gnu: libtocc: Return #t from all phases.

* gnu/packages/search.scm (libtocc)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*. Return #t rather than undefined from phases. Re-indent.

gnu: qemu: Return #t from phases.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: git-crypt: Return #t from all phases.

* gnu/packages/version-control.scm (git-crypt)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: lxc: Return #t from phases.

* gnu/packages/virtualization.scm (lxc)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: lookingglass: Update to a11.

* gnu/packages/virtualization.scm (lookingglass): Update to a11.
[native-inputs]: Add 'libconfig', 'nettle'.
[arguments]: Add 'CC=gcc' make-flag.

gnu: extempore: Fetch sources from git.

* gnu/packages/music.scm (extempore)[source]: Fetch from git.

gnu: patchmatrix: Update to 0.12.0-1.a0b0b1e.

* gnu/packages/music.scm (patchmatrix): Update to 0.12.0-1.a0b0b1e.
[arguments]: Add phase "make-gzip-archive-writable".

gnu: sfarkxtc: Update to 0-1.13cd6f937.

* gnu/packages/compression.scm (sfarkxtc): Update to 0-1.13cd6f937.

services: cuirass: Add description.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-service-type): Add description.

services: cups: Add description.

* gnu/services/cups.scm (cups-service-type): Add description.

gnu: non-sequencer: Update to 1.9.5-4.5ae43bb.

* gnu/packages/music.scm (non-sequencer): Update to 1.9.5-4.5ae43bb.

gnu: ntk: Update to 1.3.1000.

* gnu/packages/fltk.scm (ntk): Update to 1.3.1000.
[arguments]: Do not use python-2; add missing #t to "set-ldflags" phase.

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.17.
[arguments]: Remove "wrap-executable" phase.

gnu: git: Add "credential-netrc" output.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Add "credential-netrc"
output.

Signed-off-by: Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>

gnu: gnome-dictionary: Update to 3.26.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-dictionary): Update to 3.26.1.
[build-system]: Switch to MESON-BUILD-SYSTEM.
[arguments]; New field.

build: Remove leftover reference to nix/libstore/schema.sql.

This is a followup to 3931c76154d4f418d5ea9acc5e47bf911d371c24.
Reported by Julien Lepiller.

* nix/local.mk (EXTRA_DIST): Remove schema.sql.

Do not record store file name in bioinformatics.scm.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (dropseq-tools): Replace full store
file name with ellipses.

gnu: parallel: Remove 'bash' input.

Because it's implicit.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel)[inputs]: Remove 'bash'.

gnu: nyx: Show header stats.

This is a follow-up to commit 18ab54d4a2aaf932b14e69c30650c1d2c4db33c7
and fixes a regression introduced by Nyx 2.0.4 + Python 3.

* gnu/packages/tor.scm (nyx)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/nyx-show-header-stats-with-python3.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: parallel: Wrap program instead of substituting 'ps' and 'perl'.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel)[arguments]: Replace 'ps' and 'perl'
substitutions with a 'wrap-program' phase.  Move the 'post-install-test' phase
after it.
[inputs]: Add bash.

gnu: nyx: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/tor.scm (nyx): Update to 2.0.4.
[source]: Use proper PYPI-URI release tarball.
[native-inputs]: Remove (possibly outdated) test dependencies for now.
[arguments]: Remove no-longer-supported #:configure-flags, adding new
‘install-man-page’ and ‘install-sample-configuration’ phases.
Use setuptools. Disable tests.

gnu: perl-catalyst-runtime: Update to 5.90118.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalyst-runtime): Update to 5.90118.
[source]: Update URI.
[native-inputs]: Remove perl-module-install.
[inputs]: Remove perl-class-data-inheritable, perl-http-request-ascgi,
perl-moosex-role-withoverloading, and perl-namespace-autoclean.

gnu: perl-catalystx-script-server-starman: Update to 0.03.

* gnu/packages/web.scm (perl-catalystx-script-server-starman): Update to 0.03.

gnu: nyx: Update home page.

* gnu/packages/tor.scm (nyx)[home-page]: Update.
[description]: Remove last reference to old ‘arm’ project name.

gnu: nyx: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (nyx)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*.

gnu: dwm: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (dwm)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*.

gnu: zile-on-guile: Return #t from all phases.

* gnu/packages/zile.scm (zile-on-guile)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: vpnc-scripts: Update to 20180226.07c3518.

* gnu/packages/vpn.scm (vpnc-scripts): Update to 20180226.07c3518.

gnu: vpnc-scripts: Return #t from all phases.

* gnu/packages/vpn.scm (vpnc-scripts)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*. Return #t rather than undefined from phases.

gnu: neofetch: Tweak synopsis & description.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch)[synopsis, description]: Avoid
abbreviation (but draw the line at ASCII).

gnu: hplip: Tweak synopsis & description.

* gnu/packages/cups.scm (hplip)[synopis]: Remove Random Capitalisation.
[description]: Likewise. Define ‘PPD’.

gnu: libsemanage: Return #t from all phases.

* gnu/packages/selinux.scm (libsemanage)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: mplayer: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (mplayer)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: vapoursynth: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: libsmpeg: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (libsmpeg)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: handbrake: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (handbrake)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: libmediainfo: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (libmediainfo)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: mediainfo: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (mediainfo)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: livemedia-utils: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (livemedia-utils)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: frei0r-plugins: Return #t from all phases.

* gnu/packages/video.scm (frei0r-plugins)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

system: Mapped devices needed for boot do not yield Shepherd services.

Fixes <https://bugs.gnu.org/31889>.
Reported by Taylan Kammer <taylanbayirli@gmail.com>.

* gnu/system.scm (non-boot-file-system-service)[mapped-devices-for-boot]:
New variable.
Remove dependencies of FS that are members of MAPPED-DEVICES-FOR-BOOT.
(mapped-device-user): Rename to...
(mapped-device-users): ... this.  Use 'filter' instead of 'find'.
(operating-system-user-mapped-devices)
(operating-system-boot-mapped-devices): Use 'any
file-system-needed-for-boot?' instead of looking at the first user.
* tests/system.scm ("non-boot-file-system-service"): New test.

build-self: Avoid recompilations of 'compute-guix-derivation'.

* build-aux/build-self.scm (build-program)["compute-guix-derivation"]:
Honor the SOURCE command-line argument.  Add a VERSION command-line
argument and honor it.
(build): Pass VERSION to BUILD.

gnu: parallel: Update to 20180622.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180622.

gnu: hplip: Add Qt GUI support.

Some tools (like ‘hp-toolbox’) still refuse to launch, but at least
others (like ‘hp-systrax’) now seem to work.

* gnu/packages/cups.scm (hplip)[arguments]: Add #configure-flags for Qt.
[inputs]: Add python-gobject and python-pyqt.

gnu: hplip: Update to 3.18.6.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update to 3.18.6.

Order (gnu packages cups) module imports alphabetically.

* gnu/packages/cups.scm (define-module): Order module imports
alphabetically.

gnu: gimp: Update to 2.10.2.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp): Update to 2.10.2.

gnu: gegl: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl): Update to 0.4.2.

gnu: babl: Update to 0.1.50.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.50.

gnu: ruby-rack-protection: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rack-protection): Update to 2.0.3.

gnu: ruby-rack: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rack): Update to 2.0.5.

gnu: sdl2-image: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-image): Update to 2.0.3.

guix: Fix system reconfigure.

This is a follow-up to 378daa8cb677121e1893f9173af1db060720d6e4.

* guix/scripts/system.scm (switch-to-system): Lower the script.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.06.19.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.06.19.

gnu: r-httpuv: Update to 1.4.4.1.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): Update to 1.4.4.1.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-24.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-24.

gnu: r-mice: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mice): Update to 3.1.0.

gnu: r-progress: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-progress): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-crayon and r-hms.

gnu: r-complexheatmap: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-complexheatmap): Update to 1.18.1.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.6.1.

gnu: r-optparse: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-optparse): Update to 1.6.0.

gnu: r-biocviews: Update to 1.48.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.48.2.

gnu: emacs-evil: Update to 20180517.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil): Update to 20180517.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-mu4e: Deprecate in favor of emacs-evil-collection.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-mu4e): Deprecate.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-ediff: Deprecate in favor of emacs-evil-collection.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-ediff): Deprecate.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-collection: Update to 20180617.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-collection): Update to 20180617.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-mu4e-conversation.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mu4e-conversation): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Update NEWS.

guix system: 'list-generation' correctly displays file system labels.

* guix/scripts/system.scm (display-system-generation): Correctly display
file system labels.  Previously, starting from commit
a5acc17a3c10a3779b5b8b1a2565ef130be77e51, it'd print #<file-system-label "foo">.

services: boot: Take gexps instead of monadic gexps.

* gnu/services.scm (compute-boot-script): Rename 'mexps' to 'gexps' and
remove 'mlet' form.
(boot-service-type): Update comment.
(cleanup-gexp): Remove 'with-monad' and 'return'.
(activation-script): Rewrite in non-monadic style: use 'scheme-file'
instead of 'gexp->file'.
(gexps->activation-gexp): Remove 'mlet', return a gexp.
* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-boot-gexp): Remove 'with-monad'
and 'return'.
* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Remove outdated comment.
* gnu/tests/base.scm (%cleanup-os): For 'dirty-service', remove
'with-monad' and 'return'.

services: Add description to core services.

* gnu/services.scm (system-service-type, boot-service-type)
(cleanup-service-type, activation-service-type)
(special-files-service-type, etc-service-type)
(setuid-program-service-type, profile-service-type)
(firmware-service-type, gc-root-service-type): Add 'description' field.

gnu: ocaml: Build reproducibly.

* gnu/packages/patches/ocaml-enable-ocamldoc-reproducibility.patch: New
file.
* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml)[origin]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add go-github-com-ayufan-golang-kardianos-service.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-ayufan-golang-kardianos-service): New
variable.

gnu: Move go-github-com-kardianos-osext to (gnu packages golang).

This package will not be used in later versions of Syncthing but may be needed
by other Go programs.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-kardianos-osext): Move to ...
* gnu/packages/golang.scm: ... here.

gnu: Add go-github-com-sirupsen-logrus.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-sirupsen-logrus): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

services: Fix GPLv3 header in cuirass and pm modules.

* gnu/services/cuirass.scm, gnu/services/pm.scm: Adjust to canonical GPLv3
header used throughout Guix.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add go-github-com-prometheus-node-exporter.

* gnu/packages/monitoring.scm (go-github-com-prometheus-node-exporter):
New variable.

gnu: neofetch: Don't use auto-generated tarball.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch)[source]: Use GIT-FETCH.

gnu: neofetch: Remove dead code.

Turns out that's most of it.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch)[arguments]: Remove all custom
phases.

gnu: Add guile-chickadee.

* gnu/packages/game-development.scm (guile-chickadee): New variable.

gnu: guile-sdl2: Install compiled files to the expected place.

* gnu/packages/sdl.scm (guile-sdl2)[arguments]: Add build phase
"patch-makefile".

gnu: neofetch: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 5.0.0.

services: cleanup: Expect file names to be UTF-8-encoded.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26353>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/services.scm (cleanup-gexp): Add 'setenv' and 'setlocale' calls
before 'delete-file-recursively'.
* gnu/tests/base.scm (%cleanup-os, %test-cleanup): New variables.
(run-cleanup-test): New procedure.

services: boot: Reverse the order of boot expressions.

* gnu/services.scm (compute-boot-script): Reverse MEXPS.
* gnu/system.scm (essential-services): Reverse order of
%SHEPHERD-ROOT-SERVICE, %ACTIVATION-SERVICE, and CLEANUP-SERVICE-TYPE.

gnu: perl-lwp-protocol-https: Update to 6.07.

* gnu/packages/web.scm (perl-lwp-protocol-https): Update to 6.07.
[native-inputs]: Add perl-test-requiresinternet.

gnu: meandmyshadow: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/games.scm (meandmyshadow): Update to 0.4.1.

gnu: meandmyshadow: Return #t from phases.

* gnu/packages/games.scm (meandmyshadow)[arguments]: Return #t rather
than undefined from phases.

gnu: extremetuxracer: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer)[synopis]: Hyphenate.

gnu: extremetuxracer: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): Update to 0.7.5.

gnu: quakespasm: Update to 0.93.1.

* gnu/packages/games.scm (quakespasm): Update to 0.93.1.

gnu: fizmo: Update home page.

* gnu/packages/games.scm (fizmo)[source, home-page]: Update URIs.

gnu: fizmo: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/games.scm (fizmo): Update to 0.8.5.
[arguments]: Adjust #:configure-flags to improved library detection.

gnu: pioneers: Update to 15.5.

* gnu/packages/games.scm (pioneers): Update to 15.5.
[native-inputs]: Add itstool and libxml2.

gnu: emacs-d-mode: Update to 2.0.9.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-d-mode): Update to 2.0.9.

gnu: emacs-htmlize: Update to 1.53.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-htmlize): Update to 1.53.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.3.
[propagated-inputs]: Add r-pls.

gnu: Add r-pls.

* gnu/packages/cran.scm (r-pls): New public variable.

gnu: r-prroc: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-prroc): Update to 1.3.1.

gnu: memcached: Update to 1.5.8.

* gnu/packages/databases.scm (memcached): Update to 1.5.8.

gnu: emacs-m-buffer-el: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-m-buffer-el)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.