gnu: r-heatplus: Update to 2.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-heatplus): Update to 2.36.0.

gnu: r-varianttools: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-varianttools): Update to 1.32.0.

gnu: r-ioniser: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ioniser): Update to 2.14.0.

gnu: r-linnorm: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-linnorm): Update to 2.14.0.

gnu: r-bumphunter: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bumphunter): Update to 1.32.0.

gnu: r-siggenes: Update to 1.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-siggenes): Update to 1.64.0.

gnu: r-illuminaio: Update to 0.32.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-illuminaio): Update to 0.32.0.

gnu: r-geoquery: Update to 2.58.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-geoquery): Update to 2.58.0.

gnu: r-scone: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scone): Update to 1.14.0.

gnu: r-noiseq: Update to 2.34.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-noiseq): Update to 2.34.0.

gnu: r-monocle: Update to 2.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-monocle): Update to 2.18.0.

gnu: r-mast: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mast): Update to 1.16.0.

gnu: r-icobra: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-icobra): Update to 1.18.0.

gnu: r-ihw: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ihw): Update to 1.18.0.

gnu: r-lpsymphony: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-lpsymphony): Update to 1.18.0.

gnu: r-karyoploter: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-karyoploter): Update to 1.16.0.

gnu: r-ebseq: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ebseq): Update to 1.30.0.

gnu: r-dnacopy: Update to 1.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dnacopy): Update to 1.64.0.

gnu: r-copynumber: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-copynumber): Update to 1.30.0.

gnu: r-chipexoqual: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chipexoqual): Update to 1.14.0.

gnu: r-savr: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-savr): Update to 1.28.0.

gnu: r-destiny: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-destiny): Update to 3.4.0.
[propagated-inputs]: Remove r-nbconvertr.

gnu: r-biocneighbors: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocneighbors): Update to 1.8.0.

gnu: r-ruvseq: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ruvseq): Update to 1.24.0.

gnu: r-dnabarcodes: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dnabarcodes): Update to 1.20.0.

gnu: r-inspect: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-inspect): Update to 1.20.0.

gnu: r-plgem: Update to 1.62.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-plgem): Update to 1.62.0.

gnu: r-rots: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rots): Update to 1.18.0.

gnu: r-glimma: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-glimma): Update to 2.0.0.

gnu: r-goseq: Update to 1.42.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-goseq): Update to 1.42.0.

gnu: r-ctc: Update to 1.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ctc): Update to 1.64.0.

gnu: r-riboseqr: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-riboseqr): Update to 1.24.0.

gnu: r-riboprofiling: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-riboprofiling): Update to 1.20.0.

gnu: r-bayseq: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bayseq): Update to 2.24.0.

gnu: r-qdnaseq: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-qdnaseq): Update to 1.26.0.

gnu: r-cghcall: Update to 2.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cghcall): Update to 2.52.0.

gnu: r-cghbase: Update to 1.50.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cghbase): Update to 1.50.0.

gnu: r-marray: Update to 1.68.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-marray): Update to 1.68.0.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.24.0.

gnu: r-graph: Update to 1.68.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-graph): Update to 1.68.0.

gnu: r-multtest: Update to 2.46.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multtest): Update to 2.46.0.

gnu: r-diffbind: Update to 3.0.7.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-diffbind): Update to 3.0.7.
[propagated-inputs]: Add r-apeglm, r-ashr, and r-greylistchip; remove r-edger.

gnu: Add r-greylistchip.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-greylistchip): New variable.

gnu: Add r-ashr.

* gnu/packages/cran.scm (r-ashr): New variable.

gnu: Add r-mixsqp.

* gnu/packages/cran.scm (r-mixsqp): New variable.

gnu: Add r-etrunct.

* gnu/packages/cran.scm (r-etrunct): New variable.

gnu: Add r-invgamma.

* gnu/packages/cran.scm (r-invgamma): New variable.

gnu: Add r-apeglm.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-apeglm): New variable.

gnu: Add r-rcppnumerical.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rcppnumerical): New variable.

gnu: r-qvalue: Update to 2.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-qvalue): Update to 2.22.0.

gnu: r-oligo: Update to 1.54.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-oligo): Update to 1.54.0.

gnu: r-oligoclasses: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-oligoclasses): Update to 1.52.0.

gnu: r-geneplotter: Update to 1.68.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-geneplotter): Update to 1.68.0.

gnu: r-reportingtools: Update to 2.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reportingtools): Update to 2.30.0.

gnu: r-regioner: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.22.0.

gnu: r-hpar: Update to 1.32.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hpar): Update to 1.32.1.

gnu: r-annotate: Update to 1.68.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotate): Update to 1.68.0.
[propagated-inputs]: Remove 'r-rcurl', add 'r-httr'.

gnu: r-affxparser: Update to 1.62.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affxparser): Update to 1.62.0.

gnu: r-affycoretools: Update to 1.62.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycoretools): Update to 1.62.0.

gnu: r-affycontam: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycontam): Update to 1.48.0.

gnu: r-affycompatible: Update to 1.50.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycompatible): Update to 1.50.0.

gnu: r-affycomp: Update to 1.66.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycomp): Update to 1.66.0.

gnu: r-biocgenerics: Update to 0.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocgenerics): Update to 0.36.0.

gnu: r-biocversion: Update to 3.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocversion): Update to 3.12.0.

gnu: r-cummerbund: Update to 2.32.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cummerbund): Update to 2.32.0.

gnu: r-coverageview: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-coverageview): Update to 1.28.0.

gnu: r-ideoviz: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ideoviz): Update to 1.26.0.

import: cran: Update the Bioconductor version to 3.12.

* guix/import/cran.scm (%bioconductor-version): Set to 3.12.
* guix/build-system/r.scm (bioconductor-uri):  Update to 3.12.

services: science.scm: Add missing copyright headers.

This module was always supposed to have the GPL3 header in place.
Follow-up to 8f19e63f760fe02f9969225da2f3f3c36801218f.

* gnu/services/science.scm: Add Copyright headers.

gnu: monero-gui: Update to 0.17.1.6.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.17.1.6.

gnu: monero: Update to 0.17.1.6.

* gnu/packages/finance.scm (monero): Update to 0.17.1.6.

gnu: Add lemonbar-xft.

* gnu/packages/wm.scm (lemonbar-xft): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add go-github-com-aws-sdk.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-aws-sdk): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add go-github-com-jmespath-go-jmespath.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-jmespath-go-jmespath): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add go-github-com-go-sql-driver-mysql.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-go-sql-driver-mysql): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.211.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.211.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.162.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.162.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.82.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.82.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.9.13.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.9-version): Update to 5.9.13.
(linux-libre-5.9-pristine-source): Update hash.

gnu: OpenSSL: Update to 1.1.1i [fixes CVE-2020-1971].

* gnu/packages/tls.scm (openssl)[replacement]: Update replacement to 1.1.1i
(openssl-1.1.1g): Replace with ...
(openssl-1.1.1i): ... new variable.

gnu: guix: Update to 799f066.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 799f066.

import: opam: Adjust test to latest 'opam->guix-package' changes.

This is a followup to a8dccd4bdc1e58219d4ba08fe1649bf0b8325f44, which
broke the test.

* guix/import/opam.scm (get-opam-repository): Prevent inlining.
* tests/opam.scm ("opam->guix-package"): Mock 'get-opam-repository'.

daemon: Raise an error if substituter doesn't send the expected hash.

It was already impossible in practice for 'expectedHashStr' to be empty
if 'status' == "success".

* nix/libstore/build.cc (SubstitutionGoal::finished): Throw 'SubstError'
when 'expectedHashStr' is empty.

substitute: Cache and reuse connections while substituting.

That way, when fetching a series of substitutes from the same server(s),
the connection is reused instead of being closed/opened for each
substitutes, which saves on network round trips and TLS handshakes.

* guix/http-client.scm (http-fetch): Add #:keep-alive? and honor it.
* guix/progress.scm (progress-report-port): Add #:close? parameter and
honor it.
* guix/scripts/substitute.scm (at-most): Return the tail as a second
value.
(fetch): Add #:port and #:keep-alive? and honor them.
(%max-cached-connections): New variable.
(open-connection-for-uri/cached, call-with-cached-connection): New
procedures.
(with-cached-connection): New macro.
(process-substitution): Wrap 'fetch' call in 'with-cached-connection'.
Pass #:close? to 'progress-report-port'.

daemon: Run 'guix substitute --substitute' as an agent.

This avoids spawning one substitute process per substitution.

* nix/libstore/build.cc (class Worker)[substituter]: New field.
[outPipe, logPipe, pid]: Remove.
(class SubstitutionGoal)[expectedHashStr, status, substituter]: New fields.
(SubstitutionGoal::timedOut): Adjust to check 'substituter'.
(SubstitutionGoal::tryToRun): Remove references to 'outPipe' and
'logPipe'.  Run "guix substitute --substitute" as an 'Agent'.  Send the
request with 'writeLine'.
(SubstitutionGoal::finished): Likewise.
(SubstitutionGoal::handleChildOutput): Change to fill in
'expectedHashStr' and 'status'.
(SubstitutionGoal::handleEOF): Call 'wakeUp' unconditionally.
(SubstitutionGoal::~SubstitutionGoal): Adjust to check 'substituter'.
* guix/scripts/substitute.scm (process-substitution): Write "success\n"
to stdout upon success.
(%error-to-file-descriptor-4?): New variable.
(guix-substitute): Set 'current-error-port' to file descriptor 4
unless (%error-to-file-descriptor-4?) is false.
Remove "--substitute" arguments.  Loop reading line from stdin.
* tests/substitute.scm <top level>: Call '%error-to-file-descriptor-4?'.
(request-substitution): New procedure.
("substitute, no signature")
("substitute, invalid hash")
("substitute, unauthorized key")
("substitute, authorized key")
("substitute, unauthorized narinfo comes first")
("substitute, unsigned narinfo comes first")
("substitute, first narinfo is unsigned and has wrong hash")
("substitute, first narinfo is unsigned and has wrong refs")
("substitute, two invalid narinfos")
("substitute, narinfo with several URLs"): Adjust to new "guix
substitute --substitute" calling convention.

daemon: Factorize substituter agent spawning.

* nix/libstore/local-store.hh (class LocalStore)[substituter]: New
method.
[runningSubstituter]: Turn into a shared_ptr.
* nix/libstore/local-store.cc (LocalStore::querySubstitutablePaths):
Call 'substituter' instead of using inline code.
(LocalStore::querySubstitutablePathInfos): Likewise.
(LocalStore::substituter): New method.

daemon: Use 'Agent' to spawn 'guix substitute --query'.

* nix/libstore/local-store.hh (RunningSubstituter): Remove.
(LocalStore)[runningSubstituter]: Change to unique_ptr<Agent>.
[setSubstituterEnv, didSetSubstituterEnv]: Remove.
[getLineFromSubstituter, getIntLineFromSubstituter]: Take an 'Agent'.
* nix/libstore/local-store.cc (LocalStore::~LocalStore): Remove
reference to 'runningSubstituter'.
(LocalStore::setSubstituterEnv, LocalStore::startSubstituter): Remove.
(LocalStore::getLineFromSubstituter): Adjust to 'run' being an 'Agent'.
(LocalStore::querySubstitutablePaths): Spawn substituter agent if
needed.  Adjust to 'Agent' interface.
(LocalStore::querySubstitutablePathInfos): Likewise.
* nix/libstore/build.cc (SubstitutionGoal::tryToRun): Remove call to
'setSubstituterEnv' and add 'setenv' call for "_NIX_OPTIONS" instead.
(SubstitutionGoal::finished): Remove 'readLine' call for 'dummy'.
* guix/scripts/substitute.scm (%allow-unauthenticated-substitutes?):
Remove second argument to 'make-parameter'.
(process-query): Call 'warn-about-missing-authentication'
when (%allow-unauthenticated-substitutes?) is #t.
(guix-substitute): Wrap body in 'parameterize'.  Set 'guix-warning-port'
too.  No longer exit when 'substitute-urls' returns the empty list.  No
longer print newline initially.
* tests/substitute.scm (test-quit): Parameterize 'current-error-port' to
account for the port changes in 'guix-substitute'.

daemon: 'Agent' constructor takes a list of environment variables.

* nix/libutil/util.hh (struct Agent)[Agent]: Add 'env' parameter.
* nix/libutil/util.cc (Agent::Agent): Honor it.

gnu: autotools: Add version 2.70.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf): Rename to...
(autoconf-2.69): ... this.
(autoconf): Define as an alias for AUTOCONF-2.69.
(autoconf-2.70): New variable.

database: Remove unnecessary module imports.

* guix/store/database.scm: Remove unnecessary imports added in
4b9eecd322e566783369795ebea63a479b51f486.

gnu: ocaml-menhir: Update to 20200211.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-menhir): Update to 20200211.
[build-system]: Switch from gnu to dune.
[arguments]: Remove phases and make-flags.
[native-inputs]: Remove field.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: mruby: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/ruby.scm (mruby): Update to 2.1.2.

gnu: Add mypaint.

* gnu/packages/image.scm (mypaint): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: libmypaint: Update to 1.6.1.

Needed by mypaint@2.0.1.

* gnu/packages/gimp.scm (libmypaint): Update to 1.6.1.

gnu: isync: Use OpenSSL 1.1.

* gnu/packages/mail.scm (isync)[inputs]: Replace openssl-1.0 with openssl.

gnu: fcitx5-material-color-theme: Add source file-name.

* gnu/packages/fcitx5.scm (fcitx5-material-color-theme)[source]: Add
file-name field.

guix: opam: Add coq support in the importer.

* guix/import/opam.scm (get-opam-repository): Add support for coq
repositories.
(ocaml-name->guix-name): Properly name coq package.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document it.

guix: opam: Add --repo argument to importer.

* guix/scripts/import/opam.scm (guix-import-opam): Pass --repo argument
to recursive and non-recursive importers.
* guix/import/opam.scm (get-opam-repository): Select proper repository
location depending on a new repo argument.
(opam->guix-package): Use get-opam-repository in the procedure body.

guix: opam: Pass default repository to recursive importer.

* guix/import/opam.scm (opam->guix-package): Rename #:repository key
to #:repo.
(opam-recursive-import): Pass #:repo keyword.
* tests/opam.scm (opam->guix-package): Rename #:repository to #:repo.

guix: opam: Filter implicit inputs.

* guix/import/opam.scm (opam->guix-package, depends->inputs): Filter out
implicit inputs.