): Update to 1.4.

gnu: shadow: Update to 4.5.

This fixes a regression introduced by the fix for CVE-2017-2616.
See <https://github.com/shadow-maint/shadow/pull/72> for more information.

* gnu/packages/admin.scm (shadow): Update to 4.5.
[source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/shadow-4.4-su-snprintf-fix.patch,
gnu/packages/patches/shadow-CVE-2017-2616.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: manaplus: Update to 1.7.5.14.

* gnu/packages/games.scm (manaplus): Update to 1.7.5.14.
[inputs]: Remove physfs.

gnu: gamine: Update to 1.5.

* gnu/packages/games.scm (gamine): Update to 1.5.

gnu: mc: Add unzip to inputs.

* gnu/packages/mc.scm (mc)[inputs]: Add unzip.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

install: Enable SSH in installation image.

* gnu/system/install.scm (%installation-services): Add OPENSSH-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Preparing for Installation)[Networking]: Document it.

services: openssh: Don't depend on networking.

* gnu/services/ssh.scm (openssh-shepherd-service): Drop requirement.

gnu: fizmo: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/games.scm (fizmo): Update to 0.8.4.
[inputs]: Add freetype; change sdl to sdl2.

gnu: gnubg: Update to 1.05.

* gnu/packages/games.scm (gnubg): Update to 1.05.

gnu: linux-libre: Update to 4.11.1.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.11.1.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.28.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.28.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.68.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.68.

maint: The 'release' target builds a VM image.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl: New file.
* Makefile.am (GUIXSD_VM_SYSTEMS, GUIXSD_VM_IMAGE_BASE,
GUIXSD_VM_IMAGE_SIZE): New variables.
(release): Add logic to build a VM image.
(EXAMPLES): Add 'gnu/system/examples/vm-image.tmpl'.
* doc/guix.texi (Running GuixSD in a VM, Installing GuixSD in a VM): Mention the
pre-built VM image.

gnu: tailon: Use absolute paths for commands.

* gnu/packages/logging.scm (tailon)[arguments]: Patch commands.py to reference
  grep, awk, sed and tail by absolute paths.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add gspell.

* gnu/packages/patches/gspell-dash-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnome.scm (gspell): New variable.

Co-authored-by: humanitiesNerd <catonano@gmail.com>

gnu: aspell: 'dict-dir' set to ~/.guix-profile/lib/aspell or $ASPELL_DICT_DIR.

See <https://bugs.gnu.org/25836> for background.

* gnu/packages/patches/aspell-default-dict-dir.patch: New file.
* gnu/packages/aspell.scm (aspell)[source](patches): New field.
[native-search-paths]: New field.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

build: Compile stackage only if 'guile-json' is available.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26860>.
This is a followup to commit 3089b5d3f5a31b191b68ce3aa9255b646940b642.

* Makefile.am (MODULES): Move "guix/scripts/import/stackage.scm" within
'if HAVE_GUILE_JSON'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-org: Update to 20170515.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update emacs-org.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mes: Don't fail when (%current-target-system) is #f.

* gnu/packages/mes.scm (mes)[native-inputs]: Test string equality differently.

gnu: qemu: Fix CVE-2017-7493.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-7493.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Use it.

gnu: ruby-rack: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rack): Update to 2.0.3.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme, python2-acme): Update to 0.14.1.

gnu: ruby-concurrent: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-concurrent): Update to 1.0.5.
* gnu/packages/patches/ruby-concurrent-test-arm.patch: Adjust accordingly.

gnu: bundler: Update to 1.14.6.

* gnu/packages/ruby.scm (bundler): Update to 1.14.6.

gnu: mes: Update to 0.6.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.6.

profiles: Add elapsed time to manual-database hook to output message.

* guix/profiles.scm (manual-database): Add elapsed time to manual-database
hook to output message.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: php: Update to 7.1.5.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.1.5.
[arguments]: Remove a no longer relevant test fix.

gnu: glibc/hurd: Do not apply i686 patch.

This is a follow-up to commit c2e4f14ac8cd3e1ce7f46a192ad0c9acc084b210.

* gnu/packages/base.scm (glibc/hurd)[arguments]: Override pre-configure phase
with a copy that does not include the patch application.

gnu: glibc/hurd: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/base.scm (glibc/hurd)[arguments]: Use modify-phases syntax.

gnu: emacspeak: Update to 46.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacspeak): Update to 46.0.
[source]: Add snippet to delete pre-compiled Emacs Lisp files.
[arguments]: Adjust phases for the update.

import cran: Check if pkg-config is needed.

* guix/import/cran.scm (needs-pkg-config?): New procedure.
(description->package): Use it.

import cran: Refactor "needs-zlib?".

* guix/import/cran.scm (tarball-files-match-pattern?): New procedure.
(needs-zlib?): Implement in terms of "tarball-files-match-pattern?".

import cran: Export package predicates.

* guix/import/cran.scm (cran-package?, bioconductor-package?,
bioconductor-data-package?, bioconductor-experiment-package?): Export
procedures.

import cran: Add predicate for Bioconductor experiment packages.

* guix/import/cran.scm (bioconductor-experiment-package?): New variable.

import cran: Exclude experiment packages in predicate "bioconductor-package?".

* guix/import/cran.scm (bioconductor-package?): Exclude experiment packages,
because they cannot be updated with the default bioconductor updater.

import cran: Fetch DESCRIPTION files from Github mirror.

* guix/import/cran.scm (%bioconductor-svn-url): Remove variable.
(bioconductor-mirror-url): New procedure.
(fetch-description): Take a REPOSITORY symbol instead of a BASE-URL string.
(cran->guix-package): Pass REPOSITORY symbol to "fetch-description".
(latest-cran-release, latest-bioconductor-release): Adjust accordingly.
(bioconductor-package?): Update comment about SVN.

gnu: tor: Update to 0.3.0.7.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.0.7.

gnu: java-stringtemplate: Get closer to fixing tests.

* gnu/packages/java.scm (java-stringtemplate)[arguments]: Set test-dir and
override default test target.  Keep tests disabled because they fail for
unknown reasons.
[inputs]: Add java-junit.

gnu: Rename stringtemplate4-4.0.6 to java-stringtemplate-4.0.6.

* gnu/packages/java.scm (stringtemplate4-4.0.6): Rename this...
(java-stringtemplate-4.0.6): ...to this.
(antlr3)[propagated-inputs]: Adjust accordingly.

gnu: Rename stringtemplate4 to java-stringtemplate.

* gnu/packages/java.scm (stringtemplate4): Rename this...
(java-stringtemplate): ...to this.
(stringtemplate4-4.0.6)[inherit]: Adjust accordingly.
(antlr3)[inputs]: Likewise.

gnu: stringtemplate4: Prettify "generate-grammar" phase.

* gnu/packages/java.scm (stringtemplate4)[arguments]: Rewrite
"generate-grammar" phase to use "with-directory-excursion" and to report
success or failure.

gnu: stringtemplate4: Inherit from java-stringtemplate-3.

* gnu/packages/java.scm (stringtemplate4)[inherit]: Add
"java-stringtemplate-3" as parent.
[home-page, synopsis, description, license]: Inherit from parent.

gnu: java-stringtemplate-3: Use return value in build phase.

* gnu/packages/java.scm (java-stringtemplate-3)[arguments]: Let
build phase "generate-grammar" return success or failure.

gnu: java-stringtemplate-3: Enable tests.

* gnu/packages/java.scm (java-stringtemplate-3)[arguments]: Enable tests; add
build phase to fix tests.

gnu: java-stringtemplate-3: Do not hardcode version string.

* gnu/packages/java.scm (java-stringtemplate-3)[arguments]: Take current
version string.

gnu: Rename stringtemplate3 to java-stringtemplate-3.

* gnu/packages/java.scm (stringtemplate3): Replace this...
(java-stringtemplate-3): ...with this.
[name]: Change to "java-stringtemplate".
(stringtemplate4)[inputs]: Adjust accordingly.
(stringtemplate4-4.0.6)[inputs]: Likewise.
(antlr3)[inputs, propagated-inputs]: Likewise.
(antlr3-3.3)[propagated-inputs, arguments]: Likewise.
(antlr3-3.1)[propagated-inputs]: Likewise.

doc: Update the documentation for the asdf build systems.

* doc/guix.texi (Build Systems): Remove the no-longer relevant parts about
naming inputs.  Add documentation for the new parameters #:asd-system-name and
 #:test-asd-file.

build-system/asdf: Handle tests defined in external systems.

* guix/build-system/asdf.scm (asdf-build): Add a #:test-asd-file argument.
[builder]: Pass it to the build system.
(package-with-build-system)[transform]: Strip it from source systems' arguments.
* guix/build/asdf-build-system.scm (check): Pass the fully qualified path to
it on to the test-system procedure.
* guix/build/lisp-utils.scm (test-system): Load the file, or otherwise one of
the often used names for it, before running the tests.  Adjust the docstring
accordingly.

gnu: sbcl-slynk-boot0: Give the package an appropriate name.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-slynk-boot0)[name]: Change it to reflect the
bootstrap status of the package.
[arguments]<#:asd-system-name>: Add the appropriate value.
(sbcl-slynk-arglists)[arguments]: Set the appropriate #:asd-file and forcibly
unset #:asd-system-name.
(sbcl-slynk)[name]: Change it to the variable name.
(cl-slynk)[name]: Likewise.

build-system/asdf: Retain references to source files for binary outputs.

In support of long-running programs in which the users would like to be able
to jump to the source of a definition of any of the dependencies (itself
included) of the program.

* guix/build/asdf-build-system.scm (library-outputs): Move from here ...
* guix/build/lisp-utils.scm (library-outputs): ... to here.
(build-program): Accept dependency-prefixes argument, to allow the caller to
specify references which should be retained.  Default to the library's output.
(build-image): Likewise.
(generate-executable): Likewise.
* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-stumpwm+slynk, sbcl-slynk, sbcl-stumpwm): Adjust
accordingly to the new interface.
(sbcl-stumpwm+slynk)[native-inputs]: Move to ...
[inputs]: ... here.

build-system/asdf: Simplify the use of lisp-eval-program.

Accept a list of statements, each run within its own `--eval' argument. This
allows statements to use reader package namespacing after a package has been
loaded.

* guix/build/lisp-utils.scm (spread-statements): New procedure.
(lisp-invoke): Rename to ...
(lisp-invocation): ... this. Use spread-statements. Change interface to accept
list of statements instead of a single statement.
(asdf-load-all-systems): Simplify returned statements.
(compile-system): Simplify the program passed to `lisp-eval-program'.
(test-system): Likewise.
(generate-executable-for-system): Likewise. Accept the full symbol describing
the asdf operation to use.
(generate-executable): Document the change.
(build-program, build-image): Use the new interface.

gnu: Add cl-unicode.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cl-unicode-base, sbcl-cl-unicode)
(ecl-cl-unicode, cl-unicode): New variables.

Co-Authored-By: Andy Patterson <ajpatter@uwarerloo.ca>

build-system/asdf: Handle unusually-named systems.

* guix/build/lisp-utils.scm (valid-char-set): New variable.
(normalize-string): New procedure.
(compiled-system): Truncate the name of a system which contains slashes.
(generate-system-definition, make-asd-file): Use `normalize-string' to alter
the names of the created system and its dependencies.
* guix/build/asdf-build-system.scm (create-asd-file): Normalize the name of
the asd file being created.

build-system/asdf: Always pre-load the system's definition file.

* guix/build-system/asdf.scm (asdf-build)[builder]: Pass a default
`#:asd-file' argument to the build procedure, using the system's name.
* guix/build/asdf-build-system.scm (build, check): Adjust to assume that
`asd-file' will always be a string.
* guix/build/lisp-utils.scm (compile-system, system-dependencies)
(test-system): Likewise.

build-system/asdf: Pass the system name as an argument to the builder.

* guix/build-system/asdf.scm (asdf-build): Use the user-defined system name,
or calculate it from the package's full name.
[builder]: Pass the value along to the build procedure.
(package-with-build-system): Remove #:asd-system-name from source packages'
arguments.
* guix/build/asdf-build-system.scm: Adjust accordingly.
* guix/build/lisp-utils.scm (remove-lisp-from-name): Delete variable.

build-system/asdf: Parameterize the lisp type and implementation globally.

* guix/build-system/asdf.scm (asdf-build)[builder]: Parameterize %lisp-type
and %lisp before invoking the build procedure. Don't pass #:lisp-type as an
argument to said procedure.
* guix/build/asdf-build-system.scm: Adjust accordingly.
(source-install-prefix): Rename to %lisp-source-install-prefix.
* guix/build/lisp-utils.scm: Adjust accordingly.
(%lisp-type): New parameter.
(bundle-install-prefix): Rename to %bundle-install-prefix.
* gnu/packages/lisp.scm: Adjust accordingly.

build-system/asdf: Make #:lisp a package argument.

* guix/build-system/asdf.scm (lower): Change argument name to `lisp-type'.
(asdf-build): Change argument name to `lisp-type'.  Remove `lisp' as an
argument to the returned procedure.  Change the argument passed to build
phases to `lisp-type'.
* guix/build/asdf-build-system.scm (copy-source, build, check)
(create-asd-file, symlink-asd-files, cleanup-files, strip): Respect
`lisp-type` argument.
* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-stumpwm, sbcl-stumpwm+slynk): Likewise.

build-system/asdf: Keep ecl's generated archive files.

This may be necessary to produce programs or images with ecl.

* guix/build/asdf-build-system.scm (cleanup-files): Don't delete .a files.

build-system/asdf: Don't rename inputs.

* guix/build-system/asdf.scm (package-with-build-system)[transform]: Use updated
`new-inputs' procedure for inputs and native-inputs.
<rewrite>: Don't rename inputs.
<new-propagated-inputs>: Draw from package-inputs and package-native-inputs
for source packages.  Use the original package's propagated-inputs otherwise.
<new-inputs>: Convert into a function to be used to transform inputs and
native-inputs.
* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-fiveam, sbcl-bordeaux-threads)
(sbcl-flexi-streams, sbcl-cl-ppcre, sbcl-stumpwm, sbcl-slynk-arglists)
(sbcl-slynk-fancy-inspector): Don't prefix input names.

build-system/asdf: Use asdf to determine dependencies.

This removes the need for conventions to determine which inputs are run-time
dependencies, and also the need to specify "special" dependencies.

* guix/build/lisp-utils.scm (patch-asd-file, lisp-dependencies)
(wrap-perform-method): Remove them.
(inputs->asd-file-map, system-dependencies, generate-system-definition)
(generate-dependency-links, make-asd-file): New procedures.
(lisp-eval-program): Add an error if no lisp matches.
(compile-system): Don't use asdf's in-built asd-file generator.

gnu: cl-stumpwm: Build the library in "lib" and the program in "bin".

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-stumpwm)[outputs]: Remove "bin" and add "lib".
[arguments]<#:phases>: Change the target of `build-program' to the "out"
output. Likewise, change the target of the desktop file generation.
(sbcl-stumpwm+slynk)[inputs]: Use the "lib" output of sbcl-stumpwm.

build-system/asdf: Make it possible to use "lib" as the build output.

* guix/build/asdf-build-system.scm (library-output): New procedure.
(copy-source, build, check, patch-asd-files, symlink-asd-files)
(cleanup-files): Use it.
(copy-files-to-output): Rework to take an output instead of an outputs and
string pair.
(install, copy-source): Use the new method.

build-system/asdf: Rename %install-prefix to %source-install-prefix.

* guix/build/lisp-utils.scm (%install-prefix): Rename to
%source-install-prefix.
(build-install-prefix): Use it.
* guix/build/asdf-build-system.scm (source-install-prefix)
(%system-install-prefix, source-directory, copy-source): Likewise.

gnu: cl-slynk: Explain some naming choices.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-slynk-boot0): Add comments explaining its
purpose and the reason its package-name must differ from its name.