gnu: libxfont: Fix CVE-2017-13720, CVE-2017-13722.

* gnu/packages/patches/libxfont-CVE-2017-13720.patch,
  gnu/packages/patches/libxfont-CVE-2017-13722.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.
* gnu/packages/xorg.scm (libxfont, libxfont2)[source]: Use them.

gnu: lftp: Update to 4.8.3.

* gnu/packages/ftp.scm (lftp): Update to 4.8.3.

gnu: libnl: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/linux.scm (libnl): Update to 3.4.0.

gnu: sddm: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): Update to 0.16.0.
[source]: Switch to '.xz' tarball.

gnu: libreoffice: Don't replace "/bin/sh" reference with bash.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[arguments]: Use (which "sh")
instead of (which "bash") in /bin/sh substitution.

gnu: vigra: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/image.scm (vigra): Update 1.11.1.
[source]<uri>: Don't hard-code version.
[home-page]: Change to <https://ukoethe.github.io/vigra/>.

gnu: libzmf: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libzmf): Update to 0.0.2.

gnu: libwps: Update to 0.4.7.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libwps): Update to 0.4.7.
[arguments]: Remove.

gnu: libmwaw: Update to 0.3.12.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmwaw): Update to 0.3.12.
[source](patches): Remove.
[arguments]: Remove.
* gnu/packages/patches/libmwaw-CVE-2017-9433.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: libodfgen: Update to 0.1.6.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libodfgen): Update to 0.1.6.

gnu: libvisio: Update to 0.1.5.

* gnu/packages/patches/libvisio-fix-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/libreoffice.scm (libvisio): Update to 0.1.5.
[source]: Add 'libvisio-fix-tests.patch'.
[arguments]: Remove.

gnu: libpagemaker: Update to 0.0.3.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libpagemaker): Update to 0.0.3.
[arguments]: Remove.

gnu: libfreehand: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libfreehand): Update to 0.1.2.
[native-inputs]: Add CPPUNIT.
[inputs]: Add ICU4C and LCMS.  New field.

gnu: libexttextcat: Update to 3.4.5.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libexttextcat): Update to 3.4.5.

gnu: libetonyek: Fix FTBFS with later liblangtag.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libetonyek)[source]: Add upstream patch.

gnu: liblangtag: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (liblangtag): Update to 0.6.2.

gnu: libcdr: Update to 0.1.4.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libcdr): Update to 0.1.4.
[native-inputs]: Add CPPUNIT.

gnu: libwpg: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libwpg): Update to 0.3.2.

gnu: libwpd: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libwpd): Update to 0.10.2.

gnu: librevenge: Update to 0.0.4.

* gnu/packages/libreoffice.scm (librevenge): Update to 0.0.4.

gnu: rofi: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/check.scm (check-0.11.0): New variable.
* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi): Update to 1.4.1.
[inputs]: Add LIBRSVG.
[native-inputs]: Add BISON, CHECK-0.11.0 and FLEX.

gnu: feh: Update to 2.21.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.21.

gnu: ghostscript: Replace with 9.22 [security fixes].

Fixes CVE-2017-{7948,7975,8908,9216,9610,9611,9612,9618,9619,9620,9726,9727,
9739,9740,9835}.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[replacement]: New field.
(ghostscript-9.22): New variables.

gnu: postgresql: Update to 10.0.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 10.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

guix: mirrors: Add kde archive mirror.

* guix/download.scm (%mirrors)[kde]: Add kde-attic mirror.

gnu: red-eclipse: Add store "data" package path as default.

* gnu/packages/games.scm (red-eclipse): Remove extra spaces. Make version
respect documentation.
[arguments]: Add "prefix" to make-flags. Add
"add-store-data-package-path-as-default" phase. Improve "copy-data" phase.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: ardour: Update to 5.12.

* gnu/packages/audio.scm (ardour): Update to 5.12.

gnu: guitarix: Update to 0.36.0.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): Update to 0.36.0.

gnu: zstd: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.3.2.
[source]: Remove snippet.
[license]: Add gpl2, gpl3+, and expat to the list.

gnu: modular-qt: Update to 5.9.2.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase. qtsvg, qtimageformats, qtx11extras,
qtxmlpatterns, qtdeclarative, qtconnectivity, qtwebsockets, qtsensors,
qtmultimedia, qtwayland, qtserialport, qtserialbus, qtwebchannel,
qtlocation, qttools, qtscript, qtquickcontrols, qtquickcontrols2,
qtgraphicaleffects, qtgamepad, qtscxml, qtpurchasing, qtcanvas3d,
qtcharts, qtdatavis3d, qtremoteobjects, qtspeech): Update to 5.9.2.
(qtnetworkauth): Same.
[arguments]: Add phase to help test suite pass.

gnu: qtcharts, qtdatavis3d: Update license information.

* gnu/packages/qt.scm (qtcharts, qtdatavis3d)[license]: New field.

gnu: modular-qt: Add synopsis and descriptions for packages.

* gnu/packages/qt.scm (qtsvg, qtimageformats, qtx11extras,
qtxmlpatterns, qtdeclarative, qtdeclarative-render2d, qtconnectivity,
qtwebsockets, qtsensors, qtmultimedia, qtwayland, qtserialport,
qtserialbus, qtwebchannel, qtlocation, qttools, qtscript,
qtquickcontrols, qtquickcontrols2, qtgraphicaleffects, qtgamepad,
qtscxml, qtpurchasing, qtcanvas3d, qtdatavis3d, qtnetworkauth,
qtremoteobjects, qtspeech)[synopsis, description]: New fields.

gnu: qtbase: Use libinput-minimal.

This works around qtbase depending on gtk+.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase)[inputs]: Replace libinput with
libinput-minimal.

gnu: Add qtspeech.

* gnu/packages/qt.scm (qtspeech): New variable.

gnu: Add qtremoteobjects.

* gnu/packages/qt.scm (qtremoteobjects): New variable.

gnu: Add qtnetworkauth.

* gnu/packages/qt.scm (qtnetworkauth): New variable.

gnu: Add eid-mw.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): New variable.

gnu: Add libproxy.

* gnu/packages/networking.scm (libproxy): New variable.

gnu: Add hdf-java.

* gnu/packages/maths.scm (hdf-java): New variable.

gnu: Add java-slf4-simple.

* gnu/packages/java.scm (java-slf4j-simple): New variable.

system: operating-system-etc-service: Set XCURSOR_PATH.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service): Set XCURSOR_PATH environment
variable so that libxcursor finds cursors in user and system profiles.
* gnu/packages/xorg.scm (libxcursor): Add a TODO for better handling of
XCURSOR_PATH in other profiles.

gnu: python2-unittest2: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python2-unittest2): Update to 1.1.0.
* gnu/packages/patches/python2-unittest2-remove-argparse.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: Add python-traceback2.

* gnu/packages/python.scm (python-traceback2, python2-traceback2): New
  variables.

gnu: Add python-linecache2.

* gnu/packages/python.scm (python-linecache2, python2-linecache2): New
  variables.

gnu: python-netaddr: Fix the source URL.

* gnu/packages/python.scm (python-netaddr, python2-netaddr): Fix the source URL.

gnu: Add python2-aniso8601.

* gnu/packages/python.scm (python2-aniso8601): New variable.

gnu: python-aniso8601: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-aniso8601, python2-aniso8601): Update to 1.3.0.

gnu: python-alembic: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/python.scm (python-alembic, python2-alembic): Update to 0.9.5.

gnu: python-arrow: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/python.scm (python-arrow, python2-arrow): Update to 0.10.0.

gnu: python-apispec: Update to 0.25.3.

* gnu/packages/python.scm (python-apispec, python2-apispec): Update to 0.25.3.

build: Update automake version requirement to 1.14.

For '%D%' support.

* configure.ac (AM_INIT_AUTOMAKE): Update version requirement to 1.14.

syscalls: clone: Define syscall-id for aarch64.

* guix/build/syscalls.scm (clone): Define syscall-id for aarch64 machines.

lint: Remove extra newline.

* guix/scripts/lint.scm (check-for-updates): Remove trailing "~%".

gnu: network-manager-openvpn: Update to 1.8.10.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-openvpn): Update to 1.8.10.

gnu: network-manager: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Update to 1.8.4.
(network-manager-applet): Likewise.

gnu: qemu: Add sysconfdir to configure-flags.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Add sysconfdir to configure-flags.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-org2web.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org2web): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add emacs-el2org.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-el2org): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add emacs-mustache.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mustache): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: no-more-secrets: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/games.scm (no-more-secrets): Update to 0.3.3.

gnu: meson: Update to 0.42.1.

* gnu/packages/build-tools.scm (meson, meson-for-build): Update to 0.42.1.

gnu: smartmontools: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/admin.scm (smartmontools)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: mit-krb5: Replace with 1.15.2 [fixes CVE-2017-{11368,11462}].

* gnu/packages/kerberos.scm (mit-krb5)[replacement]: New field.
(mit-krb5-1.15.2): New variable.

guix: lint: Add checker for new upstream versions.

* guix/scripts/lint.scm (check-for-updates): New procedure.
(%checkers): Add it.
* guix/scripts/refresh.scm (importer-modules, %updaters): Move
from here ...
* guix/upstream.scm: ... to here.

gnu: gnurl: Let the testsuite run test1026.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl)[argument]: Remove
'(delete-file "tests/data/test1026")' and the comments related to it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnurl: Update to 7.56.0.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.56.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add guile-colorized.

* gnu/packages/guile.scm (guile-colorized): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

activation: Do not create setuid binaries in the store [security fix].

Fixes <https://bugs.gnu.org/28751>.

* gnu/build/activation.scm (activate-setuid-programs)[link-or-copy]: Remove.
Use 'copy-file' instead.

gnu: borg: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.1.0.
[native-inputs]: Replace python-sphinx-rtd-theme with
python-guzzle-sphinx-theme.

gnu: Add python-guzzle-sphinx-theme.

* gnu/packages/python.scm (python-guzzle-sphinx-theme,
python2-guzzle-sphinx-theme): New variables.

Co-authored-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: kdevelop: Do not hardcode user profile locations in wrapper.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop): [arguments]: Do not add
  ${HOME}/.guix-profile/{share,lib/plugins} to XDG_DATA_DIRS and
  QT_PLUGIN_PATH when wrapping the executable.

tests: databases: Add a simple test for MySQL.

Previously, the activation phase for this service caused some systems using it
to not boot. This test checks that it's possible to boot a system using it,
and at least start the service.

* gnu/tests/databases.scm (%mysql-os, %test-mysql): New variables.
  (run-mysql-test): New procedure.

linux-initrd: Ensure that the guile used in the initrd is referenced.

By referencing guile from the initrd output explicitly, it will be present in
the store when this initrd is used. If the exact guile used within the initrd
isn't present in the store, then after root is switched during the boot
process, loading modules (such as (ice-9 popen)) won't work.

This fixes guix-patches bug #28399, "Fix mysql activation, and add a basic
test".

* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd)[builder]: Write out a file
  called references in to the initrd output, which includes the store path for
  guile.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.10.07.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.10.07.

gnu: offlineimap: Update to 7.1.3.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 7.1.3.

services: Remove unneeded imported.

This caused a circular dependency.
Reported by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2017-10/msg00021.html>.

* gnu/services/networking.scm: Remove unneeded import of (gnu system
base).

gnu: gnome-calendar: Update to 3.26.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-calendar): Update to 3.26.2.

gnu: par2cmdline: Update to 0.7.4.

* gnu/packages/backup.scm (par2cmdline): Update to 0.7.4.

gnu: munge: Update to 0.5.13.

* gnu/packages/admin.scm (munge): Update to 0.5.13.

gnu: aisleriot: Update to 3.22.3.

* gnu/packages/gnome.scm (aisleriot): Update to 3.22.3.
[inputs]: Use guile-2.2 instead of guile-2.0.

gnu: Add missing mongodb patch to local.mk.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add the
  mongodb-support-unknown-linux-distributions.patch.

web: Add nginx-documentation.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Add comment about updating the documentation.
  (nginx-xslscript): New variable.
  (nginx-documentation): New variable.

perl: Add perl-parse-recdescent.

* gnu/packages/perl.scm (perl-parse-recdescent): New variable.

gnu: Add missing input to python-py3status and fix call path.

file is used to determine configuration file encoding and py3status fails to
start when this tool is missing.

* gnu/packages/python.scm (python-py3status)[inputs]: Add file.
  [arguments]: Modify phases to patch py3status to call file with an absolute
  path.

pull: Add GUIX_PULL_URL environment variable.

* guix/scripts/pull.scm (%repository-url): Add GUIX_PULL_URL environment
  variable.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Mention GUIX_PULL_URL.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdl: Add debug output.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl, sdl-gfx, sdl-image, sdl-mixer, sdl-net, sdl-ttf):
  Add debug output.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: getmail: Update to 5.4.

* gnu/packages/mail.scm (getmail): Update to 5.4.

gnu: khal: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): Update to 0.9.8.
[arguments]: Make sure to stop building if the documentation fails to
build.  Skip some failing tests.

pull: Honor 'parallel-job-count'.

* guix/build/pull.scm (build-guix): Use 'n-par-for-each' and honor
'parallel-job-count'.

store: Add missing import.

* guix/store.scm: Use (ice-9 format).

gnu: zile: Update to 2.4.14.

* gnu/packages/zile.scm (zile): Update to 2.4.14.

guix package: '--upgrade' no longer reverses package order.

Reported by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2017-10/msg00000.html>.

* guix/scripts/package.scm (options->installable)[upgraded]: Use
'fold-right' instead of 'fold'.

gnu: vsearch: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.5.0.

gnu: linux-libre: Update to 4.13.5.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.13.5.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.53.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.53.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.90.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.90.

system: Really filter out Linux device names for the store.

This is a followup to db4e8fd5d4a07d3be8ce68fb96722ef7077c0eee.
Fixes <https://bugs.gnu.org/28445>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/system.scm (ensure-not-/dev): New procedure.
(read-boot-parameters)[ensure-not-/dev]: Remove.
(operating-system-boot-parameters): Use it.

services: Add MongoDB.

* gnu/services/databases.scm (%default-mongodb-configuration-file,
  %mongodb-accounts, mongodb-service-type): New variables.
  (<mongodb-configuration>): New record type.
  (mongodb-activation, mongodb-shepherd-service): New procedures.
* gnu/tests/databases.scm (%test-mongodb): New variable.
* doc/guix.texi (Database Services): Add MongoDB documentation.

gnu: Add mongodb.

* gnu/packages/databases.scm (mongodb): New variable.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.13.2.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.13.2.