gnu: z3: Fix building on non-Intel machines.

* gnu/packages/maths.scm (z3)[arguments]: Add phase to remove
unnecessary include statement.

gnu: z3: Declare source-file-name.

* gnu/packages/maths.scm (z3)[source]: Add missing 'file-name.

gnu: kicad: Don't hardcode version numbers.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad)[source]: Replace hardcoded
version number with parameterized one.
[arguments]: Same.

gnu: avogadro: Don't hardcode python version.

* gnu/packages/chemistry.scm (avogadro)[arguments]: Replace hardcoded
python version with parametrized one.

gnu: gess: Don't hardcode python version.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (gess)[arguments]: Replace hardcoded
python version with parameterized one.

gnu: nmap: Don't hardcode python version.

* gnu/packages/admin.scm (nmap)[arguments]: Replace hardcoded python
version with parameterized one.

gnu: virt-manager: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (virt-manager): Update to 2.0.0.
[arguments]: Don't build with Python 2.
[inputs]: Replace Python 2 inputs with Python 3 versions.

gnu: ansible: Update to 2.7.5.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.7.5.

gnu: mame: Update to 0.204.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.204.
[arguments]: Add phase to fix compilation error.

gnu: Go 1.11: Update to 1.11.4 [fixes CVE-2018-{16873,16874}].

* gnu/packages/golang.scm (go-1.11): Update to 1.11.4.

gnu: lookingglass: Update to a12.

* gnu/packages/virtualization.scm (lookingglass): Update to a12.
[build-system]: Use cmake-build-system.
[arguments]: Add 'chdir-to-client phase.

gnu: mes: Update to 0.19.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.19.

gnu: emacs-tracking: Enable tests.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-tracking)[arguments]: Append to arguments
inherited from emacs-circe, instead of overwriting them.

gnu: emacs-circe: Enable tests.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-circe)[arguments]: Enable tests. Set
test-command. Add set-home phase.
[native-inputs]: Add emacs-buttercup.

gnu: Add emacs-buttercup.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-buttercup): New variable.

gnu: Add trivial-clipboard.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-trivial-clipboard, ecl-trivial-clipboard,
  sbcl-trivial-clipboard): New variables.

gnu: stumpwm: Update to 18.11.

* gnu/packages/lisp.scm (stumpwm): Update to 18.11.
[native-inputs]: New field.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add sbcl-fiasco.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-fiasco, cl-fiasco, ecl-fiasco): New variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile: Do not warn about 'madvise' ENOSYS on GNU/Hurd.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2)[arguments]: When 'hurd-target?'
returns true, add 'allow-madvise-ENOSYS' phase.

gnu: glibc: Add patch implementing "pid/…" magic lookup on the Hurd.

This patch is missing from glibc 2.28 and is needed to support
/proc/self lookup when using the Hurd's procfs, which in turn is needed
for our 'guile-relocatable.patch'.

See <https://lists.gnu.org/archive/html/bug-hurd/2018-12/msg00024.html>.

* gnu/packages/patches/glibc-hurd-magic-pid.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/base.scm (glibc)[arguments]: Add 'apply-hurd-patch'
phase.
[native-inputs]: Add "hurd-magic-pid-patch" input.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc)[arguments]: Duplicate
'apply-hurd-patch' phase.

daemon: Use unbranded phrases in comments and messages.

* nix/libstore/build.cc, nix/libstore/globals.cc,
nix/libstore/gc.cc, nix/libstore/local-store.cc,
nix/libstore/optimise-store.cc, nix/libstore/store-api.cc,
nix/libutil/archive.cc, nix/nix-daemon/nix-daemon.cc: Replace "Nix
store" by "store", and "Nix daemon" by "build daemon".

gnu: mail.scm: Sort module imports alphabetically.

* gnu/packages/mail.scm: Sort module imports alphabetically.

gnu: khard: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/mail.scm (khard): Update to 0.12.2.
[propagated-inputs]: Add python-ruamel.yaml, python-unidecode. Sort
alphabetically.

gnu: mit-scheme: Match all systems in "source" input.

This fixes a regression from d870cc5e8acfed6fee318a66c3ffc7244aa376a1.

* gnu/packages/scheme.scm (mit-scheme)[inputs]: Add the catch-all case
for the "source" input.

gnu: urlscan: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/mail.scm (urlscan): Update to 0.9.1.

gnu: arm-trusted-firmware-sun50i-a64: Update to 2.0-2.98aab97.

* gnu/packages/firmware (arm-trusted-firmware-sun50i-a64): Update to
  2.0-2.98aab97.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python-pyelftools: Fix tests with python 3.7.

* gnu/packages/python.scm (python-pyelftools)
  [native-inputs]: Remove python-setuptools.
  [arguments]: Add set-pythonpath phase.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gcl: Build with standard gcc.

* gnu/packages/lisp.scm (gcl)[native-inputs]: Remove gcc@4.9.

gnu: flatbuffers: Set source file name.

* gnu/packages/serialization.scm (flatbuffers)[source]: Add missing
'file-name field.

gnu: Singularity: Update to 2.6.1 [fixes CVE-2018-19295].

Our Singularity package is not vulnerable to CVE-2018-19295 by default,
becuase that vulnerability is based on the 'mount', 'start', and
'action' Singularity binaries being installed setuid, which we do not do
in Guix.

* gnu/packages/linux.scm (singularity): Update to 2.6.1.

doc: Replace @command by @code for packages

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Replace @command by @code for
  packages.

gnu: emacs-switch-window: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-switch-window): Update to 1.6.2.
[source]: Use git-fetch.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: emacs-pyim: Update to 1.8.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pyim): Update to 1.8.
[source]: Use git-fetch.
[propagated-inputs]: Remove emacs-pos-tip. Add emacs-posframe.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: Add emacs-posframe.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-posframe): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: emacs-exwm-x: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm-x): Update to 1.9.0.
[source]: Use git-fetch.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

doc: Merge "discourage use of texlive" with existing paragraph on "guix size"

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Merge "discourage use of
  texlive" with existing paragraph on "guix size".

gnu: mit-scheme: Match all the system types in 'inputs'.

Fixes a regression introduced in
d870cc5e8acfed6fee318a66c3ffc7244aa376a1 whereby "guix package -A" on
one of the non-x86 systems would crash.

* gnu/packages/scheme.scm (mit-scheme)[inputs]: Reintroduce catch-all
case.

gnu: glibc-stripped: Empty 'native-inputs' and 'propagated-inputs'.

These would needlessly pull in linux-libre-headers when running
"guix build bootstrap-tarballs --target=i586-pc-gnu".

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%glibc-stripped)[native-inputs]
[propagated-inputs]: New fields.

gnu: wireshark: Update to 2.6.5.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.6.5.

doc: Discourage the use of texlive as input

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Discourage the use of texlive as
  input.

gnu: chez-sockets: Replace texlive input with minimal texlive-union.

* gnu/packages/chez.scm (chez-sockets)[native-inputs]: Replace texlive with minimal texlive-union.

gnu: chez-web: Replace texlive input with minimal texlive-union.

* gnu/packages/chez.scm (chez-web)[native-inputs]: Replace texlive with minimal texlive-union.

gnu: Add texlive-context-base.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-context-base): New variable.

gnu: Add texlive-fonts-charter.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-charter): New variable.

gnu: texlive-generic-pdftex: Include pdftex map.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-generic-pdftex): Include pdftex map.

gnu: texlive-fonts-cm: Include type1 fonts.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-cm): Include type1 fonts.

gnu: texlive-dvips: Include all maps.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-dvips): Include all maps.

gnu: unison: Replace texlive input with texlive-tiny.

* gnu/packages/ocaml.scm (unison)[native-inputs]: Replace texlive with texlive-tiny.

gnu: hypre: Replace texlive input with minimal texlive-union.

* gnu/packages/maths.scm (hypre)[native-inputs]: Replace texlive with minimal
  texlive-union.

gnu: Add texlive-bibtex.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-bibtex): New variable.

gnu: Add texlive-fonts-xypic.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-xypic): New variable.

gnu: Add texlive-generic-xypic.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-generic-xypic): New variable.

gnu: coq: Remove unused texlive and hevea from native-inputs.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq)[native-inputs]: Remove unused texlive and
  hevea.

gnu: chez-web: Fix conflicting bootstrap phase.

* gnu/packages/chez.scm (chez-web): Fix conflicting bootstrap phase.

gnu: chez-scheme: Replace texlive input with minimal texlive-union.

* gnu/packages/chez.scm (chez-scheme)[native-inputs]: Replace texlive with
  minimal texlive-union.

gnu: snap: Update to 4.2.2.9.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 4.2.2.9.

gnu: silkaj: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/finance.scm (silkaj): Update to 0.6.1.

gnu: ghc-call-stack-boot: Make it a hidden package.

This package doesn't sound like it should be directly used, so hide it.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-call-stack-boot): Use hidden-package to hide
the package.

deduplication: Gracefully handle ENOSPC raised by 'link' calls.

Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>
in <https://bugs.gnu.org/33676>.

* guix/store/deduplication.scm (replace-with-link): Catch ENOSPC around
'get-temp-link'.  Do nothing when 'get-temp-link' throws ENOSPC.  Move
code to restore PARENT's permissions outside of 'catch'.
* tests/store-deduplication.scm ("deduplicate, ENOSPC"): New test.

gnu: linux-libre: Update to 4.19.9.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.19.9.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.88.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.88.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.145.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.145.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.167.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.167.

gnu: guix: Update to 60b0402.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 60b0402.

substitute: Ignore irrelevant narinfo signatures.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33733>.

Fixes a bug whereby 'guix substitute' would accept narinfos whose
signature does not cover the StorePath/NarHash/References tuple.

* guix/scripts/substitute.scm (narinfo-sha256)[%mandatory-fields]: New
variable.
Compute SIGNED-FIELDS; return #f unless each of the %MANDATORY-FIELDS
is among SIGNED-FIELDS.
 * tests/substitute.scm ("query narinfo with signature over nothing")
("query narinfo with signature over irrelevant bits"): New tests.

gnu: qemu: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 3.1.0.
[source]: Remove obsolete patches.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2018-16847.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2018-16867.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: go-ipfs: Work around tar bomb.

* gnu/packages/ipfs.scm (go-ipfs)[source](method): Switch to
URL-FETCH/TARBOMB.
(file-name): New field.
[arguments]: Add 'make-files-writable' phase.

guix-install.sh: Use pool.sks-keyservers.net.

"pgp.mit.edu" has been unavailable for some time.

* etc/guix-install.sh (chk_require): Change key server to
pool.sks-keyservers.net.

gnu: mit-scheme: Update to 10.1.3.

* gnu/packages/scheme.scm (mit-scheme): Update to 10.1.3.
[arguments]: Update 'unpack', 'configure-doc', and 'install-doc' phases
accordingly.
[supported-systems]: Limit to i686-linux and x86_64-linux.

gnu: Add librepcb.

* gnu/packages/engineering.scm (librepcb): New variable.

gnu: Add llvm@7.0.0.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm@7.0.0): New variable.

gnu: Fix misplaced commas (unquotes).

* gnu/packages/java.scm (ant-bootstrap),
gnu/packages/kde.scm (kdenlive),
gnu/packages/lxqt.scm (lxqt-panel, lxqt-runner),
gnu/packages/mpd.scm (ncmpc),
gnu/packages/opencl.scm (beignet),
gnu/packages/pdf.scm (zathura-pdf-mupdf),
gnu/packages/video.scm (streamlink),
gnu/packages/web-browsers.scm (luakit),
gnu/packages/web.scm (perl-libwww),
gnu/packages/wm.scm (ghc-xmonad-contrib): Fix misplaced commas (unquotes).

gnu: icecat: Remove extraneous newlines.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Remove extraneous newlines.

gnu: php: Update to 7.3.0.

* gnu/packages/php.scm (php)[version]: Update to 7.3.0.
[arguments]: Delete "sapi/cli/tests/upload_2G.phpt" substitution and
delete "ext/pcre/tests/bug76909.phpt" file.
[inputs]: Replace 'pcre' with 'pcre2'.

gnu: Add missing "Pierre Neidhardt" copyright line.

* gnu/packages/admin.scm: Fix copyright.

gnu: Add ngrep.

* gnu/packages/admin.scm (ngrep): New variable.

gnu: zathura-pdf-mupdf: Fix dependencies.

* gnu/packages/pdf.scm (zathura-pdf-mupdf)[inputs]: Add mujs.
[arguments]: Pass 'link-external' to the configure flags.  Patch 'meson.build'
to include mujs as 'build_dependencies'.

gnu: openttd: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/games.scm (openttd): Update to 1.8.0.
[inputs]: Use allegro instead of allegro-4.

gnu: allegro: Fix compilation with Mesa >= 18.2.5.

* gnu/packages/game-development.scm (allegro)[source]: Add
allegro-fix-compilation-mesa-18.2.5-and-later.patch.
* gnu/packages/patches/allegro-fix-compilation-mesa-18.2.5-and-later.patch:
New file.

gnu: python-celery: Update to 4.2.1.

This is an attempt to get the package building after the update to Python
3.7. I'm not sure this totally works, as the tests detect an incompatibility
with Python 3.7 due to use of "async". But with the tests disabled, you can at
least import the celery module, which is a start.

* gnu/packages/python.scm (python-celery): Update to 4.2.1.
[arguments]: Switch to py.test, from nose, disable the tests and loosen the
requirements on pytest.
[native-inputs]: Remove python-nose, add python-pytest and python-case.
[home-page]: Change from HTTP to HTTPS.

gnu: python-billiard: Update to 3.5.0.5.

This is to enable updating python-celery.

* gnu/packages/python.scm (python-billiard): Update to 3.5.0.5.
[native-inputs]: Remove python-nose, add python-case and python-pytest.

gnu: python-kombu: Update to 4.2.2.

This fixes the build, that probably broke with a Python update.

* gnu/packages/python.scm (python-kombu): Update to 4.2.2..

gnu: python-amqp: Update to 2.3.2.

This is needed to update python-kombu to 4.2.2.

* gnu/packages/python.scm (python-amqp): Update to 2.3.2.

gnu: Add python-pyro4.

This is needed to update python-kombu to 4.2.2

* gnu/packages/python.scm (python-pyro4): New variable.

gnu: Add python-vine.

This is needed to update python-amqp to 2.3.2.

* gnu/packages/python.scm (python-vine): New variable.

gnu: Add python-case.

This is required to update python-amqp and python-kombu, as well as adding
python-vine.

* gnu/packages/python.scm (python-case): New variable.

gnu: Add python-serpent.

This is required for python-pyro4, which is needed to update python-amqp and
python-kombu.

* gnu/packages/python.scm (python-serpent): New variable.

gnu: Add python-pytest-sugar.

This is required to update python-amqp and python-kombu.

* gnu/packages/check.scm (check): New variable.

gnu: Add toybox.

* gnu/packages/busybox.com (toybox): New variable.

gnu: Add dav1d.

* gnu/packages/video.scm (dav1d): New variable.

gnu: Add chirp.

* gnu/packages/ham-radio.scm (chirp): New variable.

gnu: onionshare: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/tor.scm (onionshare): Update to 1.3.1.
[arguments]: Remove unnecessary "get_resource_path" substitutions, which is
handled fine by the single substitution in "onionshare/common.py".  Fix
install location in .desktop.  Adjust test runner in 'tests' phase.
[native-inputs]: "python-nose" -> "python-pytest".

gnu: youtube-viewer: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer): Update to 3.5.0.

gnu: icecat: Add fixes from upstream mozilla-esr60 [security-fixes].

Includes fixes for CVE-2018-18494 and the remaining 7 out of 10 changesets
for CVE-2018-12405.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add selected changesets from
the upstream mozilla-esr60 repository.

gnu: icecat: Relabel patches to reflect CVE assignments.

Document that we include fixes for CVE-2018-17466, CVE-2018-18492,
CVE-2018-18493, CVE-2018-18498, and 3 out of 10 changesets for
CVE-2018-12405.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Relabel patches to reflect
CVE assignments.

gnu: icecat: Enable Stylo CSS engine.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[native-inputs]: Add 'llvm-3.9.1' and
'clang-3.9.1'.
[arguments]: In the configure-flags, use quasiquote, remove "--disable-stylo",
and add "--with-clang-path=..." and "--with-libclang-path=...".
Add 'augment-CPLUS_INCLUDE_PATH' phase.  In the custom 'configure' phase,
set the CC environment variable to "gcc".

gnu: rust: Increase build timeouts.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.19)[properties]: New field.
(rust-1.20)[properties]: New field.

gnu: emacs-cider: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-cider): Update to 0.18.0.
[source]: Use git-fetch.
[propagated-inputs]: Add emacs-sesman.
[home-page]: Update URI.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: Add emacs-sesman.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-sesman): New variable.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: python-gevent: Remove unreliable test.

* gnu/packages/python.scm (python-gevent): Add 'skip-timer-test phase from
python2-gevent.
* gnu/packages/python.scm (python2-gevent): Remove 'skip-timer-test phase,
inherit from python-gevent instead.