gnu: Add tango-icon-theme.

* gnu/packages/gnome.scm (tango-icon-theme): New variable.

gnu: gcl: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/lisp.scm (gcl)[arguments]: Use 'modify-phases' syntax.

gnu: gcl: Clean up inputs.

* gnu/packages/lisp.scm (gcl)[arguments]: Remove readline substitution,
correctly substitute '/bin/sh' calls.
[inputs]: Add gmp, readline.
[native-inputs]: Remove readline.

gnu: gcl: Build with gcc@4.9.

* gnu/packages/lisp.scm (gcl)[native-inputs]: Add gcc@4.9.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.30.1.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.30.1.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.30.1.

gnu: emacs-projectile: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-projectile): Update to 0.14.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add freegish.

* gnu/packages/games.scm (freegish): New variable.

gnu: raxml: Update to 8.2.10.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (raxml): Update to 8.2.10.

gnu: r-rsamtools: Update to 1.26.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): Update to 1.26.2.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.8.2.

gnu: r-jsonlite: Update to 1.4.

* gnu/packages/web.scm (r-jsonlite): Update to 1.4.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.9.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.9.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.21.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.21.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.60.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.60.

Revert "gnu: Add python-openid."

This reverts commit ccda56886625af84d34ebf1f26b22345e5dbe235.

gnu: torsocks: Patch references to 'getcap' and 'which'.

* gnu/packages/tor.scm (torsocks)[inputs,arguments]: New fields.

gnu: qjackctl: Build with modular Qt.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl)[source]: Use sourceforge mirror.
[inputs]: Remove qt, add qtbase, qtx11extras.

gnu: leafpad: Fix home-page URL.

* gnu/packages/text-editors.scm (leafpad)[home-page]: Fix URL.

gnu: Add leafpad.

* gnu/packages/text-editors.scm (leafpad): New variable.

screen: Fix info page build failure.

* gnu/packages/patches/screen-fix-info-syntax-error.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/screen.scm (screen)[source]: Use it.

gnu: lz4: Update to 1.7.5.

* gnu/packages/compression.scm (lz4): Update to 1.7.5.
[source]: Update source URL. Use patch 'lz4-fix-test-failures.patch'.
[home-page]: Update URL.
* gnu/packages/patches/lz4-fix-test-failures.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add alpine.

* gnu/packages/mail.scm (alpine): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: certbot: Share python-acme's arguments.

* gnu/packages/tls.scm (certbot)[arguments]: Use substitute-keyword-arguments to
inherit from python-acme.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme, python2-acme): Update to 0.13.0.
[arguments]: Add 'patch-dependency' phase.

gnu: python-django-mailman3: Balance parentheses for inputs.

* gnu/packages/mail.scm (python-django-mailman3)[inputs]: Balance them.

gnu: Add postorius.

* gnu/packages/mail.scm (postorius): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add python-django-mailman3.

* gnu/packages/mail.scm (python-django-mailman3): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add python-django-gravatar2.

* gnu/packages/django.scm (python-django-gravatar2): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add python-django-allauth.

* gnu/packages/django.scm (python-django-allauth): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add python-openid.

* gnu/packages/python.scm (python-openid): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add python-defusedxml.

* gnu/packages/xml.scm (python-defusedxml): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add you-get.

* gnu/packages/video.scm (you-get): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: octave: Build with gl2ps support.

* gnu/packages/maths.scm (octave)[inputs]: Add gl2ps.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gl2ps.

* gnu/packages/gl.scm (gl2ps): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

monads: Improve mlet, mlet*, and mbegin documentation.

* doc/guix.texi (The Store Monad) <mlet, mlet*, mbegin>: Clarify
their intended usage.
* guix/monads.scm (mbegin): Update docstring accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

monads, doc: Improve mwhen and munless documentation.

* doc/guix.texi (The Store Monad) <mwhen, munless>: Document them.
* guix/monads.scm (mwhen, munless): Clarify their intended use.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

monads: Use intent-revealing parameter names.

* guix/monads.scm (mwhen, munless): Rename parameters from 'exp0' and 'exp' to
  'mexp0' and 'mexp', respectively.  This makes it more obvious that these
  expressions must be monadic expressions.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: r-vegan: Update to 2.4-3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-vegan): Update to 2.4-3.
[arguments]: Remove build phase "revert-test-deletion".
[native-inputs]: Remove "r-vegan-delete-tests-patch".

gnu: r-stringi: Update to 1.1.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringi): Update to 1.1.5.

gnu: khal: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): Update to 0.9.5.

vm: Add missing module.

* gnu/build/vm.scm (define-module): Use module (guix build syscalls).

It fixes the following warnings during guix build :

gnu/build/vm.scm:233:3: warning: possibly unbound variable `mount'
gnu/build/vm.scm:238:3: warning: possibly unbound variable `umount'
gnu/build/vm.scm:268:8: warning: possibly unbound variable `mount'
gnu/build/vm.scm:276:8: warning: possibly unbound variable `umount'
gnu/build/vm.scm:315:4: warning: possibly unbound variable `mount'
gnu/build/vm.scm:323:4: warning: possibly unbound variable `umount'

This was not possible until the previous commit because we had to be sure
that Guile core implementation of 'mount' and 'umount' was used in
initrd context.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

syscalls: Allow mount and umount use from static Guile.

* guix/build/syscalls.scm (mount): Use Guile core mount if called from
  static Guile, otherwise use FFI based mount implementation.
  (umount): Ditto.
  This allows to use (guix build syscalls) from a module independently
  of calling context.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dovecot-trees: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot-trees): Update to 2.1.0.
(source): Change to use 'url-fetch'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Include 'glibc-utf8-locales' in the binary tarball.

* Makefile.am (guix-binary.%.tar.xz): Add 'glibc-utf8-locales' and
'glibc-final' to the 'guix pack' command line.
* doc/guix.texi (Binary Installation): Mention 'etc/profile'.

profiles: Slightly improve the instructions in 'etc/profile'.

* guix/build/profiles.scm (build-etc/profile): Fix typo in comment.
Add backslash in the generated shell comment.

pack: Add '--expression'.

* guix/scripts/pack.scm (%options, show-help): Add '--expression'.
(guix-pack)[maybe-package-argument]: New procedure.
Use it, and remove variable 'specs'.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document '--expression'.

gnu: Add intel-gpu-tools.

* gnu/packages/admin.scm (intel-gpu-tools): New variable.

gnu: emacs-symon: Update to 20160630.

* gnu/packagages/emacs.scm (emacs-symon): Update to 20160630 (this is
the latest tag available from the upstream).
[source]: Use github instead of melpa.
[home-page]: Update.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-adaptive-wrap.

Suggested-by Ivan Vilata i Balaguer <ivan@selidor.net>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/26367>.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-adaptive-wrap): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.14.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-debbugs): Update to 0.14.

gnu: perf: Add support for C++ symbol demangling.

* gnu/packages/linux.scm (perf)[inputs]: Add libiberty.

gnu: ratpoison: Update to 1.4.9.

* gnu/packages/ratpoison.scm (ratpoison): Update to 1.4.9.
[inputs]: Remove libxinerama. Add libxrandr.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: guitarix: Disable webkit features.

The only version of webkit supported by guitarix is unmaintained and contains a
large number of security vulnerabilities, and should be removed from Guix.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix)[inputs]: Remove webkitgtk/gtk+-2.

gnu: myrepos: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/version-control.scm (myrepos)[arguments]: Use
'modify-phases' syntax.

gnu: myrepos: Update to 1.20170129.

* gnu/packages/version-control.scm (myrepos): Update to 1.20170129.
[source]: Source tarballs have been removed from Github, use
git-download to download from upstream repository.
[home-page]: Use https.

gnu: gnubik: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/games.scm (gnubik): Update to 2.4.3.

gnu: vsearch: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.4.3.

gnu: qemu: Update to 2.8.1 [security fixes].

Fixes CVE-2016-{9602,9603} and CVE-2017-{2615,2620,2630,5667,5931}.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Update to 2.8.1.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-2615.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-2620.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-2630.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-5667.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-5931.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: surf: Update to 2.0.

* gnu/packages/suckless.scm (surf): Update to 2.0.
[inputs]: Replace webkitgtk/gtk+-2 with webkitgtk.

size: Add test to multiple 'store-profile' arguments.

* tests/size.scm ("store-profile with multiple items"): New test.

size: Avoid '_' as a pattern variable in 'match'.

* guix/scripts/size.scm (display-profile, profile->page-map): Don't use
'_' as a 'match' pattern variable.

gnu: flann: Move .mex file to a separate "octave" output.

That way the closure of flann:out is down from 1 GiB
to 290 MiB.

* gnu/packages/maths.scm (flann)[outputs]: New field.
[arguments]: Add 'set-octave-directory' phase.

gnu: webkitgtk: Update to 2.16.1.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.16.1.

gnu: armadillo: Change license to ASL 2.0.

Armadillo versions 7.800 and onwards are licensed under the Apache License
2.0.

* gnu/packages/maths.scm (armadillo)[license]: Change to ASL 2.0.

gnu: re2: Update to 2017-04-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2017-04-01.

gnu: feh: Update to 2.18.3.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.18.3.

gnu: libusb: Update to 1.0.21.

* gnu/packages/libusb.scm (libusb): Update to 1.0.21.
[home-page]: Update to new URL.

gnu: libmtp: Update to 1.1.13 [security fixes].

* gnu/packages/libusb.scm (libmtp): Update to 1.1.13.

gnu: r-sourcetools: Update to 0.1.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sourcetools): Update to 0.1.6.

gnu: r-seqinr: Update to 3.3-6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqinr): Update to 3.3-6.

gnu: Remove armadillo-for-rcpparmadillo.

This package is no longer useful, because upstream does not keep the tarballs
of older releases.  We use the bundled armadillo sources in the
r-rccparmadillo package instead.

* gnu/packages/maths.scm (armadillo-for-rcpparmadillo): Remove variable.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.7.700.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.7.700.0.0.
[source]: Do not delete bundled armadillo sources, because upstream no longer
hosts previous versions.
[propagated-inputs]: Remove "armadillo-for-rcpparmadillo".
[arguments]: Remove because we no longer need to link with the armadillo
library.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-deseq2)[arguments]: Remove because we no
longer need to link with armadillo library.

gnu: armadillo: Update to 7.800.2.

* gnu/packages/maths.scm (armadillo): Update to 7.800.2.

gnu: r-annotationforge: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationforge): Update to 1.16.1.

gnu: r-shortread: Update to 1.32.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-shortread): Update to 1.32.1.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.12.2.

gnu: r-iranges: Update to 2.8.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.8.2.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.20.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.20.3.

gnu: r-limma: Update to 3.30.13.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.30.13.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.26.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.26.4.

gnu: r-annotationdbi: Update to 1.36.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationdbi): Update to 1.36.2.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.10.1.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.34.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.34.2.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.26.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.26.4.

gnu: r-seqminer: Update to 5.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqminer): Update to 5.7.

gnu: r-maldiquant: Update to 1.16.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-maldiquant): Update to 1.16.2.

gnu: r-ranger: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ranger): Update to 0.7.0.

gnu: r-pbkrtest: Update to 0.4-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pbkrtest): Update to 0.4-7.

gnu: r-rcppeigen: Update to 0.3.2.9.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcppeigen): Update to 0.3.2.9.1.

gnu: r-mclust: Update to 5.2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mclust): Update to 5.2.3.

gnu: r-ggthemes: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggthemes): Update to 3.4.0.

gnu: r-statmod: Update to 1.4.29.

* gnu/packages/statistics.scm (r-statmod): Update to 1.4.29.

gnu: r-vipor: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-vipor): Update to 0.4.5.

gnu: r-pracma: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/maths.scm (r-pracma): Update to 2.0.4.

gnu: r-mixtools: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mixtools): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Remove "r-boot", add "r-survival".

gnu: r-viridis: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-viridis): Update to 0.4.0.
[propagated-inputs]: Add "r-viridislite".

gnu: r-viridislite: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-viridislite): Update to 0.2.0.

gnu: r-matrixstats: Update to 0.52.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixstats): Update to 0.52.1.

gnu: r-mvtnorm: Update to 1.0-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mvtnorm): Update to 1.0-6.

gnu: r-e1071: Update to 1.6-8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.6-8.