gnu: Add quantile-estimator.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-quantile-estimator, ecl-quantile-estimator,
  cl-quantile-estimator): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: txr: Update to 239.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 239.
  [arguments]: Use cc-for-target.

gnu: guix: Update to 7730f41afd.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-5.7730f41.

installer: final: Add some extra logging.

* gnu/installer/final.scm (kill-cow-users): Log the killed process name,
(umount-cow-store): inform that we are umounting the cow-store.

gnu: rosegarden: Update to 20.06.

* gnu/packages/music.scm (rosegarden): Update to 20.06.

gnu: guile-rsvg: Use 'git-fetch' instead of a generated archive.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-rsvg)[source]: Switch to GIT-FETCH.

bash completion: Complete sub-commands after 'guix time-machine'.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete_subcommand): New function.
(_guix_complete): Use it.  For "time-machine", call
'_guix_complete_subcommand' by default.

bash completion: Complete file names after '-p' and '-C'.

* etc/completion/bash/guix (_guix_is_dash_C, _guix_is_dash_p): New functions.
(_guix_complete): Honor them for "install", "remove", "upgrade", "pull",
and "time-machine".

gnu: emacs-modus-operandi-theme: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-operandi-theme): Update to 0.9.0.

gnu: emacs-modus-vivendi-theme: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-vivendi-theme): Update to 0.9.0.

gnu: Add emacs-meson-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-meson-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: autorandr: Fix typo.

* gnu/packages/xdisorg.scm (autorandr)[arguments]<phases>: Fix typo in
bash completion directory.

gnu: emacs-treemacs: Update to 2.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-treemacs): Update to 2.8.
[arguments]: Do not prepare dependencies before testing.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-slack: Update to a6d9f49.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-slack): Update to a6d9f49.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: network-manager-applet: Propagate 'libnma'.

Fixes <https://issues.guix.info/41653>.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-applet)[inputs]: Move 'libnma'
to …
[propagated-inputs]: … here.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: emacs-nov-el: Add comment about upstream not tagging releases.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nov-el): Add a comment.  Fix indentation.

gnu: emacs-elpher: Update to 2.7.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpher): Update to 2.7.9.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-nov-el: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nov-el): Update to 0.3.0.
[home-page, source]: Use new upstream URIs.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-glsl-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-glsl-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

doc: cookbook: Add entry about getting substitutes through Tor.

* doc/guix-cookbook.texi (Getting substitutes from Tor): New section.

xorg: honor xorg-configuration-server in xorg-configuration->file

Fixes <https://bugs.gnu.org/40806>.

Previously the xorg-server package specified in the configuration was ignored
entirely in xorg-configuration->file.  This had the effect that while the X
program of the configured package would be executed, the modules of the
configured package would be ignored in favor of the default xorg-server
package's modules.  This fixes that.

* gnu/services/xorg.scm (xorg-configuration->file): honor
  xorg-configuration-server.

gnu: python-pypairix: Update to 0.3.7 and build programs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pypairix): Update to 0.3.7.
[source]: Fetch from github.
[arguments]: Add phases "build-programs" and "install-programs".

gnu: sameboy: Update to 0.13.1 [security fix].

* gnu/packages/emulators.scm (sameboy): Update to 0.13.1.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.44.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.44.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.16.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.126.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.126.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.183.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.183.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.226.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.226.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.226.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.226.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: mpg123: Update to 1.26.1.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): Update to 1.26.1.

gnu: ncdu: Update to 1.15.

* gnu/packages/ncdu.scm (ncdu): Update to 1.15.

gnu: lsp-plugins: Update to 1.1.22.

* gnu/packages/music.scm (lsp-plugins): Update to 1.1.22.

gnu: perl-net-dns: Update to 1.24.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns): Update to 1.24.

gnu: ocaml-extlib: Update to 1.7.7.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-extlib): Update to 1.7.7.
[source]: Update TLD.

gnu: hcxdumptool: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/networking.scm (hcxdumptool)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: hcxdumptool: Update to 6.0.6.

* gnu/packages/networking.scm (hcxdumptool): Update to 6.0.6.
[inputs]: Add openssl.

gnu: Add mergerfs-tools.

* gnu/packages/storage.scm (mergerfs-tools): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add mergerfs.

* gnu/packages/storage.scm (mergerfs): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Polish hunspell dictionary.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell-dict-pl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: java-openjfx-build: Fix indentation.

* gnu/packages/java.scm (java-openjfx-build)[source]: Change the indentation
  of the uri dirictive.

Signed-off-by: Alexey Abramov <levenson@mmer.org>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: java-openjfx-build: Add helpful patch.

* gnu/packages/java.scm (java-openjfx-build)[source]: Use it.
* gnu/packages/patches/java-openjfx-build-jdk_version.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Alexey Abramov <levenson@mmer.org>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention Btrfs compression.

Suggested by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* doc/guix.texi (Keyboard Layout and Networking and Partitioning):
Mention Btrfs compression.

gnu: shepherd: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/admin.scm (shepherd): Update to 0.8.1.

gnu: python-can: Update to 3.3.3.

This fixes the build of python-can, which is very exacting w.r.t. to its
dependencies.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-can): Update to 3.3.3.
[phases]{relax-version-requirements}: New phase.
[native-inputs]: Add python-coverage.
[license]: Correct the license to lgpl3+.

gnu: services: docker: Add a debug? parameter.

* gnu/services/docker.scm (docker-configuration): Add a debug? field.
(containerd-shepherd-service): Pass the "--log-level=debug" argument when
DEBUG? is true.
(docker-shepherd-service): Pass the "--debug" and "--log-level=debug"
arguments when DEBUG? is true.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Update doc.

gnu: Add python-pairtools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pairtools): New variable.

gnu: Remove bedtools-2.26.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools-2.26): Remove variable.

gnu: python-pybedtools: Disable unreliable test.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybedtools)[arguments]: Disable
test_intron_exon_reads test; run tests verbosely.

test_intron_exon_reads

gnu: librdkafka: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/networking.scm (librdkafka): Update to 1.4.2.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: global: Don't build static libraries.

* gnu/packages/code.scm (global)[arguments]: Add configure-flag to
disable static libraries.

gnu: global: Move vim plugins to correct directory.

* gnu/packages/code.scm (global)[arguments]: Adjust 'post-install phase
to install vim plugin files to the expected directory.

gnu: emacs-auctex: Update to 12.2.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auctex): Update to 12.2.3.

gnu: fmt: Update to 6.2.1.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt): Update to 6.2.1.

gnu: camlp5: Update to 7.12.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlp5): Update to 7.12.

gnu: re2: Update to 2020-06-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2020-06-01.

gnu: nix: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/package-management.scm (nix): Update to 2.3.5.

gnu: intel-vaapi-driver: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/video.scm (intel-vaapi-driver): Update to 2.4.1.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: osinfo-db: Update to 20200529.

* gnu/packages/virtualization.scm (osinfo-db): Update to 20200529.

gnu: osinfo-db-tools: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (osinfo-db-tools): Update to 1.8.0.

gnu: qutebrowser: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (qutebrowser): Update to 1.12.0.

gnu: bs1770gain: Deduplicate home page URLs.

* gnu/packages/audio.scm (bs1770gain)[source]: Re-use the HOME-PAGE
field in the snippet.

gnu: bs1770gain: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/audio.scm (bs1770gain): Update to 0.7.0.

gnu: iw: Use CC-FOR-TARGET.

* gnu/packages/linux.scm (iw)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: net-tools: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (net-tools)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: lemonbar: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/wm.scm (lemonbar)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.1.01-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.1.01-1.

gnu: acpica: Update to 20200528.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20200528.

gnu: blktrace: Prepare for cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (blktrace)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: mdadm: Actually cross-compile.

* gnu/packages/linux.scm (mdadm)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: hdparm: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.
Don't strip the binary during the build phase.

gnu: mbpfan: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (mbpfan)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: earlyoom: Actually cross-compile.

* gnu/packages/linux.scm (earlyoom)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: i2c-tools: Actually cross-compile.

* gnu/packages/linux.scm (i2c-tools)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: libabigail: Update to 1.7.

* gnu/packages/elf.scm (libabigail): Update to 1.7.

gnu: dbus: Fix CVE-2020-12049.

* gnu/packages/patches/dbus-CVE-2020-12049.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/glib.scm (dbus/fixed): New variable.
(dbus)[replacement]: New field.

gnu: sct: Prepare for cross-compilation.

* gnu/packages/xdisorg.scm (sct)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: sct: Update to 0.5.

* gnu/packages/xdisorg.scm (sct): Update to 0.5.

gnu: ubridge: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/networking.scm (ubridge)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: memtester: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/hardware.scm (memtester)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: iniparser: Edit synopsis & description.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser)[synopsis, description]: Flesh out.

gnu: iniparser: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: linenoise: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/shells.scm (linenoise)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: clipnotify: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/xdisorg.scm (clipnotify)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: nvme-cli: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (nvme-cli)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: lolcat: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/games.scm (lolcat)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: clzip: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/compression.scm (clzip)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: lunzip: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/compression.scm (lunzip)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: pigz: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/compression.scm (pigz)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: os-prober: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/bootloaders.scm (os-prober)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: texlive-csquotes: Update source checksum.

This package had not been adjusted for the TeX Live 2019 upgrade.
Fixes <https://bugs.gnu.org/41660>.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-csquotes)[simple-texlive-package]: Update
expected checksum.

gnu: toutenclic: Add missing input.

* gnu/packages/education.scm (toutenclic)[native-inputs]: Add UNZIP.

gnu: libreoffice: Update to 4.4.2.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 4.4.2.2.
[arguments]: Remove unrecognized configure-flag.

gnu: icecat: Update to 68.9.0-guix0-preview1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2020-12399 and CVE-2020-12405.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update gnuzilla commit, base version, and hashes.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt to new version.

gnu: nss: Fix CVE-2020-12399 via graft.

* gnu/packages/patches/nss-CVE-2020-12399.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/nss.scm (nss/fixed): New variable.
(nss)[replacement]: Add field.

gnu: guix, guix-jupyter, cuirass, hpcguix-web: Use Guile-JSON 4.0.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[native-inputs]
[propagated-inputs]: Use GUILE-JSON-4 instead of GUILE-JSON-3.
* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (guix-jupyter)[propagated-inputs]:
Likewise.
* gnu/packages/web.scm (hpcguix-web)[propagated-inputs]: Likewise.

gnu: guile-json: Add version 4.0.1.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json-4): New variable.
(guile2.2-json): Use it.

doc: Update README to refer to the manual.

* README (Requirements): Refer to the manual.
(Installation): Update URL of the manual.

git-authenticate: Rename '%committers' to '%historical-committers'.

* build-aux/git-authenticate.scm (%committers): Rename to...
(%historical-committers): ... this.
(%authorized-signing-keys): Rename to...
(%historical-authorized-signing-keys): ... this.
(authenticate-commit): Adjust accordingly.

gnu: libuemf: Work around Guile texinfo limitations.

* gnu/packages/image.scm (libuemf)[description]: Substitute @acronym{}
for @abbr{}.

gnu: haproxy: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/networking.scm (haproxy): Update to 2.1.5.