Add 'guix-daemon.conf' job for Upstart.

* etc/guix-daemon.conf.in: New file.
* daemon.am (CLEANFILES): Add etc/guix-daemon.conf.
  (upstartjobdir, nodist_upstartjob_DATA): New variables.
  (EXTRA_DIST): Add etc/guix-daemon.conf.in.
* doc/guix.texi (Binary Installation, Build Environment Setup): Mention
  'guix-daemon.conf'.

Signed-off-by: Mario Daniel Ruiz Saavedra <desiderantes@rocketmail.com>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: Add "cve" checker.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21289>.

* guix/scripts/lint.scm (package-name->cpe-name, package-vulnerabilities)
(check-vulnerabilities): New procedures.
* guix/scripts/lint.scm (%checkers): Add "cve" checker.
* tests/lint.scm ("cve", "cve: one vulnerability"): New tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Mention it.

Add (guix cve).

* guix/cve.scm, tests/cve-sample.xml, tests/cve.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/cve.scm.
(SCM_TESTS): Add tests/cve.scm.
(EXTRA_DIST): Add tests/cve-sample.scm.

http-client: 'http-fetch' and 'http-fetch/cached' support HTTPS.

* guix/http-client.scm (http-fetch): Use 'open-connection-for-uri', to
support HTTPS.

import: hackage: Assume current 'ghc' package version.

* guix/scripts/import/hackage.scm (%default-options): Do it.
  (ghc-default-version): New variable.

import: hackage: Add new tests.

* tests/hackage.scm (eval-test-with-cabal): Add optional argument.
  (test-cabal-3): New variable and test.
  (test-read-cabal-1): Exercise more parsing variants.

import: hackage: Handle CRLF end of line style.

* guix/import/hackage.scm (hackage-fetch, hackage->guix-package): Use
  'canonical-newline-port'.

utils: Add 'canonical-newline-port'.

* guix/utils.scm (canonical-newline-port): New procedure.
* tests/utils.scm ("canonical-newline-port"): New test.

import: hackage: Make parsing of tests and fields more flexible.

* guix/import/cabal.scm (is-test): Allow spaces between keyword and
  parentheses.
  (is-id): Add argument 'port'.  Allow spaces between keyword and column.
  (lex-word): Adjust call to 'is-id'.

import: hackage: Make it resilient to missing final newline.

* guix/import/cabal.scm (peek-next-line-indent): Check for missing final
  newline.

import: hackage: Imporve parsing of tests.

* guix/import/cabal.scm (lex-word): Add support for tests with no spaces.
  (impl): Rewrite.

import: hackage: Add recognition of 'true' and 'false' symbols.

* guix/import/cabal.scm (is-true, is-false, lex-true, lex-false): New procedures.
  (lex-word): Use them.
  (make-cabal-parser): Add TRUE and FALSE tokens.
  (eval): Add entries for 'true and 'false symbols.

gnu: python-pickleshare: Add python-setuptools to native-inputs.

* gnu/packages/python.scm (python-pickleshare)[native-inputs]: Add
python-setuptools.

gnu: python-pathpy: Add python-setuptools to native-inputs.

* gnu/packages/python.scm (python-pathpy)[native-inputs]: Add
python-setuptools.

gnu: python2-oauthlib: Override python2-cryptography in inputs.

* gnu/packages/python.scm (python2-oauthlib)[inputs]: Override inherited
"python2-cryptography" in inputs.

services: Add network-manager-service.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-service): New procedure.
(network-manager-service-type, %network-manager-activation): New variables.
(network-manager-dmd-service): New procedure.

gnu: python-oauthlib: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/python.scm (python-oauthlib): Update to 1.0.3.
[native-inputs]: Move python-setuptools, python-nose, python mock here.
Add python-coverage.
[inputs]: Add python-blinker, python-cryptography, python-pyjwt.

gnu: python2-unittest2: Use python2-setuptools.

* gnu/packages/python.scm (python2-unittest2)[inputs]: Switch from
python-setuptools to python2-setuptools.

services: xorg: Export additional symbols.

'slim-configuration' and 'slim-service-type' are needed if one wishes to
use 'modify-services' on a service list that includes the slim service.

* gnu/services/xorg.scm: Export 'slim-configuration' and
  'slim-service-type'.

gnu: Add kodi.

* gnu/packages/kodi.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add jasper.

* gnu/packages/image.scm (jasper): New variable.

gnu: Add tinyxml.

* gnu/packages/xml.scm (tinyxml): New variable.
* gnu/packages/patches/tinyxml-use-stl.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

build: Reject ARMv6 systems.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21987>.
Reported by Martin Vahi <martin.vahi@softf1.com>.

* m4/guix.m4 (GUIX_SYSTEM_TYPE): Restrict ARM systems to arm|armv[7-9].

gnu: Add eyeD3.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Ragel.

* gnu/packages/ragel.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

services: dmd: Spawn a REPL upon failure to load a service definition.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19779>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/services/dmd.scm (dmd-configuration-file)[config]: Wrap
'primitive-load' calls in 'call-with-error-handling'.

doc: Remove mention of monadic services.

* doc/guix.texi (Base Services): Remove mention of a list of monadic
services.

services: dmd: Strip the default list of modules.

* gnu/services/dmd.scm (%default-imported-modules): Remove (gnu build
file-systems).
(%default-modules): Likewise, and remove (ice-9 ftw).
* gnu/services/base.scm (file-system-service-type): Add 'modules' and
'imported-modules' fields.

services: dmd: Add 'modules' and 'imported-modules' fields.

* gnu/services/dmd.scm (%default-imported-modules, %default-modules):
New variables.
* gnu/services/dmd.scm (<dmd-service>)[modules, imported-modules]: New
field.
* gnu/services/dmd.scm (dmd-service-file-name, dmd-service-file): New
procedures.
(dmd-configuration-file)[modules]: Compute based on the
'imported-modules' field of SERVICES.
(dmd-configuration-file): Remove 'use-modules' form.  Use
'dmd-service-file', and call 'primitive-load' on each file.
* doc/guix.texi (dmd Services): Document the new fields.

gexp: Build text derivations locally.

* guix/gexp.scm (gexp->file): Pass #:substitutable? #f.
(text-file*): Likewise, and #:local-build? #t.

gnu: dico: Sort entries in .a files deterministically.

* gnu/packages/patches/dico-libtool-deterministic.patch: New file.
* gnu/packages/dico.scm (dico)[source]: Use it.
[arguments]: Add #:make-flags.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add the patch.

gnu: libreoffice: Update to 5.0.3.2 [fixes CVE-2015-5214].

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 5.0.3.2

gnu: Add GNU Dico.

* gnu/packages/dico.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

services: dmd: Error out upon unmet dmd requirements.

* gnu/services/dmd.scm (assert-no-duplicates): Rename to...
(assert-valid-graph): ... this.
[provisions]: New variable.
[assert-satisfied-requirements]: New procedure.
Use it.
* tests/guix-system.sh: Add test with unmet dmd requirements.

gnu: python-pyjwt: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyjwt): Update to 1.4.0.
[native-inputs]: Move python-setuptools here, add python-pytest-runner.

gnu: python-pytest-runner: Add python-setuptools as native-input.

* gnu/packages/python.scm (python-pytest-runner)[native-input]: Add
  python-setuptools.

gnu: python-setuptools-scm: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/python.scm (python-setuptools-scm): Update to 1.9.0.
[native-inputs]: Add python-setuptools.

gnu: gnuplot: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot): Update to 5.0.1.
  (native-inputs): 'texlive' -> 'texlive-bin'.

guix package: Reduce startup time by ~50%.

As measured with:

  time sh -c 'for i in `seq 1 10` ; do guix package --search-paths ; done'

On my machine, when running:

  strace -o ,,s guix package --search-paths

the number returned by:

  grep -E '^(open|l?stat).*\.go' ,,s | wc -l

drops from 1610 to 837.

* guix/scripts/package.scm: Remove two unnecessary #:use-module forms.
Autoload (gnu packages ...) modules.

gnu: ruby-simplecov-html: Fix hash and disable tests.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-simplecov-html)[source]: Replace incorrect
  hash.
[arguments]: Disable tests.

build: Add rsem patch to the distribution.

This file was added in commit 66e3eff1.

* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add rsem-makefile.patch.

graph: Add '%bag-with-origins-node-type'.

* guix/scripts/graph.scm (bag-node-edges): Remove 'filter' call.  Add
case for 'origin'.
(%bag-node-type)[edges]: Add filtering here.
(%bag-with-origins-node-type): New variable.
(%node-types): Add it.
* tests/graph.scm ("bag DAG, including origins"): New test.
* tests/guix-graph.sh: Add 'bag-with-origins'.
* doc/guix.texi (Invoking guix graph): Document it.

doc: Mention the 'NIX_REMOTE' variable for 'guix import nix'.

Suggested by rgrau on #guix.

* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document 'NIX_REMOTE'.

refresh: Add '--expression'.

* guix/scripts/refresh.scm (%options, show-help): Add --expression.
(guix-refresh): Honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Document it.

Thank Jan.

guix download: Fail when more than one URL is passed.

* guix/scripts/download.scm (guix-download)[parse-option]: Call 'leave'
when passed an extra argument.
* tests/guix-download.sh: Add test.

guix download: Gracefully handle missing arguments.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21991>.
Reported by Jan Synáček <jan.synacek@gmail.com>.

* guix/scripts/download.scm (guix-download): Call 'leave' when OPTS does
not contain an 'argument' key.

gnu: enca: Add file-name field to source.

* gnu/packages/textutils.scm (enca): Add file-name field to source.

gnu: recode: Add file-name field to source.

* gnu/packages/textutils.scm (recode): Add file-name field to source.

gnu: Fix a few 'source-file-name' lint warnings.

* gnu/packages/firmware.scm (ath9k-htc-firmware)[source](file-name): New
field.
* gnu/packages/gnunet.scm (guile-gnunet)[source](file-name): New field.
* gnu/packages/guile.scm (guile-next)[source](file-name): New field.
(guile-minikanren)[source](file-name): New field
(guile-gdbm-ffi)[source](file-name): New field.
* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh)[source](file-name): New field.

emacs: Expand 'guix-load-path'.

Reported by Mathieu Lirzin <mthl@gnu.org> at
<http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-11/msg00585.html>.

* emacs/guix-backend.el (guix-start-repl): Expand 'guix-load-path' to
  avoid a potentially relative directory name in Guile %load-path.

ftp-client: Default port for 'ftp-open' is now "ftp".

* guix/ftp-client.scm (ftp-open): Change default #:port to "ftp".
* guix/scripts/lint.scm (probe-uri): Remove 'port' parameter to
'ftp-open'.

ftp-client: Fix off-by-one when trying addresses in 'ftp-open'.

* guix/ftp-client.scm (ftp-open): Change to use 'match' instead of
car/cdr, and fix off-by-one (was '(null? addresses)' instead of
'(null? (cdr addresses))'.)

doc: Mention 'guix environment guix'.

* doc/contributing.texi (Building from Git): Mention 'guix environment
guix'.  Remove outdated description of ./bootstrap.  Clarify a few
things.

environment: Correctly handle abnormal exits.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21958>.

* guix/scripts/environment.scm (status->exit-code): New procedure.
(exit/status, primitive-exit/status): Use it.
* tests/guix-environment-container.sh: Add test.

tests: Skip 'guix-container-environment.sh' when support is missing.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21410>.
Reported by Alex Vong <alexvong1995@gmail.com>.

* tests/guix-environment-container.sh: Exit with 77 when
'((@@ (guix scripts environment) assert-container-features))' fails.

doc: Remove extraneous "See."

* doc/contributing.texi (Building from Git): Remove extra "See" and use
@xref instead of @pxref.

gnu: tig: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): Update to 2.1.1.

gnu: cvs: Use external zlib.

* gnu/packages/version-control.scm (cvs)[arguments]: add configure flag
  --with-exernal-zlib.

gnu: nano: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.4.3.

refresh: Rewrite '--list-dependent' in terms of (guix graph).

* guix/scripts/refresh.scm (all-packages, list-dependents): New
procedures.
(guix-refresh): Use it.

graph: Add procedures to query a node's edges.

* guix/graph.scm (%node-edges, node-edges, node-back-edges)
(node-transitive-edges): New procedures.
* tests/graph.scm ("node-edges")
("node-transitive-edges + node-back-edges"): New tests.

Add (guix graph).

* guix/scripts/graph.scm (<node-type>, <graph-backend>, emit-prologue)
(emit-epilogue, emit-node, emit-edge, %graphviz-backend, export-graph):
Move to...
* guix/graph.scm: ... here.  New file.
* guix/scripts/system.scm, tests/graph.scm: Use it.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: parted: Update to 3.2.

* gnu/packages/disk.scm (parted): Update to 3.2.
[inputs]: Add lvm2 and remove check.  Replace readline-6.2 with its
latest version.
[native-inputs]: Add perl and python for the tests.
[arguments]: Use `modify-phases' and adapt to the new tests.
[home-page]: Use https.

gnu: Add qemu-minimal.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Exchange with former QEMU-HEADLESS.
(qemu-headless): Rename to...
(qemu-minimal): ... this.  New variable.  Pass --target-list.
* gnu/packages/debug.scm (qemu-2.3.0): Inherit from QEMU-MINIMAL.
* gnu/packages/grub.scm (qemu-for-tests): Likewise.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm, qemu-image):
Update to name change.

doc: Fix 'geiser-guile-load-path' example.

Reported by marusich on #guix.

* doc/contributing.texi (The Perfect Setup): Wrap modifying
  'geiser-guile-load-path' into 'with-eval-after-load'.

gnu: Add Synfig Studio.

* gnu/packages/animation.scm (synfigstudio): New variable.

gnu: Add Synfig.

* gnu/packages/animation.scm (synfig): New variable.
* gnu/packages/patches/synfig-build-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add ETL.

* gnu/packages/animation.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add MLT.

* gnu/packages/video.scm (mlt): New variable.

gnu: Add libxml++.

* gnu/packages/gnome.scm (libxml++): New variable.

gnu: slepc: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/maths.scm (slepc): Update to 3.6.2.
  [arguments]: Append "/lib" to arpack configure flag.  Use 'inputs'
  rather than '%build-inputs' in 'configure phase.

gnu: petsc: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/maths.scm (petsc): Update to 3.6.2.

gnu: mumps: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/maths.scm (mumps): Update to 5.0.1.

gnu: openmpi: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi): Update to 1.10.1.
  [arguments]: Remove now-unsupported configure flags.  Add
  --enable-builtin-atomics.  Remove development-oriented
  --enable-debug.

gnu: hwloc: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc): Update to 1.11.1.
  [source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/hwloc-gather-topology-lstopo.patch: Delete it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: guitarix: Update to 0.34.0.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): Update to 0.34.0.
[source]: Remove patch.
[inputs]: Add webkitgtk/gtk+-2.
* gnu/packages/patches/guitarix-c++11: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: services: Fix typo in gpm-dmd-service.

* gnu/services/base.scm (gpm-dmd-service): s/dmd/gpm/

gnu: Add emulation-station.

* gnu/packages/games.scm (emulation-station): New variable.

gnu: preseq: Update to 2.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (preseq): Update to 2.0.
[source]: Add file-name field, remove patches.
[arguments]: Remove unused build phases, add make flags.
[inputs]: Add smithlab-cpp.
* gnu/packages/patches/preseq-1.0.2-link-with-libbam.patch: Remove file.
* gnu/packages/patches/preseq-1.0.2-install-to-PREFIX.patch: Remove
  file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: Add smithlab-cpp.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (smithlab-cpp): New variable.

gnu: edirect: Update home page.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (edirect)[home-page]: Append trailing
  slash to home page.

gnu: sra-tools: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sra-tools): Update to 2.5.4.

gnu: ncbi-vdb: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb): Update to 2.5.4.

gnu: ngs-java: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-java): Update to 1.2.2.
[arguments]: Remove build phase "fix-java-symlink-installation".

gnu: ngs-sdk: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-sdk): Update to 1.2.2.

gnu: Add ruby-net-ssh.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-net-ssh): New variable.

gnu: Add ruby-mocha.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mocha): New variable.

gnu: Add ruby-redcarpet.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-redcarpet): New variable.

gnu: Add ruby-introspection.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-introspection): New variable.

gnu: Add ruby-instantiator.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-instantiator): New variable.

gnu: Add ruby-blankslate.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-blankslate): New variable.

gnu: Add ruby-metaclass.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-metaclass): New variable.

gnu: Add ruby-test-unit.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-test-unit): New variable.

gnu: Add ruby-packnga.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-packnga): New variable.

gnu: Add ruby-gettext.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-gettext): New variable.

gnu: Add ruby-text.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-text): New variable.

gnu: Add ruby-locale.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-locale): New variable.

gnu: Add ruby-power-assert.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-power-assert): New variable.

gnu: bless: Build only for x86_64.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bless): Add supported-systems field.