etc: snippets: Fix name extraction.

* etc/snippets/text-mode/guix-commit-message-update-package: Since git commit
mode is not derived from any Lisp mode, so-called sexp or symbols do not
include the period character.  As a consequence, names including versions are
not properly extracted. Also use more idiomatic (goto-char (point-min))
instead of (beginning-of-buffer).

doc: Mention Guile-Semver dependency.

This is a followup to 269c1db41bd82f93c7ae5c62a4969a423e556183.

* doc/guix.texi (Requirements): Mention Guile-Semver.

import: crate: Skip tests when Guile-Semver is missing.

* guix/import/crate.scm: Add comment for the 'module-autoload!' calls.
* tests/crate.scm (have-guile-semver?): New variable.
("crate->guix-package", "cargo-recursive-import")
("cargo-recursive-import-hoors-existing-packages"): Skip when
HAVE-GUILE-SEMVER? is false.

gnu: rust-proc-macro-crate-0.1: Do not skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro-crate-0.1)[arguments]: Do not
skip build.

gnu: rust-quote-1: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-quote-1): Update to 1.0.7.

gnu: rust-proc-macro-error-1: Do not skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro-error-1)[arguments]: Do not skip
build. Skip tests, tho. Add rust-serde-derive, rust-toml and rust-trybuild to
development inputs. Fix some versions in Cargo.toml.

gnu: rust-system-deps-1: Do not skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-system-deps-1): Do not skip build.
[arguments]: Disable tests. Add rust-itertools as a development input.  Add
a phase to fix build.

gnu: rust-strum-0.18: Do not skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-strum-0.18): Do not skip build.

gnu: rust-strum-macros-0.18: Do not skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-strum-macros-0.18): Do not skip build.

gnu: rust-proc-macro-error-attr-1: Do not skip build.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro-error-attr-1): Do not skip
build.

gnu: rust-gtk-rs-lgpl-docs-0: Update to 0.1.18.

* gnu/packages/crates-gtk.scm (rust-gtk-rs-lgpl-docs-0): Update to 0.1.18.

gnu: rust-syn-1: Update to 1.0.53.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-syn-1): Update to 1.0.53.  Fix indentation.
[description]: Make it a full sentence.

gnu: Add rust-system-deps-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-system-deps-1): New variable.

gnu: rust-rustdoc-stripper-0.1: Update to 0.1.16.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rustdoc-stripper-0.1): Update to
0.1.16. Fix indentation.

gnu: rust-x11-2: Update to 2.18.2.

* gnu/packages/crates-graphics.scm (rust-x11-2): Update to 2.18.2.
[home-page]: Drop ".git" suffix.
[description]: Make it a full sentence.
[license]: Update license to expat.

gnu: rust-anyhow-1.0: Update to 1.0.34.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-anyhow-1.0): Update to 1.0.34.

gnu: Add rust-strum-0.18.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-strum-0.18): New variable.

gnu: Add rust-strum-macros-0.18.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-strum-macros-0.18): New variable.

scripts: substitute: Fix discover option.

The discover option can be unset or set to "yes/no". Handle both cases.

* guix/scripts/substitute.scm (%local-substitute-urls): Fix discover option.

gnu: Add rust-proc-macro-crate-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro-crate-0.1): New variable.

gnu: Add rust-proc-macro-error-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro-error-1): New variable.
(rust-proc-macro-error-0.4): inherit from variable above.

gnu: Add rust-proc-macro-error-attr-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-proc-macro-error-attr-1): New variable.
(rust-proc-macro-error-attr-0.4): inherit from variable above.

gnu: rust-thiserror-1: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-thiserror-1): Update to 1.0.22.

gnu: rust-thiserror-impl-1.0: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-thiserror-impl-1.0): Update to 1.0.22.

tests: pack-relocatable: Ensure commands can run in the current namespace.

* tests/guix-pack-relocatable (run_without_store): Use subshell to run
commands in the current namespace.  This avoids shell syntax and parsing
errors.

gnu: Add rust-linkify-0.4.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-linkify-0.4): New variable.

image: Fix ISO image production.

This is a follow-up of 41f27bf8702838f19b1dc5ffee8eec1d4315d4e6.

* gnu/system/image.scm (operating-system-for-image): Force "volatile-root?" to
true when producing ISO images.

gnu: rust-hex-0.4: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-hex-0.4): Update to 0.4.2.  Fix
indentation.

gnu: Add rust-open-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-open-1): New variable.

gnu: mumi: Update to 0.0.1-3.8c82c8f.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.1-3.8c82c8f.

import/cran: Do not attempt to generate definitions for failed imports.

* guix/scripts/import/cran.scm (guix-import-cran): Remove failed imports from
list of packages to define.

import/cran: Fix calls to CRAN->GUIX-PACKAGE.

* guix/import/cran.scm (cran->guix-package, latest-bioconductor-release):
Invoke CRAN->GUIX-PACKAGE with #:REPO keyword argument.

gnu: mumi: Update to 0.0.1-3.6fd49e9.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.1-3.6fd49e9.

gnu: emacs-yasnippet-snippets: Resolve void function error.

Attempting to use the python-mode snippets shipped with this package would
result in a '(void-function yasnippet-snippets--fixed-indent)' error being
raised (failing the initialization of other packages such as Elpy).  The
following change fixes this by not only installing the snippets but also the
accompanying Elisp library that allows automatic discovery of the snippets.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-yasnippet-snippets)[build-system]: Switch
to emacs-build-system.
[arguments]: Remove the #:module and #:builder arguments.  Add the #:include
argument.
[description]: Adjust to reflect that it is no longer necessary to manually
add the snippets to the yas-snippet-dirs variable.

gnu: python-pygit2: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygit2): Update to 1.4.0.

gnu: libgit2: Update to 1.1.0

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 1.1.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add novena-eeprom.

* gnu/packages/admin.scm (novena-eeprom): New variable.

gnu: geany: Update to 1.37.1.

* gnu/packages/text-editors.scm (geany): Update to 1.37.1.

gnu: scintilla: Update to 4.4.6.

* gnu/packages/text-editors.scm (scintilla): Update to 4.4.6.

gnu: utox: Update home-page and description.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Update home-page and description.
[home-page]: Change to GitHub URL.
[description]: Fix uTox naming style.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: utox: Update to 0.18.0.

Fixes <http://issues.guix.gnu.org/43750>.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Update to 0.18.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Give references and examples for services-to-restart.

* doc/guix.texi (Unattended Upgrades): Give references and examples
for services-to-restart.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: poetry: Fix a problem with a dependency.

* gnu/packages/python-xyz.scm (poetry)[arguments]: Relax version constraints
for python-packaging.

Signed-off-by: Marius Bakke <marius@gnu.org>

gnu: uBlock Origin: Update to 1.31.2.

* gnu/packages/browser-extensions.scm (uassets): Update to a7e476412.
(ublock-origin): Update to 1.31.2.

gnu: gnutls-dane: Inherit from newer GnuTLS.

Fixes <https://bugs.gnu.org/44914>.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls/dane): Inherit from GNUTLS/FIXED instead of
GNUTLS.

gnu: GnuTLS: Update replacement to 3.6.15 [fixes CVE-2020-24659].

* gnu/packages/tls.scm (gnutls-3.6.14): Rename to ...
(gnutls/fixed): ... this.  Update to 3.6.15.
(gnutls): Adjust for renamed replacement.
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[propagated-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/vpn.scm (openconnect)[propagated-inputs]: Likewise.

doc: Correct spelling of 'discover?' .

* doc/guix.texi (Base Services): Correct spelling of 'discover?'.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

linux-container: Correct test for unprivileged user namespace support.

Fixes <https://bugs.gnu.org/31977>.
Reported by Paul Garlick <pgarlick@tourbillion-technology.com>.

* gnu/build/linux-container.scm (unprivileged-user-namespace-supported?):
Return #f when the 'userns-file' does not exist.

gnu: libmp3splt: Support splitting FLAC files.

* gnu/packages/mp3.scm (libmp3splt)[inputs]: Add flac.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

nls: Update 'fr' translation of the manual.

doc: Tweak wording of 'chicken-build-system' material.

* doc/guix.texi (Build Systems): Fix spelling of "CHICKEN".  Add xref to
its web site.  Tweak wording.

gnu: Added chicken-agrep.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken-agrep): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add chicken-srfi-14.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken-srfi-14): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add chicken-datatype.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken-datatype): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add chicken-iset.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken-iset): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add chicken-srfi-69.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken-srfi-69): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add chicken-srfi-1.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken-srfi-1): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add chicken-test.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken-test): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Use qualified license names in chicken.scm instead of selective import.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken)[license]: Use qualified name.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build-system: Add chicken-build-system.

* guix/build-system/chicken.scm: New file.
* guix/build/chicken-build-system.scm: New file.
* Makefile.am: Add them.
* doc/guix.texi: Document it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: chicken: Add 'CHICKEN_REPOSITORY_PATH' search path spec.

* gnu/packages/chicken.scm (chicken)[native-search-paths]: New field.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

self: Factorize package dependency enumeration.

* guix/self.scm (transitive-package-dependencies): New procedure.
(compiled-guix)[dependencies]: Use it.

gnu: guile-semver: Switch to Guile 3.0.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-semver)[inputs]: Use GUILE-3.0.
(guile3.0-semver): Define in terms of 'deprecated-package'.
(guile2.2-semver): New variable.

gnu: sbcl-cl-webkit: Update hash.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-webkit): Update hash which was forgotten
in previous update commit.

ci: Build novena-barebones-raw-image.

* gnu/ci.scm (%guix-system-images): Add novena-barebones-raw-image.

gnu: sbcl-cl-webkit: Update to 20201203.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-webkit): Update to 20201203.

gnu: lisp-repl-core-dumper: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/lisp.scm (lisp-repl-core-dumper): Update to 0.3.0.

images: novena: Replace agetty-service by term-auto.

* gnu/system/images/novena.scm (novena-barebones-os)[kernel-arguments]: New
field.
[services]: Remove field.

images: Add novena-image-type, novena-barebones-raw-image, novena-barebones-os.

* gnu/system/images/novena.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: rust-openssl-0.10: Update to 0.10.30.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-openssl-0): Update to 0.10.30.

gnu: rust-url-2: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-url-2): Update to 2.2.0.
[arguments]: Add `rust-form-url-encoded' to Cargo inputs.

gnu: Add rust-form-urlencoded-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-form-urlencoded-1): New variable.

gnu: monolith: Make description more neutral.

* gnu/packages/web.scm (monolith)[description]: Make description more neutral.

gnu: libsoup: Patch docbook-xml references.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup)[arguments]: Add phase to refer to
local copy of docbook-xml.
[native-inputs]: Add docbook-xml-4.1.2.

gnu: google-brotli: Update to 1.0.9 (Fixes CVE-2020-8927).

* gnu/packages/compression.scm (google-brotli): Update to 1.0.9.
[source]: Add snippet to remove unrecognized '-R' flag from pkg-config
files.

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.247.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.247.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.247.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.247.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.210.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.210.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.161.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.161.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.81.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.81.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.9.12.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.9-version): Update to 5.9.12.
(linux-libre-5.9-pristine-source): Update hash.

gnu: emacs-telega: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega): Update to 0.7.1.

gnu: tdlib: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/messaging.scm (tdlib): Update to 1.7.0.

gnu: Add monolith.

* gnu/packages/web.scm (monolith): New variable.

gnu: icedove: Update to 78.5.1 [fixes CVE-2020-26970].

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 78.5.1.

import: crate: Use existing package satisfying semver requirement.

If a package satisfying the dependency's semver requirement already exists,
use it. Prior to this change the highest version matching the semver
requirement was used (and imported in case it was not defined as package
already).

When resolving a dependency (now done in `sort-map-dependencies`), first
search for a package matching the semver requirement and only if this fails
reach out for a crate.

* guix/import/crate.scm (crate->guix-package)[find-package-version]: New
  function. [dependency-name+version]: New function.
  [sort-map-dependencies]: Use it instead of lambda function.

* tests/crate.scm (test-doctool-crate, test-doctool-dependencies): New
  variables.
  ("self-test …", "cargo-recursive-import-hoors-existing-packages"): New
  tests.

import: crate: Trim version for names after left-most non-zero part.

This complies to how versions are matched for caret requirements in crates:
An update is allowed if the new version number does not modify the left-most
non-zero digit in the major, minor, patch grouping.

* guix/import/crate.scm (version->semver-prefix): New function.
  (make-crate-sexp)[format-inputs]: Use it.
  (make-crate-sexp): Use it to pass shorter version to package->definition.
* guix/import/utils.scm (package->definition): Change optional parameter
  APPEND-VERSION? into APPEND-VERSION?/STRING. If it is a string, append its
  value to name.
* tests/crate.scm: Adjust tests accordingly.

import: utils: Trim patch version from names.

This remove the patch version from generated package names. For example
'rust-my-crate-1.1.2' now becomes 'rust-my-crate-1.1'.

* guix/import/utils.scm (package->definition): Trim patch version from
  generated package names.
* tests/crate.scm: (cargo>guix-package, cargo-recursive-import): Likewise.

import: crate: Parameterized importing of dev dependencies.

The recursive crate importer will now include development dependencies only
for the top level package, but not for any of the recursively imported
packages.  Also #:skip-build will be false for the top-most package.

* guix/import/crate.scm (make-crate-sexp): Add the key BUILD?.
  (crate->guix-package): Add the key INCLUDE-DEV-DEPS?.
  (crate-recursive-import): Likewise.
* guix/scripts/import/crate.scm (guix-import-crate): Likewise.
* tests/crate.scm (cargo-recursive-import): Likewise.

import: crate: Memorize crate->guix-package.

This adds memorization to procedures that involve network lookups.
'lookup-crate*' is used on every dependency of a package to get its version
list. It is also used to lookup a package's metadata. 'crate-recursive-import'
is also memorized since creating the same package twice will trigger a lookup
on its dependencies.

* guix/import/crate.scm (lookup-crate*): New procedure.
  (crate->guix-package): Memorize package metadata lookups.
  (crate-recursive-import): Memorize package creation.

import: crate: Use guile-semver to resolve module versions.

* guix/import/crate.scm: Add guile-semver as a soft dependency.
  (make-crate-sexp): Don't allow other keys. Add '#:skip-build?' to build
  system args. Pass a VERSION argument to 'cargo-inputs'.
  (crate->guix-package): Use guile-semver to resolve the correct module
  versions. Treat "build" dependencies as normal dependencies.
  (crate-name->package-name): Reuse the procedure 'guix-name' instead of
  duplicating its logic.
* guix/import/utils.scm (package-names->package-inputs): Implement
  handling of (name version) pairs.
* guix/scripts/import/crate.scm (guix-import-crate): Use
  crate-recursive-import instead of duplicate code.
* tests/crate.scm (recursive-import): Change test packages versions to be
  distinguishable. Add version data to the test. Check created symbols, too.

Co-authored-by: Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>

import: utils: 'recursive-import' accepts an optional version parameter.

This adds a key VERSION to 'recursive-import' and moves the parameter REPO to
a key. This also changes all the places that rely on 'recursive-import'.

* guix/import/utils.scm (recursive-import): Add the VERSION key. Make REPO a
  key.
  (package->definition): Add optional 'append-version?'.
* guix/scripts/import/crate.scm (guix-import-crate): Add the VERSION key.
* guix/import/crate.scm (crate->guix-package): Add the VERSION key.
  (crate-recursive-import): Pass VERSION to recursive-import, remove now
  unnecessary code.
* guix/import/cran.scm (cran->guix-package, cran-recursive-import): Change the
  REPO parameter to a key.
* guix/import/elpa.scm (elpa->guix-package, elpa-recursive-import): Likewise.
* guix/import/gem.scm (gem->guix-package, recursive-import): Likewise.
* guix/import/opam.scm (opam-recurive-import): Likewise.
* guix/import/pypi.scm (pypi-recursive-import): Likewise.
* guix/import/stackage.scm (stackage-recursive-import): Likewise.
* guix/scripts/import/cran.scm (guix-import-cran): Likewise.
* guix/scripts/import/elpa.scm (guix-import-elpa): Likewise.
* tests/elpa.scm (eval-test-with-elpa): Likewise.
* tests/import-utils.scm (recursive-import): Likewise.

Co-authored-by: Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>

guix: self: Add guile-semver as a depenedency.

* guix/self.scm (compiled-guix): Add guile-semver as a depenedency.

gnu: snap: Update to 6.3.7.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 6.3.7.

gnu: rust-base64-0.13: Fix code typo.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-base64-0.13): Fix code typo.

gnu: sequoia: Update to 0.20.0.

* gnu/packages/sequoia.scm (sequoia): Update to 0.20.0. [cargo-inputs,
  cargo-development-inputs] Update dependencies. [phases]{unpin-deps}: Adjust
  path of file to substitute.  {adjust-prefix} Rename to {fix-environment} and
  set another envormnet variable. {keep-SOURCE_DATE_EPOCH}: New phase.

gnu: rust-rusqlite: Update to 0.24.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rusqlite): Update to 0.24.

gnu: Add rust-libsqlite3-sys-0.20.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-libsqlite3-sys-0.20): New variable,
  skipping build.
  (rust-libsqlite3-sys-0.15): Inherit from rust-libsqlite3-sys-0.20.

gnu: Add rust-hashbrown-0.9.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-hashbrown-0.9): New variable, skipping
  build.  (rust-hashbrown-0.8): Inherit from rust-hashbrown-0.9.

gnu: Add rust-hashlink-0.6.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-hashlink-0.6): New variable.