system: Allow users to PTRACE_ATTACH to their own processes.

* gnu/build/activation.scm (activate-ptrace-attach): New procedure.
* gnu/system.scm (operating-system-activation-script): Use it.

build: Build and install (guix build-system haskell).

* Makefile.am (MODULES): Add guix/build-system/haskell.scm.

gnu: emacs: Update to 24.5.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Update to 24.5.

system: Clean /tmp and /var/run during early boot.

* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Clean out /tmp and
  /var/run before activating the system.

gnu: Add gst-libav.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-libav): New variable.

gnu: Add GRIT.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (grit): New variable.

Add Bash completion file.

* etc/completion/bash/guix: New file.
* Makefile.am (dist_bashcompletion_DATA): New variable.
* configure.ac: Add --with-bash-completion-dir.

gnu: Add Shogun.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (shogun): New variable.

http-client: Add workaround for HTTP pipelining on Guile <= 2.0.9.

Reported by Ricardo Wurmus <ricardo.wurmus@mdc-berlin.de>.

* guix/http-client.scm (make-delimited-input-port): New procedure.
  Install it in (web response) for Guile <= 2.0.9.

activation: Remove undeclared user accounts and groups.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19795>.
Reported by David Thompson <dthompson2@worcester.edu>.

* gnu/build/activation.scm (enumerate, current-users, current-groups,
  delete-user, delete-group): New procedures.
  (activate-users+groups): Add calls to 'delete-user' and
  'delete-group'.
* doc/guix.texi (User Accounts): Add a paragraph about statelessness.
  Explain that passwords are preserved.

gnu: Add ghc-http.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-http): New variable.

gnu: Add ghc-network-uri.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-network-uri): New variable.

gnu: Add ghc-network.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-network): New variable.

gnu: Add ghc-vector.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-vector): New variable.

gnu: Add ghc-parsec.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parsec): New variable.

gnu: Add ghc-split.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-split): New variable.

gnu: Add ghc-unordered-containers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-unordered-containers): New variable.

gnu: Add ghc-fgl.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-fgl): New variable.

gnu: Add ghc-containers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-containers): New variable.

gnu: Add ghc-syb.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-syb): New variable.

gnu: Add ghc-case-insensitive.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-case-insensitive): New variable.

gnu: Add ghc-quickcheck.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-quickcheck): New variable.

gnu: Add ghc-tf-random.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-tf-random): New variable.

gnu: Add ghc-primitive.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-primitive): New variable.

gnu: Add ghc-random.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-random): New variable.

gnu: Add ghc-hunit

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hunit): New variable.

gnu: Add ghc-hashable.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-hashable): New variable.

gnu: Add ghc-text.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-text): New variable.

gnu: Add ghc-parallel.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-parallel): New variable.

gnu: Add ghc-stm.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-stm): New variable.

gnu: Add ghc-zlib.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-zlib): New variable.

gnu: Add ghc-paths.

* gnu/packages/haskell.scm: (ghc-paths): New variable.

gnu: Add ghc-mtl.

* gnu/packages/haskell.scm: (ghc-mtl): New variable.

profiles: Generate GHC's package database cache.

* guix/profiles.scm (ghc-package-cache-file): New procedure.
  (profile-derivation): Add 'ghc-package-cache?' keyword argument.  If true
  (the default), add the result of 'ghc-package-cache-file' to 'inputs'.
* guix/scripts/package.scm (guix-package)[process-actions]: Pass
  #:ghc-package-cache? to 'profile-generation'.
* tests/packages.scm ("--search-paths with pattern"): Likewise.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation"): Likewise.

build-system/haskell: Update configure flags, 'haddock' and %standard-phases.

* guix/build/haskell-build-system.scm (%standard-phases): move 'haddock phase
  before 'install phase.
* guix/build/haskell-build-system.scm (haddock): Simplify it as the 'install
  phase takes care of copying files.
* guix/build/haskell-build-system.scm (configure): Add '--libsubdir' flag.
  Fix use of '--extra-include-dirs' and '--extra-lib-dirs' flags.  Use 'doc',
  'bin' and 'lib' outputs if they are defined.
* guix/build/haskell-build-system.scm (make-ghc-package-database, register):
  Aligh location of 'package.conf.d' directory with '--libsubdir' flag.

import: Add hackage importer.

* guix/import/hackage.scm: New file.
* tests/hackage.scm: New file.

import: Add hackage importer.

* guix/scripts/import.scm (importers): Add hackage.
* guix/scripts/import/hackage.scm: New file.
* po/guix/POTFILES.in: Add guix/scripts/import.scm.
* doc/guix.texi: Add section on 'hackage' importer.

gnu: Add libsecret.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret): New variable.

build: Enable silent rules by default.

* configure.ac: Use 'AM_SILENT_RULES'.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 0b13161.

tests: Skip 'guix-package-net.sh' when prerequisites aren't met.

* tests/guix-package-net.sh: Reinstate networking and shebang test that
  inadvertently vanished in commit 57b8623.

gnu: inetutils: Apply syslogd patch.

* gnu/packages/patches/inetutils-syslogd.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (inetutils)[source]: Use it.
  [native-inputs]: New field.

gnu: julia: Pass MARCH make flag.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Pass "MARCH" flag for supported
  architectures.

gnu: julia: Mark as unsupported on ARM and MIPS.

* gnu/packages/julia.scm (julia): Add 'supported-systems' field.

gnu: wavpack: Fix wavpack.pc by passing '--libdir' to `configure'.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack)[arguments]: New field.

doc: Refer to "Substitutes" from "Setting Up the Daemon".

Suggested by Mark H Weaver.

* doc/guix.texi (Setting Up the Daemon): Add xref to "Substitutes".

doc: Mention the relation between module names and file names.

* doc/guix.texi (Package Modules): Mention the relation between module
  names and file names.

doc: Mention that the current generation is not deleted.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Mention that the current
  generation is not deleted.  This is a followup to d26eb84.

gnu: kbd: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/linux.scm (kbd): Update to 2.0.2.

gnu: Add python-drmaa.

* gnu/packages/python.scm (python-drmaa, python2-drmaa): New variables.

gnu: Add Solfege.

* gnu/packages/music.scm (solfege): New variable.

gnu: Add Csound.

* gnu/packages/audio.scm (csound): New variable.

gnu: Add libiec61883.

* gnu/packages/linux.scm (libiec61883): New variable.

gnu: apl: Update to 1.5.

* gnu/packages/apl.scm (apl): Update to 1.5.

gnu: parallel: Update to 20150322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150322.

gnu: Add libsoup.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): New variable.

nls: Add Danish translation.

* po/guix/da.po: New file.
* po/guix/LINGUAS: Add 'da'.

tests: Move 'guix package' tests that require networking to a separate file.

* tests/guix-package.sh (shebang_not_too_long): Remove.
  Move everything below "if [networking + shebang_not_too_long]" to...
* tests/guix-package-net.sh: ... here.  New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add it.

guix package: Avoid 'exit' calls in 'delete-matching-generations'.

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): Remove call to
  'exit' when PATTERN is "0".  Call 'leave' instead of 'exit'
  when (null-list? number).

guix package: Never remove the current generation and warn about it.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19978>.
Reported by taylanbayirli@gmail.com (Taylan Ulrich Bayırlı/Kammer).

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): Warn when
  CURRENT is in NUMBERS, and always remove it before calling
  'delete-generations'.
* tests/guix-package.sh: Add --switch-generation=2 invocation before
  --delete-generations=3 invocation.
  Add --delete-generations=1.. test case.

tests: Deal with 'mount-points' not returning "/".

Fixes <http://bugs.gnu.org/20261>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* tests/syscalls.scm ("mount-points"): Check for a few other likely
  mount points in addition to "/".

gnu: lsof: Add mirrors.

Reported by Tomáš Čech.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[source]: Add two mirrors.

guix package: Move generation deletion to its own procedure.

* guix/scripts/package.scm (delete-matching-generations): New procedure,
  with code formerly found...
  (guix-package)[process-actions]: ... here.  Use it.
  Remove 'current-generation-number'.

gnu: Perl GD: Add real patch.

Replaces the stub patch added in 43754738e030a4083b0881b2264b905bc563e78b.

* gnu/packages/patches/perl-gd-options-passthrough-and-fontconfig.patch:
  Update patch.

43754738e030a4083b0881b2264b905bc563e78b

gnu: icecat: Fix source URI.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Fix source URI computation.

gnu: icecat: Update to 31.6.0-gnu1.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0801.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0807.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0815-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0816.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0817.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0818-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-0818-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-bug-1127780.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-bug-1145870.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 31.6.0-gnu1.  Remove patches.

gnu: nss: Update to 3.18.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.18.  Compute source URI
  automatically based on version.

Remove unused module import (gnu packages ed) from (gnu packages commencement).

* gnu/packages/commencement.scm: Remove (gnu packages ed) module import.

gnu: emacs: Add librsvg to inputs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[inputs]: Add librsvg.
  (emacs-no-x)[inputs]: Remove librsvg from inherited inputs.

gnu: linux-libre: Fix drm_wait_one_vblank warnings.

* gnu/packages/patches/linux-libre-vblank-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/linux.scm (linux-libre)[source]: Add patch.

gnu: Add glib-networking.

* gnu/packages/gnome.scm (glib-networking): New variable.

linux-initrd: Add virtio drivers by default.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Change #:virtio? default
  to #t.  This will facilitate the use of GuixSD in VM guests.

Add Andy to 'AUTHORS'.

system: Take kernel modules from the user-specified kernel.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Add #:linux option to
  specify the linux kernel to use.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Propagate
  #:linux to base-initrd.
* gnu/system.scm (operating-system-initrd-file): Pass #:linux to
  'make-initrd'.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: nginx: Clean up installation directories.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Add 'fix-root-dirs' phase.

gnu: nginx: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Use modify-phases syntax.

gnu: Add livestreamer.

* gnu/packages/video.scm (livestreamer): New variable.

gnu: Add python-singledispatch.

* gnu/packages/python.scm (python-singledispatch, python2-singledispatch): New
  variables.

gnu: python-requests: Fix Python 2 version and add support for Python 3.

* gnu/packages/python.scm (python-requests): New variable.
  (python2-requests): Generate based on Python 3 variant.

gnu: gnome-mines: Update to 3.16.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-mines): Update to 3.16.0.

gnu: gsettings-desktop-schemas: Enable GObject introspection.

* gnu/packages/gnome.scm (gsettings-desktop-schemas)[native-inputs]:
  Add gobject-introspection.

gnu: gsettings-desktop-schemas: Update to 3.16.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gsettings-desktop-schemas): Update to 3.16.0.

gnu: Add aalib.

* gnu/packages/video.scm (aalib): New variable.

gnu: Add WavPack.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack): New variable.

gnu: Add libshout.

* gnu/packages/xiph.scm (libshout): New varibale.

gnu: Add libavc1394.

* gnu/packages/linux.scm (libavc1394): New variable.

gnu: Add libraw1394.

* gnu/packages/linux.scm (libraw1394): New variable.

gnu: Add icecast.

* gnu/packages/xiph.scm (icecast): New variable.

scripts: Add 'publish' command.

* guix/scripts/publish.scm: New file.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* tests/publish.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add script module.
  (SCM_TESTS): Add test module.
* doc/guix.texi ("Invoking guix publish"): New node.

store: Add query-path-info operation.

* guix/store.scm (<path-info>): New record type.
  (read-path-info): New procedure.
  (read-arg): Add 'path-info' syntax.
  (query-path-info): New variable.
* tests/store.scm ("query-path-info"): New test.

gnu: node: Update to 0.12.2.

gnu: Add gnome-terminal.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-terminal): New variable.

gnu: Perl GD: Add stub patch.

This is a temporary fix to enable hydra to complete evaluations, which were
broken by f7ee7a9b06a386863d7752ba028a79bb98d3504d due to a missing patch
file.  The real patch will be put into place in a later commit.

* gnu/packages/patches/perl-gd-options-passthrough-and-fontconfig.patch:
  New file.  This is just a stub.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: source-highlight: Remove obsolete patch.

This should have been done in a952b10c23c9ca5931793d862a718b55492a046d.

* gnu/packages/patches/source-highlight-regexrange-test.patch: Remove.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/pretty-print.scm (source-highlight)[source]: Remove patch.

gnu: source-highlight: Update to 3.1.8.

* gnu/packages/pretty-print.scm (source-highlight): Update to 3.1.8.

build-system: Add haskell-build-system.

* guix/build-system/haskell.scm: New file.
* guix/build/haskell-build-system.scm: New file.
* doc/guix.texi: Add section on 'haskell-build-system'.

gnu: ghc: Fix i686 build.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-bootstrap-7.8.4): Replace with ...
  (ghc-bootstrap-i686-7.8.4, ghc-bootstrap-x86_64-7.8.4): ... these.
  (ghc)[native-inputs]: Select the appropriate bootstrap.

gnu: Add Catalyst-View-JSON.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-view-json): New variable.

gnu: Add Perl YAML.

* gnu/packages/perl.scm (perl-yaml): New variable.

gnu: Add Test-YAML.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-yaml): New variable.