gnu: libedit: Update to 20190324-3.1.

* gnu/packages/libedit.scm (libedit): Update to 20190324-3.1.

gnu: lynis: Update to 2.7.4.

* gnu/packages/admin.scm (lynis): Update to 2.7.4.

gnu: libmwaw: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmwaw)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libodfgen: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libodfgen)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libvisio: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libvisio)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libpagemaker: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libpagemaker)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libmwaw: Update to 0.3.15.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmwaw): Update to 0.3.15.

gnu: perceptualdiff: Don't use unstable tarball.

It's still broken by freeimage, unfortunately.

* gnu/packages/image.scm (perceptualdiff)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: gifsicle: Use HTTPS.

* gnu/packages/image.scm (gifsicle)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: gifsicle: Update to 1.92.

* gnu/packages/image.scm (gifsicle): Update to 1.92.

build-self: Explain why we keep using deprecated bindings.

* build-aux/build-self.scm (build): Add comment regarding the deprecated
names.

linux-container: Remove '%containerized-shepherd-service' hack.

This hack worked around a defect in the Shepherd 0.5.0 and is no longer
needed.

* gnu/services/shepherd.scm (%containerized-shepherd-service): Remove.
* gnu/system/linux-container.scm (container-essential-services): Don't
use it.

services: account: Make 'user-homes' a one-shot service.

* gnu/system/shadow.scm (account-shepherd-service): Add 'one-shot?'
field.  Return #t from 'start'.

services: shepherd: Support one-shot services.

* gnu/services/shepherd.scm (<shepherd-service>)[one-shot?]: New field.
(shepherd-service-file): Pass #:one-shot? to the <service> constructor.
* doc/guix.texi (Shepherd Services): Document it.

gnu: shepherd: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/admin.scm (shepherd): Update to 0.6.0.  Use
"mirror://gnu" as the URL base.
[properties]: Remove.

gnu: spirv-headers: Update to 1.3.7.

* gnu/packages/vulkan.scm (spirv-headers): Update to 1.3.7.

gnu: glslang: Update to 7.11.3188.

* gnu/packages/vulkan.scm (glslang): Update to 7.11.3188.

gnu: emacs-disk-usage: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-disk-usage): Update to 1.3.3.

Revert "build-self: Avoid deprecated bindings."

This reverts commit fa9e6e8b676ca920a894cf3b48bfcb670077144f.

By using the new bindings, we would prevent users of Guix prior to
de9fbe9cdcf5f8deb08becfc54b523084fd67bda, such as version 0.16.0, to
upgrade to current master.  Thus, we will keep using the old names for a
while.

nls: Add missing installer files.

* po/guix/POTFILES.in: Add newt/final.scm and newt/partition.scm.

install: Pass "quiet" to the kernel.

This is a followup to 5582aa8e31bf88f981caedeb4fbbb758486b6ca7.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[kernel-arguments]: Add "quiet".

installer: Run 'guix system init' with the right locale.

* gnu/installer/utils.scm (run-shell-command): Add #:locale and honor it.
* gnu/installer/newt/final.scm (run-install-shell): Add 'locale'
parameter; pass it to 'install-system'.
(run-final-page): Obtain locale from RESULT; pass it to 'run-install-shell'.
* gnu/installer/final.scm (install-system): Add 'locale' parameter; pass
it to 'run-shell-command'.

system: Change default kernel-arguments to '("quiet").

This improves the readability of the boot process, especially when using full
disk encryption where you're required to enter the passphrase at a particular
point.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[kernel-arguments]: Change the default to
'("quiet").
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Document this change.

gnu: openssh: Update to 8.0p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 8.0p1.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/openssh-CVE-2018-20685.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: minetest: Simplify 'freetype' input specification.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[inputs]: Eliminate an unnecessary
use of Guile's '@' syntax to reference the 'freetype' package.

gnu: minetest-data: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/games.scm (minetest-data): Update to 5.0.1.
[description]: Fix typo.

gnu: maxima: Return #t from custom 'check' phase.

* gnu/packages/maths.scm (maxima)[arguments]: Use invoke in the custom
check phase.

build-self: Avoid deprecated bindings.

* build-aux/build-self.scm (build): Replace references to nix-server-*
with store-connection-*.

gnu: ghc-haskell-lexer: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-haskell-lexer): Update to 1.0.2.

gnu: python-redis: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/databases.scm (python-redis): Update to 3.2.1.

gnu: libabigail: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/elf.scm (libabigail)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libabigail: Update to 1.6.

* gnu/packages/elf.scm (libabigail): Update to 1.6.

gnu: python-sqlalchemy: Update to 1.3.3.

* gnu/packages/databases.scm (python-sqlalchemy): Update to 1.3.3.

gnu: nsd: Update to 4.1.27.

* gnu/packages/dns.scm (nsd): Update to 4.1.27.

gnu: python-pyodbc: Update to 4.0.26.

* gnu/packages/databases.scm (python-pyodbc): Update to 4.0.26.

gnu: memcached: Update to 1.5.13.

* gnu/packages/databases.scm (memcached): Update to 1.5.13.

gnu: translate-shell: Update to 0.9.6.10.

* gnu/packages/dictionaries.scm (translate-shell): Update to 0.9.6.10.

gnu: linux-libre: Update to 5.0.9.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.0.9.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.36.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.36.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.113.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.113.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.170.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.170.

pull: Create profile after the store connection has been opened.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35341>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

Previously, we'd call 'ensure-default-profile' before the connection to
the daemon has been opened.  On the first connection, the daemon ensures
that /var/guix/profiles/per-user is world-writable.  Since we were
calling 'ensure-default-profile' before that,
/var/guix/profiles/per-user was typically non-writable (555 and
root-owned), and thus 'guix pull' would error out.

* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Call 'ensure-default-profile'
within 'with-store'.

pull: Add '--news'.

Suggested by Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

* guix/scripts/pull.scm (%options, show-help): Add '--news'.
(display-profile-news): Add #:current-is-newer? and #:concise?.
Honor them.
(build-and-install): Pass #:concise? #t.
(display-new/upgraded-packages)[concise/max-item-count]: New variable.
Add call to 'display-hint'.
(process-query): Add clause for 'display-news'.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Add '--news'.

gnu: Add pass-otp.

* gnu/packages/password-utils.scm (pass-otp): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: password-store: Allow external packages to provide extensions.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store): Add mechanism for
providing pass extensions in separate packages.
[arguments]: Add patch-system-extension-dir phase.
[native-search-paths]: Add PASSWORD_STORE_SYSTEM_EXTENSION_DIR.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: python-dill: Update to 0.2.9.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dill): Update to 0.2.9.

gnu: python-serpent: Tweak description.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-serpent)[description]:
Use @code{} and edit slightly.

gnu: python-serpent: Update to 1.28.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-serpent): Update to 1.28.
[native-inputs]: Add python-attrs & python-pytz.

gnu: python-openpyxl: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-openpyxl): Update to 2.6.2.

gnu: perl-text-csv: Fix build.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-csv)[source]: Update URL.

gnu: parallel: Update to 20190422.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20190422.

gnu: eid-mw: Update to 4.4.16.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): Update to 4.4.16.

gnu: dbacl: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/textutils.scm (dbacl)[source]: Hard-code NAME.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.04.17.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.04.17.

gnu: dav1d: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.2.2.

gnu: foo2zjs: Update to 20190413.

* gnu/packages/cups.scm (foo2zjs): Update to 20190413.

gnu: supertuxkart: Simplify unbundling and unbundle enet.

* gnu/packages/games.scm (supertuxkart)[source](snippet): Delete "lib/enet".
Remove "CMakeList.txt" substitution.
[arguments]<#:configure-flags>: Add "-DUSER_SYSTEM_GLEW=TRUE" and
"-DUSE_SYSTEM_ENET=TRUE".
<#:phases>: Delete.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: supertuxkart: Update to 1.0.

* gnu/packages/games.scm (supertuxkart): Update to 1.0.
[inputs]: Add openssl.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add alex4.

* gnu/packages/games.scm (alex4): New variable.

gnu: Add dumb-allegro4.

* gnu/packages/music.scm (dumb-allegro4): New variable.

gnu: Add dumb.

* gnu/packages/music.scm (dumb): New variable.

installer: Fix skip-to-step issue.

When trying to jump to the first step, DONE-STEPS ends-up being null, which
fails the matching condition.

* gnu/installer/steps.scm (skip-to-step): Split matching conditions to handle
the empty DONE-STEPS case properly.

gnu: direnv: Remove go references from output.

In the long run, it would be good to move direnv across to the
go-build-system, and update the package, but these changes do succeed in
reducing the closure size a lot.

Thanks to Tanguy Le Carrour for raising this issue on guix-devel.

* gnu/packages/shellutils.scm (direnv)[arguments]: Include the
remove-go-references phase from the go-build-system.
[inputs,native-inputs]: Move all inputs to native-inputs, as these are no
longer referenced in the output.

services: fprintd: Use define-configuration.

* gnu/services/authentication.scm: Use define-configuration in fprintd.

gnu: r-hdf5r: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-hdf5r): Update to 1.2.0.

gnu: guile-parted: Update to 0.0.1.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-parted): Update to 0.0.1.

gnu: guile-newt: Update to 0.0.1.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-newt): Update to 0.0.1.

gnu: mtools: 'mformat' initializes boot sector before writing it.

This is the last bit fixing <https://bugs.gnu.org/35283>.

Previously, 'mformat' (used by 'grub-mkrescue') would pass uninitialized
bytes to write(2), leading to non-deterministic FAT image contents.
This patch fixes that.

* gnu/packages/patches/mtools-mformat-uninitialized.patch: New file.
* gnu/packages/mtools.scm (mtools)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: valgrind: Add 3.15.0.

* gnu/packages/valgrind.scm (valgrind-3.15): New variable.

vm: Use a fixed FAT serial number for 'efi.img' in ISO images.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/35283>.

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Set the
'GRUB_FAT_SERIAL_NUMBER' environment variable.

gnu: grub: 'grub-mkrescue' honors 'GRUB_FAT_SERIAL_NUMBER'.

* gnu/packages/patches/grub-efi-fat-serial-number.patch: New file.
* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[source](patches): Add it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

vm: Reset file timestamps of the EFI image in ISO images.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/35283>.

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Set the 'SOURCE_DATE_EPOCH'
environment variable.

vm: Reset file timestamps in ISO images.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/35283>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Pass "-volume_date
all_file_dates =1".

install: Pass "modprobe.blacklist=radeon".

* gnu/system/install.scm (installation-os)[kernel-arguments]: New field.

gnu: Add git-lfs.

* gnu/packages/version-control.scm (git-lfs): New variable.

gnu: ibus-libpinyin: Add missing runtime input.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-libpinyin)[inputs]: Add python-pygobject.

gnu: libpinyin: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/ibus.scm (libpinyin): Update to 2.3.0.

gnu: ibus-libpinyin: Update to 1.11.0.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-libpinyin): Update to 1.11.0.

gnu: ibus: Update to 1.5.20.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus): Update to 1.5.20.
[arguments]: Remove make-flags; remove "--disable-python2" from
configure-flags; add build phase "patch-python-target-directories".
[inputs]: Replace intltool with gnu-gettext.

gnu: rct: Be more idiomatic.

* gnu/packages/cpp.scm (rct): Move the call to 'git-version' into the
package definition.
[source]: Explicitly include the source URI rather than using
'home-page'.

gnu: linux-libre: Update to 5.0.8.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.0.8.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.35.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.35.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.112.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.112.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.169.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.169.

gnu: Add r-styler.

* gnu/packages/cran.scm (r-styler): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: grammalecte: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.0.1.
[source]: Update URL.

gnu: linkchecker: Shorten patch file name.

This file name was too long for 'tar', as reported by 'guix lint'.

* gnu/packages/patches/linkchecker-mark-more-tests-that-require-the-network.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/linkchecker-tests-require-network.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/web.scm (linkchecker)[source]: Likewise.

gnu: ocaml-dose3: Shorten patch file name.

This file name was too long for 'tar', as reported by 'guix lint'.

* gnu/packages/patches/ocaml-dose3-Add-unix-as-dependency-to-dose3.common-in-META.in.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/ocaml-dose3-add-unix-dependency.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-dose3)[source]: Adjust accordingly.

build: Show completion percentage while building.

* build-aux/compile-all.scm (%): New procedure.
(command-line): Use it to report completion.

maint: Build all the 'guix' packages in parallel.

Until now, the 'guix' package shipped in binary tarballs and system
images would be built sequentially for each system type, one at a time.
Now all of them can potentially be built in parallel.

* Makefile.am (system_flags): New function.
(release): Run "guix build guix" before "make binary-tarballs" and
before "guix system disk-image" to build all the 'guix' packages in
parallel.

maint: 'release' clears gettext-induced changes in doc/.

* Makefile.am (release): Run "git checkout ." in doc/

guix build: Accept multiple '-s' options.

* guix/scripts/build.scm (%default-options): Remove 'system'.
(%options) <--system>: Keep previous occurrences of 'system in RESULT.
(options->derivations)[system]: Remove.
[systems, things-to-build]: New variables.
[compute-derivation]: New procedure.
Iterate on all of SYSTEMS to compute the derivations of THINGS-TO-BUILD.
* tests/guix-build.sh: Add test for one and multiple '-s' flags.
* doc/guix.texi (Additional Build Options): Document this behavior.

gnu: r-seurat: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-dosnow, r-dplyr, r-dtw, r-foreach, r-fpc,
r-gplots, r-hdf5r, r-hmisc, r-httr, r-lars, r-mixtools, r-reshape2, and
r-tidyr; add r-future, r-future-apply, r-ggrepel, r-kernsmooth, r-rlang,
r-rsvd, r-scales, and r-sctransform.

gnu: Add r-sctransform.

* gnu/packages/cran.scm (r-sctransform): New variable.

gnu: r-urltools: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-urltools): Update to 1.7.3.

gnu: r-rdpack: Update to 0.11-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rdpack): Update to 0.11-0.

gnu: r-sdmtools: Update to 1.1-221.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sdmtools): Update to 1.1-221.1.

gnu: r-hardyweinberg: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-hardyweinberg): Update to 1.6.2.

gnu: r-clipr: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-clipr): Update to 0.6.0.

gnu: r-caret: Update to 6.0-83.

* gnu/packages/statistics.scm (r-caret): Update to 6.0-83.