gnu: python-pillow: Fix test failures with freetype-2.7.

* gnu/packages/patches/python-pillow-freetype-2.7-test-failure.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python-pillow, python2-pillow)[source]: Use it.

gnu: openblas: Add support for aarch64.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Mark aarch64 as
substitutable, build for target ARMv8.

gnu: xf86-video-vmware: Fix build failure due to missing LLVM.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vmware)[inputs]: Add llvm.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: libcmis: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libcmis): Update to 0.5.1.
[source]: Use new source URL. Remove obsolete patch
'libcmis-fix-test-onedrive.patch'.
[home-page]: Update URL.
* gnu/packages/patches/libcmis-fix-test-onedrive.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: x265: Fix build on aarch64.

* gnu/packages/video.scm (x265)[arguments]: On aarch64 add a
configure-flag to enable PIC.

gnu: go@1.4, go@1.7: Skip test that fails with tzdata-2017a.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.4, go-1.7)[arguments]: Disable the test
TestParseInLocation in 'prebuild' phase.

gnu: Remove leftover patch.

* gnu/packages/patches/openjpeg-use-after-free-fix.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: openjpeg: Remove obsolete patches.

* gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2016-5157.patch,
gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2016-7163.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/image.scm (openjpeg)[source]: Remove them.

gnu: php: Update to 7.1.3.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.1.3.

gnu: bristol: Fix build failure with alsa-lib 1.1.x.

* gnu/packages/music.scm (bristol)[arguments]: Add build phase to fix build
failure with alsa-lib 1.1.x.

gnu: mesa: Correct another typo.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Fix typo (svrast -> swrast).

gnu: wget: Fix test-504 failures.

* gnu/packages/wget.scm (wget)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/wget-fix-504-test-timeout.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: librep: Update to 0.92.6.

* gnu/packages/sawfish.scm (librep): Update to 0.92.6.
[arguments]: New field.
[native-inputs]: Add AUTOCONF-WRAPPER, AUTOMAKE, and LIBTOOL.

gnu: lsh: Use libc's argp instead of the bundled one.

* gnu/packages/ssh.scm (lsh)[arguments] <#:configure-flags>: Add
--with-system-argp and CPPFLAGS=-DHAVE_ARGP_PARSE.
<#:phases>: In 'pre-configure' phase, modify src/Makefile.in.

gnu: python-minimal@2: Add dependencies on libffi and zlib.

* gnu/packages/python.scm (python2-minimal)[inputs]: Add LIBFFI and ZLIB.
[arguments]: Remove.

gnu: elogind: Build with gperf 3.0.

* gnu/packages/gperf.scm (gperf-3.0): New variable.
* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind)[native-inputs]: Use GPERF-3.0
instead of GPERF.

gnu: Add pdfgrep.

* guix/gnu/packages/pdf.scm (pdfgrep): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: graphite2: Fix test failure caused by rounding error on 32-bit CPUs.

* gnu/packages/patches/graphite2-ffloat-store.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/fontutils.scm (graphite2): Use it.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.4.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.4.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.16.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.55.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.55.

services: Remove Tab character from source code whitespace.

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Remove Tab character
from source code whitespace.

gnu: u-boot: Update to 2017.03.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot): Update to 2017.03.

gnu: mesa: Fix another typo.

This is a followup to commit 2a8b89c27fe80a438ad95becb5da8ed4191d6cd4.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[arguments]: Fix typo (galluim -> gallium).

gnu: icecat: Add selected fixes from upstream mozilla-esr45.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source][patches]: Add selected fixes from
the upstream mozilla-esr45 repository.

gnu: libevent@2.0: Add fix from upstream.

This fix was cherry-picked by Mozilla from upstream libevent-2.1 to its
bundled copy of libevent-2.0.21 in mozilla-esr45.

* gnu/packages/patches/libevent-2.0-evbuffer-add-use-last-with-datap.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/libevent.scm (libevent-2.0)[source][patches]: Add it.

services: file-system-shepherd-service: Make it find the fsck programs.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25917>.

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Use
file-system-packages.

gnu: guile-commonmark: Default to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-commonmark)[inputs]: Replace GUILE-2.0
with GUILE-2.2.
(guile2.0-commonmark): New variable.
(guile2.2-commonmark): Mark as deprecated.
(haunt)[propagated-inputs]: Use GUILE-COMMONMARK.

gnu: guile-reader: Default to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-reader)[inputs]: Change GUILE-2.0 to
GUILE-2.2.
(guile2.0-reader): New variable.
(guile2.2-reader): Mark as deprecated.
(haunt)[propagated-inputs]: Use GUILE-READER instead of
GUILE2.2-READER.

gnu: haunt: Default to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (haunt)[inputs]: Replace GUILE-2.0 with
GUILE-2.2.
[propagated-inputs]: Replace GUILE-READER and GUILE-COMMONMARK with
their 2.2 variant.
(guile2.0-haunt): New variable.
(guile2.2-haunt): Mark as deprecated.

gnu: Add 'package-for-guile-2.0'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2-package-name): Rename to...
(guile-variant-package-name): ... this.  Change to return a lambda.
(package-for-guile-2.2): Adjust accordingly.
(package-for-guile-2.0): New procedure.

gnu: Rename "guile-next" to "guile".

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Rename to...
(guile-2.2): ... this.  Update users.
[name]: Change to "guile".
[synopsis]: Remove.
[properties]: Remove 'upstream-name', 'ftp-server', and
'ftp-directory'.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (rcas-web): Update accordingly.
* gnu/packages/tls.scm (gnutls/guile-2.2): Likewise.
* tests/guix-build.sh: Use 'guile@2.2' instead of 'guile-next'.
* doc/guix.texi (Package Transformation Options): Update examples that
referred to "guile-next".

gnu: Add GNU Mach.

* gnu/packages/hurd.scm (gnumach): New variable.

Co-authored-by: Rene Saavedra <rennes@openmailbox.org>
Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: niftilib: Simplify build phases.

* gnu/packages/image.scm (niftilib)[arguments]: Use make-flags instead of
replacing "configure" phase; simplify "install" phase.

gnu: libepoxy: Add support for aarch64.

* gnu/packages/gl.scm (libepoxy)[arguments]: Add substitution to support
aarch64.

gnu: libepoxy: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/gl.scm (libepoxy): Update to 1.4.1.
[home-page]: Use https.

gnu: apl: Update to 1.7.

* gnu/packages/apl.scm (apl): Update to 1.7.
[home-page]: Use https.

gnu: guile-8sync: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-8sync): Update to 0.4.2.

gnu: guix: Don't ignore user's GUILE_LOAD_COMPILED_PATH.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.12.0): Guile skips invalid .go
  files since 2.0.12 so we don't need to override GUILE_LOAD_COMPILED_PATH to
  prevent problems anymore.

gnu: wine: Update to 2.4.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 2.4.

gnu: Add niftilib.

* gnu/packages/image.scm (niftilib): New variable.

doc: Clarify reference.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Explicitly name
  "guix environment".

doc: Fix examples.

To "spawns a Guile REPL", --ad-hoc is required.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Add "--ad-hoc" to
  container examples.

bug#26152: [PATCH] gnu: limnoria: Update to 20170110.

* gnu/packages/irc.scm (limnoria): Update to 20170110.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

file-systems: Factorize file-system-packages.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Move helper-packages body to ...
* gnu/system/file-systems.scm (file-system-packages): ... here.  New variable.
Also export it.

gnu: rustc: Fix process test.

* gnu/packages/rust.scm (rustc)[arguments]: Rename 'patch-lockfile-test
to 'patch-tests.  Add another substitution.

gnu: Add maxflow.

* gnu/packages/maths.scm (maxflow): New variable.

gnu: Add itpp.

* gnu/packages/maths.scm (itpp): New variable.

gnu: emacs-slime: Update to 2.19.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-slime): Update to 2.19.

gnu: ocaml-qtest: Update to 2.5.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-qtest): Update to 2.5.

doc: Make "Application Setup" slightly more visible.

Suggested by Arne Babenhauserheide.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Make the "Application Setup"
reference an 8th item in the list.

http-client: Avoid name clash with 'open-connection-for-uri' in 2.2.0.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Add note about
same-named binding in Guile 2.2.0.
* guix/http-client.scm: Use 'guix:open-connection-for-uri' for the
procedure coming from (guix build download).
* guix/scripts/lint.scm: Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm: Likewise.

build: Require Guile >= 2.0.9.

* configure.ac: Bump requirement to 2.0.9.
* doc/guix.texi (Requirements): Adjust accordingly.
* README (Requirements): Likewise.
* build-aux/download.scm: Remove workaround for <http://bugs.gnu.org/13095>.
* guix/build/download.scm: Likewise.
(http-fetch)[post-2.0.7?]: Remove.  Remove conditional code for not
POST-2.0.7?.
* guix/http-client.scm:  Remove workaround for <http://bugs.gnu.org/13095>.
(http-fetch)[post-2.0.7?]: Remove.  Remove conditional code for not
POST-2.0.7?.
* guix/serialization.scm (read-latin1-string): Remove mention of 2.0.9.
* tests/nar.scm: Use (ice-9 control).
(let/ec): Remove.

pack: Add '--target'.

* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball): Add #:target.
(docker-image): Add #:target.
[build]: Pass it to 'build-docker-image'.
(%options, show-help): Add '--target'.
(guix-pack): Pass TARGET to 'profile-derivation' and to 'build-image'.
* guix/docker.scm (build-docker-image): Add #:system parameter and honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document '--target'.
(Additional Build Options): Refer to the Autoconf manual instead of the
obsolete 'configure.info' for cross-compilation.

profiles: Packages in a profile can be cross-compiled.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Add #:target parameter; pass
it to 'gexp->derivation'.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation, cross-compilation"): New test.

pack: Move absolute file name to <compressor>.

* guix/scripts/pack.scm (<compressor>)[package]: Remove.
[command]: Document as being a gexp with an absolute file name.
(%compressors): Adjust accordingly.
(self-contained-tarball): Simplify PATH expression.  Move 'string-join'
for the compressor command on the build side.
(docker-image): Simplify PATH expression.
* tests/pack.scm (%gzip-compressor): Adjust accordingly.

gnu: libbluray: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/video.scm (libbluray): Update to 1.0.0.

gnu: libx264: Update to 20170316-2245.

* gnu/packages/video.scm (libx264): Update to 20170316-2245.

gnu: libwebp: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/image.scm (libwebp): Update to 0.6.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/libwebp-CVE-2016-9085.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: ninja: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/ninja.scm (ninja): Update to 1.7.2.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/ninja-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: btrfs-progs: Use @dfn in description.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs)[description]: Use @dfn.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.10.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.10.1.

build/cargo-build-system: Make cargo-build-system install working packages.

* guix/build/cargo-build-system.scm (configure): Remove proprietary
dependencies. Add rust dependencies and configure Cargo to find them.
(build): Also build libraries, not just applications.
(file-sha256): New variable.
(generate-checksums): New variable. Export it.
(touch): New variable.
(install): Generate checksums so Cargo accepts the package.

build-system/cargo (cargo-build): Add cargo-build-flags, remove configure-flags.

* guix/build-system/cargo.scm (cargo-build): Add cargo-build-flags,
remove configure-flags.

gnu: cargo: Use upstream cargo.

* gnu/packages/rust.scm (cargo): Use upstream cargo.

gnu: rust: Update to 1.15.0.

* gnu/packages/rust.scm (%rust-bootstrap-binaries-version): Update to 1.14.0.
(%rust-bootstrap-binaries): Update to 1.14.0.
(rustc): Update to 1.15.0.
[arguments]: Pass "--disable-rustbuild" to configure.

gnu: libpng-apng: Remove unnecessary call to libtool.

* gnu/packages/image.scm (libpng-apng)[phases]: Remove it.

gnu: Add libpng-apng.

* gnu/packages/image.scm (libpng-apng): New variable.

Co-authored-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add ocaml-mcl.

* gnu/packages/machine-learning.scm (ocaml-mcl): New variable.

gnu: Add ocaml-gsl.

* gnu/packages/maths.scm (ocaml-gsl): New variable.

gnu: Add ocaml-csv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-csv): New variable.

gnu: Add ocaml-sqlite3.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sqlite3): New variable.

gnu: snakemake: Update to 3.11.2.

* gnu/packages/python.scm (snakemake): Update to 3.11.2.

gnu: r-minimal: Fix remaining reproducibility problems.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25598>.

* gnu/packages/statistics.scm (r-minimal)[arguments]: Add remaining
reproducibility fixes to "build-reproducibly" phase.

gnu: r: Rename to r-minimal.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Rename to...
(r-minimal): ...this new variable.
(r-with-recommended-packages): Rename to...
(r): ...this.
* guix/build-system/r.scm (default-r): Reference r-minimal.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ess)[inputs],
gnu/packages/machine-learning.scm (shogun)[inputs],
gnu/packages/python.scm (python-rpy2)[inputs],
gnu/packages/bioinformatics.scm (ribotaper)[inputs],
(couger)[propagated-inputs],
(roary)[inputs],
(rsem)[inputs],
(rcas-web)[inputs]: Change "r" to "r-minimal".

gnu: Add r-with-recommended-packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-recommended-packages): New variable.

gnu: r: Do not build recommended packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Rename phase
"build-recommended-packages-reproducibly" to "build-reproducibly"; add
configure flag "--without-recommended-packages".
* guix/import/cran.scm (default-r-packages): Remove recommended packages.
* gnu/packages/python.scm (python-rpy2)[inputs]: Add r-survival.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ape)[propagated-inputs]: Add r-lattice
and r-nlme.
(r-vegan)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-genefilter)[propagated-inputs]: Add r-survival.
(r-grohmm)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-bioccheck)[propagated-inputs]: Add r-codetools.
(r-summarizedexperiment)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-topgo)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-sva)[propagated-inputs]: Add r-mgcv.
(r-raremetals2)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-vsn)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-pcamethods)[propagated-inputs]: Add r-mass.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ggplot2)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-locfit)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-coda)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-irlba)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-glmnet)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-e1071)[propagated-inputs]: Add r-class.
(r-spams)[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-matrix.
(r-hmisc)[propagated-inputs]: Add r-cluster, r-foreign, r-lattice, r-nnet, and
r-rpart.
(r-zoo)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-mixtools)[propagated-inputs]: Add r-boot and r-mass.
(r-flexmix)[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-nnet.
(r-prabclus)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-fpc)[propagated-inputs]: Add r-class, r-cluster, and r-mass.
(r-rcppeigen)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-matrixmodels)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-lme4)[propagated-inputs]: Add r-mass and r-nlme.
(r-pbkrtest)[propagated-inputs]: Add r-mass and r-matrix.
(r-car)[propagated-inputs]: Add r-mass, r-mgcv, and r-nnet.
(r-tclust)[propagated-inputs]: Add r-cluster.

gnu: r-survival: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Move up to set of recommended R
packages.

gnu: Add r-spatial.

* gnu/packages/statistics.scm (r-spatial): New variable.

gnu: r-rpart: Move to the set of recommended packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rpart): Move up to the set of recommended
packages.

gnu: r-nnet: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/machine-learning.scm (r-nnet): Move from here...
* gnu/packages/statistics.scm (r-nnet): ...to here because the other
recommended R packages are here.

gnu: r-mgcv: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Move up to set of recommended R
packages.

gnu: Add r-nlme.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nlme): New variable.

gnu: r-matrix: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrix): Move to set of recommended R
packages.

gnu: r-lattice: Move to other recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lattice): Move to the set of recommended R
packages.

gnu: Add r-kernsmooth.

* gnu/packages/statistics.scm (r-kernsmooth): New variable.

gnu: Add r-foreign.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): New variable.

gnu: Add r-codetools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-codetools): New variable.

gnu: Add r-cluster.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cluster): New variable.

gnu: Add r-class.

* gnu/packages/statistics.scm (r-class): New variable.

gnu: Add r-mass.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): New variable.

gnu: Add r-boot.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): New variable.

doc: Really document 'guix pack --format'.

* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Properly document --format.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.03.16.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.03.16.

gnu: asciidoc: Use local docbook-xml package.

* gnu/packages/documentation.scm (asciidoc)[inputs]: Add docbook-xml.
[arguments]: Add 'make-local-docbook-xml' phase.

gnu: Add knot.

* gnu/packages/dns.scm (knot): New variable.

gnu: Add liburcu.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu): New variable.

gnu: dns: Fix typo and use @dfn in descriptions.

* gnu/packages/dns.scm (bind)[description]: Use @dfn to expand acronyms.
(yadifa)[description]: Likewise, and fix a typo.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.3.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.3.
(%linux-libre-hash): Update hash.