gnu: shepherd: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/admin.scm (shepherd): Update to 0.5.0.

Fix URL in emacs-magit and emacs-groovy-modes.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit)[source]: Fix URL.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-groovy-modes)[source]: Fix URL.

gnu: linux-libre: Enable SHPC PCI Hotplug driver, now built-in only.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32840>.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.18-x86_64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.18-i686.conf: Add
CONFIG_HOTPLUG_PCI_SHPC=y, plus updates made by 'make oldconfig'.

gnu: icecat: Rebundle NSPR and NSS [security fix].

Works around <https://bugs.gnu.org/32833>.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: In snippet, don't remove NSS.
[inputs]: Remove 'nspr' and 'nss'.
[arguments]: Remove --with-system-{nspr,nss} from configure flags.

gnu: icecat: Unbundle libevent, libogg, and libvorbis.

* gnu/packages/patches/icecat-use-system-media-libs.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/patches/icecat-avoid-bundled-libraries.patch: Add
another hunk to enable removal of libevent.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add patch.  In the snippet, add
libevent, libogg, libvorbis, and libtremor to the list of bundled libraries to
remove.  Add a comment regarding theora.  Remove comments regarding unbundling
cairo, which is no longer supported.
[inputs]: Add libevent, libogg, and libvorbis.
[arguments]: Add --with-system-{libevent,ogg,vorbis} to configure flags.
Add custom bootstrap phase.  Add comments.

gnu: icecat: Unbundle graphite2 and harfbuzz.

* gnu/packages/patches/icecat-use-system-graphite2+harfbuzz.patch: New file.
* gnu/packages/patches/icecat-use-system-graphite2.patch,
gnu/packages/patches/icecat-use-system-harfbuzz.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update accordingly.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add new patch.  Delete
bundled graphite2 and harfbuzz in snippet.
[inputs]: Add graphite2 and harfbuzz.
[arguments]: Add --with-system-{graphite2,harfbuzz} to configure flags.

services: Add Varnish service.

* gnu/services/web.scm (<varnish-configuration>): New record type.
(%varnish-accounts, %varnish-service-type): New variables.
(varnish-shepherd-service): New procedure.
* gnu/tests/web.scm (%varnish-vcl, %varnish-os): New variables.
(%test-varnish): New test.
* doc/guix.texi (Web Services): Document it.

gnu: varnish: Use absolute file name of "rm".

* gnu/packages/web.scm (varnish)[arguments]: Rename 'patch-bin-sh-phase to
'use-absolute-file-names and add substitution.

gnu: Add Node LTS.

* gnu/packages/node.scm (node)[arguments]: Adjust 'patch-files' phase to
ignore missing files.
(node-lts): New public variable.

gnu: node: Delete expired tests.

* gnu/packages/node.scm (node)[arguments]: Delete tests for which the TLS
certificates have expired.

gnu: webkitgtk: Remove obsolete phase.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk)[arguments]: Remove #:phases.
(webkitgtk-2.22)[arguments]: Don't reference removed phase.

gnu: gspell: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gspell): Update to 1.8.1.
[propagated-inputs]: Change ENCHANT-1.6 to ENCHANT.

gnu: enchant: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/enchant.scm (enchant): Update to 2.2.3.
[arguments]: Add "--enable-relocatable" to #:configure-flags.
[native-inputs]: Add UNITTEST-CPP.
(enchant-1.6): New public variable.
* gnu/packages/fcitx.scm (fcitx)[inputs]: Change ENCHANT to ENCHANT-1.6.
* gnu/packages/gnome.scm (gspell): Likewise.
* gnu/packages/mate.scm (pluma): Likewise.
* gnu/packages/gtk.scm (gtkspell3)[propagated-inputs]: Likewise.
[inputs]: Remove duplicate ENCHANT.

gnu: enchant: Propagate Glib.

* gnu/packages/enchant.scm (enchant)[inputs]: Move GLIB ...
[propagated-inputs]: ... here.  New field.

gnu: enchant: Don't build libenchant.a.

* gnu/packages/enchant.scm (enchant)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: enchant: Update home page.

* gnu/packages/enchant.scm (enchant)[home-page]: Set to URL mentioned on the
legacy home page.

git-download: Don't assume the working directory is the parent of ".git".

This makes it do the right thing w.r.t. git worktrees.

* guix/git-download.scm (git-file-list): Use REPOSITORY-WORKING-DIRECTORY to
locate checkout.  Rename from "top" to "workdir".

pull: Try harder to use the host's X.509 certificates.

* guix/scripts/pull.scm (honor-x509-certificates): Use commonly-found
certificate bundles.

substitute: Progress port really closes underlying port.

* guix/scripts/substitute.scm (progress-report-port): Use 'close-port'
instead of 'close-connection'.  Move 'stop' call first.

progress: 'progress-reporter-report!' takes any number of arguments.

* guix/progress.scm (progress-reporter-report!): Accept an arbitrary
number of arguments and pass them to REPORT.

gnupg: Change default keyserver.

* guix/gnupg.scm (%openpgp-key-server): Change default to
"pool.sks-keyservers.net".

gnu: diffoscope: Update to 102.

* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope): Update to 102.

gnu: Add guile-next.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Rewrite to refer to Guile 3.0.

gnu: python-wsgiproxy2: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/python-web.scm (python-wsgiproxy2): Update to 0.4.5.

gnu: python-pexpect: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-pexpect)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: 389-ds-base: Fix build.

* gnu/packages/openldap.scm (389-ds-base)[inputs]: Add openssl.

gnu: python-nose-timer: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/check.scm (python-nose-timer): Update to 0.7.3.

gnu: python-flask-login: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-login): Update to 0.4.1.
[arguments]: Run the test suite.
[propagated-inputs]: Add python-flask.
[native-inputs]: Add test dependencies.

gnu: Add python-semantic-version.

* gnu/packages/python.scm (python-semantic-version)
(python2-semantic-version): New public variables.

gnu: python-flask-login: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-login)[source]:
Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.

gnu: ibus: Update to 1.5.19.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus): Update to 1.5.19.
[arguments]: Add configure flags to disable Python 2 support while building
Python 3 bindings; adjust make flags; add phase prepare-ucd-dir.
[inputs]: Replace python2-pygobject with python-pygobject; replace python-2
with python.
[native-inputs]: Add unicode files.

gnu: qjackctl: Update to 0.5.4.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.5.4.

gnu: octave: Add a search path for CURLOPT_CAPATH.

* gnu/packages/maths.scm (octave)[native-search-paths]: New field.

gnu: Add gandi.cli.

* gnu/packages/networking.scm (gandi.cli): New public variable.

gnu: rename: Update to 1.00.

* gnu/packages/admin.scm (rename): Update to 1.00.
[arguments]: Wrap executable to find its own library.

gnu: lxterminal: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/lxde.scm (lxterminal): Update to 0.3.2.

gnu: gloox: Update to 1.0.21.

* gnu/packages/messaging.scm (gloox): Update to 1.0.21.

gnu: libmesode: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/messaging.scm (libmesode): Update to 0.9.2.

gnu: libmesode: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/messaging.scm (libmesode)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: ocaml-ssl: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ssl)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: eolie: Update to 0.9.37.

* gnu/packages/gnome.scm (eolie): Update to 0.9.37.
[source]: Fetch from gitlab.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Remove custom phases; set #:glib-or-gtk?.
[native-inputs]: Remove meson-for-build and ninja; add glib:bin.
[inputs]: Add python-pyfxa and python-pycrypto.

gnu: Add python-pyfxa.

* gnu/packages/python-web.scm (python-pyfxa): New variable.

gnu: Add python-pybrowserid.

* gnu/packages/python-web.scm (python-pybrowserid): New variable.

gnu: Add python-hawkauthlib.

* gnu/packages/python-web.scm (python-hawkauthlib): New variable.

gnu: Add python-grequests.

* gnu/packages/python-web.scm (python-grequests): New variable.

gnu: m17n-lib: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/emacs.scm (m17n-lib): Update to 1.8.0.

gnu: m17n-db: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/emacs.scm (m17n-db): Update to 1.8.0.

gnu: Add r-bseqsc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bseqsc): New variable.

gnu: Add r-cssam.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-cssam): New variable.

gnu: Add r-xbioc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xbioc): New variable.

gnu: Prefix all Emacs packages with "emacs-".

* gnu/packages/emacs.scm: Prefix all Emacs packages with "emacs-".
This is to enforce consistency and so that `emacs-packages?' can reliably
detect Emacs packages based on the "emacs-" prefix.

gnu: python-networkx: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python.scm (python-networkx)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-networkx: Update to 2.2.

* gnu/packages/python.scm (python-networkx): Update to 2.2.

gnu: python-decorator: Update to 4.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-decorator): Update to 4.3.0.
[arguments]: Run the test suite.

gnu: python-marshmallow: Update to 3.0.0b14.

* gnu/packages/python.scm (python-marshmallow): Update to 3.0.0b14.

gnu: libiptcdata: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/image.scm (libiptcdata): Update to 1.0.5.
[home-page]: Follow Debian's maintained upstream.

gnu: virtualgl: Update to 2.6.

* gnu/packages/gl.scm (virtualgl): Update to 2.6.
[inputs]: Add libxtst.

gnu: parallel: Update to 20180922.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180922.

gnu: workrave: Use Guix's built-in bootstrap phase.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave)[arguments]: Remove
'autoconf' phase.

gnu: python-gitdb: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/version-control.scm (python-gitdb): Update to 2.0.4.
[arguments]: Replace AND with equivalent but more 'accurate' BEGIN.

gnu: nano: Update to 3.1.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 3.1.

gnu: fping: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/networking.scm (fping)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: fping: Update to 4.1.

* gnu/packages/networking.scm (fping): Update to 4.1.

vm: Use "cache=loose" for all 9p mounts.

This significantly improves read throughput when running things like
"guix hash -r ...".

* gnu/system/vm.scm (%linux-vm-file-systems): Add 'flags' for "store".
Add "cache=loose" to every file system.

vm: Disable deduplication for 'guix system vm-image'.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Pass #:deduplicate? #f to
'root-partition-initializer'.

database: Register each store item only once.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32600>.
Reported by Leo Famulari.

* guix/store/database.scm (register-items): Check whether TO-REGISTER is
in DB by calling 'path-id',  and skip the reset-timestamps,
registration, and deduplication phases when it is.

database: 'register-items' shows a progress bar.

* guix/store/database.scm (register-items): Add #:log-port.  Use
'progress-reporter/bar' to show a progress report.
(register-path): Pass #:log-port to 'register-items'.

store-copy: Display a progress bar when copying store items.

* guix/build/store-copy.scm (populate-store): Add #:log-port parameter.
Use 'progress-reporter/bar' to report progress.

serialization: Remove redundancy in 'write-file'.

* guix/serialization.scm (write-file): Remove redundant 'member' call.

system: Mention '--skip-checks' in initrd diagnostics.

* gnu/system/mapped-devices.scm (check-device-initrd-modules): Add note
about '--skip-checks'.

gnu: Add emacs-synosaurus.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-synosaurus): New variable.

gnu: xpra: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.3.4.

gnu: eolie: Use webkitgtk-2.22.

* gnu/packages/gnome.scm (eolie)[native-inputs]: Add gcc-7:lib.
[inputs]: Replace webkitgtk with webkitgtk-2.22.
[arguments]: Add "gcc:lib" to the list of libraries to add to
LD_LIBRARY_PATH.  Use invoke.

gnu: epiphany: Use webkitgtk-2.22.

* gnu/packages/gnome.scm (epiphany)[native-inputs]: Add gcc-7.
[inputs]: Replace webkitgtk with webkitgtk-2.22.

gnu: webkitgtk: Add version 2.22.2.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk-2.22): New variable.

gnu: Add Go 1.11.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.11): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: icecat: Add fixes from upstream mozilla-esr60 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2018-12383 and CVE-2018-12385.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2018-12383.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/patches/icecat-avoid-bundled-libraries.patch: Adapt to apply
cleanly to IceCat 60.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozilla-patch): Update to fetch from
mozilla-esr60.
(icecat): Add selected changesets from upstream mozilla-esr60.

Revert 'gnu: rust: Remove unused "ar" setting.'.

Some versions of Rust do need it and others complain about it.
For now, revert the removal entirely.

This reverts commit ec944a1de97c8a523d6e1089b8c4430424297f93.

gnu: hmmer: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (hmmer): Update to 3.2.1.
[origin]: Remove patch.
[license]: Change to BSD-3.
[supported-systems]: New field.
* gnu/packages/patches/hmmer-remove-cpu-specificity.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: snap: Update to 4.2.1.4.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 4.2.1.4.

gnu: emacs-org: Update to 9.1.14.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 9.1.14.

gnu: workrave: Update to 1.10.21.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave): Update to 1.10.21.
[source]: Use GIT-FILE-NAME.

gnu: emacs-password-store: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-password-store): Update to 1.7.3.

gnu: filezilla: Update to 3.37.1.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.37.1.

gnu: wxwidgets: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets): Update to 3.0.4.

gnu: python-pyparsing: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/python.scm (python-pyparsing): Update to 2.2.1.
[source]: Use PYPI-URI.

gnu: rust: Remove unused "ar" setting.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.20)[arguments]<#:phases>[configure]: Remove
unused "ar" setting.

doc: Add section about inferiors.

* doc/guix.texi (Inferiors): New node.
(Channels): Add xref to "Inferiors".

inferior: Add 'inferior-for-channels'.

* guix/inferior.scm (%inferior-cache-directory): New variable.
(inferior-for-channels): New procedure.

channels: Add 'channel-instances->derivation'.

* guix/channels.scm (channel-instances->derivation): New procedure.
(latest-channel-derivation): Use it.
(channel-instance-derivations): Make private.

profiles: 'packages->manifest' now accepts inferior packages.

* guix/profiles.scm (packages->manifest)[inferiors-loaded?]: New
variable.
[inferior->entry]: New procedure.
Accept inferior packages when INFERIORS-LOADED? is true.
* tests/guix-package.sh: Add test using a manifest with an inferior.
* tests/inferior.scm ("packages->manifest"): New test.

inferior: Add 'inferior-package->manifest-entry'.

* guix/inferior.scm (inferior-package->manifest-entry): New procedure.
* tests/inferior.scm (manifest-entry->list): New procedure.
("inferior-package->manifest-entry"): New test.

inferior: Add 'inferior-package-search-paths' & co.

* guix/inferior.scm (%inferior-package-search-paths)
(inferior-package-native-search-paths)
(inferior-package-search-paths)
(inferior-package-transitive-native-search-paths): New procedures.
* tests/inferior.scm ("inferior-package-search-paths"): New test.

inferior: Add 'inferior-package-inputs' & co.

* guix/inferior.scm (open-inferior): Use (ice-9 match).
(inferior-package-input-field, inferior-package-inputs):
(inferior-package-native-inputs)
(inferior-package-propagated-inputs)
(inferior-package-transitive-propagated-inputs): New procedures.
* tests/inferior.scm ("inferior-package-inputs"): New test.

inputs fixlet

inferior: Add 'lookup-inferior-packages'.

* guix/inferior.scm (<inferior>)[packages, table]: New fields.
(open-inferior): Initialize these new fields.
(inferior-packages): Rename to...
(%inferior-packages): ... this.
(inferior-packages): New procedure; force the promise.
(%inferior-package-table, lookup-inferior-packages): New procedures.
* tests/inferior.scm ("lookup-inferior-packages")
("lookup-inferior-packages and eq?-ness"): New tests.

inferior: Add 'inferior-package-derivation'.

* guix/inferior.scm (read-inferior-response)
(send-inferior-request): New procedures.
(inferior-eval): Rewrite in terms of these.
(proxy, inferior-package-derivation, inferior-package->derivation)
(package-compiler): New procedures.
* tests/inferior.scm ("inferior-package-derivation"): New test.

gnu: Add r-pore.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-pore): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: hdf5-parallel-openmpi: Really enable parallel build.

This fix ensures that the H5_HAVE_PARALLEL identifier is correctly set
in the file H5pubconf.h.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5-parallel-openmpi)[arguments]: Add
the "--enable-parallel" flag to the list of configure flags.  Remove
the incompatible "--enable-cxx" flag.  Add 'mpi-setup' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludovic.courtes@inria.fr>

gnu: hdf5: Allow for absence of utility script.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5)[arguments]: Add condition to 'split'
phase to check for existence of h5fc script.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: rust: Remove unused "localstatedir" setting.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.20)[arguments]<#:phases>[configure]: Remove
unused "localstatedir" setting.