gnu: python-unidecode: Fix typo in description.

* gnu/packages/python.scm (python-unidecode)[description]: Fix typo.

gnu: python-unidecode: Update to 0.04.21.

* gnu/packages/python.scm (python-unidecode): Update to 0.04.21.

gnu: proteinortho: Update to 5.16b.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (proteinortho): Update to 5.16b.

gnu: you-get: Update to 0.4.915.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.915.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: xpra: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.1.2.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: bitcoin-core: Build with modular Qt.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core)[native-inputs]: Add QTTOOLS.
[inputs]: Remove QT.  Add QTBASE.
[arguments]: Specify paths to "lrelease" and "lupdate" in #:configure-flags.

gnu: bitcoin-core: Update to 0.15.0.1.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.15.0.1.

gnu: libraw: Update to 0.18.5 [fixes CVE-2017-13735, CVE-2017-14265].

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.18.5.

gnu: libsodium: Update to 1.0.14.

* gnu/packages/crypto.scm (libsodium): Update to 1.0.14.
[source, home-page]: Use HTTPS.

uuid: Add a parser for FAT32 UUIDs.

* gnu/system/uuid.scm (%fat32-uuid-rx): New variable.
(string->fat32-uuid): New procedure.
(%uuid-parsers): Add it.
* tests/uuid.scm ("uuid, FAT32, format preserved"): New test.

gnu: r-adaptivesparsity: Add dependency on Armadillo.

Fixes a link error whereby -larmadillo would not be found.

* gnu/packages/machine-learning.scm (r-adaptivesparsity)[inputs]: New
field.

gnu: openttd-opengfx: Disable parallel build.

* gnu/packages/games.scm (openttd-opengfx)[arguments]: Set #:parallel-build?
to #f.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: openttd: Include openttd-openmsx and openttd-opensfx.

* gnu/packages/games.scm (openttd-opengfx)[arguments]: Change installation
directory from /share/openttd/baseset/opengfx to
/share/games/openttd/baseset/opengfx.
(openttd-engine)[arguments]: Support #:configure-flags keyword argument in
'configure' phase.
(openttd)[inputs]: Add timidity++.
[native-inputs]: Add openttd-openmsx and openttd-opensfx.
[arguments]: Configure with timidity as MIDI player. Install data from
openttd-openmsx and openttd-opensfx.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: Add openttd-openmsx.

* gnu/packages/games.scm (openttd-openmsx): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: Add openttd-opensfx.

* gnu/packages/games.scm (openttd-opensfx): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

licenses: Add CC-Sampling+ 1.0.

* guix/licenses.scm (cc-sampling-plus-1.0): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: Add catcodec.

* gnu/packages/game-development.scm (catcodec): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: Use xxd instead of vim.

* gnu/packages/audio.scm (faust-2)[native-inputs]: Replace vim with xxd.
* gnu/packages/avr.scm (microscheme)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (star)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/disk.scm (dosfstools)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope)[inputs]: Likewise.

gnu: Add xxd.

* gnu/packages/vim.scm (xxd): New variable.

build: Do not store two copies of the ISO-9660 superblock anymore.

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Do not store two copies of the
ISO-9660 superblock anymore.

gnu: linux-libre: Update to 4.13.3.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.13.3.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.51.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.51.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.44.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.44.

services: network-manager: Add support for VPN plug-ins.

* gnu/services.scm (directory-union): Export.
* gnu/services/networking.scm (<network-manager-configuration>)[vpn-plugins]:
New field.
(vpn-plugin-directory, network-manager-environment): New procedure.
(network-manager-shepherd-service): Pass #:environment-variables to
'make-forkexec-constructor'.
(network-manager-service-type): Add SESSION-ENVIRONMENT-SERVICE-TYPE
extension.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

services: Move 'session-environment-service-type' to pam.scm.

* gnu/services/base.scm (environment-variables->environment-file)
(session-environment-service-type)
(session-environment-service): Move to...
* gnu/system/pam.scm: ... here.

system: <boot-parameters> does not use "/dev" device names.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28445>.
Reported by Mark H Weaver and Roel Janssen.

* gnu/system.scm (read-boot-parameters)[ensure-not-/dev]: New procedure.
Use it.

gnu: vim: Update to 8.0.1130.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.0.1130.

gnu: dlib: Update to 19.7.

* gnu/packages/machine-learning.scm (dlib): Update to 19.7.
[arguments]: Add #:configure-flags.  Remove redundant CXXFLAGS from 'check' phase.

gnu: emacs: Update to 25.3.

* gnu/packages/patches/emacs-unsafe-enriched-mode-translations.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Update to 25.3.
[source]: Remove obsolete patch.

gnu: Add vcsh.

* gnu/packages/version-control.scm (vcsh): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openfoam: Fix typo in Note.

* gnu/packages/simulation.scm (openfoam): Put capital 'D' in 'pitzDaily'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add network-manager-openvpn.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-openvpn): New variable.

gnu: virt-manager: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/virtualization.scm (virt-manager): Update to 1.4.3.

gnu: gnuastro: Update to 0.4.

* gnu/packages/astronomy.scm (gnuastro): Update to 0.4.

gnu: wcslib: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/astronomy.scm (wcslib)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: wcslib: Update to 5.17.

* gnu/packages/astronomy.scm (wcslib): Update to 5.17.

gnu: btrfs-progs: Install bash completions.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs)[arguments]: Add
'install-bash-completion' phase.

gnu: python-pyjwt: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/python.scm (python-pyjwt): Update to 1.5.3.

gnu: samba: Update to 4.6.8.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.6.8.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.33.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.33.
* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Likewise.

gnu: nspr: Update to 4.17.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nspr): Update to 4.17.

gnu: gnupg: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.1.

gnu: system: Fix computation of boot parameters for LUKS devices.

* gnu/system.scm (read-boot-parameters): Fix store-device computation for root
devices of type "device", like the LUKS partition described in the manual.
From a patch from https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=28445#23.

Signed-off-by: Andy Wingo <wingo@igalia.com>

gnu: xorg-server: Prefer intel driver only for older GPUs.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Add patch to only prefer the intel
  driver for older Intel GPUs.

Signed-off-by: Andy Wingo <wingo@igalia.com>

gnu: services: Add modesetting driver to xorg configuration path.

* gnu/services/xorg.scm (xorg-configuration-file): Add drivers path from
  xorg-server.  This includes the modesetting driver.

Signed-off-by: Andy Wingo <wingo@igalia.com>

gnu: xf86-video-intel: Update to latest Git.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-intel): Update to latest Git.

Signed-off-by: Andy Wingo <wingo@igalia.com>

gnu: Add cheese.

* gnu/packages/gnome.scm (cheese): New public variable.

Signed-off-by: Andy Wingo <wingo@igalia.com>

gnu: Add gnome-video-effects.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-video-effects): New public variable.

Signed-off-by: Andy Wingo <wingo@igalia.com>

download: Don't report the progress too fast.

* guix/utils.scm (<progress-reporter>): New record type.
(call-with-progress-reporter): New procedure.
* guix/build/download.scm (dump-port*, rate-limited, progress-reporter/file):
New procedures.
(ftp-fetch, http-fetch): Use 'dump-port*'.
(progress-proc): Remove procedure.
* guix/scripts/substitute.scm (progress-report-port): Rewrite in terms of
<progress-reporter>.
(process-substitution): Adjust accordingly.

cve: Disable position recording while reading the CVE list.

* guix/cve.scm (fetch-vulnerabilities)[read*]: New procedure.
Use it in lieu of 'read'.

doc: Mention 'mkfs.fat' for the ESP.

Suggested by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Mention 'mkfs.fat'.

gnu: emacs-skewer-mode: Include html and js files.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-skewer-mode): Include html and js files.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: efl: Update to 1.20.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.20.4.

doc: Add a note about closing bug threads.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Add a note about closing bug
threads by mailing to NNN-done@debbugs.gnu.org.

Suggested-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

doc: Add "Sending a Patch Series" subsection.

Searching for `git send-email' took you to the end of `Submitting Patches'
section which said

   You may use your email client or the ‘git send-email’ command.

without further warning or remark.

* doc/contributing.texi (Sending a Patch Series): Move information about
debbugs bug 15361 to subsection.  Add git-send-email index entries.
(Submitting Patches): Reference it.

system: Create "/etc/hostname".

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service): Add a plain-file with the
  operating-system-host-name.

gnu: cuirass: Update development snapshot.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to commit 87ad259.

http-client: 'http-client/cached' uses 'If-Modified-Since'.

* guix/http-client.scm (http-fetch/cached)[update-cache]: Add
'cache-port' parameter.  Check its mtime and compute 'if-modified-since'
header accordingly.  Guard 'http-get-error?' and honor 304.
Adjust callers of 'update-cache'.
* guix/gnu-maintenance.scm (ftp.gnu.org-files): Set #:ttl to 15m.

utils: 'current-source-directory' gracefully deals with lack of location info.

* guix/utils.scm (current-source-directory): Adjust for when
'syntax-source' returns #f.

gnu: qutebrowser: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (qutebrowser): Update to 0.11.0.

gnu: gstreamer: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer, gst-plugins-base, gst-plugins-good,
gst-plugins-bad, gst-plugins-ugly, gst-libav, python-gst): Update to 1.12.3.

gnu: gdk-pixbuf: Replace with 2.36.10.

Fixes CVE-2017-2862, CVE-2017-2870 and CVE-2017-6311.

* gnu/packages/gtk.scm (gdk-pixbuf, gdk-pixbuf+svg)[replacement]: New field.
(gdk-pixbuf-2.36.10, gdk-pixbuf+svg-2.36.10): New variables.

gnu: freexl: Update to 1.0.4 [fixes CVE-2017-2923 and CVE-2017-2924].

* gnu/packages/xml.scm (freexl): Update to 1.0.4.

gnu: newsbeuter: Fix CVE-2017-14500.

* gnu/packages/syndication.scm (newsbeuter)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/newsbeuter-CVE-2017-14500.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: tor: Update to 0.3.0.11 [fixes CVE-2017-0380].

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.0.11.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.09.15.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.09.15.

gnu: httpd: Patch "options bleed" [fixes CVE-2017-9798].

* gnu/packages/patches/httpd-CVE-2017-9798.patch: New file.
* gnu/packages/web.scm (httpd)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

system: Define 'DICPATH' in /etc/profile.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service) <profile>: Define
'DICPATH'.

gnu: r-rcas: Add missing inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas)[propagated-inputs]: Add r-pbapply.

gnu: r-energy: Update to 1.7-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-energy): Update to 1.7-2.

gnu: r-glmnet: Update to 2.0-12.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 2.0-12.

gnu: r-lambda-r: Update to 1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lambda-r): Update to 1.2.

gnu: r-gridextra: Update to 2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gridextra): Update to 2.3.

gnu: r-dplyr: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dplyr): Update to 0.7.3.

gnu: r-crayon: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-crayon): Update to 1.3.4.

gnu: r-svglite: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-svglite): Update to 1.2.1.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-21.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-21.

substitute: Close the download port after substitution finished.

* guix/scripts/substitute.scm (progress-substitution): Call 'close-port'
after 'restore-file'.

gnu: r-rcas: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas): Update to 1.3.4.

gnu: r-caret: Update to 6.0-77.

* gnu/packages/statistics.scm (r-caret): Update to 6.0-77.
[propagated-inputs]: Remove r-car; add r-recipes and r-withr.

gnu: r-rstudioapi: Update to 0.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rstudioapi): Update to 0.7.

gnu: r-openssl: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-openssl): Update to 0.9.7.
[inputs]: Replace openssl with libressl.

gnu: Add r-recipes.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): New variable.

gnu: Add r-ipred.

* gnu/packages/cran.scm (r-ipred): New variable.

gnu: Add r-rcpproll.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpproll): New variable.

gnu: Add r-gower.

* gnu/packages/cran.scm (r-gower): New variable.

gnu: Add r-ddalpha.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddalpha): New variable.

gnu: Add r-timedate.

* gnu/packages/cran.scm (r-timedate): New variable.

gnu: Add r-dimred.

* gnu/packages/cran.scm (r-dimred): New variable.

gnu: Add r-prodlim.

* gnu/packages/cran.scm (r-prodlim): New variable.

gnu: Add r-drr.

* gnu/packages/cran.scm (r-drr): New variable.

gnu: Add r-lava.

* gnu/packages/cran.scm (r-lava): New variable.

gnu: Add r-cvst.

* gnu/packages/cran.scm (r-cvst): New variable.

gnu: hicolor-icon-theme: Update to 0.17.

* gnu/packages/gnome.scm (hicolor-icon-theme): Update to 0.17.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: blender: Update to 2.79.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.79.
[source]: Use https.
[home-page]: Same.

gnu: emacs-org: Update to 20170917.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20170917, aka Org 9.1.1.

gnu: binutils: Fix security issues.

* gnu/packages/base.scm (binutils)[replacement]: New field.
(binutils/fixed): New variable.
* gnu/packages/commencement.scm (binutils-boot0, binutils-final): Use
'package/inherit' to correctly use replacement binutils.

gnu: certbot: Fix build with python-pyopenssl >= 17.3.0.

* gnu/packages/patches/python-acme-dont-use-openssl-rand.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/tls.scm (python-acme)[source]: Use it.

gnu: python-pyopenssl: Update to 17.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl): Update to 17.3.0.

gnu: lftp: Update to 4.8.1.

* gnu/packages/ftp.scm (lftp): Update to 4.8.1.