gnu: thinkfan: Update to 1.2.

* gnu/packages/linux.scm (thinkfan): Update to 1.2.
[home-page]: Switch to an up-to-date home page.

gnu: progress: Update to 0.15.

* gnu/packages/admin.scm (progress): Update to 0.15.

gnu: man-pages: Update to 5.07.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 5.07.

gnu: ipopt: Fix source URI.

* gnu/packages/maths.scm (ipopt)[source]: Fix URI.

gnu: grfcodec: Fix source URL.

* gnu/packages/game-development.scm (grfcodec)[source]: Use HTTPS for URL.
Re-indent package.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-2280ae18.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-2280ae18.

gnu: ipopt: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/maths.scm (ipopt)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: grfcodec: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/game-development.scm (grfcodec)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: fsarchiver: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/file-systems.scm (fsarchiver)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: asciidoc: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/documentation.scm (asciidoc)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: grammalecte: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.10.0.

gnu: qtpass: Wrap binary.

* gnu/packages/password-utils.scm (qtpass)[arguments]: Import qt-utils
modules. Add phase to wrap qtpass binary.

gnu: qtpass: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/password-utils.scm (qtpass): Update to 1.3.2.

gnu: mu: Update to 1.4.10.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 1.4.10.

gnu: herbstluftwm: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/wm.scm (herbstluftwm): Update to 0.8.3.

gnu: ethtool: Update to 5.7.

* gnu/packages/networking.scm (ethtool): Update to 5.7.

gnu: haproxy: Update to 2.1.6.

* gnu/packages/networking.scm (haproxy): Update to 2.1.6.

gnu: dlib: Update to 19.20.

* gnu/packages/machine-learning.scm (dlib): Update to 19.20.

gnu: pd: Update to 0.51-0.

* gnu/packages/music.scm (pd): Update to 0.51-0.

gnu: pd: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/music.scm (pd)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: pd: Don't hard-code Tk version.

* gnu/packages/music.scm (pd)[arguments]: Construct the wish file name from the tk package version.

gnu: libnumbertext: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libnumbertext): Update to 1.0.6.

gnu: msmtp: Update to 1.8.11.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.8.11.

gnu: mpop: Update to 1.4.10.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): Update to 1.4.10.

gnu: nvme-cli: Update to 1.11.2.

* gnu/packages/linux.scm (nvme-cli): Update to 1.11.2.

gnu: iptables: Update to 1.8.5.

* gnu/packages/linux.scm (iptables): Update to 1.8.5.
[source]: Add URL.
[arguments]: Add an ‘install-missing-script’ phase.

gnu: nftables: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/linux.scm (nftables): Update to 0.9.5.

gnu: libnftnl: Update to 1.1.7.

* gnu/packages/linux.scm (libnftnl): Update to 1.1.7.

gnu: gtkspell3: Update to 3.0.10.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkspell3): Update to 3.0.10.
[propagated-inputs]: Replace enchant-1.6 with default version 2.

gnu: smb4k: Update to 3.0.6.

* gnu/packages/kde-utils.scm (smb4k): Update to 3.0.6.

gnu: mm-common: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/gnome.scm (mm-common): Update to 1.0.1.

gnu: mm-common: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (mm-common)[source]: Hard-code NAME.

gnu: simple-scan: Update to 3.36.3.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.36.3.

gnu: djview: Update to 4.11.

* gnu/packages/djvu.scm (djview): Update to 4.11.
[source]: Use GIT-FETCH and add a FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.
[arguments]: Add a ‘make-files-writable’ phase.

gnu: dhall: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/dhall.scm (dhall): Update to 1.32.0.
[inputs]: Add ghc-half.

gnu: dhall: Disable network tests differently.

* gnu/packages/dhall.scm (dhall)[source]: Remove patch.
[arguments]: Rename ‘remove-more-tests’ phase to ‘remove-network-tests’.
Identify the tests by name instead of by content.
* gnu/packages/patches/dhall-remove-network-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: rocksdb: Update to 6.10.1.

* gnu/packages/databases.scm (rocksdb): Update to 6.10.1.

gnu: perl-sql-abstract: Update to 1.87.

* gnu/packages/databases.scm (perl-sql-abstract): Update to 1.87.

gnu: rust-yaml-rust: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-yaml-rust): Update to 0.4.4.
[arguments]: Update rust-quickcheck to 0.9.

gnu: minisign: Update to 0.9.

* gnu/packages/crypto.scm (minisign): Update to 0.9.

gnu: python-pylint: Update to 2.5.3.

* gnu/packages/check.scm (python-pylint): Update to 2.5.3.

gnu: stumpish: Remove bogus keyword.

This follows up on commit 81b045e149daffd113208601b764fdb47cf6c14b.
‘#:tests’ is not supported by the trivial build system and broke ‘guix
pull’.

* gnu/packages/wm.scm (stumpish)[argument]: Remove #:tests?.

gnu: thunar: Update to 1.8.15.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar): Update to 1.8.15.

gnu: singular: Update to 4.1.3p2.

* gnu/packages/algebra.scm (singular): Update to 4.1.3p2.

gnu: borg: Update to 1.1.13.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.1.13.
[arguments]: Skip a new FUSE test.

import: stackage: Fix typo.

* guix/import/stackage.scm (latest-lts-release): Fix spelling of ‘if’.

gnu: Add sbcl-stumpwm-kbd-layouts.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-kbd-layouts): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add sbcl-stumpwm-stumptray.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-stumptray): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add sbcl-stumpwm-wifi.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-wifi): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add sbcl-stumpwm-net.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-net): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: stumpwm: Update contrib module package names.

This also causes the contribution modules to inherit from a common base.

* gnu/packages/wm.scm (stumpish, sbcl-stumpwm-ttf-fonts, sbcl-stumpwm-pass,
sbcl-stumpwm-globalwindows, sbcl-stumpwm-swm-gaps): Bring package name in line
with the Guix symbol name.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add sbcl-clx-xembed.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clx-xembed, cl-clx-xembed, ecl-clx-xembed):
New variables.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Remove ganv-devel.

* gnu/packages/gtk.scm (ganv-devel): Remove variable.
* gnu/packages/music.scm (ingen)[inputs]: Change from GANV-DEVEL to GANV.

gnu: x265: Disable assembly optimizations on i686-linux.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41768>.

* gnu/packages/video.scm (x265)[native-inputs]: Conditionally add NASM.

import: stackage: Fix typo.

* guix/import/stackage.scm (latest-lts-release): Fix spelling of "included".

gnu: Add java-pep-adapter.

* gnu/packages/pep.scm (java-pep-adapter): New variable.

gnu: Add python-pep-adapter.

* gnu/packages/pep.scm (python-pep-adapter): New variable.

gnu: Add libpepadapter.

* gnu/packages/pep.scm (libpepadapter): New variable.

gnu: Add pep-engine.

* gnu/packages/pep.scm (fdik-libetpan, sequoia4pEp, pep-engine): New
  variables.

gnu: Add yml2.

* gnu/packages/pep.scm: New file.
* gnu/locak.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

bootloader: grub: Fix cross-compilation.

This is a follow-up of 536c53d347291dcc75e1073af6e6c5c614e0fff4, that do not
use the native version of "font-file", breaking cross-compilation.

* gnu/bootloader/grub.scm (eye-candy): Use the native version of "font-file".

services: etc: Add '/etc/ttys' symlink for the Hurd.

Reported by Vitaliy Shatrov <D0dyBo0D0dyBo0@protonmail.com> via IRC.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service): For the Hurd, add '/etc/ttys'
symlink.  This fixes terminal behavior in the console by setting TERM=hurd.

installer: final: Dump "guix system init" command output when testing.

When debugging the installation tests, it can be very handy to be able to read
"guix system init" command output.

* gnu/installer/final.scm (install-system): Dump installation command output
to the console when running the installation tests.

installer: final: Remove left-over pk call.

* gnu/installer/final.scm (kill-cow-users): Remove pk call.

gnu: guix: Update to 141b5c1620.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.141b5c1620.

gnu: grub: Support graphical gfxterm on all systems.

* gnu/bootloaders/grub.scm (eye-candy): Use gfxterm depending only on
(bootloader-configuration (terminal-outputs …)), which defaults to '(gfxterm).
This makes the system argument obsolete.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: emacs-helm: Update to 3.6.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.6.2.

gnu: apache-arrow: Update to 0.17.1.

* gnu/packages/databases.scm (apache-arrow): Update to 0.17.1.
* gnu/packages/databases.scm (python-pyarrow): Update to 0.17.1.
* gnu/packages/serialization.scm (python-feather-format): Update to 0.4.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add apache-thrift.

* gnu/packages/rpc.scm (apache-thrift): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: icedove: Update to 68.9.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icedove-build-id): Update.
(icedove): Update version and corresponding hg changeset.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: Use buffered I/O for all protocol writes

* guix/store.scm (run-gc) Use buffered output port.
(export-path) Same.
(add-file-tree-to-store) Same.
(set-build-options): Same. Add explicit flush.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

activation: Fix function call for system activation

* gnu/build/activation.scm (boot-time-system):
Evaluate the linux-command-line thunk for linux systems to boot

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Revert "installer: utils: Dump command output to syslog when testing."

This reverts commit f73ed5579157a074093bae7a2ffb59a85412be0d. This was pushed
by error, as this is not reviewed yet.

installer: utils: Dump command output to syslog when testing.

When debugging the installation tests, it can be very handy to be able to read
"run-command" output, for instance when executing "guix system init".

Introduce a new "invoke-with-log" procedure that is able to log a command
standard and error outputs to the syslog. Use it, only when running the
installation tests, to dump "run-command" output.

* gnu/installer/utils.scm (open-pipe-with-stderr, invoke-with-log): New
procedures,
(invoke-log-port): new variable,
(run-command): move to the end of the file and use invoke-with-log when
running the installation tests.

build: image: Do not call make-essential-device-nodes by default.

Calling "mknod" without root permissions fails. Plus those device nodes do not
appear to be needed to boot.

* gnu/build/image.scm (initialize-root-partition): Do not use
make-essential-device-nodes as default make-device-nodes procedure.

doc: Add note to 'udisks-service'.

* doc/guix.texi (Desktop Services): Specify how to add file-systems
utilities to 'udisks-service'.

system: vm: Add missing imported module.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Import missing (gnu build hurd-boot) module.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

system: Fix typo that breaks grub.cfg generation.

* gnu/system.scm (boot-parameters->menu-entry): Delete quote to evalutate and
get kernel boot parameters.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

git-authenticate: 'commit-authorized-keys' properly handles orphan commits.

Previously it would trigger a wrong-number-of-arguments error for
'lset-intersection'.

* guix/git-authenticate.scm (commit-authorized-keys): Add case for when
'commit-parents' returns the empty list.

git: 'commit-difference' really excludes the ancestors of #:excluded.

* guix/git.scm (commit-difference): Initialize VISITED to the closure of
OLD and EXCLUDED, as written in the docstring.
* tests/git.scm ("commit-difference, excluded commits"): Adjust
accordingly.

maint: 'make authenticate' starts from v1.0.0.

* Makefile.am (commit_v1_0_1): Remove.
(commit_v1_0_0): New variable.
(authenticate): Use it.

gnu: znc: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/messaging.scm (znc): Update to 1.8.1.

gnu: v4l2loopback-linux-module: Really disable tests.

Commit fdcd193744dbb92d3478c8e4e6c4f4336a872831 was a botched by-hand
‘merge’ that caused the default check phase to run, and fail.

* gnu/packages/linux.scm (v4l2loopback-linux-module)[arguments]:
Set #:tests? to #f.

gnu: Add linux-libre-arm-generic-5.7.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm-generic): New variable.

gnu: Add linux-libre-arm64-generic-5.7.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm64-generic): New variable.

gnu: Add linux-libre 5.7.1.

* gnu/packages/linux (deblob-scripts-5.7): New variable.
  (linux-libre-5.7-version): New variable.
  (linux-libre-5.7-pristine-source): New variable.
  (linux-libre-5.7-source): New variable.
  (linux-libre-headers-5.7): New variable.

gnu: opensmtpd: Patch bug in 'smtpctl encrypt'.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd)[phases]{fix-smtpctl-encrypt-bug}: New
phase.

gnu: Blender: Update to 2.83.0.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.83.0.

gnu: font-liberation: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/fonts.scm (font-liberation): Update to 2.1.1.

gnu: Add python-mechanize.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-mechanize): Rename to ...
(python-mechanize): ... this.  Update to 0.4.5.
[arguments]: Remove.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-HTML5LIB.
[home-page]: Update to current.
[license]: Set to LICENSE:BSD-3.
(python2-mechanize): Define in terms of PACKAGE-WITH-PYTHON2.

gnu: python-regex: Update to 2020.6.8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-regex): Update to 2020.6.8.
[arguments]: New field.

gnu: python-netifaces: Update to 0.10.9.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-netifaces): Update to 0.10.9.

gnu: python-cssselect: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-cssselect): Update to 1.1.0.
[source]: Change to GIT-FETCH.
[arguments]: Remove #:tests?.  Add #:phases.
[native-inputs]: Add PYTHON-LXML and PYTHON-PYTEST.
[home-page]: Update to current.

gnu: python-odfpy: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-odfpy): Update to 1.4.1.
[arguments]: Remove #:modules.  Rewrite test phase to use pytest.
[native-inputs]: Add PYTHON-PYTEST.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-DEFUSEDXML.

gnu: openssh: Remove exception to build without xauth for the Hurd.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[inputs]: Unconditionally include xauth;
for the Hurd: use openssh-sans-x for now.

gnu: guix: Update to ab9e30039d.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.ab9e30039d.

syscalls: set-thread-name, thread-name: Fix thinko.

* guix/build/syscalls.scm (set-thread-name, thread-name): Oops, fix thinko.

gnu: guix: Update to 68d8c09465.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.68d8c09465.

gnu: services: Add %hurd-startup-service.

This decouples startup of the Hurd from the "hurd" package, moving the RC
script into SYSTEM.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd)[inputs]: Remove hurd-rc-script.
[arguments]: Do not substitute it.  Update "runsystem.sh" to parse kernel
arguments and exec into --system=SYSTEM/rc.
(hurd-rc-script): Move to...
* gnu/services.scm (%hurd-rc-file): ...this new variable.
(hurd-rc-entry): New procedure.
(%hurd-startup-service): Use it in new variable.
* gnu/system.scm (hurd-default-essential-services): Use it.

hurd-boot: Further cleanup of "rc".

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-rc-script): Move implementation to ...
* gnu/build/hurd-boot.scm (boot-hurd-system): ...here, new file.
* gnu/build/linux-boot.scm (make-hurd-device-nodes): Move there likewise.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.