gnu: xapian: Update to 1.4.13.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.13.

gnu: python-verboselogs: Fix build.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-verboselogs)[arguments]: Do not run
pylint plugin test that depend of an old version of astroid and also remove
...,
[native-inputs]: ... python-astroid and python-pylint from here.

gnu: Add emacs-evil-markdown.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-markdown): New variable.

gnu: emacs-ibuffer-projectile: Update to 0.2-2.7649621.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ibuffer-projectile): Update to 0.2-2.7649621.

gnu: python2-pylint: Fix build.

* gnu/packages/check.scm (python2-pylint): Set to 1.7.2 as 2.x branch
does not support python2 anymore,
[arguments]: move python2 specific hack to run tests from
python-pylint to here,
[native-inputs]: add python2-futures.

gnu: python-pylint: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/check.scm (python-pylint): Update to 2.3.1,
[source]: switch to git-fetch,
[arguments]: remove python2 specific hack to fix unit tests.

gnu: python2-astroid: Fix build.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-astroid)[propagated-inputs]:
Remove python-typed-ast.

gnu: python-astroid: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-astroid): Update to 2.3.2,
[propagated-inputs]: add python-typed-ast.

gnu: python-typed-ast: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-typed-ast): Update to 1.4.0,
[source]: switch to git-fetch.

gnu: python-lazy-object-proxy: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lazy-object-proxy): Update to 1.4.2,
[native-inputs]: add python-setuptools-scm.

gnu: Add python-setuptools-scm-3.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools-scm-3.3): New variable.

gnu: emacs-nodejs-repl: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nodejs-repl): Enable tests.

gnu: emacs-web-server: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-web-server): Enable tests.

gnu: emacs-forge: Update to 0.1.0-2.63cbf81.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge): Update to 0.1.0-2.63cbf81.

gnu: emacs-lsp-ivy: Update to 0.1-2.caf1e1d.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-ivy): Update to 0.1-2.caf1e1d.

gnu: Add u-boot-firefly-rk3399.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot-firefly-rk3399): New variable.
* gnu/bootloader/u-boot (install-firefly-rk3399-u-boot): New variable.
  (u-boot-firefly-rk3399-bootloader): New variable.
* gnu/system/install (define firefly-rk3399-installation-os): New variable.

services: network-manager: Create account for 'network-manager-openconnect'.

Previously, on startup, we'd see:

  dbus: Unknown username nm-openconnect in message bus configuration file

This fixes it.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-accounts): New procedure.
(network-manager-service-type): Extend 'account-service-type'.
* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-openconnect)[properties]: Add
'user-accounts'.

services: network-manager: Export 'network-manager-configuration-vpn-plugins'.

* gnu/services/networking.scm (<network-manager-configuration>): Export
'network-manager-configuration-vpn-plugins'.

reconfigure: Silence "shepherd: Evaluating ..." messages.

* guix/scripts/system/reconfigure.scm (upgrade-services-program):
Parameterize 'shepherd-message-port' to silent "Evaluating ..." messages.

herd: Define 'shepherd-message-port'.

* gnu/services/herd.scm (shepherd-message-port): New variable.
(display-message): Use it instead of 'current-error-port'.

gnu: psm2: Update to 11.2.86.

* gnu/packages/linux.scm (psm2): Update to 11.2.86.

gnu: Add u-boot-rock64-rk3328.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot-rock64-rk3328): New variable.
* gnu/bootloader/u-boot (install-rock64-rk3328-u-boot): New variable.
  (u-boot-rock64-rk3328-bootloader): New variable.
* gnu/system/install (define rock64-installation-os): New variable.

gnu: Add u-boot-rockpro64-rk3399

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-rockpro64-rk3399): New exported
  variable.
  (u-boot-2019.10): New variable.
* gnu/bootloader/u-boot.scm (u-boot-rockpro64-rk3399-bootloader): New exported
  variable.
  (install-rockpro64-rk3399-u-boot): New variable.
* gnu/system/install.scm (rockpro64-installation-os): New exported variable.

Adjusted-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>
Signed-off-by: Caliph Nomble <nomble@palism.com>
Signed-off-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

gnu: Add arm-trusted-firmware-rk3328.

* gnu/packages/firmware (arm-trusted-firmware-rk3328): New variable.

Signed-off-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

gnu: Add arm-trusted-firmware-rk3399.

* gnu/packages/bootloaders.scm (arm-trusted-firmware-rk3399): New exported
  variable.
* gnu/packages/firmware (make-arm-trusted-firmware): Also install .elf files.

Adjusted-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>
Signed-off-by: Caliph Nomble <nomble@palism.com>
Signed-off-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

gnu: arm-trusted-firmware: Disable HDCP support which depends on non-free
  binary blobs.

* gnu/packages/firmware (make-arm-trusted-firmware)[source]: Add patch.
  [arguments] Add phase to remove binary blobs.
* gnu/packages/patches/arm-trusted-firmware-disable-hdcp.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch.

Signed-off-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

gnu: arm-trusted-firmware: Add backported patches to disable .bin generation
  for rockchip platforms.

* gnu/packages/patches/arm-trusted-firmware-optional-bin-generation.patch: New
  patch.
* gnu/packages/patches/arm-trusted-firmware-rockchip-disable-binary.patch: New
  patch.
* gnu/packages/firmware (make-arm-trusted-firmware): Add patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patches.

Signed-off-by: Vagrant Cascadian <vagrant@debian.org>

gnu: r-purrr: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-purrr): Update to 0.3.3.

gnu: r-r-rsp: Update to 0.43.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-rsp): Update to 0.43.2.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.800.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.800.1.0.

gnu: r-gdtools: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gdtools): Update to 0.2.1.

gnu: r-kernsmooth: Update to 2.23-16.

* gnu/packages/statistics.scm (r-kernsmooth): Update to 2.23-16.
[inputs]: Move gfortran from here...
[native-inputs]: ...to here.

gnu: r-styler: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-styler): Update to 1.2.0.

gnu: r-classint: Update to 0.4-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-classint): Update to 0.4-2.

gnu: r-units: Update to 0.6-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-units): Update to 0.6-5.

gnu: r-strucchange: Update to 1.5-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-strucchange): Update to 1.5-2.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.8.

gnu: r-insight: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.6.0.

gnu: r-stringdist: Update to 0.9.5.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-stringdist): Update to 0.9.5.3.

gnu: r-htmlwidgets: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-htmlwidgets): Update to 1.5.1.

gnu: r-rhdf5lib: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib): Update to 1.6.3.

gnu: r-hdf5array: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Update to 1.12.3.

gnu: r-gwascat: Update to 2.16.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gwascat): Update to 2.16.1.

gnu: r-ldblock: Update to 1.14.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ldblock): Update to 1.14.3.

gnu: r-ensembldb: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): Update to 2.8.1.

gnu: r-keggrest: Update to 1.24.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-keggrest): Update to 1.24.1.

gnu: r-rhdf5: Update to 2.28.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5): Update to 2.28.1.

gnu: r-rhtslib: Update to 1.16.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhtslib): Update to 1.16.3.

gnu: r-mlinterfaces: Update to 1.64.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mlinterfaces): Update to 1.64.1.

gnu: r-rsamtools: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): Update to 2.0.3.

gnu: bowtie1: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bowtie1): Update to 1.2.3.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-4.5e2bc7c.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-4.5e2bc7c.

gnu: Add httpie.

* gnu/packages/python-web.scm (httpie): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: upx: Fix UCL input.

UCL is a runtime dependency, and thus should not be a native input.

* gnu/packages/compression.scm (upx)[native-inputs]: Move UCL from here ...
[inputs]: ... to here.

gnu: ucl: Build shared library instead of static.

* gnu/packages/compression.scm (ucl)[arguments]: Add "--enable-shared" and
"--disable-static" in #:configure-flags.

gnu: ucl: Update home page.

* gnu/packages/compression.scm (ucl)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: ucl: Build with the C90 standard.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37778>.
Reported by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* gnu/packages/compression.scm (ucl)[arguments]: New field.

gnu: encfs: Fix build failure with GCC 7.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37779>.
Reported by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* gnu/packages/crypto.scm (encfs)[arguments]: Add phase 'patch-CMakeLists.txt'.

gnu: libwacom: Do not build static libraries.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom)[arguments]: New field.

gnu: libwacom: Update to 1.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): Update to 1.1.

gnu: looking-glass-client: Disable CPU-specific optimizations.

* gnu/packages/virtualization.scm (looking-glass-client)[source](modules,
snippet): New fields.

gnu: opensubdiv: Use a regular versioning pattern.

* gnu/packages/graphics.scm (opensubdiv)[version]: Use dots instead of
underscores between numbers.
[source](uri): Adjust accordingly.

gnu: linux-libre@5.2: Remove.

The 5.2 release series has reached end-of-life,
and is no longer supported upstream.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.2, linux-libre-5.2-version)
(linux-libre-5.2-pristine-source, linux-libre-5.2-source)
(linux-libre-headers-5.2, linux-libre-5.2): Remove variables.

gnu: linux-libre: Update to 5.3.7.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.3-version): Update to 5.3.7.
(linux-libre-5.3-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.80.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.80.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.150.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.150.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.197.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.197.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.197.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.197.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: lisp: Add most missing source package for Common Lisp libraries.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-parse-js, cl-parse-number, cl-iterate, cl-uglify,
  cl-cffi, cl-sqlite, cl-cffi-gtk, cl-webkit, cl-iolib, cl-ieee-floats,
  cl-xml, cl-reexport, cl-dexador, cl-cookie, cl-lisp-namespace,
  cl-trivial-cltl2, cl-introspect-environment, cl-type-i, cl-optima,
  cl-fare-quasiquote, cl-trivia, cl-mk-string-metrics, cl-str, cl-xmlspam):
  New variables.

news: Add CVE ID.

* etc/news.scm: Add CVE ID for insecure permissions entry.

lint: Comment out 'cve' checker.

* guix/lint.scm (%network-dependent-checkers): Comment out 'cve' checker.

gnu: Add batctl.

* gnu/packages/networking.scm (batctl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add FontManager.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontmanager): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pull: Call 'ensure-default-profile' after 'set-build-options'.

This is a followup to 81c580c8664bfeeb767e2c47ea343004e88223c7.

* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Move 'ensure-default-profile' call after
'set-build-options-from-command-line' call.  This ensures that the
'profiles/per-user/$USER' directory is created before
'ensure-default-profile' is called when 'GUIX_DAEMON_SOCKET' points to a
remote TCP daemon.

gnu: Add ecl-dexador.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl-dexador): New variable.

gnu: Add ecl-trivial-mimes.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl-trivial-mimes): New variable.

gnu: sbcl-trivial-mimes: Fix 'fix-paths' phase.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivial-mimes)[arguments]: Use '(%lisp-type)'
  instead of hard coded 'sbcl' in 'fix-paths' phase.

build-system/asdf: Fix package transform.

* guix/build-system/asdf.scm (package-with-build-system):
  [find-input-package]: New function.
  [rewrite]: Use it.

gnu: Add arrows.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-arrows, sbcl-arrows, ecl-arrows): New variables.

gnu: cl+ssl: Update to 0.0.0-1.141ae91.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cl+ssl): Update to 0.0.0-1.141ae91.
  [inputs]: Add alexandria and trivial-features.

Fix documentation of delete_after in the getmail service.

* doc/guix.texi (Getmail service): Remove the word `not'.
* gnu/services/getmail.scm (getmail-options-configuration): Ditto.

gnu: emacs-helm-sly: Fix hash.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-sly): Fix hash.

gnu: Add emacs-minibuffer-line.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-minibuffer-line): New variable.

gnu: sunxi-tools: Adapt to cross-compiler toolchain changes.

* gnu/packages/admin.scm (sunxi-tools)[arguments]<#:phases>[set-environment-up]:
Adapt to cross-compiler toolchain changes.

gnu: neovim: Remove unneeded reference.

gnu/packages/vim.scm (neovim)[arguments]: Add a phase to remove a
reference to the compiler.

gnu: Exim: Update to 4.92.3 [fixes CVE-2019-16928].

* gnu/packages/mail.scm (exim): Update to 4.92.3.

doc: Remove 'maintainers' field from package documentation.

The field itself was removed in 154f1f0937754fafac0c6288dd458b66b332e6bb.

* doc/guix.texi (package Reference): Remove 'maintainers' field.

gnu: Add minisign.

* gnu/packages/crypto.scm (minisign): New public variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: ucx: Build verbosely.

* gnu/packages/fabric-management.scm (ucx)[arguments]: Add #:make-flags.

gnu: ucx: Disable optimizations specific to the build machine.

* gnu/packages/fabric-management.scm (ucx)[arguments]: Replace
"--enable-optimizations" with "--disable-optimizations".

gnu: Add emacs-helm-sly.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-sly): New variable.

gnu: emacs-evil-collection: Update to 20191017.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-collection): Update to 20191017.

gnu: emacs-sly: Update to 20191016.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sly): Update to 20191016.

gnu: emacs-nhexl-mode: Update to 1.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nhexl-mode): Update to 1.4.

gnu: r-covr: Update to 3.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-covr): Update to 3.3.2.

gnu: linux-libre@5.3: Update to 5.3.6.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.3)
(linux-libre-5.3-version, linux-libre-5.3-pristine-sources):
Update to 5.3.6.

gnu: linux-libre@5.2: Update to 5.2.21.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.2)
(linux-libre-5.2-version, linux-libre-5.2-pristine-sources):
Update to 5.2.21.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.79.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-4.19)
(linux-libre-4.19-version, linux-libre-4.19-pristine-sources):
Update to 4.19.79.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.149.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-4.14)
(linux-libre-4.14-version, linux-libre-4.14-pristine-sources):
Update to 4.14.149.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.196.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-4.9)
(linux-libre-4.9-version, linux-libre-4.9-pristine-sources):
Update to 4.9.196.