gnu: Add ocaml-bin-prot.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-bin-prot): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-custom-printf.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-custom-printf): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-variants-conv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-variants-conv): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-sexp-conv.

* gnu/packaes/ocaml.scm (ocaml-ppx-sexp-conv): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-fields-conv.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-fields-conv): New variable.

gnu: Add ocaml-variantslib.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-variantslib): New variable.

gnu: Add ocaml-fieldslib.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-fieldslib): New variable.

gnu: Add ocaml-ppx-compare.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-compare): New variable.

gnu: ocaml: Use propagated-inputs.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppxlib, ocaml-ppx-derivers, ocaml-base)
(ocaml-sexplib): Use propagated-inputs.

import: opam: Work around janestreet version numbers.

janestreet reversionned its packages and prefixed them with "v". Let the
importer know about that and choose "v" versions first.

* guix/import/opam.scm (find-latest-version): Work around version
rewrite from janestreet.
(opam->guix-package): Do not pass "v" to version number.

gnu: ocaml-ppx-derivers: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-derivers)[properties]: Add
upstream-name.

import: opam: Replace "_" with "-" in imported names.

* guix/import/opam.scm (ocaml-name->guix-name): Replace "_" with "-".
(opam->guix-packages): Add upstream name when we cannot guess it
properly.

import: opam: Fix conditions.

* guix/import/opam.scm (condition-eq, condition-neq): The first argument
can be empty.
* tests/opam.scm: Add test case.

gnu: unison: Update to 2.51.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (unison): Update to 2.51.1, use source from git
instead of svn and remove a snippet, and compile with current OCaml.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: shflags: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/version-control.scm (shflow)[source]: Use 'git-fetch'.
[native-inputs]: Remove gzip, tar.

gnu: cvs-fast-export: Update to 1.45.

* gnu/packages/version-control.scm (cvs-fast-export): Update to 1.45.
[arguments]: Remove 'fix-setpython-PATH' phase.

gnu: cvs-fast-export: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/version-control.scm (cvs-fast-export)[source]: Hard-code name.

gnu: python-sh: Use custom 'check phase.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-sh)[arguments]: Use custom 'check
phase as suggested by upstream documentation.
[native-inputs]: Add python-coverage.

gnu: darcs: Update to 2.14.2.

* gnu/packages/version-control.scm (darcs): Update to 2.14.2.

gnu: nyx: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/tor.scm (nyx): Update to 2.1.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/nyx-show-header-stats-with-python3.patch:
Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: noice: Update to 0.7.

* gnu/packages/suckless.scm (noice): Update to 0.7.

gnu: Add guile-dbd-postgresql.

Currently, there are packages for guile-dbi and guile-dbd-sqlite3, but the
PostgreSQL and MySQL parts are not packaged. As GNA which did host the release
archives for guile-dbi no longer exists, this package definition uses the
upstream Git repository.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-dbd-postgresql): New variable.
(guile-dbi)[arguments]: Add guile-dbd-postgresql to the rpath through the
[inputs]: Add guile-dbd-postgresql.

gnu: pscircle: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/admin.scm (pscircle): Update to 1.3.0.

gnu: pscircle: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/admin.scm (pscircle)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: emacs-ert-runner: Fix lisp directory warning.

This fixes the warning message such as: "Warning: Lisp directory
'/tmp/guix-build-emacs-ert-runner-0.7.0-1.90b8fdd.drv-0/source': No such file
or directory" that would be printed upon running ert-runner.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ert-runner)[phases]{install-executable}:
Filter out the temporary source directory from the paths composing the
EMACSLOADPATH variable used in the wrapper.

gnu: fdroidserver: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/android.scm (fdroidserver): Update to 1.1.1.
[propagated-inputs]: Add python-defusedxml.

gnu: Add cqfd.

* gnu/packages/docker.scm (cqfd): New variable.

gnu: thefuck: Update to 3.28.

* gnu/packages/admin.scm (thefuck): Update to 3.28.

gnu: lynis: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/admin.scm (lynis): Update to 2.7.1.

status: Display the current build phase.

* guix/status.scm (spin!): Add 'phase' parameter and honor it.  Callers
updated.
(print-build-event)[report-progress]: Likewise.

status: Keep track of the current build phase.

* guix/status.scm (<build>)[phase]: New field.
(%phase-start-rx): New variable.
(update-build): Add clause to match %PHASE-START-RX and adjust the
'phase' field accordingly.
* tests/status.scm ("compute-status, build phase"): Add test

status: Use 'define-immutable-record-type' and its functional setters.

* guix/status.scm (<build>): Define using
'define-immutable-record-type', and add 'set-build-completion' binding.
(update-build)[set-completion]: Remove.
Use 'set-build-completion' instead.

guix-install.sh: Avoid "#!/bin/bash" shebang.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34279>.
Reported by Claes Wallin (韋嘉誠) <clacke@lysator.liu.se>.

* etc/guix-install.sh: Change shebang to #!/bin/sh and add 'if'
statement to spawn Bash if needed.

gnu: wine-staging: Update to 4.1.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.1.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.1.

gnu: retroarch: Fix wayland backend.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Fix wayland backend.
[arguments]: Hard-code wayland-protocols.
[native-inputs]: Add wayland-protocols.

gnu: artanis: Make some improvements.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (artanis): Remove a tab character by the
revision.
[arguments]: Patch the site-dir for the help command, to make it work. Wrap
the art command such that it finds guile-json and guile-redis.

gnu: Add xmagnify.

* gnu/packages/accessibility.scm (xmagnify): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: retroarch: Update to 1.7.6.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.7.6.
[inputs]: Add libxrandr.

gnu: emacs-org, emacs-org-contrib: Update to 9.2.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org): Update to 9.2.1.
(emacs-org-contrib): Update to 20190203, i.e., 9.2.1.

gnu: Remove unused patch 'mcron-install.patch'.

This is a followup to commit cfbf6de18cc70d2e385feb5f61f9363f18e78ddf.

* gnu/packages/patches/mcron-install.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'ocaml-graph-honor-source-date-epoch.patch'.

This is a followup to commit 564cf93f2aca60171b4b97559ffc6c952e73e8ed.

* gnu/packages/patches/ocaml-graph-honor-source-date-epoch.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'ocaml-findlib-make-install.patch'.

This is a followup to commit bff6739d5ea513417bb491a61aa276c4fb7ddd43.

* gnu/packages/patches/ocaml-findlib-make-install.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'python2-rdflib-drop-sparqlwrapper.patch'.

* gnu/packages/patches/python2-rdflib-drop-sparqlwrapper.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'openldap-CVE-2017-9287.patch'.

This is a followup to commit 47415332d70cd9166b0914ce43018ae57083c120.

* gnu/packages/patches/openldap-CVE-2017-9287.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'glibc-memchr-overflow-i686.patch'.

This is a followup to commit 67d527e35e367c9e9e89ec01cda2ce32cabd2d89.

* gnu/packages/patches/glibc-memchr-overflow-i686.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'net-tools-bitrot.patch'.

This is a followup to commit b5f610620b65eabd671a5f68d6e6155194101efa.

* gnu/packages/patches/net-tools-bitrot.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'xboing-CVE-2004-0149.patch'.

This is a followup to commit 740a335558a440245a2374fae9ffaa3427aa546c.

* gnu/packages/patches/xboing-CVE-2004-0149.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'ao-cad-aarch64-support.patch'.

This is a followup to commit 28f4d56dd311a3b4c7102394120de05be6937494.

* gnu/packages/patches/ao-cad-aarch64-support.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove unused patch 'blender-newer-ffmpeg.patch'.

This is a followup to commit fc51c28ae8172c9f4370772bd76601f89b9498e6.

* gnu/packages/patches/blender-newer-ffmpeg.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Removed unused patch 'readline-7.0-mingw.patch'.

This patch was introduced in commit ae12d586275cdd96db23fb01bf840b2055b5b979,
but it was never used.

See <https://bugs.gnu.org/26581> for more information.

* gnu/packages/patches/readline-7.0-mingw.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add ocaml-ppx-inline-test.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-inline-test): New variable.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: ocaml-migrate-parsetree: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-migrate-parsetree): Update to 1.2.0.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: dune: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/ocaml.scm (dune): Update to 1.6.3.
* guix/build/dune-build-system.scm (build): Use --libdir.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: gx, go-github-com-whyrusleeping-gx-util: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/ipfs.scm (gx, go-github-com-whyrusleeping-gx-util): Update to 0.14.1.

gnu: gambit-c: Update to 4.9.2.

* gnu/packages/scheme.scm (gambit-c): Update to 4.9.2.

gnu: autossh: Update to 1.4g.

* gnu/packages/ssh.scm (autossh): Update to 1.4g.

gnu: autossh: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/ssh.scm (autossh)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: sshuttle: Update to 0.78.5.

* gnu/packages/vpn.scm (sshuttle): Update to 0.78.5.
[native-inputs]: Add python-flake8 and python-pytest-cov.
Remove implied python-pytest.

doc: Document how to enable qemu binfmt service and how to use it.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Document how to enable qemu
binfmt service and how to use it.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

daemon: Add "/guix" to default 'nixLibexecDir'.

This makes it easier to run the uninstalled daemon.

* nix/local.mk (libstore_a_CPPFLAGS): Append "/guix" to
NIX_LIBEXEC_DIR.
* build-aux/pre-inst-env.in (NIX_LIBEXEC_DIR): Adjust comment.
* nix/libstore/builtins.cc (builtinDownload): Remove SUBDIR and its
use.
* nix/libstore/local-store.cc (runAuthenticationProgram): Ditto.
* nix/libstore/gc.cc (addAdditionalRoots): Remove "/guix" prefix.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (main): Ditto.

daemon: Remove the 'NIX_SUBSTITUTERS' environment variable.

* nix/libstore/globals.cc (Settings:update): Remove changes to
'substituters'.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (main): Set 'settings.substituters'
directly instead of changing the 'NIX_SUBSTITUTERS' environment variable.
* build-aux/pre-inst-env.in: Remove reference to 'NIX_SUBSTITUTERS'.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.01.30.1.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.01.30.1.

status: Erase the progress bar or spinner.

Previously the progress bar wouldn't be erased by the time the next
"building foo" line would be printed.

* guix/status.scm (print-build-event)[erase-current-line*]: New
procedure.
Call it instead of (display "\r").

gnu: python-sh: Remove duplicate.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-sh): Remove duplicate definition.

gnu: go-github-com-minio-sha256-simd: Remove duplicate.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-minio-sha256-simd): Remove
duplicate.
* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-minio-sha256-simd): Bump revision to
supersede the older duplicate.

gnu: ecl-cl-markup: Remove duplicate.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl-cl-markup): Rename duplicate from this...
(ecl-cl-css): ...to this.

gnu: python-astor: Remove duplicate.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-astor): Remove duplicate.

gnu: Add missing module reference.

This is a follow-up to commit 05b4b3ea05b2a9e0c769fe3418c54a2819447a25.

* gnu/packages/python-xyz.scm: Add missing reference to (gnu packages
monitoring).

gnu: python-send2trash: Remove duplicates.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-send2trash, python2-send2trash): Remove
duplicates.
[source]: Fetch from git.

gnu: python-prometheus-client: Remove duplicate.

* gnu/packages/monitoring.scm (python-prometheus-client): Update to 0.5.0.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-prometheus-client,
python2-prometheus-client): Remove variables.

gnu: guile-wisp: Update to 0.9.9.1.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-wisp): Update to 0.9.9.1.
[arguments]: Add phases to build and install Emacs files.
[native-inputs]: Add emacs-minimal.

gnu: 0ad: Update to 0.0.23b-alpha.

* gnu/packages/games.scm (0ad-data, 0ad): Update to 0.0.23b-alpha.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: borg: Make man pages reproducible.

* gnu/packages/backup.scm (borg)[arguments]: Add
"remove-documentation-timestamps" phase.

gnu: containerd: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/docker.scm (containerd): Update to 1.2.2.

gnu: docker-cli: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/docker.scm (docker-cli)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: freeipmi: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/freeipmi.scm (freeipmi): Update to 1.6.3.

gnu: Remove duplicate import from (gnu packages gnome).

* gnu/packages/messaging.scm (define-module): Remove duplicate module
imports.  Order the remainder alphabetically.

gnu: gnome-mpv: Update to 0.16.

* gnu/packages/video.scm (gnome-mpv): Update to 0.16.

gnu: jo: Update to 1.2.

* gnu/packages/web.scm (jo): Update to 1.2.

gnu: go@1.4: Build with binutils-gold on armhf and aarch64.

* gnu/packages/golang.scm (go@1.4)[native-inputs]: Add binutils-gold
for armhf-linux and aarch64-linux.

gnu: Add binutils-gold.

This commit is thanks to Guix Days.

* gnu/packages/base.scm (binutils-gold): New variable.

gnu: u-boot: Update to 2019.01.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot): Update to 2019.01.
(u-boot-tools): Disable CONFIG_SOUND in sandbox configs.
(u-boot-pinebook)[source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/u-boot-pinebook-a64-update-dts.patch,
gnu/packages/patches/u-boot-pinebook-dts.patch,
gnu/packages/patches/u-boot-pinebook-mmc-calibration.patch,
gnu/packages/patches/u-boot-pinebook-r_i2c-controller.patch,
gnu/packages/patches/u-boot-pinebook-syscon-node.patch,
gnu/packages/patches/u-boot-pinebook-video-bridge.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust as necessary.

gnu: efilinux: Fix indentation of source code.

Follow-up to 6adfcbeab1cbaf8ce6ff6f32aad5d72f94860cbb.

* gnu/packages/efi.scm (efilinux): Fix indentation of source code.

gnu: fc-host-tools: Update to 9a.

* gnu/packages/embedded.scm (fc-host-tools)[source]: Update to 9a.
[arguments]<#:phases>[patch-installation-paths]: Modify.

gnu: Add efilinux.

* gnu/packages/efi.scm (efilinux): New variable.

gnu: Add efitools.

* gnu/packages/efi.scm (efitools): New variable.

gnu: Add sbsigntools.

* gnu/packages/efi.scm (sbsigntools): New variable.

gnu: Add gnu-efi.

* gnu/packages/efi.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

store: 'log-file' honors 'GUIX_LOG_DIRECTORY'.

* guix/store.scm (derivation-log-file): Use %LOCALSTATEDIR or
"GUIX_LOG_DIRECTORY" instead of (dirname %STATE-DIRECTORY).

daemon: Remove unused 'NIX_DATA_DIR' environment variable.

* nix/libstore/globals.hh (Settings)[nixDataDir]: Remove.
* nix/libstore/globals.cc (Settings:processEnvironment): Remove setting
of 'nixDataDir'.
* nix/local.mk (libstore_a_CPPFLAGS): Remove '-DNIX_DATA_DIR'.

self: Ensure the daemon refers to the right 'guix' command.

Previously it would refer to
/var/guix/profiles/per-user/root/current-guix/bin/guix, which would fail
when that profile does not exist.  This is notably the case when using
'channel-instance->package' as done in commit
7e6d8d366a61f951936ed83371877ce006f679f6.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-daemon)[arguments]: In
'install phase, honor environment variable 'GUIX'.
* guix/self.scm (whole-package)[wrap]: New procedure.
Use it.

daemon: Rename 'NIX_STATE_DIR' and 'NIX_DB_DIR' environment variables.

Fixes <https://bugs.gnu.org/22459>.
Reported by Jeff Mickey <j@codemac.net>.

* guix/config.scm.in (%state-directory): Change NIX_STATE_DIR to
GUIX_STATE_DIRECTORY.
(%store-database-directory): Change NIX_DB_DIR to
GUIX_DATABASE_DIRECTORY.
* nix/libstore/globals.cc (Settings::processEnvironment): Likewise.
* guix/self.scm (make-config.scm): Likewise.
* build-aux/build-self.scm (make-config.scm): Likewise.
* build-aux/test-env.in: Likewise.
* tests/derivations.scm ("derivation #:leaked-env-vars"): Likewise.
* tests/guix-build.sh (GUIX_DAEMON_SOCKET): Likewise.
* tests/guix-daemon.sh (socket): Likewise.

doc: Show how to install Emacs, Guile, and Geiser.

* doc/contributing.texi (The Perfect Setup): Show "guix package -i"
command line.

gnu: Add guile-picture-language.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-picture-language): New variable.

Update copyright header.

gnu: giac-xcas: Update to 1.5.0-37.

* gnu/packages/algebra.scm (giac-xcas): Update to 1.5.0-37.

gnu: milkytracker: Add LHA decompression support.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[inputs]: Add lhasa.

Update some copyright headers

gnu: wireshark: Update to 2.6.6.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.6.6.

gnu: Fix syntax error in emacs-xyz.scm.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-repo): Add missing parentheses and
license.