gnu: python-pandas: Fix build on 32-bit.

* gnu/packages/patches/python-pandas-skip-failing-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python-pandas, python2-pandas): Use it.

gnu: Add python-faker.

* gnu/packages/patches/python-fake-factory-fix-build-32bit.patch: Adjust
paths. Also rename to ...
* gnu/packages/patches/python-faker-fix-build-32bit.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/python.scm (python-faker, python2-faker): New variables.
(python-fake-factory)[properties]: Superseded by PYTHON-FAKER.
(python2-fake-factory)[properties]: Superseded by PYTHON2-FAKER.
(python-orator, python2-orator)[propagated-inputs]: Replace
PYTHON-FAKE-FACTORY with PYTHON-FAKER.

gnu: python-matplotlib-documentation: Fix build.

* gnu/packages/python.scm (python-matplotlib-documentation)[native-inputs]:
Add python-mock and graphviz.
[arguments]: Use separate build and install phases; correctly set latex paper size.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: iperf: Update to 3.1.7.

* gnu/packages/networking.scm (iperf): Update to 3.1.7.

gnu: libinput: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput, libinput-minimal): Update to 1.6.3.

gnu: r: Fix more reproducibility problems.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Patch locations in the
build system that need special treatment for reproducibility.

gnu: r: Fix syntax for INSTALL_OPTS.

This is a follow-up to commit 4621acfd8272fa93d0530faa5f015b26a194b587.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Ensure that
"--built-timestamp" appears on the same line as the other INSTALL_OPTS.

gnu: bash: Use the bootstrap Guile in 'url-fetch/reset-patch-level'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25775>.
Reported by Sirgazil, Ricardo Wurmus, Andy Wingo, and others.

* guix/download.scm (in-band-download): Always use GUILE.  This reverts
9f05908fb1e3707cae593d94688748294717a546.
* gnu/packages/bash.scm (url-fetch/reset-patch-level): Remove #:guile.
Pass %BOOTSTRAP-GUILE as #:guile to 'url-fetch'.  Remove #:guile-for-build
argument in 'gexp->derivation' call.

gnu: kdevelop: Upgrade to 5.0.4.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop, kdevplatform): Upgrade to 5.0.4.
(kdevplatform)[source]: Use kde mirror instead of github.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: pcre2: Update to 10.23.

* gnu/packages/pcre.scm (pcre2): Update to 10.23.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Add phase to substitute /bin/echo reference.
* gnu/packages/patches/pcre2-CVE-2016-3191.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: khal: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): Update to 0.9.3.
[native-inputs]: Use python-pytest-2.9.2.

gnu: gnupg: Update to 2.1.19.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.19.
[arguments]: Add 'patch-test-paths' phase and remove 'set-gnupg-home' phase.
Add '--enable-gnupg-builddir-envvar' to #:configure-flags.
[source]: Add 'gnupg-2.1-fix-Y2038-test-failure.patch'.
* gnu/packages/patches/gnupg-2.1-fix-Y2038-test-failure.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add emacs-yasnippet.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-yasnippet): New variable.

gnu: Add basic support for "alpha-linux" systems.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add
"/lib/ld-linux.so.2" as "alpha-linux" ld.so.
* gnu/packages/linux.scm (system->linux-architecture): Add "alpha" arch.

Signed-off-by: Sergei Trofimovich <slyfox@inbox.ru>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-rpy2: Propagate python2-singledispatch.

* gnu/packages/python.scm (python-rp2)[native-inputs]: Rename to...
[propagated-inputs]: ... this.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: java-xz: Update to 1.6.

* gnu/packages/java.scm (java-xz): Update to 1.6.

gnu: guile-lib: Update to 0.2.5

The build was broken since the URL of version 0.2.3 was changed. The archive
was moved into an "old" subdirectory of the original location.

* gnu/packages/guile.scm (guile-lib): Update to 0.2.5.
[make-flags]: Add GUILE_AUTO_COMPILE to prevent guild errors.
[phases]: Remove 'check replacement since it is no longer needed.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: asymptote: Update to 2.40.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote): Update to 2.40.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add blind.

* gnu/packages/suckless.scm (blind): New package.

gnu: surf: Add 'dmenu' and 'xprop' to 'inputs'.

'dmenu' and 'xprop' are necessary to open a new URL in surf.

* gnu/packages/suckless.scm (surf)[inputs]: Add dmenu and xprop.
[arguments]: Add 'set-dmenu-and-xprop-file-name' phase to patch the
paths to the 'dmenu' and 'xprop' binaries in surf's configuration file.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

vm: Fix full-boot? option.

* gnu/system/vm.scm (virtualized-operating-system): Add full-boot?
  option. Don't add a %store-mapping when full-boot? is passed. This leads
  the grub-configuration-file procedure to look for the kernel and initrd in
  / instead of /gnu/store.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

system: grub: Add missing URL in comment.

* gnu/system/grub.scm (grub-root-search): Add missing URL in comment.

gnu: python-colorspacious: Run tests.

* gnu/packages/python.scm (python-colorspacious,
python2-colorspacious)[native-inputs]: Add python-nose.
[arguments]: Add custom 'check phase which runs nosetests.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: rofi: Fix test failure.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi)[arguments]: Disable parallel tests.

gnu: Remove python-sphinx-1.2.3.

* gnu/packages/python.scm (python-sphinx-1.2.3, python2-sphinx-1.2.3): Remove variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-statsmodels: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/statistics.scm (python-statsmodels, python2-statsmodels):
Update to 0.8.0.
[source]: Use 'pypi-uri'.
[arguments]: Add more files to matplotlib backend substitution.
* gnu/packages/patches/python-statsmodels-fix-tests.patch: Drop test that
fails with numpy 1.12. Remove previous contents.

gnu: python-pandas: Update to 0.19.2.

* gnu/packages/python.scm (python-pandas, python2-pandas): Update to 0.19.2.
[source]: Use 'pypi-uri'.

gnu: python-matplotlib: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-matplotlib, python2-matplotlib): Update to
2.0.0.
[source]: Remove Tk backend patch, use Github instead of Sourceforge.
[outputs]: Remove "doc" output.
[inputs]: Add python-pyqt.
[propagated-inputs]: Add python-cycler.
[native-inputs]: Remove python-sphinx, python-numpydoc, texlive and texinfo.
(python2-matplotlib)[native-inputs]: Add python2-functools32 and
python2-subprocess32.
(python-matplotlib-documentation, python2-matplotlib-documentation): New
variables.
* gnu/packages/patches/matplotlib-setupext-tk.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python2-subprocess32.

* gnu/packages/python.scm (python2-subprocess32): New variable.
* gnu/packages/patches/python2-subprocess32-disable-input-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: python-numpy: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/python.scm (python-numpy): Update to 1.12.0.
  [source]: Use github instead of sourceforge.
  [native-inputs]: Add python-cython.

  To simplify the handling of dependency cycles (numpy documentation depends
  on matplotlib, which depends on numpy), we split out the documentation into
  a separate package:
  (python-numpy-bootstrap, python2-numpy-bootstrap): Remove variables.
  (python-numpy-documentation, python2-numpy-documentation): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

Revert "gnu: gnupg: Update to 2.1.19."

This reverts commit 07302d1ab4fae67117476a51a1031de02b05b519.

GnuPG 2.1.19 fails to build on armhf-linux and i686-linux:

<https://bugs.gnupg.org/gnupg/issue2988>

gnu: texlive: Fix CVE-2016-10243.

* gnu/packages/patches/texlive-texmf-CVE-2016-10243.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/tex.scm (texlive-texmf-src): Use it.

gnu: libressl: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 2.5.1.

services: openssh: Parameterize the OpenSSH package used by the service.

* gnu/services/ssh.scm (<openssh-configuration>)[openssh]: New field.
(openssh-activation, openssh-shepherd-service): Use it.

build: Don't embed absolute paths in .service and .conf service files.

Otherwise, users will be stuck running an old copy of guix and the guix-daemon
if they copy the service files instead of symlinking them.

* etc/guix-daemon.conf.in, etc/guix-daemon.service.in, etc/guix-publish.conf.in,
etc/guix-publish.service.in: Expand @localstatedir@ instead of @bindir@.
* nix/local.mk (etc/guix-%.service, etc/guix-%.conf): Use @localstatedir@
instead of @bindir@.

Revert "doc: Symlink daemon start-up files."

This reverts commit b7230de54b493da5a78922b4226255763b525a98.

Versions of systemd that supported symlinked service files are not yet widely
deployed.

See this thread for more information:
http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-01/msg01199.html

gnu: giac-xcas: Update to 1.2.3-25.

* gnu/packages/algebra.scm (giac-xcas): Update to 1.2.3-25.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-setuptools-scm: Update to 1.15.0.

* gnu/packages/python.scm (python-setuptools-scm): Update to 1.15.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python2-backports-shutil-get-terminal-size: Enable tests.

* gnu/packages/python.scm
(python2-backports-shutil-get-terminal-size)[arguments]: Replace 'check' phase
with custom command.
[native-inputs]: Add PYTHON2-PYTEST.

gnu: libosinfo: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/qemu.scm (libosinfo): Update to 1.0.0.
[source]: Use new release location as fedorahosted.org is defunct.
[arguments]: Replace phase "copy-ids" with configure flags; add phase
"disable-broken-test" to disable the "isodetect" test.
[native-inputs]: Update origin for "pci.ids" and "usb.ids".

gnu: python-ipython: Update to 5.2.2.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython): Update to 5.2.2.
[propagated-inputs]: Add pyhon-prompt-toolkit and python-nbformat.
(python2-ipython) [arguments]: Enable tests.
[propagated-inputs]: Add python2-backports-shutil-get-terminal-size.
[native-inputs]: Add graphviz.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: python-scipy: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/python.scm (python-scipy): Update to 0.18.1.
[source]: Use github instead of sourceforge.
[native-inputs]: Add python-cython.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: python-testpath: Fix library location for python2 version.

* gnu/packages/python.scm (python-testpath)[arguments]: Install module in the proper
"lib/pythonx.y" location for all Python versions.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add python-colorspacious.

* gnu/packages/python.scm (python-colorspacious, python2-colorspacious): New
variables.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add python2-backports-shutil-get-terminal-size.

* gnu/packages/python.scm (python2-backports-shutil-get-terminal-size): New
variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: xmlto: Fix source URL.

Works around <https://bugs.gnu.org/25989>.

* gnu/packages/xml.scm (xmlto)[source]: Update URL.
[file-name]: New field.

gnu: rxvt-unicode: Add '.desktop' files.

This fixes <https://bugs.gnu.org/23106>.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rxvt-unicode)[arguments]: Add
'install-desktop-urxvt' and 'install-desktop-urxvtc' phases.

gnu: wireshark: Update to 2.2.5.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.2.5.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: ardour: Enable tests.

* gnu/packages/audio.scm (ardour)[arguments]: Enable unit tests.

gnu: ardour: Generate freedesktop files.

* gnu/packages/audio.scm (ardour)[arguments]: Add "--freedesktop" configure
flag.
[native-inputs]: Add itstool and gettext-minimal.

gnu: ardour: Update to 5.8.

* gnu/packages/audio.scm (ardour): Update to 5.8.

gnu: mp3splt: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/mp3.scm (mp3splt): Update to 2.6.2.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: libmp3splt: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/mp3.scm (libmp3splt): Update to 0.9.2.

gnu: Add binutils-vc4.

* gnu/packages/embedded.scm (binutils-vc4): New variable.

gnu: obs: Update to 18.0.0.

* gnu/packages/video.scm (obs): Update to 18.0.0.

services: Add agetty service.

* gnu/services/base.scm (<agetty-configuration>): New record type.
(agetty-shepherd-service, agetty-service): New procedures.
(agetty-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.
[mingetty-configuration],[kmscon-configuration]: Specify the types of
supported consoles.

gnu: filezilla: Update to 3.24.1.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.24.1.
[arguments]: Add '--disable-autoupdatecheck' to #:configure-flags.

gnu: Add filezilla.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): New variable.

gnu: Add libfilezilla.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: wxwidgets: Fix for Filezilla client.

* gnu/packages/patches/wxwidgets-fix-windowGTK.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: starfighter: Update to 1.7.

* gnu/packages/games.scm (starfighter): Update to 1.7.
[arguments]: Remove obsolete make flags. Re-enable configure and test
phases.

gnu: gnupg: Update to 2.1.19.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.19.
[arguments]: Add 'patch-test-paths' phase and remove 'set-gnupg-home' phase.
Add '--enable-gnupg-builddir-envvar' to #:configure-flags.

gnu: kio: Fix CVE-2017-6410.

* gnu/packages/patches/kio-CVE-2017-6410.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kio)[source]: Use it.

gnu: ruby-coderay: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-coderay): Update to 1.1.1.

gnu: ruby-pry: Update to 0.10.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-pry): Update to 0.10.4.

gnu: gitolite: Fix shebangs in hooks.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25957>.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite)[arguments]: Add 'fix-hooks-shebangs'
phase to fix references to '/usr/bin/perl'.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: gitolite: Update to 3.6.6.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite): Update to 3.6.6.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: pugixml: Build relocatable library.

* gnu/packages/xml.scm (pugixml): Add "-shared -fPIC" to ensure the
library is relocatable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add hiawatha.

* gnu/packages/web.scm (hiawatha): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add mbedtls-apache.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: stellarium: Use modular Qt.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium)[inputs]: Remove qt.
Add qtbase, qtmultimedia, qtscript, qtserialport.
[native-inputs]: Add qtbase, qttools.

gnu: glulxe: Update to 0.5.4.

* gnu/packages/games.scm (glulxe): Update to 0.5.4.
[license]: Change to 'expat'.

gnu: arb: Update to 2.10.0.

* gnu/packages/algebra.scm (arb): Update to 2.10.0.
* gnu/packages/patches/arb-ldconfig.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

gnu: acpid: Update to 2.0.28.

* gnu/packages/linux.scm (acpid): Update to 2.0.28.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.29.2.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.29.2.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.29.2.
* gnu/packages/patches/nss-pkgconfig.patch: Adapt to context changes.

gnu: nspr: Update to 4.13.1.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nspr): Update to 4.13.1.

gnu: jasper: Update to 2.0.12.

* gnu/packages/image.scm (jasper): Update to 2.0.12.

gnu: maim: Update to 4.4.61.

* gnu/packages/xdisorg.scm (maim): Update to 4.4.61.

Merge branch 'python-tests'

gp2c: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.10.0.

pari-gp: Update to 2.9.1.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.9.1.

gnu: tor: Update to 0.2.9.10.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.9.10.

build-system/cargo: Export %cargo-build-system-modules.

* guix/build-system/cargo.scm (%cargo-build-system-modules): Export.

gnu: stellarium: Fix package formatting.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Fix package formatting.

gnu: mupdf: Fix CVE-2017-{5896,5991}.

* gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2017-5896.patch,
gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2017-5991.patch: New files.
* gnu/packages/pdf.scm (mupdf/fixed)[source]: Add patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/tls.scm (python-acme, python2-acme): Update to 0.12.0.
(certbot): Update to 0.12.0.

gnu: python-requests: Update to 2.13.0.

* gnu/packages/python.scm (python-requests, python2-requests): Update to 2.13.0.

gnu: googletest: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/check.scm (googletest): Update to 1.8.0.
[build-system]: Use cmake-build-system.
[arguments]: Remove field.
[native-inputs]: Remove autoconf, automake, libtool.

gnu: libseccomp: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/linux.scm (libseccomp): Update to 2.3.2.

gnu: cmark: Update to 0.27.1.

* gnu/packages/markdown.scm (cmark): Update to 0.27.1.

gnu: catimg: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (catimg): Update to 2.2.2.
[arguments]: Add ‘-DMAN_OUTPUT_PATH’ to the cmake arguments.

gnu: moka-icon-theme: Update to 5.3.5.

* gnu/packages/gnome.scm (moka-icon-theme): Update to 5.3.5.

gnu: arc-icon-theme: Update to 20161122.

* gnu/packages/gnome.scm (arc-icon-theme): Update to 20161122.

gnu: arc-theme: Update to 20170302.

* gnu/packages/gnome.scm (arc-theme): Update to 20170302.

gnu: r-gtable: Remove duplicate definition.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtable): Remove shadowed 0.1.2 version.
[home-page]: Use HTTPS.
[synopsis, description]: Use those of the removed version.

gnu: r-codetools: Remove duplicate definition.

* gnu/packages/statistics.scm (r-codetools): Remove shadowed 0.2-14 version.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ruby-arel: Remove duplicate definition.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-arel): Remove shadowed 6.0.0 version.
[description]: Use the older description & expand some acronyms.

gnu: snappy: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/compression.scm (snappy): Update to 1.1.4.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.03.02.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.03.02.

gnu: Add dzen.

* gnu/packages/xdisorg.scm (dzen): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>