gnu: gsm: Update to 1.0.18.

* gnu/packages/audio.scm (gsm): Update to 1.0.18.

gnu: fluidsynth: Update to 1.1.11.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): Update to 1.1.11.

uuid: 'uuid' returns #f when 'string->uuid' returns #f.

* gnu/system/uuid.scm (uuid): When STR is not a literal, return #f when
'string->uuid' returns #f.
* tests/uuid.scm ("uuid, dynamic value"): New test.

file-systems: Do not export <file-system>.

* gnu/system/file-systems.scm (<file-system>): Do not export.
* gnu/system.scm (operating-system-root-file-system): Use an accessor
instead of 'match'.

tests: Skip 'tests/guix-pack.sh' when networking is missing.

The test could fail because "static-binaries.tar.xz" is missing, for
instance.

* tests/guix-pack.sh: Require a network connection to be on the safe
side.  This reverts part of 47a60325ca650e8fc1a291c8655b4297f4de8deb.

tests: Adjust to new "unbound variable" messages.

This is a followup to 2d2f98efb36db3f003d950a004806234962b4f4d.

* tests/guix-system.sh: Adjust regexps to match "error:".

system: Add u-boot-pine64-plus installer.

* gnu/bootloader/u-boot.scm (u-boot-pine64-plus-bootloader):
New exported variable.
* gnu/system/install.scm (pine64-plus-installation-os):
New exported variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

services: cgit: Make project-list permit a file-object.

Instead of having the service manage the list, it's useful to be able to point
this at an existing file, for example, when using cgit together with gitolite.

* gnu/services/cgit.scm (project-list?): New procedure.
(serialize-project-list): Handle file-object values.
(<cgit-configuration>): Change the predicate for project-list to allow lists
and file-objects.

services: cgit: Improve handling of extra-options.

* gnu/services/cgit.scm (serialize-cgit-configuration): Add the extra options,
one per line, before the scan-path, as this makes it possible to use the
extra-options to affect the global behaviour for repositories.
(serialize-extra-options): New procedure.

gnu: cgit: Fix included scripts.

Fix the about-formatting.sh, syntax-highlighting.py and html-converters files.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit)[arguments]: Include
about-formatting.sh and the html-converters in the patch-absolute-file-names
phase and add a wrap-python-scripts phase to wrap syntax-highlighting.py and
the md2html converter.
[inputs]: Add groff, python, python-docutils, python-markdown and
python-pygments.

gnu: acpica: Update to 20180508.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20180508.

gnu: cwm: Update to 6.3.

* gnu/packages/wm.scm (cwm): Update to 6.3.

gnu: r-httpuv: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): Update to 1.4.3.

gnu: r-rjson: Update to 0.2.18.

* gnu/packages/web.scm (r-rjson): Update to 0.2.18.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.1.1.

gnu: python-monotonic: Update to 1.5.

* gnu/packages/time.scm (python-monotonic): Update to 1.5.

gnu: libmatroska: Update to 1.4.9.

* gnu/packages/video.scm (libmatroska): Update to 1.4.9.
[build-system]: Switch to the CMake build system.
[native-inputs]: Remove PKG-CONFIG.
[arguments]: Build shared libaries and don't try to run non-existent
tests.

gnu: libebml: Update to 1.3.6.

* gnu/packages/xml.scm (libebml): Update to 1.3.6.
[source]: Apply ‘libebml-use-limits-not-climits.patch’ to build.
[build-system]: Switch to the CMake build system.
[arguments]: Build shared libaries and don't try to run non-existent
tests.

gnu: Add u-boot-tools.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-tools): New variable.

gnu: mrustc: Update to 0.0.0-2.ee65f12.

* gnu/packages/rust.scm (mrustc): Update to 0.0.0-2.ee65f12.
[arguments]<#:phases>[configure]: New phase.

gnu: multiqc: Fix build.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (multiqc)[arguments]: Add a
‘relax-requirements’ phase to fix building with python-matplotlib@2.2.

daemon: Allow building for armhf-linux on aarch64-linux.

* nix/libstore/build.cc (canBuildLocally): Allow building armhf-linux
builds on aarch64-linux.
(DerivationGoal::runChild) Throw error if attempting to build for
armhf-linux on an unsupported platform.
* doc/guix.texi (Invoking guix build): Document how to build natively
for armhf-linux on aarch64-linux.  Add note that on some aarch64
machines this is unsupported.

Revert "gnu: Add ghc-array." and "gnu: Add ghc-containers."

This reverts commits e5d92c1ce197ec6da891f69565fe550f502f8e7c
and 7d4e377ff5dfb0b708255e30741f2d26407f1677.

These two packages are part of GHC proper.  See the discussion at
<https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2018-05/msg00090.html>.

gnu: jupyter: Add search path.

* gnu/package/python.scm (jupyter)[native-search-paths]: Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add jupyter-guile-kernel.

* gnu/package/guile.scm (jupyter-guile-kernel): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

union: Do not warn about harmless collisions.

Until now we'd get pointless messages like:

  warning: collision encountered:
    /gnu/store/…-gtk-icon-themes/share/icons/hicolor/icon-theme.cache
    /gnu/store/…-inkscape-0.92.3/share/icons/hicolor/icon-theme.cache
  warning: choosing /gnu/store/…-gtk-icon-themes/share/icons/hicolor/icon-theme.cache

* guix/build/union.scm (%harmless-collisions): New variable.
(warn-about-collision): Honor it.

gnu: libreoffice: Update to 5.4.7.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 5.4.7.2.

gnu: linux-libre: Update to 4.16.9.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.16.9.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.41.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.41.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.100.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.100.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.132.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.132.

gnu: libdca: Update to 0.0.6.

* gnu/packages/video.scm (libdca): Update to 0.0.6.

gnu: r-rcppprogress: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcppprogress): Update to 0.4.1.

gnu: r-plotrix: Update to 3.7-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotrix): Update to 3.7-1.

gnu: r-stringr: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringr): Update to 1.3.1.

gnu: r-bit: Update to 1.1-13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bit): Update to 1.1-13.

gnu: dash: Update to 0.5.10.1.

* gnu/packages/shells.scm (dash): Update to 0.5.10.1.

gnu: python-ddt: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/python.scm (python-ddt): Update to 1.1.3.

gnu: python-netifaces: Update to 0.10.7.

* gnu/packages/python.scm (python-netifaces): Update to 0.10.7.

gnu: python-numexpr: Update to 2.6.5.

* gnu/packages/python.scm (python-numexpr): Update to 2.6.5.

gnu: libfm: Update to 1.3.0.2.

* gnu/packages/lxde.scm (libfm): Update to 1.3.0.2.

gnu: libnftnl: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/linux.scm (libnftnl): Update to 1.1.0.

gnu: libraw: Update to 0.18.11.

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.18.11.

gnu: r-desolve: Update to 1.21.

* gnu/packages/maths.scm (r-desolve): Update to 1.21.

gnu: rng-tools: Use INVOKE.

* gnu/packages/linux.scm (rng-tools)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and explicitly return #t from phase.

gnu: rng-tools: Update to 6.2.

* gnu/packages/linux.scm (rng-tools): Update to 6.2.

gnu: python-graphviz: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/graphviz.scm (python-graphviz): Update to 0.8.3.

gnu: usbutils: Update to 010.

* gnu/packages/linux.scm (usbutils): Update to 010.

gnu: phonon: Update to 4.10.1.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (phonon): Update to 4.10.1.

gnu: graphicsmagick: Update to 1.3.29.

* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick): Update to 1.3.29.

gnu: feh: Update to 2.26.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.26.2.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.05.09.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.05.09.

gnu: links: Update to 2.16.

* gnu/packages/web-browsers.scm (links): Update to 2.16.

gnu: lynx: Update to 2.8.9dev.18.

* gnu/packages/web-browsers.scm (lynx): Update to 2.8.9dev.18.

gnu: i3status: Update to 2.12.

* gnu/packages/wm.scm (i3status): Update to 2.12.

gnu: perl-xml-compile-wsdl11: Update to 3.07.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-wsdl11): Update to 3.07.

gnu: perl-xml-compile-tester: Update to 0.91.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-tester): Update to 0.91.

gnu: dunst: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/dunst.scm (dunst): Update to 1.3.2.

gnu: uim: Update to 1.8.8.

* gnu/packages/xorg.scm (uim): Update to 1.8.8.

gnu: maim: Update to 5.5.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (maim): Update to 5.5.1.

gnu: prosody: Update to 0.10.1 [security fixes].

* gnu/packages/messaging.scm (prosody): Update to 0.10.1.

gnu: dolphin-emu: Update to commit 47fd8c6eff4cdea7660d0fa78040f98d1d4fa136.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Update to commit
47fd8c6eff4cdea7660d0fa78040f98d1d4fa136.
[arguments]: Add 'fixgcc7 phase.
[native-inputs]: Add gcc@7 since building with gcc@5 doesn't work anymore.

gnu: wine: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 3.0.1.

gnu: emacs-orgalist: Fix texinfo markup in description.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-orgalist)[description]: Modify.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Update 'guix size' example.

* doc/guix.texi (Invoking guix size): Update example.

doc: Improve 'guix size' documentation.

Suggested by Martin Castillo <castilma@uni-bremen.de>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/31456>.

* doc/guix.texi (Invoking guix size): Clarify that 'guix size' looks for
ungrafted packages.  Clarify that it can be passed several package
specifications.

gnu: nano: Update to 2.9.7.

* gnu/packages/nano.scm: Update to 2.9.7.

gnu: python-statsmodels: Fix build.

* gnu/packages/patches/python-statsmodels-fix-tests.patch: Remove patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/statistics.scm (python-statsmodels)[source]: Remove patches.
[arguments]: Disable tests; adjust build phases; add build phase
"patch-for-scipy" to fix runtime error.

gnu: filezilla: Update to 0.12.2.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla): Update to 0.12.2.

gnu: inkscape: Disable "icon-theme.cache" generation.

* gnu/packages/inkscape.scm (inkscape)[arguments]<#:make-flags>: Delete.
<#:phases>[patch-icon-cache-generator]: Add phase.

gnu: wesnoth: Update to 1.14.1.

* gnu/packages/games.scm (wesnoth): Update to 1.14.1.
[source]: Remove wesnoth-fix-std-bad-cast.patch.
* gnu/packages/patches/wesnoth-fix-std-bad-cast.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Unregister it.

gnu: Add r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm6): New variable.

gnu: Add guile-simple-zmq.

* gnu/package/guile.scm (guile-simple-zmq): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gexp: Disable deprecation warnings for 'imported-modules'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/31450>.
Reported by Martin Castillo <castilma@uni-bremen.de>.

* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Pass #:deprecation-warnings to
'imported-modules'.
(imported-files): Add #:deprecation-warnings and pass #:env-vars to
'gexp->derivation'.
(imported-modules): Add #:deprecation-warnings and pass it to
'imported-files'.

pack: Link top-level entries of wrapped packages.

Previously things like:

  guix pack -R guile guile-json

would lead to a profile without Guile-JSON, and to an 'etc/profile' that
does not define 'GUILE_LOAD_PATH'.

* guix/scripts/pack.scm (wrapped-package)[build]: Link top-level entries
of PACKAGE into OUTPUT.

gnu: opencv: Ignore CVEs.

* gnu/packages/image-processing.scm (opencv)[properties]:  Add a
lint-hidden-cve property and add three CVEs to be ignored.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Update documentation of guix lint

* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Add cpe-version to example.
(Invoking guix lint): Add example for lint-hidden-cve.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-orgalist.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-orgalist): New variable.

gnu: services: Fix wesnothd-configuration? symbol export.

* gnu/services/games.scm: Export wesnothd-configuration?, not the
non-existent wesnoth-configuration?.

gnu: Add pass-rotate.

* gnu/packages/password-utils.scm (pass-rotate): New variable.

gnu: guile-dbi: Fix RPATH and dependencies.

Prior to this change, libguile-dbi.so was unable to find
libguile-dbd-sqlite3.so.

* gnu/packages/guile.scm (guile-dbi-bootstrap): New variable.
(guile-dbd-sqlite3)[propagated-inputs]: Remove guile-dbi.
[native-inputs]: Add guile-dbi-bootstrap.
(guile-dbi)[inputs]: Add guile-dbd-sqlite3.
[arguments]: Set RPATH using #:make-flags.

gnu: mupdf: Update to 1.13.0.

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf): Update to 1.13.0.
[source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/mupdf-build-with-latest-openjpeg.patch,
gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2017-17858.patch,
gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2018-6544.patch,
gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2018-1000051.patch: Remove files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: Add emacs-dts-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-dts-mode): New variable.

gnu: Add ghc-containers.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-containers): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-array.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-array): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-quickcheck-2.9.

* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-quickcheck-2.9): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: robocut: Remove unnecessary dependency on qttools.

Reported by Efraim Flashner.

* gnu/packages/printers.scm (robocut)[native-inputs]: Replace QTTOOLS
with QTBASE, which is where 'qmake' lives.

build: 'test-env' does not 'guix download' non-existent files.

Reported by uniq10.

* build-aux/test-env.in: Check whether FILE exists before invoking 'guix
download'.

gnu: speedtest-cli: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/networking.scm (speedtest-cli): Update to 2.0.0.

gnu: myrepos: Fix CVE-2018-7032.

* gnu/packages/version-control.scm (myrepos)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/myrepos-CVE-2018-7032.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: viewnior: Update to 1.7.

* gnu/packages/image-viewers.scm (viewnior): Update to 1.7.
[source]: Update source uri.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[arguments]: Remove custom 'autogen and 'skip-gtk-update-icon-cache
phases, add 'patch-source phase.  Skip tests.
[native-inputs]: Remove automake, autoconf, intltool, gnome-common,
libtool, which, add gettext-minimal.
[home-page]: Update home-page.

gnu: ImageMagick: Update to 6.9.9-43.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-43.

gnu: Add Robocut.

* gnu/packages/printers.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

packages: 'find-packages-by-name' properly honors version prefixes.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28446>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages.scm (find-packages-by-name): Use 'version-prefix?'
instead of 'string-prefix?'.

utils: Add 'version-prefix?'.

* guix/utils.scm (version-prefix?): New procedure.
* tests/utils.scm ("version-prefix?"): New test.

gnu: hypre: Add missing dependency on Perl.

Previously the test suite would fail to run 'ppmquant', though it would
silently ignore it.

* gnu/packages/maths.scm (hypre)[native-inputs]: Add PERL.

gnu: Go 1.10: Update to 1.10.2.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.10): Update to 1.10.2.

gnu: Go 1.9: Update to 1.9.6.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.9): Update to 1.9.6.

gnu: make-u-boot-package: Install "u-boot".

* gnu/packages/bootloaders.scm (make-u-boot-package): Install "u-boot".

gnu: Add u-boot-cubieboard.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-cubieboard): New variable.