gnu: e2fsprogs: Update to 1.44.5.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs): Update to 1.44.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: bind: Update to 9.12.3-P1.

* gnu/packages/dns.scm (bind): Update to 9.12.3-P1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-md4rd: Update to c55512c.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-md4rd): Update to c55512c.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add r-mcmc.

* gnu/packages/cran.scm (r-mcmc): New variable.

gnu: Add r-parcor.

* gnu/packages/cran.scm (r-parcor): New variable.

gnu: Add r-huge.

* gnu/packages/cran.scm (r-huge): New variable.

gnu: Add r-ppls.

* gnu/packages/cran.scm (r-ppls): New variable.

gnu: Add r-epi.

* gnu/packages/cran.scm (r-epi): New variable.

gnu: Add r-etm.

* gnu/packages/cran.scm (r-etm): New variable.

gnu: Add r-cmprsk.

* gnu/packages/cran.scm (r-cmprsk): New variable.

gnu: Add r-protviz.

* gnu/packages/cran.scm (r-protviz): New variable.

gnu: Add r-rbamtools.

* gnu/packages/cran.scm (r-rbamtools): New variable.

gnu: Add r-genenet.

* gnu/packages/cran.scm (r-genenet): New variable.

gnu: Add r-longitudinal.

* gnu/packages/cran.scm (r-longitudinal): New variable.

gnu: Add r-survivalroc.

* gnu/packages/cran.scm (r-survivalroc): New variable.

gnu: Add r-bootstrap.

* gnu/packages/cran.scm (r-bootstrap): New variable.

gnu: Add r-rmeta.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmeta): New variable.

gnu: Add r-drc.

* gnu/packages/cran.scm (r-drc): New variable.

gnu: Add r-spatialextremes.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatialextremes): New variable.

gnu: Add r-fields.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): New variable.

gnu: Add r-spam.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): New variable.

gnu: Add r-dotcall64.

* gnu/packages/cran.scm (r-dotcall64): New variable.

gnu: Add r-assertive.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive): New variable.

gnu: Add r-assertive-data.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-data): New variable.

gnu: Add r-assertive-data-uk.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-data-uk): New variable.

gnu: Add r-assertive-data-us.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-data-us): New variable.

gnu: Add r-assertive-strings.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-strings): New variable.

gnu: Add r-assertive-datetimes.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-datetimes): New variable.

gnu: Add r-assertive-code.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-code): New variable.

gnu: Add r-assertive-files.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-files): New variable.

gnu: Add r-assertive-types.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-types): New variable.

gnu: Add r-assertive-reflection.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-reflection): New variable.

gnu: Add r-assertive-models.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-models): New variable.

gnu: Add r-assertive-matrices.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-matrices): New variable.

gnu: Add r-assertive-sets.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-sets): New variable.

gnu: Add r-assertive-numbers.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-numbers): New variable.

gnu: Add r-assertive-properties.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-properties): New variable.

gnu: Add r-assertive-base.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-base): New variable.

gnu: Add r-rmpfr.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmpfr): New variable.

gnu: Add r-gmp.

* gnu/packages/cran.scm (r-gmp): New variable.

gnu: Add r-bigrquery.

* gnu/packages/cran.scm (r-bigrquery): New variable.

gnu: Add r-ontologyindex.

* gnu/packages/cran.scm (r-ontologyindex): New variable.

gnu: Add r-rapidjsonr.

* gnu/packages/cran.scm (r-rapidjsonr): New variable.

gnu: Add r-pixmap.

* gnu/packages/cran.scm (r-pixmap): New variable.

gnu: Add r-strucchange.

* gnu/packages/cran.scm (r-strucchange): New variable.

gnu: Add r-als.

* gnu/packages/cran.scm (r-als): New variable.

gnu: Add r-chemometricswithr.

* gnu/packages/cran.scm (r-chemometricswithr): New variable.

gnu: Add r-iso.

* gnu/packages/cran.scm (r-iso): New variable.

gnu: Add r-nnls.

* gnu/packages/cran.scm (r-nnls): New variable.

gnu: Add r-kohonen.

* gnu/packages/cran.scm (r-kohonen): New variable.

gnu: Add r-grimport.

* gnu/packages/cran.scm (r-grimport): New variable.

gnu: Add r-tractor-base.

* gnu/packages/cran.scm (r-tractor-base): New variable.

gnu: Add r-reportr.

* gnu/packages/cran.scm (r-reportr): New variable.

gnu: Add r-ore.

* gnu/packages/cran.scm (r-ore): New variable.

gnu: Add r-shades.

* gnu/packages/cran.scm (r-shades): New variable.

gnu: Add r-rnifti.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): New variable.

gnu: Add r-tfmpvalue.

* gnu/packages/cran.scm (r-tfmpvalue): New variable.

gnu: Add r-splitstackshape.

* gnu/packages/cran.scm (r-splitstackshape): New variable.

gnu: Add r-lassopv.

* gnu/packages/cran.scm (r-lassopv): New variable.

gnu: Add r-flare.

* gnu/packages/cran.scm (r-flare): New variable.

gnu: Add r-vbsr.

* gnu/packages/cran.scm (r-vbsr): New variable.

gnu: Add r-rpostgresql.

* gnu/packages/cran.scm (r-rpostgresql): New variable.

gnu: Add r-rspectra.

* gnu/packages/cran.scm (r-rspectra): New variable.

build-system/asdf: 'package-with-build-system' accesses inputs lazily.

Fixes a bug whereby we would, at the top-level (while evaluation
lisp.scm package definitions), attempt to access package inputs.
Because of circular dependencies, this could lead to unbound variables
as reported by Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net> at
<https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=33801#56>.

* guix/build-system/asdf.scm (package-with-build-system)[transform]
(new-propagated-inputs): Turn into a procedure.
Adjust user accordingly.

self: Drop support for Guix < 0.15 on Guile 2.0.

* guix/self.scm (false-if-wrong-guile, package-for-guile): Remove.
(specification->package): Remove "guile2.0-" variants.
(compiled-guix): #:guile-for-build defaults to (default-guile).
Use 'specification->package' instead of 'package-for-guile'.
(guile-for-build): Remove.
(guix-derivation): Use 'default-guile' instead of 'guile-for-build'.
Check whether we're running on Guile 2.0 with PULL-VERSION < 1.

Remove most uses of the _IO*F constants.

These constants, for use with 'setvbuf', were deprecated in Guile 2.2
and disappeared in Guile 3.0.  Here we keep these constants in
build-side code where removing them is not feasible.

* guix/build/download-nar.scm (download-nar): Adjust 'setvbuf' calls to
the Guile 2.2+ API.
* guix/build/download.scm (open-socket-for-uri): Likewise.
(open-connection-for-uri, url-fetch): Likewise.
* guix/build/make-bootstrap.scm (make-stripped-libc): Likewise.
* guix/build/union.scm (setvbuf) [guile-2.0]: New conditional wrapper.
(union-build): Adjust to new API.
* guix/ftp-client.scm (ftp-open, ftp-list, ftp-retr): Likewise.
* guix/http-client.scm (http-fetch): Likewise.
* guix/inferior.scm (proxy): Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm (fetch, http-multiple-get): Likewise.
* guix/self.scm (compiled-modules): Likewise.
* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel, store-import-channel)
(store-export-channel): Likewise.
* guix/ui.scm (initialize-guix): Likewise.
* tests/publish.scm (http-get-port): Likewise.
* guix/store.scm (%newlines): Adjust comment.

download: Remove Guile 2.0 workaround.

* guix/build/download.scm: Remove Guile 2.0 workaround.

maint: Remove 'cond-expand' forms for Guile 2.0.

Note: Leave 'cond-expand' forms used in the build-side modules that can
run on %BOOTSTRAP-GUILE, which is currently Guile 2.0.

* guix/build/compile.scm: Move 'use-modules' clause from 'cond-expand'
to 'define-module' form.
(%default-optimizations): Remove 'cond-expand'.
* guix/build/download.scm (tls-wrap): Remove 'cond-expand'.
* guix/build/syscalls.scm: Remove 'cond-expand' form around
'%set-automatic-finalization-enabled?!' and
'without-automatic-finalization'.
* guix/inferior.scm (port->inferior): Remove 'cond-expand'.
* guix/scripts/pack.scm (wrapped-package)[build]: Remove 'cond-expand'.
* guix/status.scm (build-event-output-port): Remove 'cond-expand'.
* guix/store.scm (open-inet-socket): Remove 'cond-expand'.
* guix/ui.scm (install-locale): Remove 'cond-expand'.
* tests/status.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Remove 'cond-expand'.
* tests/store.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Remove 'cond-expand'.

build: Require Guile 2.2.

* configure.ac: Require Guile 2.2.
* README: Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Requirements): Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (guile2.0-guix): Deprecate.
(guix-minimal): Inherit from GUIX, not from GUILE2.0-GUIX.

doc: Recommend using the installer script.

* doc/guix.texi (Installation): Make it clear that the installer script is the
recommended, easy way to install Guix.

pull: Document '--system'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34010>.
Reported by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

This is a followup to 5923102f7b58f0a0120926ec5b81ed48b26a188e.

* guix/scripts/pull.scm (show-help): Add '--system'.

self: Compress Info files.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33993>.
Reported by Adonay Felipe Nogueira <adfeno@hyperbola.info>.

* guix/self.scm (info-manual): Compress Info files.

build-self: Spin only on TTYs.

* build-aux/build-self.scm (build-program): Spin only when 'isatty?'
returns true.

gnu: dvdisaster: Run regression tests.

* gnu/packages/cdrom.scm (dvdisaster)[arguments]: Remove #:tests? argument.
Add 'check' phase.

gnu: dvdisaster: Install desktop file.

* gnu/packages/cdrom.scm (dvdisaster)[arguments]: Add 'install-desktop phase.

gnu: prosody: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody): Update to 0.11.1.
[arguments]: Replace "Makefile" with "GNUmakefile".  Change "5.1" to "5.2".
Explain why there are no tests.
[inputs]: Replace lua-5.1, lua5.1-bitop, lua5.1-expat, lua5.1-socket,
lua5.1-filesystem, lua5.1-sec with lua-5.2, lua5.2-bitop, lua5.2-expat,
lua5.2-socket, lua5.2-filesystem, lua5.2-sec.

gnu: Add lua5.2-sec.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-sec): New variable.
(make-lua-sec): New procedure.
(lua5.1-sec, lua5.2-sec): Call it.

gnu: Add lua-filesystem and lua5.2-filesystem.

* gnu/packages/lua.scm (lua-filesystem, lua5.2-filesystem): New variables.
(make-lua-filesystem): New procedure.
(lua-filesystem, lua5.1-filesystem, lua5.2-filesystem): Call it.

gnu: Add lua5.2-socket.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-socket): New variable.
(make-lua-socket): New procedure.
(lua5.1-socket, lua5.2-socket): Call it.

gnu: Add lua5.2-expat.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-expat): New variable.
(make-lua-expat): New procedure.
(lua5.1-expat, lua5.2-expat): Call it.

gnu: criu: Update to 3.11.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu): Update to 3.11.
[arguments]: Add custom phase to patch python calls.

gnu: criu: Fix building on armhf-linux.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu)[arguments]: Hardcode the arm
version in the Makefile.

gnu: gajim-omemo: Update to 2.6.26.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim-omemo): Update to 2.6.26.

gnu: gajim: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Update to 1.1.1.
[arguments]: Replace #:test-target with a 'check' phase.

gnu: tor: Update to 0.3.4.10.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.4.10.

gnu: privoxy: Update to 3.0.28.

* gnu/packages/tor.scm (privoxy): Update to 3.0.28.

gexp: 'gexp->script' does not emit load-path expression when unnecessary.

This removes two elements from %LOAD-PATH and %LOAD-COMPILED-PATH of the
'guix' command and thus further reduces the number of 'stat' calls it
makes.

* guix/gexp.scm (load-path-expression): Return #f when MODULES and
EXTENSIONS are both empty.
(gexp->script): Don't emit anything when SET-LOAD-PATH is #f.

self: Move all modules into a single directory.

This halves the number of elements in %LOAD-PATH and %LOAD-COMPILED-PATH
and halves the number of 'stat' calls as reported by:

  env -i $(type -P guix) build -e '(@ (gnu packages base) coreutils)' -nd

* guix/self.scm (node-source+compiled, guile-module-union): New
procedures.
(guix-command): Remove 'compiled-modules' parameter.  Remove
'source-directories' and 'object-directories' variables and add
'module-directory'.  Change command so that it adds nothing but
MODULE-DIRECTORY to %LOAD-PATH and %LOAD-COMPILED-PATH.
(whole-package): Remove #:compiled-modules.  Assume MODULES contains
'share/guile/site' and 'lib/guile' and adjust code accordingly.
(compiled-guix): When PULL-VERSION is 1, use 'node-source+compiled'
only.  Remove #:compiled-modules argument to 'whole-package'.
* guix/channels.scm (whole-package-for-legacy): Add 'module+compiled'
and pass it to 'whole-package'.

gnu: libnet: Update to 1.2-rc3.

* gnu/packages/networking.scm (libnet): Update to 1.2-rc3.
[source]: Use git-fetch.

import: opam: Parse comments.

* guix/import/opam.scm: Add comment support in parser.

gnu: ocaml-graph: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-graph)[properties]: Add upstream-name.

import: opam: Add updater.

* guix/import/opam.scm (%opam-updater): New variable.

import: opam: Add recursive option.

* guix/script/import/opam.scm: Add recursive option.
* guix/import/opam.scm (opam->guix-package): return two values.
(opam-recursive-import): New variable.

gnu: Move coq packages from ocaml to coq.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq, proof-general, coq-flocq, coq-gappa, coq-mathcomp)
(coq-coquelicot, coq-bignums, coq-interval): Move from here...
* gnu/packages/coq.scm: ... to here.  New file.

gnu: emacs-guix: Update to 0.5.1.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix): Update to 0.5.1.1.

gnu: containerd: Update synopsis.

* gnu/packages/docker.scm (containerd)[synopsis]: Modify.

gnu: containerd: Enable tests.

* gnu/packages/docker.scm (containerd)[arguments]: Remove #:tests?.

gnu: Add missing use-module clause.

This is a follow-up to 4e5b8f7215b8e0ae864b954cd511404098fd2840.

* gnu/packages/docker.scm: Add missing use-module clause.

gnu: Add r-corpcor.

* gnu/packages/cran.scm (r-corpcor): New variable.

gnu: Add r-ddrtree.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddrtree): New variable.