gnu: poetry: Update to 1.0.10.

* gnu/packages/python-xyz.scm (poetry): Update to 1.0.10.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-writeroom: Update to 3.10.

From f5c5d622aaf58bc485f73568513998cda35a8d2e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Michael Rohleder <mike@rohleder.de>
Date: Fri, 24 Jul 2020 13:46:39 +0200
Subject: [PATCH] gnu: emacs-writeroom: Update to 3.10.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-writeroom): Update to 3.10.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-helm-ag: Update to 0.62.

From 2a2b347b4abbd91eaf09f61643fdd22b51b21d4d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Michael Rohleder <mike@rohleder.de>
Date: Fri, 24 Jul 2020 13:17:59 +0200
Subject: [PATCH] gnu: emacs-helm-ag: Update to 0.62.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-ag): Update to 0.62.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: emacs-helm-gtags: Update to 1.5.7.

From 4399c3eb815a16ae21c85bad33cd3c69e8d43c4f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Michael Rohleder <mike@rohleder.de>
Date: Fri, 24 Jul 2020 12:14:34 +0200
Subject: [PATCH] gnu: emacs-helm-gtags: Update to 1.5.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-gtags): Update to 1.5.7.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

services: nix: Add extra-options.

* gnu/services/nix.scm (<nix-configuration>)[extra-options]: New field.
(nix-shepherd-service): Add this.
(nix-activation): Add new line to the end of /etc/nix/nix.conf file.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services)[Nix service]: Document this.

services: nix: Fix typo.

* gnu/services/nix.scm (<nix-configuration>): Fix typo.

services: nix: Export nix-configuration.

* gnu/services/nix.scm (nix-configuration, nix-configuration?): Export.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

services: nix: Provide nix commands.

* gnu/services/nix.scm (nix-service-type): Extend profile-service-type to
provide nix commands.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add srain.

* gnu/packages/irc.scm (srain): New package.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add bashtop.

* gnu/packages/admin.scm (bashtop): New variable.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Replace transset-df with transset.

transset-df was last updated in 2007.  The patches got merged upstream a long
time ago, which is maintained by the X.Org project.

* gnu/packages/xorg.scm (transset): New variable.
(transset-df): Define as ‘deprecated package’.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: emacs-use-package: Install texinfo manual.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-use-package).

[native-inputs]: Add texinfo.

[arguments]: Add phase for installation of the texinfo manual.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: chroma: Configure with inline attribute.

* gnu/packages/games.scm (chroma)[configure-flags]: Add flag to properly
support inline attribute of STD C89.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: emacs-telega: Update to 0.6.28.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega): Update to 0.6.28.

gnu: i3-gaps: Update to 4.18.1.

* gnu/packages/wm.scm (i3-gaps): Update to 4.18.1.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: libseccomp: Skip test that fails in QEMU user-mode emulation.

* gnu/packages/linux.scm (libseccomp)[arguments]: Add phase to skip one test.

gnu: libseccomp: Do not build the static library.

* gnu/packages/linux.scm (libseccomp)[arguments]: New field.

gnu: ccid: Update to 1.4.33.

* gnu/packages/security-token.scm (ccid): Update to 1.4.33.

gnu: nginx: Update to 1.19.1.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.19.1.

gnu: rocksdb: Update to 6.11.4.

* gnu/packages/databases.scm (rocksdb): Update to 6.11.4.

gnu: libseccomp: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/linux.scm (libseccomp): Update to 2.5.0.
[native-inputs]: Add GPERF.

gnu: hitch: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/web.scm (hitch): Update to 1.6.0.

gnu: libaacs: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/video.scm (libaacs): Update to 0.11.0.

gnu: ffmpeg: Update to 4.3.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 4.3.1.

gnu: re2: Update to 2020-07-06.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2020-07-06.
[source](modules, snippet): Remove.

gnu: spdlog: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/logging.scm (spdlog): Update to 1.7.0.

gnu: fluidsynth: Update to 2.1.4.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): Update to 2.1.4.

gnu: exiv2: Update to 0.27.3.

* gnu/packages/image.scm (exiv2): Update to 0.27.3.

gnu: libebml: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/xml.scm (libebml): Update to 1.4.0.

gnu: libmatroska: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/video.scm (libmatroska): Update to 1.6.0.

gnu: LibRaw: Update to 0.20.0 [fixes CVE-2020-15503].

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.20.0.
* gnu/packages/image.scm (freeimage)[source](patches): Add LibRaw
compatibility patch.

quirks: Adjust patch to allow traveling back to Dec. 2018.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42519>.

This fixes:

  guix time-machine --commit=897f303d2fa61497a931cf5fcb43349eb5f44c14

a commit dated Dec. 2018.

* guix/quirks.scm (%bug-41214-patch)[accesses-guile-2.2-optimization-options?]:
Add second 'match' clause.

doc: Mention the channel keyring branch.

Reported by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* doc/guix.texi (Channels): Mention the keyring branch and the
'keyring-reference' bit in '.guix-channel'.

doc: Use an existing commit in channel example.

Suggested by zimoun <zimon.toutoune@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Channels): Use the commit for 'v1.0.0' instead of a
non-existing commit in example.

gnu: luminance-hdr: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/patches/luminance-hdr-qt-printer.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/image-viewers.scm (luminance-hdr): Update to 2.6.0.
[inputs]: Add QTSVG and EIGEN.
[arguments]: Add #:tests? #f.

gnu: enigma: Fix build with GCC >= 6.

* gnu/packages/games.scm (enigma)[arguments]: Add phase to substitute faulty
comparison.

gnu: gpscorrelate: Update to 2.0.

* gnu/packages/gps.scm (gpscorrelate): Update to 2.0.
[arguments]: Remove #:tests?.
[inputs]: Remove GTK+-2.  Add GTK+.

gnu: Add dkgpg.

* gnu/packages/openpgp.scm (dkgpg): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libtmcg.

* gnu/packages/openpgp.scm: New file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: github: Gracefully handle projects that have disappeared.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42509>.
Reported by Alexandru-Sergiu Marton <brown121407@posteo.ro>.

* guix/import/github.scm (fetch-releases-or-tags): Use 'http-fetch'
instead of 'json-fetch', and guard against 404 errors.  Upon 404, emit a
warning and return the empty vector.

pack: '-R' applies to propagated inputs too.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42510>.

* guix/scripts/pack.scm (wrapped-manifest-entry): Recurse on
'dependencies' field.
* tests/guix-pack-relocatable.sh: Add test.

gnu: gcc: Fix libstdc++ misconfiguration.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42392>.
Reported by Maxim Cournoyer and Erik Garrison.

Until now, the generated <bits/c++config.h> would be incorrect (many
_GLIBCXX_HAVE macros would be undefined), which in turn would lead to
build failures for most C++ programs.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-6)[inputs]: Add LIBSTDC++-HEADERS.
(libstdc++, libstdc++-headers): New variables.
* gnu/packages/gcc.scm (gfortran): Change first argument to 'custom-gcc'
to remove dependency on LIBSTDC++-HEADERS.

gnu: gcc@10: Update to 10.2.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-10): Update to 10.2.0.

gnu: Add sleef.

* gnu/packages/maths.scm (sleef): New variable.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@gnu.org>

gnu: duplicity: Update to 0.8.14.

* gnu/packages/backup.scm (duplicity): Update to 0.8.14.
[native-inputs]: Add gettext, python-future, python-pytest,
python-pytest-runner, and python-setuptools-scm.  Move other python2 packages
to python.
[propagated-inputs]: Ditto.
[inputs]: Use latest librsync.
[arguments]: Remove #:python argument.  Adjust gpg substitution regex for
latest source.

gnu: Fix Krita.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42476>.
Reported by linka on #guix.

* gnu/packages/patches/qtbase-fix-krita-deadlock.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qt.scm (qtbase-for-krita): New variable.
* gnu/packages/kde.scm (krita)[inputs]: Replace qtbase with qtbase-for-krita.

gnu: blender: Update to 2.83.3.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.83.3.

gnu: dnsmasq: Update to 2.82.

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq): Update to 2.82.

gnu: jo: Update to 1.4.

* gnu/packages/web.scm (jo): Update to 1.4.

gnu: wavpack: Update to 5.3.2.

* gnu/packages/audio.scm (wavpack): Update to 5.3.2.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Replace the ‘bootstrap’ phase.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: burp: Add ACL support.

* gnu/packages/backup.scm (burp)[inputs]: Add acl.

gnu: burp: Update to 2.3.30.

* gnu/packages/backup.scm (burp): Update to 2.3.30.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf and automake.

gnu: parallel: Update to 20200722.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20200722.

Revert "gnu: Fix Krita."

This reverts commit 5f63905096e456097fca206f56ce9257f72faf64.

This commit caused `guix pull` to crash like this:

------
Backtrace:
In ice-9/boot-9.scm:
   222:29 19 (map1 _)
   222:29 18 (map1 _)
   222:29 17 (map1 _)
   222:29 16 (map1 _)
   222:17 15 (map1 (((gnu packages kde)) ((gnu packages libevent)) ((gnu packages libidn)) ((gnu packages #)) ((?)) ?))
  3297:17 14 (resolve-interface (gnu packages kde) #:select _ #:hide _ #:prefix _ #:renamer _ #:version _)
In ice-9/threads.scm:
    390:8 13 (_ _)
In ice-9/boot-9.scm:
  3223:13 12 (_)
In ice-9/threads.scm:
    390:8 11 (_ _)
In ice-9/boot-9.scm:
  3507:20 10 (_)
   2806:4  9 (save-module-excursion _)
  3527:26  8 (_)
In unknown file:
           7 (primitive-load-path "gnu/packages/kde" #<procedure 7f68d6fe5da0 at ice-9/boot-9.scm:3514:37 ()>)
In ice-9/eval.scm:
   626:19  6 (_ #<directory (gnu packages kde) 7f68d6175b40>)
   293:34  5 (_ #<directory (gnu packages kde) 7f68d6175b40>)
   173:47  4 (_ #(#<directory (gnu packages kde) 7f68d6175b40> #<promise #<procedure 7f68dc5a5d00 at ice-9/eval.sc?>))
    159:9  3 (_ #(#<directory (gnu packages kde) 7f68d6175b40> #<promise #<procedure 7f68dc5a5d00 at ice-9/eval.sc?>))
   191:35  2 (_ #(#<directory (gnu packages kde) 7f68d6175b40> #<promise #<procedure 7f68dc5a5d00 at ice-9/eval.sc?>))
   223:20  1 (proc #(#<directory (gnu packages kde) 7f68d6175b40> #<promise #<procedure 7f68dc5a5d00 at ice-9/eval?>))
In unknown file:
           0 (%resolve-variable (7 . qtbase) #<directory (gnu packages kde) 7f68d6175b40>)

ERROR: In procedure %resolve-variable:
error: qtbase: unbound variable
------

gnu: Fix Krita.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42476>.
Reported by linka on #guix.

* gnu/packages/patches/qtbase-fix-krita-deadlock.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/kde.scm (qtbase-for-krita): New variable.
(krita)[inputs]: Replace qtbase with qtbase-for-krita.

gnu: ungoogled-chromium: Avoid top-level reference to LLD.

* gnu/packages/chromium.scm (lld-as-ld, lld-wrapper, lld/wrapped): Move into ...
(make-lld-wrapper): ... here.  New procedure.

gnu: Add mercury.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add mercury.scm.
* gnu/packages/mercury.scm: New file.

gnu: ccache: Update to 3.7.11.

* gnu/packages/ccache.scm (ccache): Update to 3.7.11.

gnu: ansible: Update to 2.9.11.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.9.11.

gnu: rgbds: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/assembly.scm (rgbds): Update to 0.4.1.

gnu: fio: Update to 3.21.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 3.21.

gnu: warzone2100: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/games.scm (warzone2100): Update to 3.4.1.

gnu: python-django: Add optional inputs.

* gnu/packages/django.scm (python-django)[propagated-inputs]: Add
python-argon2-cffi, python-bcrypt.

gnu: python-django: Update to 1.11.29.

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.11.29.

gnu: khal: Fix a failing test.

* gnu/packages/calendar.scm (khal)[arguments]: Fix a failing test.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: polyml: Update to 5.8.1.

* gnu/packages/sml.scm (polyml): Update to 5.8.1.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.53.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.53.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-5.4): Update to 5.4.53.

gnu: linux-libre@5.7: Update to 5.7.10.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.7-version): Update to 5.7.10.
(linux-libre-5.7-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-5.7): Update to 5.7.10.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.134.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.134.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.
(deblob-scripts-4.19): Update to 4.19.134.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.189.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.189.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.
(linux-libre-4.14-source): Remove %linux-libre-fix-atheros-9271-patch.
(deblob-scripts-4.14): Update to 4.14.189.
(%linux-libre-fix-atheros-9271-patch): Delete variable.
* gnu/packages/patches/linux-libre-fix-atheros-9271.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.231.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.231.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.
(linux-libre-4.9-source): Remove %linux-libre-fix-atheros-9271-patch.
(deblob-scripts-4.9): Update to 4.9.231.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.231.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.231.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.
(linux-libre-4.4-source): Remove %linux-libre-fix-atheros-9271-patch.
(deblob-scripts-4.4): Update to 4.4.231.

gnu: nsd: Update to 4.3.2.

* gnu/packages/dns.scm (nsd): Update to 4.3.2.

gnu: wla-dx: Update to 9.11.

* gnu/packages/assembly.scm (wla-dx): Update to 9.11.

gnu: sslh: Update to 1.21b.

* gnu/packages/networking.scm (sslh): Update to 1.21b.

gnu: ledger: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/finance.scm (ledger): Update to 3.2.1.

gnu: rdiff-backup: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/backup.scm (rdiff-backup): Update to 2.0.3.
[native-inputs]: New field.
[inputs]: Use python3 and latest librsync.
[arguments]: Remove '#:python' argument.
[home-page]: Old url redirects, so use the new url.

gnu: ungoogled-chromium: Enable all release optimizations.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium-snippet): Add substitution to
allow using unbundled dependencies in "official" builds.
(lld-as-ld, lld-wrapper, lld/wrapped): New variables.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Add "is_official_build" to #:configure-flags.
Remove redundant or unnecessary flags, disable system protobuf.  Use llvm-ar
and llvm-nm instead of their binutils equivalents.
[native-inputs]: Add LLD/WRAPPED.
[inputs]: Remove PROTOBUF.

gnu: Clang: Install the CFI blacklist.

* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm)[arguments]: Add phase to symlink
cfi_blacklist.txt from CLANG-RUNTIME.

gnu: ungoogled-chromium: Add VA-API fix for some Intel systems.

* gnu/packages/chromium.scm (%arch-patches): New variable.
(ungoogled-chromium-snippet): Use it.

gnu: Add font-catamaran.

* gnu/packages/fonts.scm (font-catamaran): New variable.

gnu: jupyter-guile-kernel: Update to f25fb90 and build with Guile 3.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (jupyter-guile-kernel): Update
to f25fb90.  Re-indent package definition (using indent.el)
[phases]: Replace /home with /usr/local
[inputs]: Use GUILE-3.0 instead of GUILE-2.2, and GUILE-JSON-3 instead
of GUILE-JSON-1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix-jupyter: Correct kernel search location.

gnu/packages/package-management.scm: guix-jupyter:
[phases]: Use guile 3.0 instead of 2.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix system: 'reconfigure' disallows downgrades by default.

This is similar to what 9744cc7b4636fafb772c94adb8f05961b5b39f16 did for
'guix pull'.

* guix/scripts/system/reconfigure.scm (ensure-forward-reconfigure)
(warn-about-backward-reconfigure, channel-relations)
(check-forward-update): New procedures.
* guix/scripts/system.scm (perform-action): Add #:validate-reconfigure.
Call 'check-forward-update' when ACTION is 'reconfigure.
(%options, show-help): Add "--allow-downgrades".
(%default-options): Add 'validate-reconfigure' key.
(process-action): Pass #:validate-reconfigure to 'perform-action'.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document 'guix system describe'
more prominently, and document '--allow-downgrades'.

git: 'update-cached-checkout' has a new #:check-out? parameter.

* guix/git.scm (update-cached-checkout): Add #:check-out? parameter and
honor it.

git: Factorize 'resolve-reference'.

* guix/git.scm (resolve-reference): New procedure.
(switch-to-ref): Use it.

doc: Tweak mcron example.

* doc/guix.texi (Scheduled Job Execution): In example, move '%min-level'
definition after 'use-modules'.

doc: Recommend running 'guix git authenticate' when cloning the repo.

* doc/contributing.texi (Building from Git): Adjust instruction and
recommend 'guix git authenticate'.

gnu: quadrapassel: Update to 3.36.02.

* gnu/packages/games.scm (quadrapassel): Update to 3.36.02.
[inputs]: Add gsound.

gnu: sudo: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.2.

services: nix: Fix sandbox.

* gnu/tests/package-management.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add this.
* gnu/services/nix.scm (<nix-configuration>): New record.
(nix-activation): Generate Nix config file which fixes sandbox.
(nix-service-type): Add default value.
(nix-shepherd-service): Allow provide Nix package.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services)[Nix service]<nix-configuration>:
Document record.

services: base: Export references-file.

* gnu/services/base.scm (references-file): Export procedure.

arb: Update to 2.18.1.

* gnu/packages/patches/arb-flint-2.6.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/algebra.scm (arb): Update to 2.18.1.
[source](patches): Remove.

gnu: gp2c: Update to 0.0.11pl4.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.11pl4.

Revert "gnu: patchelf: Update to 0.11."

Patchelf has 700+ dependencies, so this should go through the staging branch.

This reverts commit 20cc8f9487e949ed2d314219cc828c3663d4f12b.

gnu: patchelf: Update to 0.11.

* gnu/packages/elf.scm (patchelf): Update to 0.11.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: git-annex: Update to 8.20200720.1.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 8.20200720.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: Add chaiscript.

* gnu/packages/cpp.scm (chaiscript): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: Add remid-lv2.

* gnu/packages/music.scm (remid-lv2): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: Add intel-xed.

* gnu/packages/assembly.scm (intel-xed): New variable.
* gnu/packages/patches/intel-xed-fix-nondeterminism.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add reference to new patch.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>