gnu: Add form-fiddle.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-form-fiddle, sbcl-form-fiddle): New variables.

gnu: Add documentation-utils.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-documentation-utils, sbcl-documentation-utils): New variables.

gnu: Add trivial-indent.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-trivial-indent, sbcl-trivial-indent): New variables.

gnu: r-irkernel: Fix R kernel loading

* gnu/packages/cran.scm (r-irkernel): Absolute path to R binary
[propagated-inputs]: Generate proper search paths by adding r-minimal

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: cran: Fix file descriptor leak.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38836>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/import/cran.scm (bioconductor-packages-list): Close the port
returned by 'http-fetch/cached'.
(fetch-description): Likewise.

download: Do not leak file descriptors on TLS ports.

Fixes <https://bugs.gnu.org/20145>.

* guix/build/download.scm (%tls-ports, register-tls-record-port): Remove.
(tls-wrap): Remove call to 'register-tls-record-port'.  Return a custom
binary input/output port instead.  This is a backport of what Guile
2.2's (web client) module has been doing.
(close-connection): Define as an alias for 'close-port'.
* guix/http-client.scm (http-fetch): Remove #:keep-alive? parameter,
which was ignored and unused.
Pass #:keep-alive? #f to 'http-get'.
* guix/lint.scm (probe-uri): Use 'close-port' instead of 'close-connection'.
* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Likewise.

gexp: 'gexp->script' marks its result as non-offloadable and non-substitutable.

* guix/gexp.scm (gexp->script): Pass #:local-build? and #:substitutable?
to 'gexp->derivation'.

bootloader: Mark "grub.cfg" and "extlinux.conf" as non-substitutable.

Suggested by <pkill9@runbox.com>.

* gnu/bootloader/grub.scm (grub-configuration-file): Pass #:options to
'computed-file'.
* gnu/bootloader/extlinux.scm (extlinux-configuration-file): Likewise.

gnu: sbcl: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 2.0.0.

Revert "gnu: sbcl: Update to 1.5.9."

The boot0 package won't be needed anymore with 2.0.0.

This reverts commit edf8152563a898438708ec9b2b17284a9d55d271.

gnu: python-apsw: Update to 3.28.0-r1.

* gnu/packages/databases.scm (python-apsw): Update to 3.28.0-r1.

gnu: python-apsw: Use 'replace' for 'check phase.

* gnu/packages/databases.scm (python-apsw)[arguments]: Update build
phase order and replace stock 'check phase.

gnu: python-apsw: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/databases.scm (python-apsw)[source]: Download using
release zip archive.
[native-inputs]: Add unzip.

gnu: capstone: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/engineering.scm (capstone)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: uglify-js: Move back next to sbcl-cl-uglify-js definition.

This fixes the bug which prevented uglify-js from being defined properly, and
cascaded back to all Common Lisp packages.

* gnu/packages/bioinformatics.scm: Replace javascript module with lisp-xyz.
* gnu/packages/cran.scm: Use lisp-xyz module.
* gnu/packages/javascript.scm (uglify-js): Move from here...
* gnu/packages/lisp-xyz.scm: ... To here.
* gnu/packages/web.scm: Replace javascript module with lisp-xyz.
* guix/build-system/minify.scm: Find uglify-js in the lisp-xyz module.

Revert "gnu: libetpan: Update to 1.9.4."

This version of libetpan does not ship with libetpan-config, which
prefents claws-mail from building.

This reverts commit e2f5de145562540a497bfc5b580011c9cf9000fd.

install: Add jfsutils to the installation image.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Add jfsutils.

tests: install: Test a JFS root file system.

* gnu/tests/install.scm (%jfs-root-os, %jfs-root-installation-script)
(%test-jfs-root-os): New variables.

linux-initrd: Add support for JFS.

* gnu/system/linux-initrd.scm (file-system-packages): Add jfs_fsck/static.
(file-system-type-modules): Add ‘jfs’ module.

gnu: Add jfs_fsck-static.

* gnu/packages/file-systems.scm (jfs_fsck-static): New public variable.

gnu: Add jfsutils-static.

gnu/packages/file-systems.scm (jfsutils/static): New public variable.

uuid: Add support for JFS.

* gnu/system/uuid.scm (string->jfs-uuid): New procedure.
(%uuid-parsers, %uuid-printers): Add ‘jfs’ file system type.

file-systems: Add support for JFS.

* gnu/build/file-systems.scm (%jfs-endianness): New syntax.
(jfs-superblock?, read-jfs-superblock, jfs-superblock-uuid)
(jfs-superblock-volume-name, check-jfs-file-system): New procedures.
(%partition-label-readers, %partition-uuid-readers, check-file-system):
Register them.

gnu: gloox: Update to 1.0.23.

* gnu/packages/messaging.scm (gloox): Update to 1.0.23.

gnu: hexchat: Update to 2.14.3.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat): Update to 2.14.3.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/hexchat-crash-exit.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: tuxguitar: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/music.scm (tuxguitar): Update to 1.5.3.

gnu: qtractor: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.9.12.

gnu: padthv1: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/music.scm (padthv1): Update to 0.9.12.

gnu: samplv1: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.9.12.

gnu: drumkv1: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.9.12.

gnu: synthv1: Update to 0.9.12.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.9.12.

gnu: eyed3: Update to 0.8.12.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): Update to 0.8.12.

gnu: zam-plugins: Update to 3.12.

* gnu/packages/music.scm (zam-plugins): Update to 3.12.

gnu: x42-plugins: Update to 20191215.

* gnu/packages/music.scm (x42-plugins): Update to 20191215.

gnu: musl: Update to 1.1.24.

* gnu/packages/musl.scm (musl): Update to 1.1.24.

gnu: whois: Update to 5.5.4.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.5.4.

gnu: opari2: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/profiling.scm (opari2): Update to 2.0.5.

gnu: protozero: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/protobuf.scm (protozero): Update to 1.6.8.

gnu: libxls: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/statistics.scm (libxls): Update to 1.5.2.

gnu: mg: Update to 20180927.

* gnu/packages/text-editors.scm (mg): Update to 20180927.

gnu: beep: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/terminals.scm (beep): Update to 1.4.7.

gnu: qbittorrent: Update to 4.2.1.

* gnu/packages/bittorrent.scm (qbittorrent): Update to 4.2.1.

gnu: fasm: Expand acronym in description.

* gnu/packages/assembly.scm (fasm)[description]: Expand @acronym.

gnu: fasm: Update to 1.73.21.

* gnu/packages/assembly.scm (fasm): Update to 1.73.21.

gnu: python-zstandard: Fix indentation.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zstandard): Fix indentation.

gnu: tome4: Update to 1.6.5.

* gnu/packages/games.scm (tome4): Update to 1.6.5.
[arguments]: Use invoke in install phase

gnu: Add sameboy.

* gnu/packages/emulators.scm (sameboy): New variable.

gnu: Add rgbds.

* gnu/packages/assembly.scm (rgbds): New variable.

gnu: Add ibus-libhangul.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-libhangul): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add libhangul.

* gnu/packages/ibus.scm (libhangul): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: go-github-com-spf13-pflag: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-spf13-pflag): Update to 1.0.5.

gnu: Add missing copyright header.

gnu: Add python-zstandard.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zstandard): New variable.

gnu: emacs-orgalist: Update to 1.11.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-orgalist): Update to 1.11.

gnu: file-roller: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (file-roller)[source]: Hard-code NAME.

gnu: evince: Update to 3.34.2.

* gnu/packages/gnome.scm (evince): Update to 3.34.2.

gnu: evince: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (evince)[source]: Hard-code NAME.

gnu: bullet: Update to 2.89.

* gnu/packages/game-development.scm (bullet): Update to 2.89.
[source]: Adjust snippet.

gnu: deutex: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/game-development.scm (deutex): Update to 5.2.1.

gnu: freeciv: Fix typo in synopsis and description.

* gnu/packages/games.scm (freeciv)[synopsis, description]: Add missing
hyphen.  ‘In’ → ‘into’ age.

gnu: freeciv: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/games.scm (freeciv): Update to 2.6.1.

gnu: Add go-github-com-google-go-cmp-cmp.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-google-go-cmp-cmp): New variable.

gnu: Add go-github-com-fatih-color.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-fatih-color): New variable.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-15.4ed1400.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-15.4ed1400.

gnu: libosinfo: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/virtualization.scm (libosinfo): Update to 1.7.1.
[source]: Switch the release tarball to xz compression.
[build-system]: Switch to the meson build system.
[arguments]: Switch the configure flags style to work with Meson.

gnu: guile-next: Update to 2.9.8.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 2.9.8.

ui: It's 2020 now!

* guix/ui.scm (show-version-and-exit): Change year to 2020.

activation: Keep going when failing to create one of the setuid programs.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38800>.
Reported by Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>.

* gnu/build/activation.scm (activate-setuid-programs): Catch
'system-error' around 'make-setuid-program' calls.

gnu: rust-cbindgen: Remove extra inputs.

* gnu/packages/rust-apps.scm (rust-cbindgen)[arguments]: Remove all
cargo-development-inputs except rust-autocfg-0.1.

gnu: rust-rand-0.4: Update to 0.4.6.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rand-0.4): Update to 0.4.6.
[arugments]: Remove rust-fuchsia-zircon-0.3, add rust-fuchsia-cprng-0.1,
rust-rand-core-0.3, rust-rdrand-0.4 to cargo-inputs.

gnu: rust-rand-0.6: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rand-0.6)[arguments]: Skip build. Add
rust-libc-0.2, rust-log-0.4, rust-packed-simd-0.3, rust-rand-chacha-0.1,
rust-rand-core-0.4, rust-rand-hc-0.1, rust-rand-isaac-0.1,
rust-rand-jitter-0.1, rust-rand-os-0.1, rust-rand-pcg-0.1,
rust-rand-xorshift-0.1, rust-winapi-0.3 to cargo-inputs. Add
rust-autocfg-0.1, rust-rand-xoshiro-0.3 to cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-rand-0.4: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rand-0.4)[arguments]: Skip build. Add
rust-fuchsia-zircon-0.3, rust-libc-0.2, rust-winapi-0.3 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-rand-0.3: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rand-0.3)[arguments]: Skip build. Add
rust-libc-0.2, rust-rand-0.4 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-tempfile-3.0: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tempfile-3.0)[arguments]: Skip build.
Add rust-cfg-if-0.1, rust-libc-0.2, rust-rand-0.6, rust-redox-syscall-0.1,
rust-remove-dir-all-0.5, rust-winapi-0.3 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-serde-1.0: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-serde-1.0)[arguments]: Skip build.
Add rust-serde-derive-1.0 to cargo-inputs. Add rust-serde-derive-1.0
to cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-log-0.4: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-log-0.4)[arguments]: Skip build. Add
rust-cfg-if-0.1, rust-serde-1.0 to cargo-inputs. Add rust-serde-test-1.0
to cargo-development-inputs.

gnu: rust-lazy-static-1.3: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-lazy-static-1.3)[arguments]: Skip
build. Add rust-spin-0.5 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-regex-syntax-0.6: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-regex-syntax-0.6)[arguments]: Skip
build. Add rust-ucd-util-0.1 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-termcolor-1.0: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-termcolor-1.0)[arguments]: Skip
build. Add rust-wincolor-1.0 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-clap-2: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-clap-2)[arguments]: Skip build. Add
rust-ansi-term-0.11, rust-atty-0.2, rust-bitflags-1, rust-clippy-0.0,
rust-strsim-0.8, rust-textwrap-0.11, rust-unicode-width-0.1,
rust-vec-map-0.8, rust-yaml-rust-0.4 to cargo-inputs. Add
rust-lazy-static-1.3, rust-regex-1.1, rust-version-sync-0.8 to
cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-serde-json-1.0: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-serde-json-1.0)[arguments]: Skip
build. Add rust-indexmap-1.0, rust-itoa-0.4, rust-yru-1.0,
rust-serde-1.0 to cargo-inputs. Add rust-serde-bytes-0.11,
rust-serde-derive-1.0, rust-trybuild-1.0 to cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-clippy-0.0: Build with rust-term-0.5.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-clippy-0.0)[arguments]: Replace
rust-term-0.5.1 with rust-term-0.5 in cargo-inputs.
(rust-term-0.5.1): Remove variable.

gnu: crates-io.scm: Sort alphabetically.

* gnu/packages/crates-io.scm: Sort packages alphabetically.
(rust-term-0.5.1, rust-term-0.4)[inherit]: Inherit from rust-term-0.5.

gnu: rust-cbindgen: Move to rust-apps.scm

* gnu/packages/rust-cbindgen.scm (rust-cbindgen): Move to ...
* gnu/packages/rust-apps.scm: ... here.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove it.

gnu: rust-ws2-32-sys-0.2: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-ws2-32-sys-0.2)[arguments]: Skip
build. Add rust-winapi-0.2 to cargo-inputs. Add rust-winapi-build-0.1 to
cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-winutil-0.1: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winutil-0.1)[arguments]: Skip build.
Add rust-winapi-0.3 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-wincolor-1.0: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-wincolor-1.0)[arguments]: Skip build.
Add rust-winapi-0.3, rust-winapi-util-0.1 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-winapi-util-0.1: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winapi-util-0.1)[arguments]: Skip
build. Add rust-winapi-0.3 to cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-winapi-build-0.1: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winapi-build-0.1)[arguments]: Skip
build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-winapi-0.3: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winapi-0.3)[arguments]: Skip build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-winapi-0.2: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-winapi-0.2)[arguments]: Skip build.

gnu: rust-widestring-0.4: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-widestring-0.4)[arguments]: Skip
build. Add rust-winapi-0.3 to cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-wasm-bindgen-test-macro-0.2: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-wasm-bindgen-test-macro-0.2)
[arguments]: Skip build. Add rust-proc-macro2-0.4, rust-quote-0.6 to
cargo-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-wasm-bindgen-shared-0.2: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-wasm-bindgen-shared-0.2)[arguments]:
Skip build.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-proc-macro2-1.0: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro2-1.0)[arguments]: Skip
build. Add rust-unicode-xid-0.2 to cargo-inputs. Add rust-quote-1.0 to
cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: rust-proc-macro2-0.4: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro2-0.4)[arguments]: Skip
build. Add rust-unicode-xid-0.1 to cargo-inputs. Add rust-quote-0.6 to
cargo-development-inputs.

gnu: rust-rand-core-0.3: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rand-core-0.3)[arguments]: Skip build.

gnu: rust-serde-derive-1.0: Skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-serde-derive-1.0)[arguments]: Skip
build. Add rust-proc-macro2-1.0, rust-quote-1.0, rust-syn-1.0 to
cargo-inputs. Add rust-serde-1.0 to cargo-development-inputs.
[properties]: Remove field.

gnu: Add ripgrep.

* gnu/packages/rust-apps.scm (ripgrep): New variable.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add rust-version-sync-0.8.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-version-sync-0.8): New variable.