gnu: perl-crypt-random-source: Update to 0.14.

* gnu/packages/crypto.scm (perl-crypt-random-source): Update to 0.14.
[native-inputs]: Replace perl-test-exception with perl-test-fatal.

gnu: perl-class-unload: Update to 0.11.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-unload): Update to 0.11.
[native-inputs]: Add perl-test-requires.

gnu: perl-carp-assert-more: Update to 1.20.

* gnu/packages/perl.scm (perl-carp-assert-more): Update to 1.20.

gnu: perl-datetime: Update to 1.51.

* gnu/packages/perl.scm (perl-datetime): Update to 1.51.

gnu: parallel: Update to 20191122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20191122.

gnu: perl-devel-stacktrace: Update to 2.04.

* gnu/packages/perl.scm (perl-devel-stacktrace): Update to 2.04.

gnu: python-django-pipeline: Fix tests.

* gnu/packages/django.scm (python-django-pipeline)[arguments]:
Set PYTHONPATH before running tests.

gnu: perl-file-slurp: Update to 9999.28.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-slurp): Update to 9999.28.

gnu: perl-indirect: Update to 0.39.

* gnu/packages/perl.scm (perl-indirect): Update to 0.39.

gnu: perl-cairo: Update to 1.107.

* gnu/packages/gtk.scm (perl-cairo): Update to 1.107.

gnu: python-whatever: Update to 0.6.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-whatever): Update to 0.6.

gnu: perl-apache-logformat-compiler: Update to 0.36.

* gnu/packages/web.scm (perl-apache-logformat-compiler): Update to 0.36.

gnu: perl-moox-late: Update to 0.016.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moox-late): Update to 0.016.

gnu: guile-ssh: Add "guile3.0-ssh" variant.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh)[source]: Substitute 'GUILE_PKG'
stanza in "configure.ac".
* gnu/packages/ssh.scm (guile3.0-ssh): New variable.

gnu: guile-ssh: Remove redundant phase.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh)[arguments]: Remove 'autoreconf'
phase, which was redundant with the 'bootstrap' phase.

gnu: guile-next: Update to 2.9.5.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 2.9.5.

gnu: Add guile-semver.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-semver): New variable.

gnu: Add srfi-64-driver.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (srfi-64-driver): New variable.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.10.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.10.

gnu: r-roxygen2: Update to 7.0.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-roxygen2): Update to 7.0.1.

gnu: r-vgam: Update to 1.1-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-vgam): Update to 1.1-2.

gnu: r-glmnet: Update to 3.0-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 3.0-1.

gnu: r-quadprog: Update to 1.5-8.

* gnu/packages/maths.scm (r-quadprog): Update to 1.5-8.

gnu: r-desolve: Update to 1.25.

* gnu/packages/maths.scm (r-desolve): Update to 1.25.

gnu: r-selectr: Update to 0.4-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-selectr): Update to 0.4-2.

gnu: r-cardata: Update to 3.0-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cardata): Update to 3.0-3.

gnu: r-car: Update to 3.0-5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-car): Update to 3.0-5.

gnu: r-algdesign: Update to 1.1-7.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-algdesign): Update to 1.1-7.3.1.

gnu: r-shinyfiles: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyfiles): Update to 0.7.5.

gnu: ocaml-odoc: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-odoc): Update to 1.4.2.

gnu: hangups: Update to 0.4.10.

* gnu/packages/messaging.scm (hangups): Update to 0.4.10.

gnu: simple-scan: Update to 3.34.2.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.34.2.

gnu: polyml: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/sml.scm (polyml)[home-page]: Use HTTPS URI.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: polyml: Update to 5.8.

* gnu/packages/sml.scm (polyml): Update to 5.8.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: bear: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/build-tools.scm (bear): Update to 2.4.2.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: xsane: Fix snprintf buffer length.

* gnu/packages/scanner.scm (xsane)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/xsane-fix-snprintf-buffer-length.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Register xsane patches.

This follows up on commit a608666d74f156819cecfabaf72290726d7964e6.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add missing patches.

gnu: Add xsane.

* gnu/packages/scanner.scm (xsane): New public variable.

gnu: php: Update to 7.3.12.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.3.12.

system: vm: Add arm64 support.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Add target-arm64? argument and use it
to pass correct arguments to qemu.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Pass the new
target-arm64? argument added above. Do not add ESP partition on all ARM
targets. Do not pass grub-efi package to initialize-hard-disk on ARM targets.

build: vm: Fix arm32 support.

* gnu/build/vm.scm (load-in-linux-vm): Disable qemu highmem support on ARM32
systems.

utils: Use target-aarch64? and target-arm? helpers.

* guix/utils.scm (target-aarch64?, target-arm?): New exported procedures.

gnu: libseccomp: Fix build on AArch64.

This is a followup to d100d5d5449eabd65e9c26081b7620a3d342c9eb.

* gnu/packages/patches/libseccomp-open-aarch64.patch: New file.
* gnu/packages/linux.scm (libseccomp)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

pack: Allow multiple '--manifest' options.

* guix/scripts/pack.scm (guix-pack): Collect 'manifest' options, and
concatenate the resulting manifests.
* tests/guix-pack.sh: Test it.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document it.

package: Allow multiple '--manifest' options.

* guix/scripts/package.scm (manifest-action): Remove.
(%actions): Remove it.
(load-manifest): New procedure.
(process-actions): Handle 'manifest' options.  Define 'files' from
'manifest' options.  Define 'manifest' based on FILES.  Define 'trans'
to represent the final transaction.
* tests/guix-package.sh: Test it.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Mention

profiles: Add 'concatenate-manifests'.

* guix/profiles.scm (concatenate-manifests): New procedure.
* tests/profiles.scm ("concatenate-manifests"): New test.

environment: Document that '--manifest' can be repeated.

* tests/guix-environment.sh: Test 'guix environment' with two '-m' options.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Explain that '-m' can be
passed multiple times.

import: texlive: Handle multi-license packages.

This fixes "guix import texlive translator".

* guix/import/texlive.scm (sxml->package): Add clause for when 'license'
is a list of licences, as is the case with the "translator" package.

daemon: GC displays how much it has collected.

* nix/libstore/gc.cc (LocalStore::deletePathRecursive): Display the
percentage reached relative to 'maxFreed', or the total amount of data
deleted when 'maxFreed' is ULLONG_MAX.

substitute: Don't fetch /nix-cache-info.

This avoids one GET request every time 'fetch-narinfos' is called.
The file itself was essentially useless.

* guix/scripts/substitute.scm (<cache-info>, download-cache-info):
Remove.
(%unreachable-hosts): New variable.
(open-connection-for-uri/maybe): New procedure.
(fetch-narinfos)[handle-narinfo-response]: Check whether NARINFO has its
'path' under (%store-prefix) and ignore it otherwise.  Move
'update-progress!' call before 'if'.
[do-fetch]: Remove 'port' parameter.  Use
'open-connection-for-uri/maybe'.
Remove call to 'download-cache-info'.

gnu: man-pages: Update to 5.04.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 5.04.

gnu: libbytesize: Update to 2.1.

* gnu/packages/c.scm (libbytesize): Update to 2.1.
[source, remove]: Remove msgmerge reproducibility work-around.
[inputs]: Use pcre@2.

gnu: libplist: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/libusb.scm (libplist): Update to 2.1.0.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Add ‘configure-later’ phase.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: libpwquality: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/password-utils.scm (libpwquality): Update to 1.4.2.

gnu: libpwquality: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/password-utils.scm (libpwquality)[source]: Hard-code NAME.

gnu: r-sjstats: Update to 0.17.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjstats): Update to 0.17.7.

gnu: ruby-prawn-manual-builder: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-prawn-manual-builder): Update to 0.3.1.

gnu: r-rms: Update to 5.1-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-rms): Update to 5.1-4.

gnu: gthumb: Update to 3.8.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gthumb): Update to 3.8.2.

gnu: ruby-command-line-reporter: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-command-line-reporter): Update to 4.0.1.

gnu: python-lazy-object-proxy: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-lazy-object-proxy): Update to 1.4.3.

gnu: monero-gui: Update to 0.15.0.1.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.15.0.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: monero: Update to 0.15.0.1.

* gnu/packages/finance.scm (monero): Update to 0.15.0.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add emacs-openwith.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-openwith) New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: lxc: Adjust for GCC 7.

* gnu/packages/virtualization.scm (lxc)[arguments]: Add #:make-flags.

gnu: qemu: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 4.1.1.
[source](patches): Remove.

gnu: nginx: Update to 1.17.6.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.17.6.

gnu: libseccomp: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/linux.scm (libseccomp): Update to 2.4.2.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu-minimal-2.10)[inputs]: Remove "libseccomp".

gnu: jsoncpp: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.9.2.
* gnu/packages/games.scm (minetest)[source](snippet): Add substitution.

gnu: json-modern-cxx: Update to 3.7.3.

* gnu/packages/cpp.scm (json-modern-cxx): Update to 3.7.3.

gnu: minetest: Adjust indentation.

* gnu/packages/games.scm (minetest): Reindent.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 78.0.3904.108-0.8f06513 [security fixes].

This fixes CVE-2019-13723 and CVE-2019-13724.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 78.0.3904.108.
(%ungoogled-revision): Set to 8f065138317a6152b20decc224027a5192ba76b1.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin): Update hashes.

gnu: ungoogled-chromium: Increase resource limits in separate phase.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Add phase
'increase-resource-limits'.

gnu: hexchat: Fix crash on exit.

* gnu/packages/patches/hexchat-crash-exit.patch: New file.
* gnu/packages/hexchat.scm (orgin): Add patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-5.23f60a6.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-5.23f60a6.

gnu: guix-data-service: Fix build.

Use the new EMACSLOADPATH, rather than setting GUIX_ENVIRONMENT. This also
allows changing emacs-no-x to emacs-minimal.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service)[arguments]: Remove the
'set-GUIX_ENVIRONMENT phase.
[native-inputs]: Replace emacs-with-modules with emacs-minimal and
emacs-htmlize.

gnu: emacs-guix: Update to 0.5.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-guix): Update to 0.5.2.

gnu: kmonad: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (kmonad): Update to 0.3.0.

gnu: musescore: Update to 3.3.2.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.3.2.

gnu: mame: Fix build on i686.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Prevent strict-overflow error on i686
with "NOWERROR" flag.

doc: fcgiwrap-configuration: Remove stray period.

* doc/guix.texi (Web Services)[fcgiwrap-configuration]: Remove a stray
period.

gnu: Add ecasound.

* gnu/packages/audio.scm (ecasound): Add it.

gnu: python2-mmtk: Update to 2.7.12.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-mmtk): Update to 2.7.12.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python2-scientific: New source code location.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-scientific): New source code location.
Following the annoucement of Bitbucket to delete all
Mercurial repositories in June 2020, the source code has
been migrated to GitHub.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: nmoldyn: New source code location.

* gnu/packages/chemistry.scm (nmoldyn): New source code location.
Following the annoucement of Bitbucket to delete all
Mercurial repositories in June 2020, the source code has
been migrated to GitHub.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pack: Add "--derivation".

* guix/scripts/pack.scm (%options, show-help): Add "--derivation".
(guix-pack): Honor it.
* tests/guix-pack.sh: Test it.
* doc/guix.texi (Invoking guix pack): Document it.

gnu: ghc-foundation: Disable broken test.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-foundation)[arguments]: Add a phase
that patches out a broken test.

gnu: ghc-haddock: Update to 2.22.0.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-haddock): Update to 2.22.0.
[arguments]: Replace the 'remove-haddock-test-test-suites' phase with a
'remove-hoogle-test' phase, which only disables the Hoogle test; add a
new phase that puts the newly built 'haddock' binary in the 'PATH'
variable for testing.
[native-inputs]: Add 'ghc-haddock-test'.
(ghc-haddock-test): New variable.

gnu: ghc-haddock-api: Update to 2.22.0.

* gnu/packages/patches/ghc-haddock-api-fix-haddock.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.
* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-haddock-api): Update to 2.22.0.
[source]: Use the new patch.
[arguments]: Change the 'update-constraints' phase to allow newer
versions of 'QuickCheck' and 'hspec'.

gnu: ngless: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngless): Update to 1.0.1.
[arguments]: Add a 'create-Versions.hs' phase that patches the Makefile
and invokes 'make' to generate a required file.
[inputs]: Remove 'ghc-chart', 'ghc-chart-cairo', and
'ghc-conduit-combinators'; add 'ghc-diagrams-core', 'ghc-diagrams-lib',
'ghc-diagrams-svg', and 'ghc-tar-conduit'.

gnu: Add ghc-diagrams-svg.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-diagrams-svg): New variable.

gnu: Add ghc-svg-builder.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-svg-builder): New variable.

gnu: Add ghc-diagrams-lib.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-diagrams-lib): New variable.

gnu: Add ghc-diagrams-solve.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-diagrams-solve): New variable.

gnu: Add ghc-active.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-active): New variable.

gnu: Add ghc-intervals.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-intervals): New variable.

gnu: Add ghc-numeric-extras.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-numeric-extras): New variable.

gnu: Add ghc-diagrams-core.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-diagrams-core): New variable.

gnu: Add ghc-dual-tree.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-dual-tree): New variable.

gnu: Add ghc-monoid-extras.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-monoid-extras): New variable.