tests: Add 'opensmtpd-service-type' test.

* gnu/tests/mail.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: libsodium: Update to 1.0.11.

* gnu/packages/crypto.scm (libsodium): Update to 1.0.11.

gnu: libgphoto2: Add XML support.

* gnu/packages/photo.scm (libgphoto2)[inputs]: Add libxml2.

gnu: gphoto2: Update to 2.5.10.

* gnu/packages/photo.scm (gphoto2): Update to 2.5.10.

gnu: libgphoto2: Update to 2.5.10.

* gnu/packages/photo.scm (libgphoto2): Update to 2.5.10.

offload: Call 'machine-load' only once per machine.

This fixes a longstanding issue where 'choose-build-machine' would make
on average O(N log(N)) calls to 'machine-load', plus an extra call for
the selected machine, instead of N calls.

* guix/scripts/offload.scm (machine-load): Add comment.
(machine-power-factor, machine-less-loaded-or-faster?): Remove.
(choose-build-machine)[machines+slots]: Rename to...
[machines+slots+loads]: ... this.
[undecorate]: Adjust accordingly.
[machine-less-loaded-or-faster?]: New procedure.
Remove extra 'machine-load' call in body.

gnu: Add Mozilla Fira Mono font.

* gnu/packages/fonts.scm (font-fira-mono): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: cyrus-sasl: Fix CVE-2013-4122.

* gnu/packages/patches/cyrus-sasl-CVE-2013-4122.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[replacement]: New field.
(cyrus-sasl/fixed): New variable.
[source]: Use patch.

gnu: ffmpeg: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 3.2.1.

gnu: gst-plugins-good: Fix CVE-2016-{9634,9635,9636} and other security issues.

* gnu/packages/patches/gst-plugins-good-fix-crashes.patch,
gnu/packages/patches/gst-plugins-good-fix-invalid-read.patch,
gnu/packages/patches/gst-plugins-good-fix-signedness.patch,
gnu/packages/patches/gst-plugins-good-flic-bounds-check.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-good): Use them.

services: Factorize configuration abstraction.

* gnu/services/mail.scm and gnu/services/cups.scm (&configuration-error)
(configuration-error, configuration-field-error)
(configuration-missing-field, configuration-field, serialize-configuration)
(validate-configuration, define-configuration, uglify-field-name)
(serialize-field, serialize-package, serialize-string)
(serialize-space-separated-string-list, space-separated-string-list?)
(serialize-file-name, file-name?, serialize-field-name)
(generate-documentation): Move duplicate code...
* gnu/services/configuration.scm: ...to this new file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add configuration.scm.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: psyclpc: Update comment.

This is a followup to commit eaa45301f46f13a3f71bcae6089d312f31174801.

* gnu/packages/messaging.scm (psyclpc): Update comment.

gnu: Move content of (gnu packages psyc) into (gnu packages messaging).

* gnu/packages/psyc.scm (perl-net-psyc, libpsyc, psyclpc): Move this ...
* gnu/packages/messaging.scm (perl-net-psyc, libpsyc, psyclpc): ... here.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove psyc.scm.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: psyclpc: Upgrade to 20160821-2.61cf9aa.

This makes the package reproducible.

* gnu/packages/psyc.scm (psyclpc): Upgrade to 20160821-2.61cf9aa.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-flask: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/python.scm (python-flask): Update to 0.11.1.
[native-inputs]: Add python-click.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-pyopenssl: Update to 16.2.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl): Update to 16.2.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-simplejson: Update to 3.10.0.

* gnu/packages/python.scm (python-simplejson): Update to 3.10.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

pull: Add guile-ssh to the dependencies.

Fix regression introduced in 9e76eed.

* build-aux/build-self.scm (guile-ssh): New variable.
(build)[builder]: Add 'guile-ssh' to %load-path and %load-compiled-path.

gnu: Add mumble.

* gnu/packages/telephony.scm (mumble): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: transmission: Update to 2.92.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission): Update to 2.92.
[inputs]: Add cyrus-sasl.

gnu: roary: Update to 3.7.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (roary): Update to 3.7.0.

gnu: Add proteinortho.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (proteinortho): New variable.

gnu: Add python-polib.

* gnu/packages/python.scm (python-polib, python2-polib): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Whitespace changes

* gnu/services/kerberos.scm: Fold lines to 80 character limit.

mailmap: Associate all commits by ng0 with ng0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: imagemagick: Update to 6.9.6-6 [fixes CVE-2016-9556].

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.6-6.

doc: mysql-configuration: Fix typo.

* doc/guix.texi (Database Services): Fix typo of 'mysql-configuration'.

services: Add opensmtpd service.

* gnu/services/mail.scm (<opensmtpd-configuration>): New record type.
(%default-opensmtpd-config-file, %opensmtpd-accounts): New variables.
(opensmtpd-shepherd-service, opensmtpd-activation): New procedures.
(opensmtpd-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Mail Services): Document it.

gnu: Add missing module import to (gnu packages ldc).

This is a followup to commit e44b511298590ecc87c2c85d1cbc043a638dd1e0.

* gnu/packages/ldc.scm: Import (gnu packages python).

gnu: ldc: Update to 0.17.2.

* gnu/packages/ldc.scm (ldc): Update to 0.17.2.
* gnu/packages/patches/ldc-disable-tests.patch: Fix timezone file name.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

offload: Drop 'remote-pipe'.

* guix/scripts/offload.scm (remote-pipe): Remove.
(machine-load): Use 'open-remote-pipe*' instead of 'remote-pipe'.

offload: Rewrite to make direct RPCs to the remote daemon.

* guix/scripts/offload.scm (<build-machine>)[daemon-socket]: New field.
(connect-to-remote-daemon): New procedure.
(%gc-root-file, register-gc-root, remove-gc-roots, offload): Remove.
(transfer-and-offload): Rewrite using 'connect-to-remote-daemon' and
RPCs over SSH.
(store-import-channel, store-export-channel): New procedures.
(send-files, retrieve-files): Rewrite using these.

offload: Remove 'with-nar-error-handling' macro.

* guix/scripts/offload.scm (with-nar-error-handling): Remove.
(guix-offload): Use 'with-error-handling' instead.

store: 'open-connection' can taken an open port.

* guix/store.scm (open-unix-domain-socket): New procedure.
(open-connection): Add #:port parameter and honor it.

offload: Reuse SSH session during 'transfer-and-offload'.

* guix/scripts/offload.scm (remote-pipe): Replace 'machine' parameter
with 'session'.  Remove 'open-ssh-session' call.
(register-gc-root): Replace 'machine' with 'session'.  Use '
session-get' instead of 'build-machine-name'.
(remove-gc-roots, offload, send-files, retrieve-files): Likewise.
(transfer-and-offload): Add 'open-ssh-session' call.  Handle 'offload'
errors here.
(machine-load): Add call to 'open-ssh-session'.

offload: Use Guile-SSH instead of GNU lsh.

* guix/scripts/offload.scm (<build-machine>)[ssh-options]: Remove.
[host-key, host-key-type]: New fields.
(%lsh-command, %lshg-command, user-lsh-private-key): Remove.
(user-openssh-private-key, private-key-from-file*): New procedures.
(host-key->type+key, open-ssh-session): New procedures.
(remote-pipe): Remove 'mode' parameter.  Rewrite in terms of
'open-ssh-session' etc.  Update users.
(send-files)[missing-files]: Rewrite using the bidirectional channel
port.
Remove call to 'call-with-compressed-output-port'.
(retrieve-files): Remove call to 'call-with-decompressed-port'.
(machine-load): Remove exit status logic.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention Guile-SSH.
(Daemon Offload Setup): Document 'host-key' and 'private-key'.  Show the
default value on each @item line.
* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_SSH): New macro.
* config-daemon.ac: Use 'GUIX_CHECK_GUILE_SSH'.  Set
'HAVE_DAEMON_OFFLOAD_HOOK' as a function of that.

gnu: guile-ssh: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh): Update to 0.10.2.
[home-page]: Update.
[source]: Use the 'url-fetch' method and a GitHub generated
tarball.
[arguments] <autoreconf>: Remove now unneeded 'chmod' call.

gnu: hydrogen: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/music.scm (hydrogen): Update to 0.9.7.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.8.4.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.8.4.

gnu: lz4: Update to 1.7.4.2.

* gnu/packages/compression.scm (lz4): Update to 1.7.4.2.

gnu: hplip: Update to 3.16.11.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update to 3.16.11.

gnu: qtractor: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.8.0.

gnu: qemu: Install all required info files.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[arguments]: Adjust 'install-info' phase
to find all info files (including "*.info-N").

gnu: Add kicad-library.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad-library): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add kicad.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python2-wxpython.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (python2-wxpython): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add wxwidgets-gtk2.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets-gtk2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: nginx: Update to 1.11.6.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.11.6.
[arguments]: Remove the obsolete option --with-ipv6 from #:configure-flags.

gnu: miniupnpc: Improve synopsis and description.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnp)[synopsis, description]: Edit, fix typos,
add some relevant (search) terms from the home page, and expand acronyms.

gnu: miniupnpc: Use the correct ‘upnpc’ in ‘external-ip’.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc)[arguments]: Add ‘qualify-paths’ phase.

gnu: miniupnpc: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc)[arguments]: Use ‘modify-phases’.

gnu: miniupnpc: Update to 2.0.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.0.

gnu: vim: Update to 8.0.0101.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0101.

doc: Fix typos in "Kerberos Services".

* doc/guix.texi (Kerberos Services): Fix typos.

doc: Document encrypted root partitions.

This is a followup to f7f292d359e0eb77617f4ecf6b3164f868ec1784.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Give commands for
encrypted root installation.
(Proceeding with the Installation): Add item about mapped devices.
(File Systems): Mention that 'dependencies' can list <mapped-device>
objects.
* gnu/system/examples/desktop.tmpl (mapped-devices): New field.
(file-systems): Add 'dependencies' field.

doc: Document 'wpa-supplicant-service-type'.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Networking Services): Remove 'wpa-supplicant-service'
procedure, which doesn't exist, and document
'wpa-supplicant-service-type'.

services: network-manager: Depend on 'wpa-supplicant'.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-shepherd-service)
[requirement]: Add 'wpa-supplicant'.

services: network-manager: Install polkit actions.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2016-11/msg00038.html>.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-service-type)[extensions]:
Add POLKIT-SERVICE-TYPE.

services: Move polkit to (gnu services dbus).

* gnu/services/desktop.scm (<polkit-configuration>, %polkit-accounts)
(%polkit-pam-services, polkit-directory, polkit-etc-files)
(polkit-setuid-programs, polkit-service-type, polkit-service): Move
to...
* gnu/services/dbus.scm: ... here.

gnu: hdf5: Build the C++ interface.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: vim: Update to 8.0.0096.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0096.

Add system start-up files for "guix publish".

* .gitignore: add etc/guix-publish.conf and /etc/guix-publish.service.
* etc/guix-publish.conf.in: New file.
* etc/guix-publish.service.in: New file.
* nix/local.mk (etc/guix-%.service, etc/guix-%.conf): Generalized former
  build-rules for by using patterns.
  (nodist_systemdservice_DATA): Add etc/guix-publish.service, update
  comment.
  (nodist_upstartjob_DATA): Add etc/guix-publish.conf, update comment.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Add description for enabling
  "guix publish" on host distros using the new files.

doc: Symlink daemon start-up files.

This patch ensures that always the current profile's daemon will be used.

The .service file contains the path to the guix-daemon within the store. Thus
when copying the file, it will point to the very version of guix-daemon used
at the time of copying – even after system upgrade or when this version has
been garbage collected from the store.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Change example code for installing
  the systemd and Upstart files to use symbolic links instead of copying
  the files.

gnu: ir: Use archived tarball and home page.

* gnu/packages/audio.scm (ir)[source]: Use a list of archive mirrors.
[home-page]: Link to an Internet Archive snapshot.

gnu: ir: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/audio.scm (ir)[arguments]: Use ‘modify-phases’.

tests: Remove 'GUIX_LOCPATH' hack that had been added for glibc@2.23.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)[test]("locale"): Remove
'GUIX_LOCPATH' hack, which is no longer needed since
commit 9f58fe3d1c32e3f0ced065e286532a10cad1b5e3.

install: Enable "cryptodisk" handling in GRUB.

This allows 'grub-install' to do the right thing when / or /boot is a
LUKS-encrypted partition.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21843>.

* gnu/build/install.scm (install-grub): Add 'setenv' to set
'GRUB_ENABLE_CRYPTODISK'.
(wait-for-screen-text): New test.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test): Add #:initialization parameter
and honor it.
* gnu/tests/install.scm (%encrypted-root-os)[kernel-arguments]: Remove.
(%encrypted-root-installation-script): Pass '--uuid' to 'cryptsetup
luksFormat'.  Remove 'sed' invocation.
(enter-luks-passphrase): New procedure.
(%test-encrypted-os)[value]: Pass #:initialization to 'run-basic-test'.

mapped-devices: Use 'cryptsetup-static' in 'luks-device-mapping'.

* gnu/system/mapped-devices.scm (open-luks-device): Use
CRYPTSETUP-STATIC instead of CRYPTSETUP.  Use 'file-append'.
(close-luks-device): Likewise.

marionette: Add 'marionette-screen-text' using OCR.

* gnu/build/marionette.scm (marionette-screen-text): New procedure.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["screen text"]: New test.

marionette: Delay synchronization with the host's REPL.

* gnu/build/marionette.scm (<marionette>)[marionette-repl]: Rename to...
[%marionette-repl]: ... this.
(marionette-repl): New macro.
(make-marionette): Wrap last 'read' call into 'delay', making the last
argument to 'marionette' a promise of a port.
(marionette-eval): Use 'force' in 'match' clause.

gnu: python-passlib: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/python.scm (python-passlib, python2-passlib): Update to 1.7.0.

gnu: perl-digest-md5: Fix typo.

* gnu/packages/perl.scm (perl-digest-md5)[arguments]: Remove extra ')'.

gnu: Add perl-digest-md5.

* gnu/packages/perl.scm (perl-digest-md5): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: chez.scm: Add '#:use-module srfi srfi-1'.

This is a follow-up to 1e16648f825b76a8feb63ce51e7ada8ae9870aa0.

* gnu/packages/chez.scm: Add '#:use-module srfi srfi-1'.

gnu: Add aspell-dict-he.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-he): New variable.

gnu: chez-scheme: Remove support for armhf.

* gnu/packages/chez.scm (chez-scheme)[supported-systems]: Remove
armhf-linux from the list of supported systems.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.10.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.10.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.34.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.34.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 1f410017.

Revert "gnu: Update mit-krb5 to version 1.14.4."

This reverts commit 2947ff6430da5d60017b0c5c8c51fd2a1d85440b, which
would have caused too many rebuilds for 'master'.

marionette: Avoid use of SIGALRM for timeouts.

* gnu/build/marionette.scm (make-marionette)[accept*]: New procedures.
Remove calls to 'sigaction'.  Use 'accept*' instead of 'accept'.

gnu: Add 'cryptsetup-static'.

* gnu/packages/cryptsetup.scm (static-library): New procedure.
(cryptsetup-static): New variable.

gnu: Add 'lvm2-static'.

* gnu/packages/patches/lvm2-static-link.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/linux.scm (lvm2)[source](patches): New field.
(lvm2-static): New variable.

gnu: grub: Add dependency on LVM2.

* gnu/packages/grub.scm (grub)[inputs]: Add LVM2.

gnu: python-pyld: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/python.scm (python-pyld): Update to 0.7.1.

gnu: Update mit-krb5 to version 1.14.4.

* gnu/packages/mit-krb5.scm (mit-krb5): Update to 1.14.4

gnu: notmuch: Update to 0.23.2.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.23.2.

gnu: notmuch: Skip tests that fail with gnupg-2.1.16.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch)[arguments]: Add environment variable
to skip tests that broke after gnupg-2.1.16.

gnu: libtiff: Update replacement to 4.0.7.

* gnu/packages/image.scm (libtiff)[replacement]: Update to 4.0.7.
(libtiff-4.0.7): New variable. Update home-page and source URLs.
(libtiff/fixed): Delete variable.
* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-5652.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-9273.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-9297.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-9448.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-uint32-overflow.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: vim: Update to 8.0.0095.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0095.

gnu: Add espeak.

* gnu/packages/audio.scm (espeak): New variable.

gnu: system: Add openfwwf-firmware to %base-firmware.

* gnu/system.scm (%base-firmware): Add openfwwf-firmware.
* doc/guix.texi (Hardware Considerations): Mention b43-open support.
(operating-system Reference)[firmware]: Likewise.

gnu: Add openfwwf-firmware.

* gnu/packages/firmware.scm (b43-tools, openfwwf-firmware): New
variables.

gnu: w3m: Update to 0.5.3+git20161120 [fixes security issues].

Fixes CVE-2016-9439 and others.

* gnu/packages/w3m.scm (w3m): Update to 0.5.3+git20161120.

gnu: w3m: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/w3m.scm (w3m)[arguments]: Use 'modify-phases' syntax.

gnu: ruby: Update replacement to 2.3.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby)[replacement]: Update to 2.3.3.
(ruby-2.3.2): Replace this ...
(ruby-2.3.3): ... with this.

gnu: diamond: Update to 0.8.27.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.27.

gnu: zynaddsubfx: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/music.scm (zynaddsubfx): Update to 3.0.0.
[inputs]: Add "mesa".

gnu: connman: Update to 1.33.

* gnu/packages/connman.scm (connman): Update to 1.33.

gnu: Remove redundancy where mkdir-p <dir> is followed by install-file <file> <dir>.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bwa)[arguments]: Remove redundant mkdir-p.
(eigensoft)[arguments]: Likewise.
(snap-aligner)[arguments]: Likewise.
(pardre)[arguments]: Likewise.
(piranha)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (hypre)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/mp3.scm (mpc123)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/music.scm (tuxguitar)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/pdf.scm (impressive)[arguments]: Likewise.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[arguments]: Likewise.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>