daemon: Let 'guix substitute' perform hash checks.

This way, the hash of the store item can be computed as it is restored,
thereby avoiding an additional file tree traversal ('hashPath' call)
later on in the daemon.  Consequently, it should reduce latency between
subsequent substitute downloads.

This is a followup to 5ff521452b9ec2aae9ed8e4bb7bdc250a581f203.

* guix/scripts/substitute.scm (narinfo-hash-algorithm+value): New
procedure.
(process-substitution): Wrap INPUT into a hash input port, 'hashed', and
read from it.  Compare the actual and expected hashes, and print a
"hash-mismatch" status line when they differ.  When they match, print
not just "success" but also the nar hash and size.
* nix/libstore/build.cc (class SubstitutionGoal)[expectedHashStr]:
Remove.
(SubstitutionGoal::finished): Tokenize 'status'.  Parse it and handle
"success" and "hash-mismatch" accordingly.  Call 'hashPath' only when
the returned hash is not SHA256.
(SubstitutionGoal::handleChildOutput): Remove 'expectedHashStr'
handling.
* tests/substitute.scm ("substitute, invalid hash"): Rename to...
("substitute, invalid narinfo hash"): ... this.
("substitute, invalid hash"): New test.

tests: Check the build trace for hash mismatches on substitutes.

* tests/store.scm ("substitute, corrupt output hash, build trace"): New
test.

gnu: serf: Build with Python 3.

* gnu/packages/patches/serf-python3.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/web.scm (serf)[source](patches): New field.
[arguments]: Remove #:scons.

gnu: python-scipy-documentation: Add a file name for 'scipy-sphinx-theme'.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-numpy-documentation)[native-inputs]:
Add a file name for the "scipy-sphinx-time" input.

gnu: perl-pod-simple: Update to 3.42.

* gnu/packages/perl.scm (perl-pod-simple): Update to 3.42.

gnu: llvm: Update download URI.

New and old releases are now only available on GitHub.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm-uri): Remove "releases.llvm.org".

gnu: perl-json-maybexs: Update to 1.004003.

* gnu/packages/perl.scm (perl-json-maybexs): Update to 1.004003.
[native-inputs]: Remove PERL-TEST-WITHOUT-MODULE.  Add PERL-TEST-NEEDS.

gnu: perl-cpanel-json-xs: Update to 4.25.

* gnu/packages/perl.scm (perl-cpanel-json-xs): Update to 4.25.

gnu: perl-common-sense: Update to 3.75.

* gnu/packages/perl.scm (perl-common-sense): Update to 3.75.

gnu: ltrace: Build with elfutils instead of libelf.

* gnu/packages/linux.scm (ltrace)[inputs]: Change from LIBELF to ELFUTILS.

gnu: linux-libre: Update to 5.10.1.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.10-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.10-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.10-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.10-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Add them.
* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version, deblob-scripts-5.10,
linux-libre-5.10-pristine-source, linux-libre-5.10-source,
linux-libre-headers-5.10, linux-libre-5.10): New variables.
(linux-libre-version, linux-libre-pristine-source, linux-libre-source,
linux-libre, linux-libre-with-bpf): Update to 5.10.1.

gnu: Add cl-qmynd.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-qmynd, ecl-qmynd, sbcl-qmynd): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-nibbles: Update to 0.14-1.8e6b9b4.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-nibbles): Update to 0.14-1.8e6b9b4.

gnu: sbcl-lzlib: Update to 1.1-2.cad10f5.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lzlib): Update to 1.1-2.cad10f5.

gnu: sbcl-cl-octet-streams: Update to 1.2.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-octet-streams): Update to 1.2.

gnu: freedroid: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/games.scm (freedroid)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: fpc: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/pascal.scm (fpc)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: babl: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/gimp.scm (babl)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: arb: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/algebra.scm (arb)[home-page]: Use HTTPS URI.  Move above
synopsis.

gnu: java-antlr4-runtime: Update home page.

* gnu/packages/java.scm (java-antlr4-runtime)[home-page]: Update it.

gnu: emacs-helm-selector: Update to 0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-selector): Update to 0.4.

gnu: dehydrated: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/tls.scm (dehydrated): Update to 0.7.0.

gnu: kexec-tools: Update to 2.0.21.

* gnu/packages/linux.scm (kexec-tools): Update to 2.0.21.

gnu: facter: Update to 4.0.47.

* gnu/packages/admin.scm (facter): Update to 4.0.47.

gnu: rgbds: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/assembly.scm (rgbds): Update to 0.4.2.

gnu: ethtool: Update to 5.10.

* gnu/packages/networking.scm (ethtool): Update to 5.10.

gnu: radeontop: Update to 1.3.

* gnu/packages/linux.scm (radeontop): Update to 1.3.

gnu: xarchiver: Update to 0.5.4.16.

* gnu/packages/compression.scm (xarchiver): Update to 0.5.4.16.

gnu: simple-scan: Update to 3.38.2.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.38.2.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.2.01-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.2.01-1.
[inputs]: Add lvm2 and mdadm.

gnu: emacs-docker-compose-mode: Add missing input.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-docker-compose-mode)[propagated-inputs]:
Add emacs-yaml-mode.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-graphql-mode: Fix version.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-graphql-mode)[version]: Use monotonic
numbering.

gnu: emacs-eglot: Update to 1.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eglot): Update to 1.7.

gnu: kdenlive: Add breeze-icons.

Since breeze-icons are now longer united into breeze, these need to be
explicitly added.

* gnu/package/kde.scm (kdenlive)[inputs]: Add breeze-icons.
  [argmuments]{phases}<wrap-executable>: Add breeze-icons to XDG_DATA_DIRS.

gnu: breeze: Split from breeze-icons.

KDE breeze is separate from breeze-icons, as it can bee seen by
version, download path and git repository path being all different.
Thus a package containing both beeze and the breeze-icons contradicts
with this upstream separation.

* gnu/package/kde.scm (breeze-assets): Remove variable. (breeze): Move to ...
* gnu/package/kde-plasme.scm (breeze): here.
  [version, source]: Copy from former breeze-assets.
  [build-system]: Make explicit (was inherited even from breeze-icons).
  [arguments]: Remove.
  [native-inputs]: New element.
  [inputs]: Copy from former breeze-assets; add some optional packages.
  [home-page]: Fix and change to invent.kde.org.
  [snopysis, description]: Adjust to de-unified package.
  [licence]: Remove gpl3+, which came from breeze-icons.

gnu: kactivities: Use qt-build-system.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kactivities)[build-system]: Use
  qt-build-system.

gnu: Add kicad-doc.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad-doc): New variable.
(kicad)[native-search-paths]: Add 'KICAD'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-erc-status-sidebar: Correct license.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-erc-status-sidebar)[license]: Set to GPL3+.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: chez-scheme: Patch more hard-coded paths.

* gnu/packages/chez.scm (chez-scheme): Patch out some /bin/rm and
/bin/echo references.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: chez-scheme: Update to 9.5.4.

* gnu/packages/chez.scm
(nanopass): Update to 1.9.1.
(stex): Update to 1.2.2.
(chez-scheme): Update to 9.5.4.
[inputs]: Add newly required lz4 and lz4:static.
[arguments]:
 - Remove unused zlib symbol.
 - Since we are using ZLIB=, it looks like the substitution of libz.a path in
 .c/Mf-... files is no longer needed.
 - add lz4-static symbol and use new LZ4= and ZLIB= configure options to
   point to their static binaries.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

status: Do not emit ANSI escapes when stderr is not a tty.

Fixes <https://bugs.gnu.org/44985>.
Reported by Simon Josefsson <simon@josefsson.org>.

* guix/progress.scm (display-download-progress): Add #:tty? and honor it.
* guix/status.scm (print-build-event): Pass #:tty? to
'display-download-progress'.

gnu: Add libticalcs2.

* gnu/packages/emulators.scm (libticalcs2): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add libtifiles2.

* gnu/packages/emulators.scm (libtifiles2): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add libticonv.

* gnu/packages/emulators.scm (libticonv): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add libticables2.

* gnu/packages/emulators.scm (libticables2): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

import: elpa: Support working with MELPA.

* guix/import/elpa.scm (default-files-spec): New variable.
(download-git-repository, package-name->melpa-recipe, file-hash, vcs-file?,
git-repository->origin, melpa-recipe->origin, melpa-recipe->maybe-arguments):
New procedures.
(elpa-package->sexp): Add optional repo argument, and use it to determine
whether to attempt to construct a source using the MELPA recipe.
(elpa->guix-package): Pass repo to elpa-package->sexp.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

guix-install.sh: Add variable quoting and curly-bracketing.

* etc/guix-install.sh (guix_get_bin)[dl_path]: Add variable quoting and
curly-bracketing.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

guix-install.sh: Adjust variable use in guix_get_bin_list().

* etc/guix-install.sh (guix_get_bin_list)[BIN_VER]: Add curly-brackets,
[latest_ver]: Likewise & add explicit array zero-indexing.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

guix-install.sh: Add variable quoting in sys_make_guix_available.

* etc/guix-install.sh (sys_make_guix_available): Add variable quoting.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

guix-install.sh: Replace tabs with spaces.

Almost the entire file is indented with spaces, a few tabs slipped in, clean
them up.

* etc/guix-install.sh(chk_sys_arch): Replace tabs with spaces.
(sys_enable_guix_daemon): Likewise.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: sbcl-lzlib: Update to 1.1-1.c347026.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lzlib): Update to 1.1-1.c347026.
  [inputs]: Add sbcl-lparallel.

gnu: sbcl-cl-octet-streams: Update to 1.1.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-octet-streams): Update to 1.1.

gnu: sbcl-ironclad: Update to 0.53.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-ironclad): Update to 0.53.

gnu: Add cl-asdf-finalizers.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-asdf-finalizers, ecl-asdf-finalizers,
  sbcl-asdf-finalizers): New variables.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: emacs-sudo-edit: Update to commit 0e2c32b, fix tests.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-sudo-edit): Update to commit 0e2c32b.
[arguments]: Use the full blown emacs package, as one test fail otherwise.

Revert "gnu: font-google-roboto: Update to 2.138."

This commit caused the package definition to no longer install any files.

This reverts commit e93ee2547ecec152f9a198ccc338c4329cc69a71.

gnu: emacs-logview: Add missing emacs-extmap input.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-logview)[propagated-inputs]: Add
emacs-extmap.

gnu: emacs-datetime: Install .extmap files.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-datetime)[arguments]{include}: Extend to
include .extmap files.

gnu: emacs-ivy-posframe: Fix source URL.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-posframe)[source]: Fix URL.

gnu: Add emacs-airline-themes.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-airline-themes): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: sudo: Update to 1.9.4p1.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.4p1.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/sudo-fix-build-without-sendmail.patch: Delete
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add emacs-evil-goggles.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-goggles): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: font-fira-code: Update to 5.2.

* gnu/packages/fonts.scm (font-fira-code): Update to 5.2.
[source]: Update uri.

linux-boot: Fix noresume argument parsing.

* gnu/build/linux-boot.scm (boot-system): Check for "hibernate=noresume"
in addition to "noresume".

gnu: bcachefs-tools: Provide a mount.bcachefs helper.

* gnu/packages/file-systems.scm (bcachefs-tools)[arguments]: Add a
'promote-mount.bcachefs.sh phase to install the shell script version.
[inputs]: Rename "util-linux" to "util-linux:lib".
Add coreutils-minimal, gawk, and util-linux(:out).

gnu: bcachefs-tools: Update to 0.1-2.db931a4.

* gnu/packages/file-systems.scm (bcachefs-tools): Update to 0.1-2.db931a4.

gnu: knot: Update to 3.0.3.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 3.0.3.

gnu: font-google-roboto: Update to 2.138.

* gnu/packages/fonts.scm (font-google-roboto): Update to 2.138.

gnu: Add font-iosevka-curly.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka-curly): New variable.

gnu: Add font-iosevka-curly-slab.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka-curly-slab): New variable.

gnu: Iosevka fonts: Update to 4.0.3.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka):
(font-iosevka-slab):
(font-iosevka-term):
(font-iosevka-term-slab):
(font-iosevka-aile):
(font-iosevka-etoile):
(font-iosevka-sparkle): Update to 4.0.3.

gnu: fet: Update to 5.48.1.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 5.48.1.

gnu: python-sanic: Relax httpx version requirement.

* gnu/packages/python-web.scm (python-sanic)[arguments]: Substitute
strict httpx version requirement.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: python-httpcore: Upgrade to 0.12.2.

httpx was upgraded in commit bc49b009bf08326b55aea3508a6b677a065d5a31,
but was broken, because it requests this new version of httpcore.

* gnu/packages/python-web.scm (python-httpcore)[version]: Upgrade to
0.12.2.
[arguments]: Respect tests? argument. Disable tests. Remove obsolete
phases.
[native-inputs]: Remove obsolete comment regarding mitmproxy.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: go-github-com-emicklei-go-restful: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-emicklei-go-restful): Update to 3.4.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: go-github-com-magiconair-properties: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-magiconair-properties): Update to 1.8.4.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: go-github-com-kr-pretty: Improve synopsis.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-kr-pretty)[synopsis]: Remove leading article.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: go-github-com-kr-pretty: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-kr-pretty): Update to 0.2.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: glpk: Don't build static library.

* gnu/packages/maths.scm (glpk)[arguments]: Add configure-flag to skip
static library.

gnu: glpk: Update to 5.0.

* gnu/packages/maths.scm (glpk): Update to 5.0.
(glpk-4.65): New variable.
* gnu/packages/algebra.scm (giac)[inputs]: Replace glpk with glpk-4.

gnu: Add aws-sdk-cpp.

* gnu/packages/cpp.scm (aws-sdk-cpp): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add aws-c-event-stream.

* gnu/packages/c.scm (aws-c-event-stream): New variable.
* gnu/packages/patches/aws-c-event-stream-cmake-prefix.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add aws-checksums.

* gnu/packages/c.scm (aws-checksums): New variable.
* gnu/packages/patches/aws-checksums-cmake-prefix.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add aws-c-common.

* gnu/packages/c.scm (aws-c-common): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: okular: Tweak synopsis and description.

* gnu/packages/kde.scm (okular)[synopsis]: Tweak capitalization.
[description]: Remove discussion of portability and mention supported
file formats instead.

gnu: r-nmf: Move from "annotation" to "package" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-nmf): Move variable.

gnu: r-deconstructsigs: Move from "annotation" to "package" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-deconstructsigs): Move variable.

gnu: r-pasilla: Move from "annotation" to "experiment" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pasilla): Move variable.

gnu: r-ideoviz: Move from "annotation" to "package" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ideoviz): Move variable.

gnu: r-genelendatabase: Move from "annotation" to "experiment" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genelendatabase): Move variable.

gnu: r-bluster: Move from "annotation" to "package" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bluster): Move variable.

gnu: r-cummerbund: Move from "experiment" to "package" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cummerbund): Move variable.

gnu: r-coverageview: Move from "experiment" to "package" section.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-coverageview): Move variable.

gnu: Add r-org-eck12-eg-db.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-org-eck12-eg-db): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-pathview.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pathview): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-kegggraph.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-kegggraph): New variable.

gnu: Add r-gagedata.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gagedata): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: rust-lzma-sys-0.1: Update to 0.1.17.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-lzma-sys-0.1): Update to 0.1.17.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: rust-encoding-rs-0.8: Don't skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-encoding-rs-0.8)[arguments]: Don't
skip build.

gnu: rust-encoding-rs-0.8: Update to 0.8.26.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-encoding-rs-0.8): Update to 0.8.26.
[arguments]: In cargo-inputs remove rust-packed-simd-0.3, add
rust-packed-simd-2-0.3, replace rust-cfg-if-0.1 with 1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>