gnu: Add grass.

* gnu/packages/geo.scm (grass): New variable.

gnu: Add python-owslib.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-owslib): New variable.

gnu: r-harmony: Update to 0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-harmony): Update to 0.1.
[native-inputs]: Add autoconf.

gnu: r-shiny: Update to 1.4.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-shiny): Update to 1.4.0.2.

gnu: r-multiassayexperiment: Update to 1.12.5.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multiassayexperiment): Update to 1.12.5.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bigpint: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigpint): Update to 1.2.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biosigner: Update to 1.14.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biosigner): Update to 1.14.4.

gnu: r-gosemsim: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gosemsim): Update to 2.12.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tximport: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-tximport): Update to 1.14.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-caret: Update to 6.0-86.

* gnu/packages/cran.scm (r-caret): Update to 6.0-86.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-batchtools: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-batchtools): Update to 0.9.13.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-mcmc: Update to 0.9-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-mcmc): Update to 0.9-7.

gnu: r-proc: Update to 1.16.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-proc): Update to 1.16.2.

gnu: r-xgboost: Update to 1.0.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-xgboost): Update to 1.0.0.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-radiant-data: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-radiant-data): Update to 1.3.4.
[propagated-inputs]: Remove r-gridextra; add r-mass, r-patchwork, and
r-randomizr.

gnu: r-patchwork: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-patchwork): Update to 1.0.0.
[source]: Fetch from CRAN.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-igraph: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/graph.scm (r-igraph): Update to 1.2.5.

gnu: r-robustbase: Update to 0.93-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-robustbase): Update to 0.93-6.

gnu: r-hmisc: Update to 4.4-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-hmisc): Update to 4.4-0.

gnu: r-pkgmaker: Update to 0.31.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pkgmaker): Update to 0.31.1.

gnu: r-dt: Update to 0.13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): Update to 0.13.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-locfit: Update to 1.5-9.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-locfit): Update to 1.5-9.2.

gnu: Add r-randomizr.

* gnu/packages/cran.scm (r-randomizr): New variable.

gnu: sbcl: Increase maximum heap size to 2Gb.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl)[arguments]: Add the "--dynamic-space-size=2Gb"
  option in the build phase.

gnu: dialog: Update to 1.3-20200228.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog): Update to 1.3-20200228.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Git: Update to 2.26.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.26.0.
[arguments]: Adjust the 'install-credential-netrc' phase to upstream changes.

Revert "gnu: youtube-dl: Add 'ffmpeg' as input."

This reverts commit 4233e74b39635d5ef4dde204ecc26dcc894d9467.

gnu: Mutt: Update to 1.13.4.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.13.4.
[source]: Prefer HTTPS URL and replace FTP URL with HTTP.

gnu: sord: Add pcre to inputs.

* gnu/packages/rdf.scm (sord)[inputs]: Add pcre needed for sord_validate.

gnu: youtube-dl: Add zsh completion.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl)[arguments]: Add phase
install-completion.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: youtube-dl: Add 'ffmpeg' as input.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl)[arguments]: Add phase
wrap-executable.
[inputs]: Add ffmpeg.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

doc: Fix typo in example.

* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Fix example to use '%user'
variable defined above.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

system: Export 'operating-system-kernel-loadable-modules'.

* gnu/system.scm: Export 'operating-system-kernel-loadable-modules'.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: emacs-lua-mode: Update to 20191204.

* (emacs-lua-mode): Update to 20191204.

gnu: emacs-ert-runner: Update to 0.8.0.

* (emacs-ert-runner): Update to 0.8.0.

gnu: emacs-dash: Update to 2.17.0.

* (emacs-dash): Update to 2.17.0.

installer: Fix cow-store umount issue.

* gnu/installer/final.scm (kill-cow-users): Ignore exception that could be
raised if a process disappears between reading its pid and its maps file.

gnu: parallel: Update to 20200322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20200322.

gnu: extremetuxracer: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): Update to 0.8.0.

gnu: Add zlfo.

* gnu/packages/music.scm (zlfo): New variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: Add ztoolkit-rsvg.

* gnu/packages/audio.scm (ztoolkit-rsvg): New variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net> [with modifications]

gnu: Add ztoolkit.

* gnu/packages/audio.scm (ztoolkit): New variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: Add circos.

* gnu/local.mk: Register circos-remove-findbin.patch.
* gnu/packages/patches/circos-remove-findbin.patch: New file.
* gnu/packages/perl.scm: New variable.

gnu: Add python-gcovr.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gcovr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lv2toweb.

* gnu/packages/audio.scm (lv2toweb): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

machine: ssh: Better report missing initrd modules.

* gnu/machine/ssh.scm (machine-check-initrd-modules): Improve message
upon module mismatch.

deploy: Write a message upon successful deployment.

* guix/scripts/deploy.scm (guix-deploy): Write message upon successful
deployment.

deploy: Show what machines will be deployed.

* guix/scripts/deploy.scm (show-what-to-deploy): New procedure.
(guix-deploy): Call it.

ui: Add 'indented-string'.

* guix/scripts/pull.scm (display-news-entry): Remove extra space in
format string for 'indented-string'.
(indented-string): Remove.
(display-new/upgraded-packages)[pretty]: Pass #:initial-indent? to
'indented-string'.
* guix/ui.scm (indented-string): New procedure.

machine: ssh: Make sanity checks in a single round trip.

* gnu/machine/ssh.scm (<remote-assertion>): New record type.
(remote-let): New macro.
(machine-check-file-system-availability): Rewrite to use 'remote-let'
instead of 'mlet' and 'machine-remote-eval'.
(machine-check-initrd-modules): Likewise.
(machine-check-building-for-appropriate-system): Make non-monadic.
(check-deployment-sanity): Rewrite to gather all the assertions as a
single gexp and pass it to 'machine-remote-eval'.

ssh: 'send-files' reports missing modules on the remote host.

Reported by Mikael Djurfeldt <mikael@djurfeldt.com>
in <https://bugs.gnu.org/40125>.

* guix/ssh.scm (send-files)[inferior-remote-eval*]: New procedure.
[missing]: Use it.  Add an explicit 'resolve-module' call.
(report-inferior-exception): New procedure.

Re-order the armhf linux-libre kernel packages to fix the build.

This is a followup to commit 37f8c50cdc2e99189c74999319f3a1854d419546.

Previously, building Guix crashed like this:

------
In ice-9/eval.scm:
    619:8  4 (_ #f)
   626:19  3 (_ #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)
    159:9  2 (_ #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)
   223:20  1 (proc #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)
In unknown file:
           0 (%resolve-variable (7 . linux-libre-arm-generic) #<directory (gnu packages linux) 7fcf3e526c80>)

ERROR: In procedure %resolve-variable:
error: linux-libre-arm-generic: unbound variable
------

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-arm-veyron): Move after
linux-libre-arm-generic.

gnu: Add linux-libre-arm64-generic.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm64-generic): New variable.

gnu: linux-libre-arm-veyron: Deprecate package.

* gnu/packages/linux (linux-libre-arm-veyron): Mark as deprecated package.
  (kernel-config-veyron): Remove obsolete function.
* gnu/system/examples/asus-c201.tmpl: Update to use linux-libre-arm-generic.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.4-arm-veyron.conf: Delete file.
* Makefile.am (AUX_FILES): Update accordingly.

gnu: emacs-elpy: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpy): Update to 1.32.0.
[phases]{fake-virtualenv}: Rename to 'do-not-use-virtualenv.  Use the new
ELPY_TEST_DONT_USE_VIRTUALENV environment variable to skip tests using
virtualenv, and set the elpy-rpc-virtualenv-path default value to 'system so
that a virtualenv is not needed.
[native-inputs]: Move the Python dependencies to...
[propagated] ...here.  This is so that Elpy doesn't nag users with fetching
those from PyPI.   Add python-rope.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40079>.
Reported-by: sirgazil <sirgazil@zoho.com>

gnu: emacs: Patch references to /bin/sh.

When attempting to run ert-runner in the build side environment where /bin/sh
doesn't exist as part of the emacs-elpy test suite, Emacs was throwing the
error "Searching for program: No such file or directory, /bin/sh".  This is
because the default shell when SHELL is not set was "/bin/sh", as can be seen
in callproc.c:

  sh = getenv ("SHELL");
  Vshell_file_name = build_string (sh ? sh : "/bin/sh");

Thus, patch the occurrences of "/bin/sh" in the source files of Emacs to refer
to their correct store location.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[phases]{patch-program-file-names}: Add phase.

gnu: emacs-minimal: Install the custom site-start file.

This makes the EMACS-MINIMAL package more generally useful, by adding support
to load autoload definitions.  Note that this doesn't negatively impact the
performance of the emacs-build-system, because at that time the --quick option
is used, which disables loading site-start.el (which is the one calling
GUIX-EMACS-AUTOLOAD-PACKAGES).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-minimal)[phases]: Do not delete the
'install-site-start phase.
[inputs]: Add the emacs/guix-emacs.el auxiliary file.

gnu: emacs: Re-indent.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Fix indentation.

gnu: emacs: Byte compile the site-lisp directory, without coupling.

This re-instates what the previously reverted commit did, but without adding
a dependency on the (guix build emacs-utils) module.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[phases]{install-site-start}: Define a
EMACS-BYTE-COMPILE-DIRECTORY procedure, and use it.

Revert "gnu: emacs: Byte compile the site-lisp directory."

This reverts commit 4714d0fc1a96eb6d421b64b0b585fe8043dcd07b.

Rational: Having to rebuild Emacs every time (guix build emacs-utils) changes
is not great.

gnu: emacs: Remove obsolete FIXME comment.

* gnu/packages/aux-files/emacs/guix-emacs.el: Remove comment.

build: emacs-utils: Add an option to select scoping for batch eval.

In Emacs 27, --eval now evaluates using lexical scoping.  This change adds an
option to select dynamic scoping, by using a workaround proposed in
<https://bugs.gnu.org/39823>.

* guix/build/emacs-utils.scm (emacs-batch-eval): Add a DYNAMIC? keyword
argument.  Wrap the EXPR with a call to EVAL that makes use of the argument
to select the scoping mode.
(emacs-generate-autoloads): Use it.

gnu: wxmaxima: Update to 20.03.1.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 20.03.1.

nls: Update.

services: console-font: Fix docstring.

* gnu/services/base.scm (console-font-service-type): Use quasiquote and
unquote appropriately in docstring.

doc: Add console-font-service-type to Base Services.

* doc/guix.texi (Base Services): Add console-font-service-type.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Use the same source as ci.guix.gnu.org.

* etc/system-tests.scm (system-test-manifest): In 'local-file' call, use
a name that is a function of COMMIT to match what Cuirass does.

gnu: i3-gaps: Update to 4.18.

* gnu/packages/wm.scm (i3-gaps): Update to 1.18.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Remove qemu-minimal-2.10.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu-minimal-2.10): Remove variable.
* gnu/packages/debug.scm (qemu-for-american-fuzzy-lop): New variable.
(american-fuzzy-lop)[inputs]: Remove custom-qemu and add
qemu-for-american-fuzzy-lop.
[arguments]: Adjust reference to QEMU in the 'install-qemu' phase.

gnu: Prefix licenses in (gnu packages debug).

* gnu/packages/debug.scm: Add a license prefix.

gnu: electron-cash: Update to 4.0.13.

This package was inheriting from electrum, but as now almost all the fields
have differences, let's make these two packages independent from each other.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 4.0.13.
  [inputs]: Add libevent, openssl, python-cython, python-hidapi,
  python-keepkey, python-stem, python-trezor, qtsvg and zlib.
  [arguments]: Add a wrap-qt phase allowing qtsvg to be found at runtime to
  show SVG icons correctly.

gnu: gnome-shell-extension-paperwm: Update to 36.0.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-paperwm): Update to 36.0.

gnu: qbittorrent: Fix icons not showing in GUI.

* gnu/packages/bittorrent.scm (qbittorrent)[arguments]: Add a wrap-qt phase.

gnu: libchop: Build against libtirpc and related tools.

* gnu/packages/backup.scm (libchop)[source]: Add 'modules' and 'snippet'.
[arguments]: Add #:configure-flags; add 'set-libtirpc-include-path' phase.
[native-inputs]: Add RPCSVC-PROTO.
[inputs]: Add LIBTIRPC.

Remove workaround for 'time-monotonic' in Guile 2.2.2.

This is a followup to e688c2df3924423b67892cc9939ca099c729d1cb.

* build-aux/hydra/evaluate.scm <top level>: Remove 'time-monotonic'
definition.
* guix/cache.scm: Likewise.
* guix/progress.scm: Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm: Likewise.
* guix/scripts/weather.scm: Likewise.
* tests/cache.scm: Likewise.

installer: Do not include the host (guix config).

Previously, "locales.drv" would depend on the host's (guix config).
Thus, the derivation would depend on details of the user's installation.

* gnu/installer.scm (not-config?): New procedure.
(build-compiled-file): Pass it to 'source-module-closure' and use
'make-config.scm'.

gnu: Add nextpnr-ice40.

* gnu/packages/fpga.scm (nextpnr-ice40): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: icestorm: Update to latest revision.

* gnu/packages/fpga.scm (icestorm): Update to latest revision.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: r-dt: Update license field.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt)[license]: Add wtfpl2.

gnu: zzuf: Update license field.

* gnu/packages/debug.scm (zzuf)[license]: List as wtfpl2.

gnu: libcaca: Update license field.

* gnu/packages/video.scm (libcaca)[license]: List as wtfpl2.

build-system: linux-module: Fix cross compilation.

* guix/build-system/linux-module.scm (default-kmod, default-gcc): Delete
procedures.
(system->arch): New procedure.
(make-linux-module-builder)[native-inputs]: Move linux...
[inputs]: ...to here.
(linux-module-build-cross): New procedure.
(linux-module-build): Add TARGET.  Pass TARGET and ARCH to build side.
(lower): Allow cross-compilation.  Move "linux" and "linux-module-builder"
to host-inputs.  Add target-inputs.  Call linux-module-build-cross if
TARGET is set, linux-module-build otherwise.
* guix/build/linux-module-build-system.scm (configure): Add ARCH argument.
(linux-module-build): Adjust comment.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

system: Add kernel-loadable-modules to operating-system.

* gnu/system.scm (<operating-system>): Add kernel-loadable-modules.
(operating-system-directory-base-entries): Use it.
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Document
KERNEL-LOADABLE-MODULES.
* gnu/build/linux-modules.scm (depmod): New procedure.
(make-linux-module-directory): New procedure.  Export it.
* guix/profiles.scm (linux-module-database): New procedure.  Export it.
* gnu/tests/linux-modules.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre*)[arguments]<#:phases>[install]:
Disable depmod.  Remove "build" and "source" symlinks.
[native-inputs]: Remove kmod.

hydra: evaluate: Use 'with-build-handler'.

* build-aux/hydra/evaluate.scm (command-line): Remove 'set!' for
'build-things'.  Use 'with-build-handler' instead.
* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs): Add comment about
removing 'show-what-to-build' call.

packages: 'package-field-location' handles missing source properties.

This is a followup to f2b24f01f42c1bad3ddffd140194de1aec38a5f8.

* guix/packages.scm (package-field-location): Check whether
'source-properties->location' returns #f.  This fixes the case where
'source-properties' returns the empty list.

copy: Use 'with-build-handler'.

* guix/scripts/copy.scm (send-to-remote-host): Remove explicit
'show-what-to-build' call.  Call 'build-derivations' unconditionally.
(guix-copy): Wrap 'with-status-verbosity' in 'with-build-handler'.

copy: Actually implement '--dry-run'.

* guix/scripts/copy.scm (%options): Add '--dry-run'.

copy: Factorize 'with-store' & co.

* guix/scripts/copy.scm (send-to-remote-host): Remove 'with-store' and
'set-build-options-from-command-line' call.  Add 'local' parameter.
(retrieve-from-remote-host): Likewise.
(guix-copy): Wrap 'with-status-verbosity' in 'with-store' and add call
to 'set-build-options-from-command-line'.

ui: 'build-notifier' invokes continuation when there's nothing to do.

* guix/ui.scm (build-notifier): Call CONTINUE when there's nothing to
build or download, even when DRY-RUN? is true.

ui: 'show-what-to-build' returns two values, for builds and downloads.

* guix/ui.scm (show-what-to-build): Return two values.

ui: 'show-what-to-build' returns true when there are grafts to build.

* guix/ui.scm (show-what-to-build): Distinguish between 'build/full' and
'build'.  Return true whe 'build/full' is non-empty, thus taking grafts
into account.

guix system: Use 'with-build-handler'.

* guix/scripts/system.scm (reinstall-bootloader): Remove call to
'show-what-to-build*'.
(perform-action): Call 'build-derivations' instead of 'maybe-build'.
(process-action): Wrap 'run-with-store' in 'with-build-handler'.

guix package, pull: Use 'with-build-handler'.

* guix/scripts/package.scm (build-and-use-profile): Remove #:dry-run?
and #:use-substitutes?.  Remove call to 'show-what-to-build' and
'dry-run?' special case.
(process-actions): Adjust accordingly.
(guix-package*): Wrap 'parameterize' in 'with-build-handler'.
* guix/scripts/pull.scm (build-and-install): Remove #:use-substitutes?
and #:dry-run? and adjust 'update-profile' call accordingly.  Remove
'dry-run?' conditional.
(guix-pull): Wrap body in 'with-build-handler'.

pack: Use 'with-build-handler'.

* guix/scripts/pack.scm (guix-pack): Wrap 'parameterize' in
'with-build-handler'.  Remove explicit call to 'show-what-to-build'.
Call 'build-derivations' regardless of whether OPTS contains 'dry-run?'.

deploy: Use 'with-build-handler'.

Until now, 'guix deploy' would never display what is going to be built.

* guix/scripts/deploy.scm (guix-deploy): Wrap 'for-each' in
'with-build-handler'.

guix build: Use 'with-build-handler'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28310>.
Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* guix/scripts/build.scm (guix-build): Wrap 'parameterize' in
'with-build-handler'.  Remove explicit call to 'show-what-to-build'.
Call 'build-derivations' regardless of whether OPTS contains 'dry-run?'.

ui: Add a notification build handler.

* guix/ui.scm (build-notifier): New variable.

store: Add 'with-build-handler'.

* guix/store.scm (current-build-prompt): New variable.
(call-with-build-handler, invoke-build-handler): New procedures.
(with-build-handler): New macro.
* tests/store.scm ("with-build-handler"): New test.

syscalls: 'with-file-lock' re-grabs lock when reentering its dynamic extent.

* guix/build/syscalls.scm (call-with-file-lock)
(call-with-file-lock/no-wait): Initialize PORT in the 'dynamic-wind'
"in" handler.  This allows us to re-enter a captured continuation and
have the lock grabbed anew.

tests: install: Abort when one installation step fails.

When marionette-eval calls fail in gui-test-program, the installation
continues which results in two scenarios:

- hang forever at the next marionette-eval call,

- keep going and start a broken installation, which is annoying because it
clears the terminal and hides the error.

Make sure that gui-test-program is exited with #f return code when one of the
marionette-eval calls fail.

* gnu/tests/install.scm (gui-test-program): Add a new macro
"marionette-eval*". Throw an exception when one on the marionette-eval calls
fail.