gnu: seahorse: Update to 3.30.1.1.

* gnu/packages/gnome.scm (seahorse)[version]: Update version number.
[origin]: Update hash.  Add patch needed for compilation with our
version of libsecret (0.19.1).
[inputs]: Add avahi dependency.
[native-inputs]: Add vala dependency.  Use gettext-minimal instead of
intltool, as only xgettext is used.
* gnu/packages/patches/seahorse-gkr-use-0-on-empty-flags.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile-json: Deprecate the 'guile-json' variable.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json): Rename to...
(guile-json-1): ... this.
(guile-json): Define as a deprecated alias for 'guile-json-1'.
(guile2.0-json, guile-json-3): Explicitly refer to 'guile-json-1'.

doc: Use the right title in HTML indices for the cookbook.

* doc/build.scm (html-manual-indexes): Add #:title.
[build]: Replace "GNU Guix Reference Manual" by references to TITLE.

services: elogind, gnome, mate, xfce: Fix config type predicate identifiers.

* gnu/services/desktop.scm (<elogind-configuration>): Add question mark
in type predicate identifier.
(<gnome-desktop-configuration>): Likewise.
(<mate-desktop-configuration>): Likewise.
(<xfce-desktop-configuration>): Likewise.

gnu: Add weasyprint.

* gnu/packages/pdf.scm (weasyprint): New variable.

gnu: Add python-pyphen.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyphen): New variable.

gnu: Add python-cairosvg.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cairosvg): New variable.

gnu: Add python-cssselect2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-cssselect2): New variable.

gnu: Add python-tinycss2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-tinycss2): New variable.

gnu: Add python-pytest-isort.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pytest-isort): New variable.

gnu: libtommath: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/multiprecision.scm (libtommath): Update to 1.2.0.
[arguments]: Update custom 'prepare-build for new version. Update custom
'check phase to use test-target keyword.
(libtommath@1.1): New variable.
(libtommath@1.0)[inherit]: Inherit from libtommath@1.1.

gnu: font-awesome: Download using git-fetch.

The official link on the website has a regularly changing hash.

* gnu/packages/fonts.scm (font-awesome)[source]: Use 'git-fetch'.
[arguments]: Replace 'install phase.
[home-page]: Use new upstream home-page.

gnu: Add sbcl-graph-json.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-graph-json): New variable.

gnu: Add sbcl-graph-dot.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-graph-dot): New variable.

gnu: Add graph.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-graph, sbcl-graph): New variables.
* gnu/packages/patches/sbcl-graph-asdf-definitions.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add stefil.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-stefil, sbcl-stefil): New variables.

gnu: Add ecl-iterate.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl-iterate): New variable.

gnu: sbcl-iterate: Add missing native input.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-iterate)[native-inputs]: Add rt.

gnu: Add yason.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-yason, sbcl-yason, ecl-yason): New variables.

gnu: Add curry-compose-reader-macros.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-curry-compose-reader-macros,
  sbcl-curry-compose-reader-macros, ecl-curry-compose-reader-macros): New
  variables.

gnu: Add cl-heap.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-heap, sbcl-cl-heap, ecl-cl-heap): New variables.

gnu: mongodb: Fix build.

* gnu/packages/databases.scm (mongodb)[inputs]: Use openssl 1, as 1.1. doesn't
work.
[arguments]: Change how a constant is defined in the tests to allow compiling
with a newer version of GCC.

gnu: emacs-counsel-dash: Require emacs-ivy.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-dash): Require emacs-ivy.

gnu: mingw-w64: Add -winpthreads variants.

This recursive package definition really demonstrates how magical Guix
can be :-)

Try invoking:
    ./pre-inst-env guix build mingw-w64-{x86_64,i686}{,-winpthreads}

* gnu/packages/mingw.scm (make-mingw-w64): Add XGCC, XBINUTILS optional
arguments to specify using a non-default cross-compiler/binutils.  Add
WITH-WINPTHREADS? optional argument to allow building with winpthreads
support.  Adjust accordingly for the new arguments.
(mingw-w64-i686-winpthreads, mingw-w64-x86_64-winpthreads): Add
variables.
* gnu/packages/cross-base.scm (native-libc): Add XGCC, XBINUTILS
key arugments and pass to MAKE-MINGW-W64.
(cross-libc): Pass XGCC and XBINUTILS to NATIVE-LIBC.

gnu: pdfarranger: Add 'wrap-for-typelib' phase.

* gnu/packages/pdf.scm (pdfarranger)[arguments]: Add #:phases.

gnu: Add pdfarranger.

* gnu/packages/pdf.scm (pdfarranger): New public variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gloo.

* gnu/packages/machine-learning.scm (gloo): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: inputattach: Add 'baud-rate' parameter.

* gnu/services/desktop.scm (inputattach-configuration): Add baud-rate field.
  (inputattach-shepherd-service): Add baud-rate to parameters when specified.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): [inputattach Service] Document
  baud-rate parameter.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: More responsive online manual.

* doc/build.scm (%makeinfo-html-options): Add viewport to all generated
html pages for better mobile device support.

gnu: Add emacs-auth-source-pass.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auth-source-pass): New variable.

gnu: emacs-counsel-dash: Update to 0.1.3-3.7027868.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-dash): Update to 0.1.3-3.7027868.

gnu: Add ephemeralpg.

This is a general utility, but I'm particularly interested in using this to
enable build time tests for the guix-data-service package.

* gnu/packages/databases.scm (ephemeralpg): New variable.

gnu: yasm: Disable parallel tests.

* gnu/packages/assembly.scm (yasm)[arguments]: Set #:parallel-tests? to #f.

gnu: r-xcms: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-xcms): Update to 3.6.2.

gnu: r-data-table: Update to 1.12.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-data-table): Update to 1.12.6.
[native-inputs]: Add pkg-config.

doc: Add support for "guix-cookbook.texi" to 'build.scm'.

* doc/build.scm (%manual): New variable.
(html-manual): #:manual now defaults to %MANUAL.
[build]: Define 'language->texi-file-name' and use it.  Filter out items
of LANGUAGES that lack a .texi file.
(pdf-manual, html-manual-indexes, pdf+html-manual): #:manual now
defaults to %MANUAL.

services: agetty: Really import (gnu build linux-boot).

This is a followup to commit 62c2217570fb3a3437e8316d3679b7fe13db0884.

* gnu/services/base.scm (agetty-shepherd-service)[start]: Wrap un
'with-imported-modules'.  This fixes a build error when TTY is true
("no code for module (gnu build linux-boot)").

services: sddm: Add description.

* gnu/services/sddm.scm (sddm-service-type)[description]: New field.

services: sddm: Deprecate 'sddm-service' procedure.

* gnu/services/sddm.scm (sddm-service): Mark as deprecated.
* doc/guix.texi (X Window): Document 'sddm-service-type' and
'sddm-configuration'.

services: sddm: Add default configuration.

Unlike gdm-service-type, sddm-service-type cannot be configured in an
operating-system configuration by simply adding (service
sddm-service-type). This adds the default SDDM configuration just like
GDM does..

* gnu/services/sddm.scm (sddm-service-type)[default-value]: New field.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

download: Honor /etc/ssl/certs when 'SSL_CERT_DIR' is not set.

* guix/build/download.scm (%x509-certificate-directory): Use
"/etc/ssl/certs" as a last resort.  This ensures, for instance, that
'guix download' honors system-wide certificates when SSL_CERT_DIR is
unset.

gnu: make-bootstrap: Memoize 'glibc-for-bootstrap'.

This reduces the graph shown by:

  guix graph -e '(@@ (gnu packages make-bootstrap) %gcc-static)'

from 258 nodes (2398 edges) to 179 nodes (1872 edges).

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (glibc-for-bootstrap): Turn into an
'mlambdaq'.
(package-with-relocatable-glibc, %glibc-stripped): Explicitly pass an
argument to 'glibc-for-bootstrap'.

gnu: Add gens-gs.

* gnu/packages/emulators.scm (gens-gs): New variable.

gnu: enlightenment: Fix desktop session file creation.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment)[arguments]: Create
wayland session file only when building with wayland support.

gnu: Add pcsxr.

* gnu/packages/emulators.scm (pcsxr): New variable.

gnu: Add simple-parallel-tasks.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-simple-parallel-tasks, sbcl-simple-parallel-tasks,
  ecl-simple-parallel-tasks): New variables.

gnu: backup: Remove my copyright.

This is a follow-up of 7757f440449, where my copyright is not needed.

* gnu/packages/backup.scm: Remove my copyright.

gnu: emacs-hierarchy: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hierarchy): Enable tests.

gnu: emacs-org-ql: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-ql): Update to 0.3.2.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.39.0.

* gnu/packages/tls.scm (python-acme): Update to 0.39.0.
(certbot)[source]: Update hash.
[propagated-inputs]: Add python-distro.

gnu: Remove snakemake@4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (snakemake-4): Remove variable.

gnu: snakemake: Order inputs alphabetically.

* gnu/packages/python-xyz.scm (snakemake)[propagated-inputs]: Order.

gnu: snakemake: Update to 5.7.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (snakemake): Update to 5.7.1.

gnu: bpython: Update to 0.18.

* gnu/packages/python-xyz.scm (bpython): Update to 0.18.

gnu: libdv: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/video.scm (libdv)[source]: Hard-code NAME.

gnu: arc-theme: Update to 20190917.

* gnu/packages/gnome.scm (arc-theme): Update to 20190917.

gnu: r-colorout: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/statistics.scm (r-colorout)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: r-colorout: Update to 1.2-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-colorout): Update to 1.2-2.

gnu: protobuf: Update to 3.10.0.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf, python-protobuf): Update to 3.10.0.
(protobuf-next, python-protobuf-next): Rename to ....
(protobuf-3.6, python-protobuf-3.6): ... this.
(protobuf-3.5): New public variable.
* gnu/packages/machine-learning.scm (grpc)[native-inputs]: Change from
PROTOBUF-NEXT to PROTOBUF.
(tensorflow)[native-inputs, propagated-inputs]: Adjust for renamed PROTOBUF-NEXT.
* gnu/packages/robotics.scm (aseba)[inputs]: Change from PROTOBUF to PROTOBUF-3.5.
* gnu/packages/telephony.scm (mumble)[inputs]: Likewise.

gnu: protobuf-c: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf-c): Update to 1.3.2.

gnu: vte-ng: Update to 0.58.2.a.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-ng): Update to 0.58.2.a.
[build-system]: New field.
[arguments]: Set #:configure-flags.  Remove #:phases.
[native-inputs]: Remove GPERF, AUTOCONF, AUTOMAKE and LIBTOOL.

gnu: Add lxqt-connman-applet.

* gnu/packages/lxqt.scm (lxqt-connman-applet) New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Avoid now-deprecated 'make-struct'.

* tests/cve.scm (vulnerability): Use 'make-struct/no-tail' instead of
'make-struct', which is deprecated.
* tests/lint.scm ("cve: one vulnerability")
("cve: one patched vulnerability")
("cve: known safe from vulnerability")
("cve: vulnerability fixed in replacement version")
("cve: patched vulnerability in replacement"): Likewise.

packages: Add "aarch64-linux" to '%hydra-supported-systems'.

* guix/packages.scm (%hydra-supported-systems): Keep "aarch64-linux".

gnu: Remove more GCC < 7 workarounds.

* gnu/packages/abiword.scm (abiword)[arguments]: Do not pass "-std=c++11" to
the GCC command line.
* gnu/packages/aidc.scm (zbar)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/android.scm (android-libbase, android-libcutils,
android-libziparchive, fastboot)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/audio.scm (azr3, guitarix, suil)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (bless)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/bittorrent.scm (libtorrent-rasterbar)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/code.scm (rtags)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/coq.scm (coq-gappa)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/engineering.scm (xyce-serial, xyce-parallel)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/gnupg.scm (pinentry-qt)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/gobby.scm (libnet6, obby)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/graph.scm (python-faiss)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/graphics.scm (povray)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/image-processing.scm (opencv, itk-snap)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/image.scm (freeimage)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/kodi.scm (crossguid)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/music.scm (amsynth, qmidiarp, qmidiroute, seq24)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/pdf.scm (python-poppler-qt5)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/sagemath.scm (lcalc)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/video.scm (vlc, mlt, v4l-utils)[arguments]: Likewise.

gnu: xmlsec: Update to 1.2.29.

* gnu/packages/xml.scm (xmlsec): Update to 1.2.29.

gnu: transmission: Update home page.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: dav1d: Fix build on AArch64.

* gnu/packages/patches/dav1d-aarch64-symbol-alignment.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/video.scm (dav1d)[source](patches): New field.

gnu: dav1d: Remove defunct mirror URL.

* gnu/packages/video.scm (dav1d)[source](uri): Remove bz2 tarball origin.

services: xfce: Add xfce4-power-manager to polkit settings.

* gnu/services/desktop.scm (xfce-desktop-service-type): Add
xfce4-power-manager to polkit-service-type service extension via
new procedure 'xfce-polkit-settings'.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add emacs-ivy-xref.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-xref): New variable.

gnu: obnam: Remove this package.

This package is abandoned and does not build anymore due to dependencies to
old versions of python packages such as pylint.

* gnu/packages/backup.scm (obnam): Remove variable.

gnu: kodi: Increase test timeout.

* gnu/packages/patches/kodi-increase-test-timeout.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/kodi.scm (kodi)[source](patches): Add it.

gnu: notmuch: Update to 0.29.2.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.29.2.

gnu: OpenEXR: Disable failing test on 32-bit systems.

* gnu/packages/graphics.scm (openexr)[arguments]: Patch out one more test.
While at it, simplify substitutions, and enable them on 64-bit systems.

gnu: vc: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/maths.scm (vc): Update to 1.4.1.
[native-inputs]: Add VIRTEST and a test data origin.
[arguments]: Add phase to copy test data.

gnu: Add virtest.

* gnu/packages/check.scm (virtest): New public variable.

gnu: libmpeg2: Fix build on armhf-linux.

* gnu/packages/patches/libmpeg2-arm-private-symbols.patch,
gnu/packages/patches/libmpeg2-global-symbol-test.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/video.scm (libmpeg2)[source](patches): New field.

gnu: dav1d: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.5.0.

gnu: xapian: Update to 1.4.13.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.13.

gnu: python-verboselogs: Fix build.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-verboselogs)[arguments]: Do not run
pylint plugin test that depend of an old version of astroid and also remove
...,
[native-inputs]: ... python-astroid and python-pylint from here.

gnu: Add emacs-evil-markdown.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-markdown): New variable.

gnu: emacs-ibuffer-projectile: Update to 0.2-2.7649621.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ibuffer-projectile): Update to 0.2-2.7649621.

gnu: python2-pylint: Fix build.

* gnu/packages/check.scm (python2-pylint): Set to 1.7.2 as 2.x branch
does not support python2 anymore,
[arguments]: move python2 specific hack to run tests from
python-pylint to here,
[native-inputs]: add python2-futures.

gnu: python-pylint: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/check.scm (python-pylint): Update to 2.3.1,
[source]: switch to git-fetch,
[arguments]: remove python2 specific hack to fix unit tests.

gnu: python2-astroid: Fix build.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-astroid)[propagated-inputs]:
Remove python-typed-ast.

gnu: python-astroid: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-astroid): Update to 2.3.2,
[propagated-inputs]: add python-typed-ast.

gnu: python-typed-ast: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-typed-ast): Update to 1.4.0,
[source]: switch to git-fetch.

gnu: python-lazy-object-proxy: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lazy-object-proxy): Update to 1.4.2,
[native-inputs]: add python-setuptools-scm.

gnu: Add python-setuptools-scm-3.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools-scm-3.3): New variable.

gnu: emacs-nodejs-repl: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nodejs-repl): Enable tests.

gnu: emacs-web-server: Enable tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-web-server): Enable tests.

gnu: emacs-forge: Update to 0.1.0-2.63cbf81.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge): Update to 0.1.0-2.63cbf81.

gnu: emacs-lsp-ivy: Update to 0.1-2.caf1e1d.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-ivy): Update to 0.1-2.caf1e1d.

gnu: Add u-boot-firefly-rk3399.

* gnu/packages/bootloaders (u-boot-firefly-rk3399): New variable.
* gnu/bootloader/u-boot (install-firefly-rk3399-u-boot): New variable.
  (u-boot-firefly-rk3399-bootloader): New variable.
* gnu/system/install (define firefly-rk3399-installation-os): New variable.

services: network-manager: Create account for 'network-manager-openconnect'.

Previously, on startup, we'd see:

  dbus: Unknown username nm-openconnect in message bus configuration file

This fixes it.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-accounts): New procedure.
(network-manager-service-type): Extend 'account-service-type'.
* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-openconnect)[properties]: Add
'user-accounts'.

services: network-manager: Export 'network-manager-configuration-vpn-plugins'.

* gnu/services/networking.scm (<network-manager-configuration>): Export
'network-manager-configuration-vpn-plugins'.

reconfigure: Silence "shepherd: Evaluating ..." messages.

* guix/scripts/system/reconfigure.scm (upgrade-services-program):
Parameterize 'shepherd-message-port' to silent "Evaluating ..." messages.

herd: Define 'shepherd-message-port'.

* gnu/services/herd.scm (shepherd-message-port): New variable.
(display-message): Use it instead of 'current-error-port'.

gnu: psm2: Update to 11.2.86.

* gnu/packages/linux.scm (psm2): Update to 11.2.86.