gnu: lv2: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/audio.scm (lv2): Update to 1.18.0.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: kakoune: Update to 2020.01.16.

* gnu/packages/text-editors.scm (kakoune): Update to 2020.01.16.

gnu: emacs-evil-org: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-org): Update to 1.0.2.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-sx: Update to 20191229.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sx): Update to 20191229.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-toml-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-toml-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: ungoogled-chromium: Update to 81.0.4044.129-0.c2a89fb [security fixes].

This fixes CVE-2020-6462 and CVE-2020-6461.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 81.0.4044.129.
(%ungoogled-revision): Set to c2a89fb6b5b559c826796c811741fa8ed3e11de8.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin): Update hashes.

gnu: Add variant-tools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (variant-tools): New variable.

gnu: Add hdf5-blosc.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5-blosc): New variable.

gnu: Add c-blosc.

* gnu/packages/compression.scm (c-blosc): New variable.

gnu: Add kbdd-0.7.1

* gnu/packages/xdisorg.scm (kbdd): New variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: ecl: Update to 20.4.24.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl): Update to 20.4.24.
[native-inputs]: Add texinfo to make the manual.
[license]: Set to lgpl2.1+.

gnu: sbcl-cl-cffi-gtk: Link source to parent to reduce closure size.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-cffi-gtk)[arguments]: Replace source
  folder with link to the same folder in the sbcl-cl-cffi-gtk-glib dependency.

gnu: sbcl-cl-cffi-gtk-gdk: Link source to parent to reduce closure size.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-cffi-gtk-gdk)[arguments]: Replace source
  folder with link to the same folder in the sbcl-cl-cffi-gtk-glib dependency.

gnu: sbcl-cl-cffi-gtk-gdk-pixbuf: Link source to parent to reduce closure size.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-cffi-gtk-gdk-pixbuf)[arguments]: Replace source
  folder with link to the same folder in the sbcl-cl-cffi-gtk-glib dependency.

gnu: sbcl-cl-cffi-gtk-pango: Link source to parent to reduce closure size.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-cffi-gtk-pango)[arguments]: Replace source
  folder with link to the same folder in the sbcl-cl-cffi-gtk-glib dependency.

gnu: sbcl-cl-cffi-gtk-cairo: Link source to parent to reduce closure size.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-cffi-gtk-cairo)[arguments]: Replace source
  folder with link to the same folder in the sbcl-cl-cffi-gtk-glib dependency.

gnu: sbcl-cl-cffi-gtk-gio: Link source to parent to reduce closure size.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-cffi-gtk-gio)[arguments]: Replace source
  folder with link to the same folder in the sbcl-cl-cffi-gtk-glib dependency.

gnu: sbcl-cl-cffi-gtk-gobject: Link source to parent to reduce closure size.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-cffi-gtk-gobject)[arguments]: Replace source
  folder with link to the same folder in the sbcl-cl-cffi-gtk-glib dependency.

gnu: Add emacs-trashed.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-trashed): New variable.

gnu: gnuradio-osmosdr: Add hackrf support.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio-osmosdr)[inputs]: Add hackrf.

gnu: Add hackrf.

* gnu/packages/radio.scm (hackrf): New variable.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: hpcguix-web: Use guile3.0-guix.

* gnu/packages/web.scm (hpcguix-web): Update to latest revision and use
  guile3.0 inputs.

gnu: python-scikit-learn: Make python-joblib a propagated input.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn)
[native-inputs]: Move 'python-joblib' to ...
[propagated-inputs]: ... here.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: gst-kaldi-nnet2-online: Update to 0-2.cb227ef.

* gnu/packages/machine-learning.scm (gst-kaldi-nnet2-online): Update to
0-2.cb227ef.

gnu: kaldi: Update to 0-2.d4791c0.

* gnu/packages/machine-learning.scm (kaldi): Update to 0-2.d4791c0.

gnu: r-hdf5array: Update to 1.14.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Update to 1.14.4.

gnu: r-seurat: Update to 3.1.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 3.1.5.
[propagated-inputs]: Remove r-metap.

gnu: r-topicmodels: Update to 0.2-11.

* gnu/packages/cran.scm (r-topicmodels): Update to 0.2-11.

gnu: r-stopwords: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-stopwords): Update to 2.0.
[propagated-inputs]: Add r-desc and r-usethis.

gnu: r-fda: Update to 5.1.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-fda): Update to 5.1.4.

gnu: r-abtest: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-abtest): Update to 0.2.1.
[propagated-inputs]: Add r-qgam; remove r-vgam.

gnu: Add r-qgam.

* gnu/packages/cran.scm (r-qgam): New variable.

gnu: r-systemfonts: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-systemfonts): Update to 0.2.0.
[inputs]: Remove freetype.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-dalex: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-ibreakdown and r-ingredients.

gnu: r-rex: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rex): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Remove r-magrittr.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-optparse: Update to 1.6.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-optparse): Update to 1.6.6.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-sf: Update to 0.9-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-2.

gnu: r-future-apply: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future-apply): Update to 1.5.0.

gnu: r-etm: Update to 1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-etm): Update to 1.1.

gnu: r-future: Update to 1.17.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future): Update to 1.17.0.

gnu: r-protviz: Update to 0.6.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-protviz): Update to 0.6.4.

gnu: r-rgl: Update to 0.100.54.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgl): Update to 0.100.54.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.14.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.14.3.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.6.0.

gnu: r-emmeans: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.4.6.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-raster: Update to 3.1-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-raster): Update to 3.1-5.

gnu: r-insight: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.8.3.

gnu: r-tinytex: Update to 0.22.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.22.

gnu: r-tsp: Update to 1.1-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-tsp): Update to 1.1-10.

gnu: r-broom: Update to 0.5.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.5.6.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-distillery: Update to 1.0-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-distillery): Update to 1.0-7.

gnu: r-ff: Update to 2.2-14.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ff): Update to 2.2-14.2.

gnu: r-powerlaw: Update to 0.70.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-powerlaw): Update to 0.70.6.
[propagated-inputs]: Remove r-vgam; add r-pracma.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-shinyfiles: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyfiles): Update to 0.8.0.

gnu: Add r-ibreakdown.

* gnu/packages/cran.scm (r-ibreakdown): New variable.

gnu: Add r-ingredients.

* gnu/packages/cran.scm (r-ingredients): New variable.

gnu: r-purrr: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-purrr): Update to 0.3.4.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-plotrix: Update to 3.7-8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotrix): Update to 3.7-8.

gnu: r-withr: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-withr): Update to 2.2.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-xml2: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml2): Update to 1.3.2.

gnu: r-dbplyr: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 1.4.3.
[propagated-inputs]: Add r-lifecycle.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tibble: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.0.1.

gnu: r-foreign: Update to 0.8-78.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): Update to 0.8-78.

gnu: r-with-tests, r-minimal: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-tests, r-minimal): Update to 4.0.0.
(r-with-tests)[arguments]: Add phase "set-locales".
[native-inputs]: Add texlive-ae, texlive-inconsolata, and
texlive-latex-xkeyval to texlive-union.
[inputs]: Replace pcre with pcre2.

gnu: stellarium: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.20.1.

doc: Update url to singularity before link rot occurs.

* doc/guix.texi: Update url to singularity before link rot occurs.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix: edit: Make nano the default editor.

* guix/scripts/edit.scm: Make nano the default editor.

Nano is sensible default, as it is installed by base system.
For development, user can set custom value for $EDITOR.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: crate: Gracefully handle non-existent crates.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40891>.
Reported by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* guix/import/crate.scm (crate->guix-package): Wrap value of
'version-number' and 'version*' in (and crate ...).

tests: Remove trailing commas in JSON tests.

These commas are rejected by Guile-JSON 3.5.0.

* tests/crate.scm (test-foo-dependencies)
(test-root-dependencies, test-intermediate-1-dependencies)
(test-intermediate-2-dependencies): Remove trailing commas.
* tests/gem.scm (test-bar-json): Likewise.
* tests/pypi.scm (test-json): Likewise.

gnu: Update minimap2 to 2.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (minimap2): Update to 2.17.

gnu: Add sbcl-stumpwm-swm-gaps.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-swm-gaps): New variable.

gnu: tarsplitter: Fix typo in description (spilt/split).

* gnu/packages/compression.scm (tarsplitter)[description]: Fix typo.

doc: guix: Fix grammar in "Debugging Build Failures"

* doc/guix.texi (Debugging Build Failures): Fix grammar.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: Add wf-recorder.

* gnu/packages/video.scm (wf-recorder): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: ktsuss: Use setuid "su" and "sudo" commands.

This has ktsudo actually gain root access.

* gnu/packages/admin.scm (ktsuss)[arguments]: Instead of <sudo>/bin/{su,sudo}
file names, use the setuid' verrsions.

gnu: herbstluftwm: Update to 0.8.1

 * gnu/packages/wm.scm: herbstluftwm: Update to 0.8.1

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: fldigi: Update to 4.1.12.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi): Update to 4.1.12.

file-systems: mount the PID cgroup filesystem.

* gnu/system/file-systems.scm (%control-groups): Add "pids".
* gnu/services/docker.scm (docker-shepherd-service): Resolve a TODO.

This has allowed me to make a specific configuration of nsjail work.

gnu: Add python-scikit-rebate.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-rebate): New variable.

gnu: Add python-deeptools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-deeptools): New variable.

gnu: Add python-deeptoolsintervals.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-deeptoolsintervals): New variable.

gnu: Add python-bitarray.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-bitarray): New variable.

gnu: Add r-cummerbund.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cummerbund): New variable.

gnu: Add r-inum.

* gnu/packages/cran.scm (r-inum): New variable.

gnu: Add r-ggpmisc.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpmisc): New variable.

gnu: Add r-coverageview.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-coverageview): New variable.

gnu: Add peek.

* gnu/packages/video.scm (peek): New variable.

gnu: emacs-org-reveal: Fix syntax error in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-reveal)[description]: Fix Texinfo
syntax error.

gnu: Add texlive-inconsolata.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-inconsolata): New variable.

gnu: Add r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg38.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg38): New variable.

gnu: Add r-karyoploter.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-karyoploter): New variable.

gnu: Add r-bezier.

* gnu/packages/cran.scm (r-bezier): New variable.

gnu: Add r-ideoviz.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ideoviz): New variable.

gnu: Add r-ecp.

* gnu/packages/cran.scm (r-ecp): New variable.

gnu: Add r-reordercluster.

* gnu/packages/cran.scm (r-reordercluster): New variable.

gnu: liblinphone: Move documentation and tester to separate outputs.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[outputs]: Add a "doc" and "tester"
outputs.
[phases]: Add a separate-outputs phase.  Move the
glib-or-gtk-compile-schemas and glib-or-gtk-wrap phases after it.

gnu: liblinphone: Fix the input type of some dependencies.

Libraries being linked to such as libxml2, libiconv and zlib should appear as
'inputs' rather than 'native-inputs'.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[native-inputs]: Move libiconv,
libxml2 and zlib to...
[inputs]: ...here.  Move eudev, python-pystache and python-six to
native-inputs.

gnu: liblinphone: Remove hicolor-icon-theme and murrine inputs.

Icon themes and theme engines are best left for the users to select and
install themselves.

* gnu/packages/linphone.scm (liblinphone)[inputs]: Remove hicolor-icon-theme.
[propagated-inputs]: Remove murrine.

gnu: Add loadable module to wireguard-linux-compat.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-linux-compat)[build-system]: Replace
'gnu-build-system' by 'linux-module-build-system'.
[outputs]: Add 'kernel-patch'.
[arguments]: Adjust the build system. Add phases 'change-directory' and
'reset-cwd'. Rename phases 'build' to 'build-patch' and 'install' to
'install-patch'.
[description]: Mention the loadable module.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

channels: Use a declarative profile.

* guix/channels.scm (package-cache-file): Use 'profile' instead of
'profile-derivation'.