gnu: Add itpp.

* gnu/packages/maths.scm (itpp): New variable.

gnu: emacs-slime: Update to 2.19.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-slime): Update to 2.19.

gnu: ocaml-qtest: Update to 2.5.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-qtest): Update to 2.5.

doc: Make "Application Setup" slightly more visible.

Suggested by Arne Babenhauserheide.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Make the "Application Setup"
reference an 8th item in the list.

http-client: Avoid name clash with 'open-connection-for-uri' in 2.2.0.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Add note about
same-named binding in Guile 2.2.0.
* guix/http-client.scm: Use 'guix:open-connection-for-uri' for the
procedure coming from (guix build download).
* guix/scripts/lint.scm: Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm: Likewise.

build: Require Guile >= 2.0.9.

* configure.ac: Bump requirement to 2.0.9.
* doc/guix.texi (Requirements): Adjust accordingly.
* README (Requirements): Likewise.
* build-aux/download.scm: Remove workaround for <http://bugs.gnu.org/13095>.
* guix/build/download.scm: Likewise.
(http-fetch)[post-2.0.7?]: Remove.  Remove conditional code for not
POST-2.0.7?.
* guix/http-client.scm:  Remove workaround for <http://bugs.gnu.org/13095>.
(http-fetch)[post-2.0.7?]: Remove.  Remove conditional code for not
POST-2.0.7?.
* guix/serialization.scm (read-latin1-string): Remove mention of 2.0.9.
* tests/nar.scm: Use (ice-9 control).
(let/ec): Remove.

pack: Add '--target'.

* guix/scripts/pack.scm (self-contained-tarball): Add #:target.
(docker-image): Add #:target.
[build]: Pass it to 'build-docker-image'.
(%options, show-help): Add '--target'.
(guix-pack): Pass TARGET to 'profile-derivation' and to 'build-image'.
* guix/docker.scm (build-docker-image): Add #:system parameter and honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document '--target'.
(Additional Build Options): Refer to the Autoconf manual instead of the
obsolete 'configure.info' for cross-compilation.

profiles: Packages in a profile can be cross-compiled.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Add #:target parameter; pass
it to 'gexp->derivation'.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation, cross-compilation"): New test.

pack: Move absolute file name to <compressor>.

* guix/scripts/pack.scm (<compressor>)[package]: Remove.
[command]: Document as being a gexp with an absolute file name.
(%compressors): Adjust accordingly.
(self-contained-tarball): Simplify PATH expression.  Move 'string-join'
for the compressor command on the build side.
(docker-image): Simplify PATH expression.
* tests/pack.scm (%gzip-compressor): Adjust accordingly.

gnu: libbluray: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/video.scm (libbluray): Update to 1.0.0.

gnu: libx264: Update to 20170316-2245.

* gnu/packages/video.scm (libx264): Update to 20170316-2245.

gnu: libwebp: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/image.scm (libwebp): Update to 0.6.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/libwebp-CVE-2016-9085.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: ninja: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/ninja.scm (ninja): Update to 1.7.2.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/ninja-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: btrfs-progs: Use @dfn in description.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs)[description]: Use @dfn.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.10.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.10.1.

build/cargo-build-system: Make cargo-build-system install working packages.

* guix/build/cargo-build-system.scm (configure): Remove proprietary
dependencies. Add rust dependencies and configure Cargo to find them.
(build): Also build libraries, not just applications.
(file-sha256): New variable.
(generate-checksums): New variable. Export it.
(touch): New variable.
(install): Generate checksums so Cargo accepts the package.

build-system/cargo (cargo-build): Add cargo-build-flags, remove configure-flags.

* guix/build-system/cargo.scm (cargo-build): Add cargo-build-flags,
remove configure-flags.

gnu: cargo: Use upstream cargo.

* gnu/packages/rust.scm (cargo): Use upstream cargo.

gnu: rust: Update to 1.15.0.

* gnu/packages/rust.scm (%rust-bootstrap-binaries-version): Update to 1.14.0.
(%rust-bootstrap-binaries): Update to 1.14.0.
(rustc): Update to 1.15.0.
[arguments]: Pass "--disable-rustbuild" to configure.

gnu: libpng-apng: Remove unnecessary call to libtool.

* gnu/packages/image.scm (libpng-apng)[phases]: Remove it.

gnu: Add libpng-apng.

* gnu/packages/image.scm (libpng-apng): New variable.

Co-authored-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: Add ocaml-mcl.

* gnu/packages/machine-learning.scm (ocaml-mcl): New variable.

gnu: Add ocaml-gsl.

* gnu/packages/maths.scm (ocaml-gsl): New variable.

gnu: Add ocaml-csv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-csv): New variable.

gnu: Add ocaml-sqlite3.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-sqlite3): New variable.

gnu: snakemake: Update to 3.11.2.

* gnu/packages/python.scm (snakemake): Update to 3.11.2.

gnu: r-minimal: Fix remaining reproducibility problems.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25598>.

* gnu/packages/statistics.scm (r-minimal)[arguments]: Add remaining
reproducibility fixes to "build-reproducibly" phase.

gnu: r: Rename to r-minimal.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Rename to...
(r-minimal): ...this new variable.
(r-with-recommended-packages): Rename to...
(r): ...this.
* guix/build-system/r.scm (default-r): Reference r-minimal.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ess)[inputs],
gnu/packages/machine-learning.scm (shogun)[inputs],
gnu/packages/python.scm (python-rpy2)[inputs],
gnu/packages/bioinformatics.scm (ribotaper)[inputs],
(couger)[propagated-inputs],
(roary)[inputs],
(rsem)[inputs],
(rcas-web)[inputs]: Change "r" to "r-minimal".

gnu: Add r-with-recommended-packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-recommended-packages): New variable.

gnu: r: Do not build recommended packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Rename phase
"build-recommended-packages-reproducibly" to "build-reproducibly"; add
configure flag "--without-recommended-packages".
* guix/import/cran.scm (default-r-packages): Remove recommended packages.
* gnu/packages/python.scm (python-rpy2)[inputs]: Add r-survival.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ape)[propagated-inputs]: Add r-lattice
and r-nlme.
(r-vegan)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-genefilter)[propagated-inputs]: Add r-survival.
(r-grohmm)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-bioccheck)[propagated-inputs]: Add r-codetools.
(r-summarizedexperiment)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-topgo)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-sva)[propagated-inputs]: Add r-mgcv.
(r-raremetals2)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-vsn)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-pcamethods)[propagated-inputs]: Add r-mass.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ggplot2)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-locfit)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-coda)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-irlba)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-glmnet)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-e1071)[propagated-inputs]: Add r-class.
(r-spams)[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-matrix.
(r-hmisc)[propagated-inputs]: Add r-cluster, r-foreign, r-lattice, r-nnet, and
r-rpart.
(r-zoo)[propagated-inputs]: Add r-lattice.
(r-mixtools)[propagated-inputs]: Add r-boot and r-mass.
(r-flexmix)[propagated-inputs]: Add r-lattice and r-nnet.
(r-prabclus)[propagated-inputs]: Add r-mass.
(r-fpc)[propagated-inputs]: Add r-class, r-cluster, and r-mass.
(r-rcppeigen)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-matrixmodels)[propagated-inputs]: Add r-matrix.
(r-lme4)[propagated-inputs]: Add r-mass and r-nlme.
(r-pbkrtest)[propagated-inputs]: Add r-mass and r-matrix.
(r-car)[propagated-inputs]: Add r-mass, r-mgcv, and r-nnet.
(r-tclust)[propagated-inputs]: Add r-cluster.

gnu: r-survival: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Move up to set of recommended R
packages.

gnu: Add r-spatial.

* gnu/packages/statistics.scm (r-spatial): New variable.

gnu: r-rpart: Move to the set of recommended packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rpart): Move up to the set of recommended
packages.

gnu: r-nnet: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/machine-learning.scm (r-nnet): Move from here...
* gnu/packages/statistics.scm (r-nnet): ...to here because the other
recommended R packages are here.

gnu: r-mgcv: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Move up to set of recommended R
packages.

gnu: Add r-nlme.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nlme): New variable.

gnu: r-matrix: Move to set of recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrix): Move to set of recommended R
packages.

gnu: r-lattice: Move to other recommended R packages.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lattice): Move to the set of recommended R
packages.

gnu: Add r-kernsmooth.

* gnu/packages/statistics.scm (r-kernsmooth): New variable.

gnu: Add r-foreign.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): New variable.

gnu: Add r-codetools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-codetools): New variable.

gnu: Add r-cluster.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cluster): New variable.

gnu: Add r-class.

* gnu/packages/statistics.scm (r-class): New variable.

gnu: Add r-mass.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): New variable.

gnu: Add r-boot.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): New variable.

doc: Really document 'guix pack --format'.

* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Properly document --format.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.03.16.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.03.16.

gnu: asciidoc: Use local docbook-xml package.

* gnu/packages/documentation.scm (asciidoc)[inputs]: Add docbook-xml.
[arguments]: Add 'make-local-docbook-xml' phase.

gnu: Add knot.

* gnu/packages/dns.scm (knot): New variable.

gnu: Add liburcu.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu): New variable.

gnu: dns: Fix typo and use @dfn in descriptions.

* gnu/packages/dns.scm (bind)[description]: Use @dfn to expand acronyms.
(yadifa)[description]: Likewise, and fix a typo.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.3.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.3.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.54.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.54.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.15.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.15.

gnu: qemu: Fix CVE-2017-{2620,2630}.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-2620.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-2630.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Use them.

gnu: virglrenderer: Fix CVE-2017-6386.

* gnu/packages/patches/virglrenderer-CVE-2017-6386.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/spice.scm (virglrenderer)[source]: Use it.

doc: Reorganize categories.

* doc/guix.texi: Move "guix build" to the "Software Development"
category; add "guix pack".

doc: Mention 'guix pack' reproducibility.

* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Mention reproducibility.

pack: Allow for "-S /opt/foo=".

Reported by Andy Wingo.

* guix/scripts/pack.scm (%options): Use 'string-split' instead of
'string-tokenize'.

pack: Honor symlinks in the Docker back-end.

* guix/docker.scm (symlink-source, topmost-component): New procedures.
(build-docker-image): Add #:symlinks parameter and honor it.  Remove
hard-coded /bin symlink.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image): Pass #:symlinks to
'build-docker-image'.

docker: Build images in a reproducible fashion.

* guix/docker.scm (%tar-determinism-options): New variable.
(build-docker-image): Use it on the two 'tar' invocations.

pack: Use a fixed timestamp in Docker images.

* guix/docker.scm (build-docker-image): Add #:creation-time parameter.
Use SRFI-19 'date->string' instead of 'strftime' et al.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[build]: Pass #:creation-time to
'build-docker-image'.

pack: Add '--format' option and Docker output support.

* guix/docker.scm: Remove dependency on (guix store) and (guix utils).
Use (guix build store-copy).  Load (json) lazily.
(build-docker-image): Remove #:system.  Add #:closure, #:compressor, and
'image' parameters.  Use 'uname' to determine the architecture.  Remove
use of 'call-with-temporary-directory'.  Use 'read-reference-graph' to
compute ITEMS.  Honor #:compressor.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image): New procedure.
(%default-options): Add 'format'.
(%formats): New variable.
(%options, show-help): Add '--format'.
(guix-pack): Honor '--format'.
* guix/scripts/archive.scm: Remove '--format' option.  This reverts
commits 1545a012cb7cd78e25ed99ecee26df457be590e9,
01445711db6771cea6122859c3f717f130359f55, and
03476a23ff2d4175b7d3c808726178f764359bec.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document '--format'.
(Invoking guix archive): Remove documentation of '--format'.

pack: Honor command-line options related to the store.

* guix/scripts/pack.scm (guix-pack): Call
'set-build-options-from-command-line'.

memoization: Micro-optimize code produced by 'define-cache-procedure'.

* guix/memoization.scm (%nothing): Remove.
(define-cache-procedure): Make '%nothing' a local variable, with a
literal list.

services: connman: Rework service.

* gnu/services/networking.scm (connman-service): Remove.
(<connman-configuration>): New record specifying the package
to be used (connman) and whether vpn plugin shall be
disabled (disable-vpn?).
(connman-configuration): New exported variable.
(connman-configuration?): New exported variable.
(connman-service-type): Export it.

* doc/guix.texi (Networking Services): Adjust accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gexp: Add '=>' syntax to import computed modules.

* guix/gexp.scm (imported-files)[file-pair]: Add case for pairs where
the cdr is not a string.
(imported-modules): Support '=>' syntax in MODULES.
* tests/gexp.scm ("imported-files with file-like objects")
("gexp->derivation & with-imported-module & computed module"): New tests.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Document '=>' syntax for
'with-imported-modules'.

utils: Move base16 procedures to (guix base16).

* guix/utils.scm (bytevector->base16-string, base16-string->bytevector):
Move to...
* guix/base16.scm: ... here.  New file.
* tests/utils.scm ("bytevector->base16-string->bytevector"): Move to...
* tests/base16.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/base16.scm.
(SCM_TESTS): Add tests/base16.scm.
* build-aux/download.scm, guix/derivations.scm,
guix/docker.scm, guix/import/snix.scm, guix/pk-crypto.scm,
guix/scripts/authenticate.scm, guix/scripts/download.scm,
guix/scripts/hash.scm, guix/store.scm, tests/hash.scm,
tests/pk-crypto.scm: Adjust imports accordingly.

gnu: password-store: Fix compatibility with GnuPG 2.1.19.

* gnu/packages/patches/password-store-gnupg-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/password-utils.scm (password-store)[source]: Use it.

Signed-off-by: Clément Lassieur <clement@lassieur.org>

gnu: Add r-seurat.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: sra-tools: Update to 2.8.2-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sra-tools): Update to 2.8.2-1.
[arguments]: Add DEFAULT_CRT and DEFAULT_KFG to make flags.

gnu: ncbi-vdb: Install configuration files.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb)[arguments]: Add phase
"install-configuration-files".

gnu: ncbi-vdb: Override search path for java-ngs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb)[arguments]: Patch "package.prl"
to ensure that java-ngs is found by the configure script; remove configure
flag "--with-ngs-java-prefix".

gnu: ncbi-vdb: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb)[arguments]: Use modify-phases
syntax.

gnu: ncbi-vdb: Update to 2.8.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ncbi-vdb): Update to 2.8.2.

gnu: ngs-sdk: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngs-sdk): Update to 1.3.0.

gnu: Add pzstd.

* gnu/packages/compression.scm (pzstd): New variable.

gnu: Add zstd.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): New variable.

gnu: python-publicsuffix2: Update to 2.20160818.

* gnu/packages/python.scm (python-publicsuffix2): Update to 2.20160818.

gnu: awscli: Update to 1.11.63.

* gnu/packages/python.scm (awscli): Update to 1.11.63.

gnu: python-botocore: Update to 1.5.26.

* gnu/packages/python.scm (python-botocore): Update to 1.5.26.

gnu: python-ptyprocess: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/python.scm (python-ptyprocess): Update to 0.5.1.

gnu: Add prboom-plus.

* gnu/packages/games.scm (prboom-plus): New variable.

gnu: Add tftp-hpa.

* gnu/packages/networking.scm (tftp-hpa): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: guile-next: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 2.2.0.

gnu: profanity: Make the source URL version-agnostic.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[source]: Use (version) in the source
URL.

gnu: units: Update to 2.14.

* gnu/packages/maths.scm (units): Update to 2.14.

gnu: no-more-secrets: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/games.scm (no-more-secrets): Update to 0.3.2.

gnu: mailutils: Update to 3.2.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.2.

gnu: Use INSTALL-FILE where appropriate.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant-minimal): Substitute the simpler
INSTALL-FILE for COPY-FILE when invoked with redundant arguments.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (couger, aragorn, express-beta-diversity,
edirect, fasttree, rsem, samtools-0.1): Likewise.
* gnu/packages/code.scm (withershins): Likewise.
* gnu/packages/conky.scm (conky): Likewise.
* gnu/packages/debug.scm (delta, american-fuzzy-lop): Likewise.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mit-scheme-doc): Likewise.
* gnu/packages/engineering.scm (librecad): Likewise.

gnu: cryptsetup: Update to 1.7.4.

* gnu/packages/cryptsetup.scm (cryptsetup): Update to 1.7.4.

gnu: man-pages: Update to 4.10.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.10.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Add profanity.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add libstrophe.

* gnu/packages/messaging.scm (libstrophe): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add libmesode.

* gnu/packages/messaging.scm (libmesode): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: bitcoin-core: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.14.0.

build: Prefer Guile 2.2 over 2.0.

* configure.ac: In 'GUILE_PKG', prefer 2.2 over 2.0.  Remove warning
about 2.2 not being fully supported.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention Guile 2.2.x.

tests: Expect less accurate location info in 2.2.0.

* tests/guix-system.sh: Work around inaccurate location info in 2.2.0.

store: Adjust UTF-8 test to Guile 2.2.

* tests/store.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"): On
Guile 2.2, expect REPLACEMENT CHARACTER instead of '?'.

syscalls: Adjust 'clone' to Guile 2.2.

Before that, something like:

  (call-with-container
    (lambda ()
      (match (primitive-fork)
        …)))

would hang in 'primitive-fork' as the child process (the one started in
the container) would try to pthread_join the finalization thread in
'stop_finalization_thread' in libguile, not knowing that this thread is
nonexistent.

* guix/build/syscalls.scm (%set-automatic-finalization-enabled?!): New
procedure.
(without-automatic-finalization): New macro.
(clone): Wrap PROC call in 'without-automatic-finalization'.