gnu: python2-rope: Change comment to reflect partial python3 support

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-rope): Change comment to reflect
  partial python 3 support

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pull: Speed up the new/upgraded package computation.

* guix/scripts/pull.scm (new/upgraded-packages): OLD no longer stores
all the versions of each package.  Remove 'vhash-fold*' call and reduce
the number of 'version>?' calls when computing UPGRADED.

pull: Move profile comparison to 'new/upgraded-packages'.

* guix/scripts/pull.scm (new/upgraded-packages): New procedure, with
code formerly in 'display-new/upgraded-packages'.
(display-new/upgraded-packages): Use it.

inferior: Add 'inferior-available-packages'.

* guix/inferior.scm (inferior-available-packages): New procedure.
* tests/inferior.scm ("inferior-available-packages"): New test.

pull: Use 'fold-available-packages' for the current package list.

* guix/scripts/pull.scm (display-profile-news): Use
'fold-available-packages' instead of 'fold-packages' to compute OLD.
(profile-package-alist): Use 'inferior-available-packages'.

gnu: Flatpak: Update to 1.2.3 [security fixes].

From 'NEWS' in the source distribution:

The CVE-2019-5736 runc vulnerability is about using /proc/self/exe
to modify the host side binary from the sandbox. This mostly does not
affect flatpak since the flatpak sandbox is not run with root permissions.
However, there is one case (running the apply_extra script for system
installs) where this happens, so this release contains a fix for that.

 * Don't expose /proc in apply_extra script sandbox.

* gnu/packages/package-management.scm (flatpak): Update to 1.2.3.

gnu: Add frrouting.

* gnu/packages/networking.scm (frrouting): New variable.

gnu: Docker: Update to 18.09.2.

* gnu/packages/docker.scm (%docker-version, docker, docker-cli): Update to
18.09.2.
(docker)[arguments]: Adjust to the Debian-specific 'iptables-legacy' lookup in
the 'patch-paths' phase.

gnu: runc: Update to 1.0.0-rc6 [fixes CVE-2019-5736].

* gnu/packages/virtualization.scm (runc): Update to 1.0.0-rc6.
[source]: Use a descriptive file-name. Add 'runc-CVE-2019-5736.patch'
* gnu/packages/patches/runc-CVE-2019-5736.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: lzlib: Remove minilzip comment.

It lacks lzip's dependency on libstdc++.so and libm.so and may have its
uses.

* gnu/packages/compression.scm (lzlib): Don't judge.

gnu: lzlib: Update to 1.11.

* gnu/packages/compression.scm (lzlib): Update to 1.11.

gnu: lzlib: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (lzlib)[source]: Hard-code NAME.

gnu: clzip: Update to 1.11.

* gnu/packages/compression.scm (clzip): Update to 1.11.

gnu: clzip: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (clzip)[source]: Hard-code NAME.

gnu: lunzip: Update to 1.11.

* gnu/packages/compression.scm (lunzip): Update to 1.11.

gnu: lunzip: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (lunzip)[source]: Hard-code NAME.

gnu: plzip: Update to 1.8.

* gnu/packages/compression.scm (plzip): Update to 1.8.

gnu: plzip: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (plzip)[source]: Hard-code NAME.

gnu: lziprecover: Update to 1.21.

* gnu/packages/compression.scm (lziprecover): Update to 1.21.

gnu: lziprecover: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (lziprecover)[source]: Hard-code NAME.

gnu: perl-dbi: Update to 1.642.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbi): Update to 1.642.

gnu: kyotocabinet: Update to 1.2.77.

* gnu/packages/databases.scm (kyotocabinet): Update to 1.2.77.

gnu: os-prober: Update to 1.77.

* gnu/packages/bootloaders.scm (os-prober): Update to 1.77.

gnu: feh: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 3.1.2.

gnu: python-pybedtools: Update to 0.8.0 and fix build.

From 40db2b4eae5ca61a3134cdaf7b156ed1ae9f7415 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Date: Sun, 10 Feb 2019 23:39:25 -0500
Subject: [PATCH] gnu: python-pybedtools: Update to 0.8.0 and fix build.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybedtools): Update to 0.8.0.
[phases]{disable-broken-tests}: Do not disable "test_issue_157" and
"test_to_dataframe" tests.  Disable the "test_getting_example_beds".
{remove-cython-generated-files}: Add phase.
{generate-cython-extensions}: Add phase.
{check}: Move from python2-pybedtools to here.  Add a scripts
subdirectory of the build directory to the PATH, so that the tests can call
them.  Invoke pytest rather than nosetests.
[modules]: Move from python2-pybedtools to here.
[propagated-inputs]: Depend on the current BEDTOOLS rather than version 1.26.
[native-inputs]: Replace python-nose by python-pytest and add python-psutil.

gnu: efilinux: Set ARCH variable on some architectures.

Even with this patch efilinux does not build for arm*.

* gnu/packages/efi.scm (efilinux)[arguments]: On armhf-linux and
aarch64-linux set the ARCH variable apropriately.

gnu: Add cnvkit.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cnvkit): New variable.

gnu: Add r-dnacopy.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dnacopy): New variable.

gnu: python-reportlab: Update to 3.5.13.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlab): Update to 3.5.13.
[inputs]: Add freetype.

gnu: glibc@2.27: fix CVE-2018-11236, CVE-2018-11237.

* gnu/packages/base.scm (glibc@2.27)[sources]: Add patches.
[properties]: New field, mark CVE-2017-18269 fixed.
* gnu/packages/patches/glibc-CVE-2018-11236.patch,
gnu/packages/patches/glibc-CVE-2018-11237.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: parallel: Update to 20190122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20190122.

gnu: maven-resolver-api: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/maven.scm (maven-resolver-api)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: multipath-tools: Update to 0.7.9.

* gnu/packages/linux.scm (multipath-tools): Update to 0.7.9.

gnu: websockify: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (websockify)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: libyajl: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (libyajl)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: rapidjson: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (rapidjson)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: qjson: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (qjson)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: fcgiwrap: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (fcgiwrap)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: mod-wsgi: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (mod-wsgi)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: Guix: Update snapshot to 0.16.0-10.2637cfd.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34444>.

*  gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 0.16.0-10.2637cfd.

Avoid name clash with 'build' from (guix store) and (guix status).

Since commit 976ef2d97887d16eab8d4eb9dad811786b04d690, (guix status)
exports 'build', which clashes with 'build' from (guix store).

* build-aux/run-system-tests.scm: Select 'with-status-verbosity'
from (guix status).
* guix/scripts/archive.scm: Likewise.
* guix/scripts/build.scm: Likewise.
* guix/scripts/copy.scm: Likewise.
* guix/scripts/environment.scm: Likewise.
* guix/scripts/pack.scm: Likewise.
* guix/scripts/package.scm: Likewise.
* guix/scripts/pull.scm: Likewise.
* guix/scripts/system.scm: Likewise.

pack, vm: Fix incorrect use of 'package-transitive-propagated-inputs'.

In practice the error was not triggered because
'package-transitive-propagated-inputs' currently returns the empty list
for these two packages.

* guix/scripts/pack.scm (gcrypt-sqlite3&co): Remove labels from the
result.
* gnu/system/vm.scm (gcrypt-sqlite3&co): Likewise.

git: Add an exception printer for 'git-error'.

* guix/git.scm (print-git-error): New procedure.
<top level>: Call 'set-exception-printer!'.

ui: Always print the exception upon load errors.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34402>.
Reported by <pkill9@runbox.com>.

Previously 'display-error' could be called with the wrong number of
arguments (e.g., for 'git-error' exceptions), and thus nothing at all
was displayed.

* guix/ui.scm (report-load-error): Check whether ARGS matches the
parameters for 'display-error' and call 'print-exception' otherwise.

status: Erase the current line upon new builds or downloads.

* guix/status.scm (print-build-event): Add 'erase-current-line*' call
upon 'build-started, 'substituter-started, 'download-started.

HACKING: Update key server.

* HACKING (Commit Access): Recommend pool.sks-keyservers.net.

gnu: guile-picture-language: Update to 0-2.1ea8b78.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-picture-language): Update to 0-2.1ea8b78.

gnu: disorderfs: Update to 0.5.6.

* gnu/packages/file-systems (disorderfs): Update to 0.5.6.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: diffoscope: Update to 111.

* gnu/packages/package-management (diffoscope): Update to 111.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-cython: Update to 0.29.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cython): Update to 0.29.5.

gnu: pixman: Update source URI.

* gnu/packages/xdisorg.scm (pixman)[source](uri): Use HTTPS.

gnu: python-django: Update to 1.11.20 [fixes CVE-2019-6975].

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.11.20.

gnu: ffmpeg: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 4.1.1.

gnu: miniupnpc: Update to 2.1.20190210.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.1.20190210.

gnu: lv2: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/audio.scm (lv2): Update to 1.16.0.
[arguments]: Remove #:python.
(lv2-devel): Remove variable.
* gnu/packages/music.scm (ingen)[inputs]: Change LV2-DEVEL to LV2.

gnu: vlc: Use libvpx-1.7.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34439>.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Remove libvpx.  Add libvpx-1.7.

services: docker: Make shepherd service also require "dbus-system",
"elogind" and "udev".

Fixes <https://bugs.gnu.org/34333>.

* gnu/services/docker.scm (docker-shepherd-service): Require "dbus-system",
"elogind" and "udev".

gnu: gama: Update to 2.03.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.03.

services: docker: Make shepherd service require "networking".

Fixes <https://bugs.gnu.org/34333>.

* gnu/services/docker.scm (docker-shepherd-service): Require "networking".

gnu: gloox: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/messaging.scm (gloox): Update to 1.0.22.

gnu: python-ecpy: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ecpy): Update to 0.10.0.

gnu: python-pycryptodome: Update to 3.7.3.

* gnu/packages/python-crypto (python-cryptodome): Update to 3.7.3.

gnu: u-boot-novena: Allow booting from raw device offset.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-novena): Disable loading u-boot.img
from a partition.

gnu: Add python-pymsgbox.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pymsgbox): New variable.

gnu: Add python-daemon.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-daemon): New variable.

gnu: dmenu: Update to 4.9.

* gnu/packages/suckless.scm (dmenu): Update to 4.9.

gnu: Dropbear: Add a comment about bundled libraries.

* gnu/packages/ssh.scm (dropbear): Comment.

gnu: curl: Update to 7.64.0 [fixes CVE-2018-16890 and CVE-2019-{3822,3823}].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: New field.
(curl-7.64.0): New variable.

gnu: Dovecot: Update to 2.3.4.1 [fixes CVE-2019-3814].

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.4.1.

gnu: Syncthing: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.0.1.

gnu: MPD: Update to 0.21.4.

We no longer install any systemd unit files for MPD because this is no longer
supported upstream as a matter of policy or via MPD's build system. [0]

Specifically, they don't support using MPD with systemd unless MPD was linked
with libsystemd. The unit files are only built when this is the case.

[0]
<https://github.com/MusicPlayerDaemon/MPD/issues/124#issuecomment-334930456>

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.4.
[build-system]: Use meson-build-system.
[native-inputs]: Add gcc-8, gcc-8:lib, and python-sphinx.
[arguments]: Add a 'expand-C++-include-path' phase. Remove the
'install-service-files' phase. Make sure to build the documentation.

services: gdm: Disable debugging output.

* gnu/services/xorg.scm (gdm-etc-service)[gdm-configuration-file]:
Comment out debugging setting.

gnu: gnome-shell: Customize the GDM log-in screen.

* gnu/packages/patches/gnome-shell-theme.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[source](patches, modules)
(snippet): New fields.
[arguments]: Add 'rebuild-css' phase.
[native-inputs]: Add RUBY-SASS.

artwork: Update snapshot to e951905.

* gnu/artwork.scm (%artwork-repository): Update to e951905.

gnu: gnome: Remove '--disable-acceleration-check' flag from 'gnome.desktop'.

With this change the GNOME session is now listed in the log-in screen of
GDM.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-session)[arguments]: Remove
'disable-hardware-acceleration-check' phase.  That phase was apparently
no longer needed.  Furthermore, GDM expects 'TryExec' to be a file name,
not a file name followed by arguments; thus, the option led GDM to
discard 'gnome.desktop' with "GdmSession: Command not found: TryExec".

gnu: qtwebkit: Build sequentially.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34062>.

* gnu/packages/qt.scm (qtwebkit)[arguments]: Add #:parallel-build? #f.

gnu: Add ghc-stylish-haskell.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-stylish-haskell): New variable.

gnu: Add ghc-base-unicode-symbols.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-base-unicode-symbols): New variable.

gnu: Add ghc-alsa-core.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-alsa-core): New variable.

gnu: python-trezor: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/finance.scm (python-trezor): Update to 0.11.1.
[arguments]: Remove obsolete "slow_cosi" test.
Delete "test_tx_api" test, which requires network access.
[propagated-inputs]: Add python-construct and python-typing-extensions,
Remove python-hidapi, python-protobuf and python-typing.
[native-inputs]: Remove python-mock, Add protobuf, python-black,
python-protobuf and python-isort.

gnu: Add python-construct.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-construct): New variable.

gnu: Add python-typing-extensions.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-typing-extensions): New variable.

gnu: python-keepkey: Update to 6.0.2.

* gnu/packages/finance.scm (python-keepkey): Update to 6.0.2.
[propagated-inputs]: Add python-libusb1.

gnu: electron-cash: Update to 3.3.5.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 3.3.5.
[source]: Update uri.

gnu: java-xstream: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-xstream)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-xom: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-xom)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Add 'make-git-checkout-writable' phase.

gnu: java-jettison: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-jettison)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: tinyxml2: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (tinyxml2)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-jdom2: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-jdom2)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-kxml2: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-kxml2)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Add 'make-git-checkout-writable' phase.

gnu: java-dom4j: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-dom4j)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-groovy-bootstrap: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/groovy.scm (java-groovy-bootstrap)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: xlsx2csv: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (xlsx2csv)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: xlsx2csv: Update to 0.7.4.

* gnu/packages/xml.scm (xlsx2csv): Update to 0.7.4.

gnu: clojure-tools-macro: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/clojure.scm (clojure-tools-macro)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: clojure-algo-monads: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/clojure.scm (clojure-algo-monads)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: clojure-algo-generic: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/clojure.scm (clojure-algo-generic)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: xinetd: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (xinetd)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

install: Use (gnu package certs) module for the nss-certs package.

* gnu/system/install.scm: Use (gnu package certs).

install: Add nss-certs to the image.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Add nss-certs.