gnu: ncmpcpp: Update to 0.8.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpcpp): Update to 0.8.
[inputs]: Add curl.
[source], [home-page]: Use HTTPS URLs.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: libtiff: Fix two integer overflows.

* gnu/packages/patches/libtiff-tiffycbcrtorgb-integer-overflow.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-tiffycbcrtorgbinit-integer-overflow.patch:
New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/image.scm (libtiff-4.0.8)[source]: Use them.

gnu: ncurses: Fix CVE-2017-10684 and CVE-2017-10685.

* gnu/packages/patches/ncurses-CVE-2017-10684-10685.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ncurses.scm (ncurses)[replacement]: New field.
(ncurses/fixed): New variable.

gnu: poppler: Fix null pointer dereferences.

* gnu/packages/patches/poppler-fix-crash-with-broken-documents.patch: New
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pdf.scm (poppler/fixed)[source]: Add the patch.

gnu: emacs-exwm-x: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm-x): Update to 1.7.2.
[propagated-inputs]: Add emacs-use-package.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: ghostscript: Make "/CreationDate", "/ModDate" optional, depending on environment variable.

* gnu/packages/patches/ghostscript-no-header-creationdate.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript): Use it.

gnu: ghostscript: Make XMP UUID headers optional, depending on environment variable.

* gnu/packages/patches/ghostscript-no-header-uuid.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript): Use it.

gnu: ghostscript: Make "/ID" optional, depending on environment variable.

* gnu/packages/patches/ghostscript-no-header-id.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript): Use it.

gnu: unshield: Remove incorrect '"'.

* gnu/packages/compression.scm (unshield): Remove incorrect '"'.

build, vm: Use "GuixSD" or "GUIXSD" as volume label.

* gnu/build/vm.scm (initialize-hard-disk): Use "GuixSD" as label.
* gnu/system/install.scm (installation-os): Use "GuixSD" as label.
* gnu/system/vm.scm (system-disk-image): Use "GuixSD" or "GUIXSD" as volume
label.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add et.

* gnu/packages/ssh.scm (et): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: groff: Remove timestamps.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27593>.

* gnu/packages/patches/groff-source-date-epoch.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.
* gnu/packages/groff.scm (groff)[source]: Add it.

daemon: Allow compilation with GCC 4.9.

Reported by Ricardo Wurmus.

* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc (acceptConnection): Remove intermediate
'inaddr' variables that relied on implicit casts.  This fixes
compilation with GCC 4.9.

gnu: libpciaccess: Refer to 'pci.ids' from pciutils.

Prior to this change libpciaccess would try to read from
/usr/share/hwdata/pci.ids.

* gnu/packages/xorg.scm (libpciaccess)[arguments]: New field.
[inputs]: Add PCIUTILS.

gnu: pciutils: Tweak description.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[description]: Use @command.

gnu: pciutils: Move 'pci.ids.gz' to 'share/hwdata'.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[arguments] <configure>: Set
'IDSDIR' such that 'pci.ids.gz' goes to share/hwdata.

gnu: pciutils: Update to 3.5.5.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils): Update to 3.5.5.

gnu: emacs: Build with imagemagick support.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[inputs]: Add imagemagick.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

syscalls: Adjust 'dirent64' struct for GNU/Hurd.

Reported by rennes@openmailbox.org.

* guix/build/syscalls.scm (file-type->symbol): New procedure.
(%struct-dirent-header): Rename to...
(%struct-dirent-header/linux): ... this.  Rename introduced bindings as
well.
(%struct-dirent-header/hurd): New C struct.
(define-generic-identifier): New macro.
(read-dirent-header, %struct-dirent-header, sizeof-dirent-header):
Define in terms of 'define-generic-identifier'.

gnu: nss-pam-ldapd: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/openldap.scm (nss-pam-ldapd): Update to 0.9.8.

gnu: qtractor: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.8.3.

gnu: guitarix: Update to 0.35.4.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): Update to 0.35.4.

gnu: guitarix-lv2: Remove inputs override.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix-lv2)[inputs]: Remove.

gnu: gtk-doc: Fix dblatex problem.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk-doc)[arguments]: Add phase "set-HOME".

gnu: dblatex: Use texlive-union.

* gnu/packages/patches/dblatex-remove-multirow.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/docbook.scm (dblatex)[source]: Use patch.
[inputs]: Replace "texlive" with a texlive-union.

gnu: Add texlive-fonts-rsfs.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-rsfs): New variable.

gnu: lilypond: Use texlive-union.

* gnu/packages/music.scm (lilypond)[arguments]: Add phase "use-texlive-union".
[native-inputs]: Replace "texlive" with a texlive-union.

doc: Recommend rebuilding the font cache.

* doc/guix.texi (X11 Fonts): Recommend rebuilding the font cache with fc-cache
when fonts are not found.

gnu: lilypond: Update to 2.19.63.

* gnu/packages/music.scm (lilypond): Update to 2.19.63.

gnu: Add texlive-metapost.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-metapost): New variable.

gnu: Add texlive-latex-lh.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-lh): New variable.

gnu: Add texlive-latex-eepic.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-eepic): New variable.

gnu: Add texlive-latex-eso-pic.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-eso-pic): New variable.

gnu: Add texlive-fonts-ec.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-ec): New variable.

gnu: Add texlive-generic-epsf.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-generic-epsf): New variable.

gnu: Add texlive-latex-wasysym.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-wasysym): New variable.

gnu: Add texlive-latex-titlesec.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-titlesec): New variable.

gnu: Add texlive-latex-subfigure.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-subfigure): New variable.

gnu: Add texlive-fonts-stmaryrd.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-stmaryrd): New variable.

gnu: Add texlive-latex-pdfpages.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-pdfpages): New variable.

gnu: Add texlive-latex-overpic.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-overpic): New variable.

gnu: Add texlive-latex-multirow.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-multirow): New variable.

gnu: Add texlive-latex-jknapltx.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-jknapltx): New variable.

gnu: Add texlive-latex-listings.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-listings): New variable.

gnu: Add texlive-latex-footmisc.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-footmisc): New variable.

gnu: Add texlive-latex-float.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-float): New variable.

gnu: Add texlive-latex-fancyvrb.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-fancyvrb): New variable.

gnu: Add texlive-latex-fancyhdr.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-fancyhdr): New variable.

gnu: Add texlive-latex-fancybox.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-fancybox): New variable.

gnu: Add texlive-latex-colortbl.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-colortbl): New variable.

gnu: Add texlive-latex-changebar.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-changebar): New variable.

gnu: Add texlive-latex-appendix.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-appendix): New variable.

gnu: Add texlive-latex-anysize.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-anysize): New variable.

gnu: Add texlive-latex-amsfonts.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-amsfonts): New variable.

gnu: Add texlive-fonts-amsfonts.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-amsfonts): New variable.

gnu: texlive-generic-ifxetex: Fix description.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-generic-ifxetex)[description]: Fix typo.

gnu: texlive-latex-oberdiek: Build ifpdf package.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-oberdiek)[arguments]: Only build the
"oberdiek.ins" package (which includes all other packages); patch file to
build "ifpdf.dtx" instead of "ifpdf.ins".

gnu: texlive-latex-base: Fix xetex and xelatex formats.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-base)[arguments]: Build xetex and
xelatex formats with matching interpreters.

build-system: texlive: Build union in configure phase.

This allows us to use texmf.cnf instead of having to set all required
environment variables manually.

* guix/build/texlive-build-system.scm (configure): New procedure.
(build): Simplify.
(%standard-phases): Add configure phase.
* guix/build-system/texlive.scm (texlive-build): Include (guix build union) in
modules.
(%texlive-build-system-modules): Likewise.

build-system: texlive: Only build packages in the current directory.

* guix/build/texlive-build-system.scm (build): Use scandir instead of
find-files.

gnu: deeptools: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (deeptools): Update to 2.5.1.
[arguments]: Remove.
[native-inputs]: Use "python-" instead of "python2-" variants.
[inputs]: Likewise; add python-py2bit.

gnu: Add python-py2bit.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-py2bit): New variable.

gnu: Add java-jgit-4.2.

* gnu/packages/version-control.scm (java-jgit-4.2): New variable.

gnu: Add java-jgit.

* gnu/packages/version-control.scm (java-jgit): New variable.

gnu: Add java-slf4j-api.

* gnu/packages/java.scm (java-slf4j-api): New variable.

gnu: Add java-javaewah.

* gnu/packages/java.scm (java-javaewah): New variable.

gnu: Add java-classpathx-servletapi

* gnu/packages/java.scm (java-classpathx-servletapi): New variable.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.07.09.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.07.09.

gnu: libjpeg-turbo: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo): Update to 1.5.2.
[arguments]<#:phases>: Remove.

gnu: you-get: Update to 0.4.775.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.775.

Signed-off-by: Ben Woodcroft <donttrustben@gmail.com>

gnu: poppler: Use an ABI-compatible replacement to fix CVE-2017-9776.

This is a followup to commit 95bbaa02aa63bc5eae36f686f1ed9915663aa4cf.
See <https://bugs.gnu.org/27621> for more information.

Poppler 0.56.0's ABI is not compatible with Poppler 0.52.0, so it's not
possible to graft the newer version in place of the older one.

This change leaves CVE-2017-9775 unfixed for now.

* gnu/packages/patches/poppler-CVE-2017-9776.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pdf.scm (poppler-0.56.0): Replace with ...
(poppler/fixed): ... new variable.
(poppler)[replacement]: Replaced with poppler/fixed.

gnu: sshuttle: Update to 0.78.3.

* gnu/packages/vpn.scm (sshuttle): Update to 0.78.3.

gnu: wxmaxima: Update to 17.05.0.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 17.05.0.
[source]: Update URL and add file-name.
[native-inputs]: Add autoconf, automake and gettext-minimal.
[arguments]: Add 'autoconf' phase.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 10.0.04.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 10.0.04.

doc: Add note about private-key during offload.

* doc/guix.texi (Using the Offload Facility): Add note about private-key.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: wget: Update comment about test failures.

* gnu/packages/wget.scm (wget)[arguments]: Update comment.

gnu: libsoup: Adjust to new GnuTLS certificate-check behavior.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup)[arguments]: Add #:modules.
In 'pre-check' phase, invoke 'certtool'.
[native-inputs]: Add GNUTLS.

gnu: libsoup: Reindent.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): Reindent.

gnu: blast+: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+): Update to 2.6.0.
[origin]: Remove bundled pcre.  Add patch.
[arguments]: Replace paths in run_with_lock.c.  Configure with pcre.
[inputs]: Add pcre, perl, python.
* gnu/packages/patches/blast+-fix-makefile.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: maxima: Ensure gcc is available at runtime.

* gnu/packages/maths.scm (maxima)[inputs]: Add gcc.
[arguments]: Use modify-phases syntax. Add 'set-gcc-path' phase.

gnu: perl-dbd-mysql: Update to 4.043.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-mysql): Update to 4.043.

gnu: python-pyopenssl: Fix test failure on 32-bit platforms.

* gnu/packages/patches/python-pyopenssl-17.1.0-test-overflow.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl)[source]: Use it.

gnu: irssi: Update to 1.0.4 [fixes CVE-2017-{10965,10966}].

* gnu/packages/irc.scm (irssi): Update to 1.0.4.

guix system: Add file system label and uuid to iso9660-image.

* gnu/system/vm.scm (system-disk-image): Pass root-label to ...
(iso9660-image): ... here.  Add keyword arguments #:file-system-label
and #:file-system-uuid.

gnu: webkitgtk: Update to 2.16.5.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.16.5.

gnu: groff: Remove dependency on netpbm.

* gnu/packages/groff.scm (groff)[inputs]: Remove 'netpbm'.

gnu: wget: Fix compilation with Perl 5.26; skip faulty tests.

* gnu/packages/wget.scm (wget)[arguments]: New field.
[source](patches): Add "wget-perl-5.26.patch".
* gnu/packages/patches/wget-perl-5.26.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add basic support for powerpc64le-linux-gnu targets.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add
"powerpc64le-linux".
* gnu/packages/linux.scm (system->linux-architecture): Add "powerpc"
prefix.
(system->defconfig): Add "powerpc64le-" prefix.

gnu: rdma-core: Update to 14.

* gnu/packages/linux.scm (rdma-core): Update to 14.

gnu: catimg: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (catimg): Update to 2.3.2.

gnu: python-parsedatetime: Update to 2.4.

* gnu/packages/python.scm (python-parsedatetime, python2-parsedatetime):
Update to 2.4.

gnu: python-icalendar: Update to 3.11.5.

* gnu/packages/python.scm (python-icalendar): Update to 3.11.5.

gnu: libtiff: Fix CVE-2017-{9936,10688}.

* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2017-9936.patch,
gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2017-10688.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/image.scm (libtiff-4.0.8)[source]: Use them.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: xorg-server: Fix CVE-2017-{10971,10972}.

* gnu/packages/patches/xorg-server-CVE-2017-10971.patch,
gnu/packages/patches/xorg-server-CVE-2017-10972.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server)[source]: Use them.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: youtube-dl: Update to 2017.07.02.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.07.02.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

Revert "gnu: blast+: Update to 2.6.0."

This reverts commit 18dea67dc3a42d782b34b551304748346f173184.

gnu: shadow: Correctly match the system type.

* gnu/packages/admin.scm (shadow)[inputs]: Use 'string-contains' instead
of 'string-prefix?' when matching the system type.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.36.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.36.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.76.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.76.