build: Bump version number.

* configure.ac: Change version to 0.9.0.

gnu: glibc-locales: Update to glibc 2.22.

* gnu/packages/base.scm (glibc-locales)[arguments]: Remove
  'delete-file-recursively' call from 'build' phase.
* gnu/packages/patches/glibc-locales.patch: Adjust to glibc 2.22.

gnu: tcl: Add missing -L flag in tk.pc and tkConfig.sh.

* gnu/packages/tcl.scm (tk)[arguments]: Use 'modify-phases'.  Add
  'add-fontconfig-flag' phase.
  [inputs]: Add FONTCONFIG.

Merge branch 'master' into core-updates

profiles: Make profile-specific derivations non-substitutable.

This avoids gratuitous queries of the substituter.

* guix/profiles.scm (ghc-package-cache-file): Pass #:substitutable? #f
  to 'gexp->derivation'.
  (ca-certificate-bundle): Likewise.
  (gtk-icon-themes): Likewise.
  (profile-derivation): Likewise.
  (info-dir-file): Likewise, plus #:local-build? #t.

ui: Gracefully handle Unicode description strings.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21536>.
Reported by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

* guix/ui.scm (texi->plain-text): Wrap body in 'with-fluids'.
* tests/ui.scm ("package-description-string vs. Unicode"): New test.

download: Don't abbreviate things that are not store items.

Fixes a regression introduced in a8be7b9a.

* guix/build/download.scm (store-path-abbreviation): Return STORE-PATH
  if it's not an actual store path.  Fixes an out-of-range exception
  when running tests/substitute.scm and tests/store.scm.

tests: Unset 'LOCPATH' before running bootstrap program.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* tests/build-utils.scm ("wrap-program, one input, multiple calls"): Add
  'unsetenv' call.

doc: Mention /run/current-system/locale.

* doc/guix.texi (Application Setup): Add anchor and index entry.
  (Locales): Refer to it.  Mention /run/current-system/locale.

gnu: Add python-pyasn1.

* gnu/packages/python.scm (python-pyasn1, python2-pyasn1): New
  variables.

gnu: python-cffi: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/python.scm (python-cffi): Update to 1.2.1.
  [native-inputs]: Add python-pytest.
  [arguments]: Enable tests.

tests: cran: Use cran-uri in expected output.

* tests/cran.scm: Expect output to use "cran-uri" procedure.

tests: Adjust snippet test to '.file_list' hack.

This is a followup to commit 140b4bc.

* tests/packages.scm ("package-source-derivation, snippet")[source]: Add
  'chmod' call for "..".

download: Fix some minor progress-logging regressions.

* guix/build/download.scm
  (string-pad-middle): Allow resulting padded string to overflow.
  (store-url-abbreviation): Remove unnecessary procedure.
  (progress-proc): Use BASENAME as default for parameter 'abbreviation'.
  (url-fetch): Display extra newlines for readability.

emacs-build-system: Fix 'package-name-version->elpa-name-version'.

Fixes a regression introduced in b7c7c03eb5e37fc3455e4e17b0898ffc4bca29c3.

* guix/build/emacs-build-system.scm (package-name-version->elpa-name-version):
  Remove unused 'name' binding.  Do not abuse 'strip-store-file-name' to
  remove the "emacs-" prefix, which worked before b7c7c03eb5 but not after.

emacs: Add 'guix-devel-build-package-definition'.

Suggested by Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>.

* emacs/guix-guile.el (guix-guile-definition-regexp): New variable.
  (guix-guile-current-definition, guix-guile-boolean): New functions.
* emacs/guix-devel.el: Require 'guix-base'.
  (guix-devel-repl-processes): New variable.
  (guix-devel-setup-repl, guix-devel-setup-repl-maybe): New functions.
  (guix-devel-build-package-definition): New command.
* doc/emacs.texi (Emacs Development): Document it.

emacs: Add development utils.

* emacs/guix-guile.el (guix-guile-current-module): New function.
* emacs/guix-devel.el: New file.
* emacs.am (ELFILES): Add it.
* doc/emacs.texi (Emacs Development): New node.
  (Emacs Interface): Add it.
* doc/contributing.texi (The Perfect Setup): Mention it.
* doc/guix.texi (Top): Add it.
* emacs/guix-init.el: Add 'guix-devel-activate-mode-maybe' to
  'scheme-mode-hook'.

emacs: Add "View map" action to 'size' popup.

* emacs/guix-command.el (guix-run-view-size-map): New function.
  (guix-command-additional-execute-arguments,
  guix-command-special-executors): Add entries for "View map" action.

gnu: Import modules needed by openimageio.

* gnu/packages/graphics.scm: Add missing imports.  This is a followup to
  commit 71299c1.

gnu: Add openimageio.

* gnu/packages/graphics.scm (openimageio): New variable.

gnu: Add XJackFreak.

* gnu/packages/audio.scm (xjackfreak): New variable.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: r-scales: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-scales): Update to 0.3.0.

gnu: csound: Update to 6.05.

* gnu/packages/audio.scm (csound): Update to 6.05.

scripts: Add 'build-package'.

* guix/scripts/system.scm (maybe-build): Move to ...
* guix/scripts.scm: ...here.
  (build-package): New procedure.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

emacs: Add code to call guile procedures.

* emacs/guix-guile.el (guix-guile-make-call-expression): New function.
* emacs/guix-geiser.el: Require 'guix-guile'.
  (guix-geiser-call, guix-geiser-call-in-repl): New functions.

emacs: Move code for evaluating to "guix-geiser.el".

* emacs/guix-backend.el: Adjust commentary. Move "eval" code to ...
  (guix-eval, guix-eval-read, guix-eval-in-repl): Adjust to use new
  functions.
* emacs/guix-geiser.el: ...here.  New file.
  (guix-geiser-eval, guix-geiser-eval-read, guix-geiser-eval-in-repl,
  guix-repl-send): New functions.
* emacs.am (ELFILES): Add "guix-geiser.el".

emacs: Move guile related code to "guix-guile.el".

* emacs/guix-backend.el (guix-make-guile-expression): Move to...
* emacs/guix-guile.el: ... here.  New file.
* emacs/guix-base.el: Use it.
* emacs/guix-command.el: Use it.
* emacs.am (ELFILES): Add it.

gnu: Add bitcoin-core.

* gnu/packages/finance.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Register it.

gnu: linux-libre: Update to 4.2.1.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.2.1.

gnu: cgal: Update to 4.6.3.

* gnu/packages/graphics.scm (cgal): Update to 4.6.3.

gnu: recutils: Add libuuid to native-inputs.

* gnu/packages/databases.scm (recutils)[native-inputs]: Add "libuuid".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

licenses: Add Zope Public License.

* guix/licenses.scm (zpl2.1): New variable.

emacs: Improve 'guix-prettify-regexp'.

* emacs/guix-prettify.el (guix-prettify-regexp): Modify to handle "nar"
  and "log".

gnu: python2-ipython: Override terminado in propagated inputs.

* gnu/packages/python.scm (python2-ipython)[inputs, propagated-inputs]:
  Override inherited "python-terminado" in propagated inputs instead of
  regular inputs.

gnu: pixman: Work around pointer arithmetic bug.

* gnu/packages/patches/pixman-pointer-arithmetic.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xdisorg.scm (pixman)[source]: Use it.

gnu: r-scales: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-scales): Update to 0.3.0.

Update CRAN mirrors.

* guix/download.scm (%mirrors): Update mirror list for CRAN.

gnu: Add r-dplyr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dplyr): New variable.

gnu: Add r-r6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r6): New variable.

gnu: Add r-testthat.

* gnu/packages/statistics.scm (r-testthat): New variable.

gnu: Add r-crayon.

* gnu/packages/statistics.scm (r-crayon): New variable.

gnu: Add r-memoise.

* gnu/packages/statistics.scm (r-memoise): New variable.

gnu: Add r-pryr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pryr): New variable.

gnu: Add r-codetools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-codetools): New variable.

gnu: Add r-microbenchmark.

* gnu/packages/statistics.scm (r-microbenchmark): New variable.

gnu: Add r-knitr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-knitr): New variable.

gnu: Add r-yaml.

* gnu/packages/statistics.scm (r-yaml): New variable.

gnu: Add r-markdown.

* gnu/packages/statistics.scm (r-markdown): New variable.

gnu: Add r-mime.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mime): New variable.

gnu: Add r-highr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-highr): New variable.

gnu: Add r-formatr.

* gnu/packages/statistics.scm (r-formatr): New variable.

gnu: Add r-evaluate.

* gnu/packages/statistics.scm (r-evaluate): New variable.

gnu: Add r-bh.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bh): New variable.

gnu: Use cran-uri in source expressions.

* gnu/packages/statistics.scm (r-colorspace, r-dichromat, r-digest,
  r-gtable, r-labeling, r-magrittr, r-munsell, r-rcpp, r-plyr, r-proto,
  r-rcolorbrewer, r-stringi, r-stringr, r-reshape2, r-scales, r-ggplot2,
  r-assertthat, r-lazyeval, r-dbi): Use cran-uri in source expressions.

import: cran-sxml->sexp: Use cran-uri in package expression.

* guix/import/cran.scm (cran-sxml->sexp): Use the cran-uri procedure in
  the generated package expression.

build: Add cran-uri procedure.

* guix/build-system/r.scm (cran-uri): New procedure.

gnu: Add shotwell.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): New variable.

gnu: Add gexiv2.

* gnu/packages/gnome.scm (gexiv2): New variable.

gnu: Add libgee.

* gnu/packages/gnome.scm (libgee): New variable.

gnu: autogen: Update to 5.18.6.

* gnu/packages/autogen.scm (autogen): Update to 5.18.6.

gnu: gnu-pw-mgr: Update to 1.5.

* gnu/packages/gnu-pw-mgr.scm (gnu-pw-mgr): Update to 1.5.

Thank Petter.

linux-initrd: Add LUKS/dm-crypt modules to the initrd.

Suggested by Petter <petter@mykolab.ch>
and Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/19190>.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd)[linux-modules]: Add dm-crypt
  and xts.

linux-boot: Mount /dev as a devtmpfs from the start.

Suggested by Petter <petter@mykolab.ch>
and Mark H Weaver <mhw@netris.org>.
Reported by Duncan Keall <duncan@duncankeall.com>.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/19190> by populating /dev/mapper
early enough.

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-essential-file-systems): Mount /dev as
  a devtmpfs.
  (move-essential-file-systems): Add /dev.
  (mount-root-file-system): Mount /rw-root/dev as a devtmpfs instead of
  calling 'make-essential-device-nodes'.
  (boot-system): Remove call to 'make-essential-device-nodes'.
* gnu/system/file-systems.scm (%devtmpfs-file-system): Remove.
* doc/guix.texi (File Systems): Adjust accordingly.

gnu: openal: Use full path to audio backend libraries.

* gnu/packages/audio.scm (openal)[arguments]: Add build phase to patch in the
  full paths to backend audio libraries.

gnu: vpnc: Use https for source URL.

* gnu/packages/vpn.scm (vpnc)[source]: Use https protocol for source URL.

gnu: lilypond: Update to 2.19.27.

* gnu/packages/music.scm (lilypond): Update to 2.19.27.
  [inputs]: Add font-tex-gyre.

gnu: sfml: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/game-development.scm (sfml): Update to 2.3.2.
  [native-inputs]: Remove.

gnu: Add python2-keyring.

* gnu/packages/python.scm (python2-keyring): New variable.

gnu: Add python2-pyflakes and fix python2-pyflakes-0.8.1.

* gnu/packages/python.scm (python2-pyflakes): New variable.
* gnu/packages/python.scm (python2-pyflakes-0.8.1): Fix the definition.

gnu: Add python-prettytable

* gnu/packages/python.scm (python-prettytable,
  python2-prettytable): New variables.

gnu: avahi: Enable libdns_sd compatibility.

* gnu/packages/avahi.scm (avahi): Add '--enable-compat-libdns_sd' configure
  flag.

gnu: icu4c: Add fixes for CVE-2014-6585 and CVE-2015-1270.

* gnu/packages/patches/icu4c-CVE-2014-6585.patch,
  gnu/packages/patches/icu4c-CVE-2015-1270.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c)[source]: Add patches.

gnu: Add R/qtl.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl): New variable.

Co-authored-by: Pjotr Prins <pjotr.guix@thebird.nl>

gnu: libmtp: Add additional MTP devices.

* gnu/packages/patches/libmtp-devices.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register patch.
* gnu/packages/patches/libmtp-devices.patch (libmtp)[source]: Add patch.

gnu: gtk+: Adapt pre-configure phase to version 3.16.6.

This is a followup to commit a35b8fc6c4ca9b0810db9c8b20bb76158dd66995.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk+)[arguments]: In 'pre-configure' phase, remove
  substitutions of 'gtk-update-icon-cache' in demo Makefiles.

gnu: Add bioruby.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bioruby): New variable.

gnu: Add ruby-libxml.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-libxml): New variable.

gnu: Add ruby-shindo.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-shindo): New variable.

gnu: Add ruby-formatador.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-formatador): New variable.

gnu: Add ruby-notiffany.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-notiffany): New variable.

gnu: Add ruby-shellany.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-shellany): New variable.

gnu: Add ruby-nenv.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-nenv): New variable.

gnu: Add ruby-lumberjack.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-lumberjack): New variable.

gnu: Add ruby-docile.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-docile): New variable.

gnu: ifstatus: Fix license.

* gnu/packages/networking.scm (ifstatus)[license]: Set to GPL2+.

lint: Report lonely parentheses.

* guix/scripts/lint.scm (%hanging-paren-rx): New variable.
  (report-lone-parentheses): New procedure.
  (%formatting-reporters): Use it.
* tests/lint.scm ("formatting: lonely parentheses"): New test.

gnu: Add ifstatus.

* gnu/packages/networking.scm (ifstatus): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: Add 'set-build-options*'.

Suggested by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>.

* guix/store.scm (set-build-options*): New procedure.

ui: Add 'show-derivation-outputs'.

* guix/scripts/build.scm (guix-build): Extract code from here and move to...
* guix/ui.scm (show-derivation-outputs): ... here.  New procedure.

Add (guix scripts).

* guix/ui.scm: Add missing copyright lines.
  (args-fold*, environment-build-options, %default-argument-handler,
  parse-command-line): Move to ...
* guix/scripts.scm: ...here.  New file.
* guix/scripts/archive.scm: Use it.
* guix/scripts/build.scm: Likewise.
* guix/scripts/download.scm: Likewise.
* guix/scripts/edit.scm: Likewise.
* guix/scripts/environment.scm: Likewise.
* guix/scripts/gc.scm: Likewise.
* guix/scripts/graph.scm: Likewise.
* guix/scripts/hash.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/cpan.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/cran.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/elpa.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/gem.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/gnu.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/hackage.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/nix.scm: Likewise.
* guix/scripts/import/pypi.scm: Likewise.
* guix/scripts/lint.scm: Likewise.
* guix/scripts/package.scm: Likewise.
* guix/scripts/publish.scm: Likewise.
* guix/scripts/pull.scm: Likewise.
* guix/scripts/refresh.scm: Likewise.
* guix/scripts/size.scm: Likewise.
* guix/scripts/system.scm: Likewise.
* tests/ui.scm (with-environment-variable, "parse-command-line",
  "parse-command-line and --no options"): Move to ...
* tests/scripts.scm: ...here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/scripts.scm.
  (SCM_TESTS): Add tests/scripts.scm.
* po/guix/POTFILES.in: Add guix/scripts.scm.

emacs: Replace 'guix-any' with 'cl-some'.

* emacs/guix-utils.el (guix-any): Remove.
* emacs/guix-command.el (guix-command-improve-argument): Use 'cl-some'
  instead of 'guix-any'.

emacs: Add commands to show/hide build log phases.

Suggested by Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>.

* emacs/guix-build-log.el (guix-build-log-phase-end-regexp): New
  variable.
  (guix-build-log-phase-start, guix-build-log-phase-end,
  guix-build-log-phase-hide, guix-build-log-phase-show,
  guix-build-log-phase-hidden-p, guix-build-log-phase-toggle-function,
  guix-build-log-phase-toggle, guix-build-log-phase-toggle-all): New functions.
  (guix-build-log-mode-map): Add 'TAB'/'S-TAB' key bindings.
* doc/emacs.texi (Emacs Build Log): Document them.

gnu: Add scmutils.

* gnu/packages/scheme.scm (scmutils): New variable.

gnu: Add ruby-bio-logger.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-bio-logger): New variable.

download: Only show hours in the elapsed time if necessary.

* guix/build/download.scm
  (seconds->string): Conditionally include hours in timestamp.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile: Add guile-next

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): New variable.
* gnu/packages/guile.scm (guile-for-guile-emacs):
  Adjust to inherit from guile-next rather than guile-2.0

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: harfbuzz: Comment on the "bin" output.

* gnu/packages/gtk.scm (harfbuzz): Comment on why "bin" output.

gnu: Add emacs-typo.

* gnu/packages/emacs.scm (typo): New variable.